〔16〕嘉靖九年1530春，世宗行特享礼。令于殿内设帷幄如九庙，列圣皆南向，各奠献，读祝三，余如旧。十年1531正月，帝以庙祀更定，告于太庙、世庙并祧庙三主。迁德祖神主于祧庙，奉安太祖神主于寝殿正中，遂以序进迁七宗神位。丁酉，帝诣太庙行特享礼。九月，谕大学士李时等，以“宗庙之制，父子兄弟同处一堂，于礼非宜。太宗以下宜皆立专庙，南向。”尚书夏言奏：“太庙两傍，隙地无几，宗庙重事，始谋宜慎。”未报。中允廖道南言：“太宗以下宜各建特庙于两庑之地。有都宫以统庙，不必各为门垣。有夹室以藏主，不必更为寝庙。第使列圣各得全其尊，皇上躬行礼于太祖之庙，余遣亲臣代献，如古诸侯助祭之礼。”帝悦，命会议。言等言：“太庙地势有限，恐不能容，若小其规模，又不合古礼。且使各庙既成，陛下遍历群庙，非独筋力不逮，而日力亦有不给，古者宗伯代后献之文，谓在一庙中，而代后之亚献。未闻以人臣而代主一庙之祭者也。且古诸侯多同姓之臣，今陪祀执事者，可拟古诸侯之助祭者乎？先臣丘浚谓宜间日祭一庙，历十四日而遍。此盖无所处，而强为之说耳。若以九庙一堂，嫌于混同。请以木为黄屋，如庙廷之制，依庙数设之，又设帷幄于其中，庶得以展专奠之敬矣。”议上，不报。
嘉靖九年春天，明世宗举行特享礼（专门祭祀一位祖先）。他命令在殿内设置帷帐，如同九庙的格局，各位先帝都面向南方，各自设奠献祭，读祝文三次，其余礼仪照旧。嘉靖十年正月，皇帝因为庙祀制度有所更改，到太庙、世庙以及祧庙的三位神主前告祭。将德祖的神主迁到祧庙，将太祖的神主安放在寝殿正中，于是按顺序依次迁入七位祖宗的神位。丁酉日，皇帝到太庙举行特享礼。九月，皇帝对大学士李时等人说：“宗庙的制度，父子兄弟同处在一个殿堂里，在礼制上不合适。太宗以下的皇帝应该各自建立专门的庙宇，面向南方。”尚书夏言上奏说：“太庙两旁空地很少，宗庙是大事，开始谋划应该谨慎。”皇帝没有回复。中允廖道南说：“太宗以下的皇帝应该在两庑的地方各自建立特庙。有都宫来统辖各庙，不必各自设立门墙。有夹室来存放神主，不必再建寝庙。只要让各位先帝都各自保全尊位，皇上亲自在太祖庙行礼，其余派遣亲信大臣代行献祭，如同古代诸侯助祭的礼仪。”皇帝很高兴，命令讨论。夏言等人说：“太庙地势有限，恐怕不能容纳，如果缩小规模，又不合古礼。而且如果各庙建成，陛下要逐一巡视各庙，不但体力不支，时间也不够。古代宗伯代替君主献祭的记载，是说在一庙之中，代替君主行亚献礼。没有听说以臣子来代替君主主持一庙祭祀的。而且古代诸侯多是同姓之臣，现在陪祭的执事人员，能比得上古代诸侯的助祭吗？先臣丘浚说应该隔一天祭一庙，经过十四天才能祭完。这大概是没办法而勉强说的。如果觉得九庙同在一堂有所混淆，请求用木头建造黄屋，按照庙廷的样式，按庙的数量设置，又在其中设置帷帐，或许可以展行专一奠祭的敬意。”奏议上报后，皇帝没有回复。
〔17〕十三年1534，南京太庙灾。礼部尚书湛若水请权将南京太庙香火并于南京奉先殿，重建太庙，补造列圣神主。帝召尚书言与群臣集议。言会大学士张孚敬等言：“国有二庙，自汉惠始。神有二主，自齐桓始。周之三都庙，乃迁国立庙，去国载主，非二庙二主也。子孙之身乃祖宗所依，圣子神孙既亲奉祀事于此，则祖宗神灵自当陟降于此。今日正当专定庙议，一以此地为根本。南京原有奉先殿，其朝夕香火，当合并供奉如常。太庙遗址当仿古坛墠遗意，高筑墙垣，谨司启闭，以致尊严之意。”从之。
嘉靖十三年，南京的太庙发生火灾。礼部尚书湛若水请求暂时将南京太庙的香火合并到南京的奉先殿，重建太庙，补造各位先帝的神主。皇帝召见尚书夏言与群臣集中讨论。夏言会合大学士张孚敬等人说：“国家有两座庙，是从汉惠帝开始的。神主有两个，是从齐桓公开始的。周朝的三都庙，是迁都时建立的庙，离开都城时带着神主，并非有两个庙两个神主。子孙的身体是祖宗所依附的，圣子神孙既然亲自在此地奉祀，那么祖宗的神灵自然应当升降于此。现在应当专门确定庙制，以这里为根本。南京原有奉先殿，其早晚的香火，应当合并供奉如常。太庙遗址应当仿照古代坛墠的遗意，高筑围墙，谨慎管理开关，以表达尊严之意。”皇帝听从了。
〔18〕时帝欲改建九庙。夏言因言：“京师宗庙，将复古制，而南京太庙遽灾，殆皇天列祖佑启默相，不可不灵承者。”帝悦，诏春和兴工。诸臣议于太庙南，左为三昭庙，与文祖世室而四，右为三穆庙。群庙各深十六丈有奇，而世室殿寝稍崇，纵横深广，与群庙等。列庙总门与太庙戟门相并，列庙后垣与太庙祧庙后墙相并。具图进。帝以世室尚当隆异，令再议。言等请增拓世室前殿，视群庙崇四尺有奇，深广半之；寝殿视群庙崇二尺有奇，深广如之。报可。十四年1535正月，谕阁臣：“今拟建文祖庙为世室，则皇考世庙字当避。”张孚敬言：“世庙著《明伦大典》，颁诏四方，不可改。文世室宜称太宗庙。其余群庙不用宗字，用本庙号，他日递迁，更牌额可也。”从之。二月，尽撤故庙改建之。诸庙各为都宫，庙各有殿有寝。太祖庙寝后有祧庙，奉祧主藏焉。太庙门殿皆南向，群庙门东西向，内门殿寝皆南向。十五年1536十二月，新庙成，更创皇考庙曰睿宗献皇帝庙。帝乃奉安德、懿、熙、仁四祖神主于祧庙，太祖神主于太庙，百官陪祭如仪。翌日，奉安太宗以下神主，列于群庙，命九卿正官及武爵重臣，俱诣太宗庙陪祭。文三品以上，武四品以上，分诣群庙行礼。又择日亲捧太祖神主，文武大臣捧七宗神主，奉安于景神殿。
当时皇帝想要改建九庙。夏言于是说：“京师的宗庙，将要恢复古制，而南京太庙突然遭遇火灾，大概是皇天和列祖保佑启示暗中相助，不可不虔诚地接受。”皇帝很高兴，下诏在春天暖和时开工。各位大臣商议在太庙南边，左边建三座昭庙，加上文祖世室共四座，右边建三座穆庙。各庙进深十六丈有余，而世室的殿寝稍微高一些，但纵横长宽与各庙相同。各庙的总门与太庙的戟门并排，各庙的后墙与太庙的祧庙后墙对齐。绘制了图纸进呈。皇帝认为世室应当更加崇高，下令再议。夏言等人请求增扩世室的前殿，比各庙高四尺有余，深宽减半；寝殿比各庙高二尺有余，深宽相同。皇帝批准了。嘉靖十四年正月，皇帝对内阁大臣说：“现在打算建文祖庙作为世室，那么皇考世庙的‘世’字应当避讳。”张孚敬说：“世庙已经写入《明伦大典》，颁诏四方，不可更改。文世室应当称为太宗庙。其余各庙不用‘宗’字，用本庙的庙号，日后迁庙时，更换牌匾即可。”皇帝听从了。二月，全部拆除旧庙进行改建。各庙各自有都宫，庙各有殿和寝。太祖庙的寝殿后面有祧庙，供奉存放迁出的神主。太庙的门和殿都面向南，各庙的门面向东或向西，内门、殿、寝都面向南。嘉靖十五年十二月，新庙建成，重新创建皇考庙，称为睿宗献皇帝庙。皇帝于是将德、懿、熙、仁四祖的神主安放在祧庙，将太祖的神主安放在太庙，百官陪祭如仪。第二天，将太宗以下的神主安放在各庙中，命令九卿正官和武职重臣，都到太宗庙陪祭。文官三品以上，武官四品以上，分别到各庙行礼。又选择吉日亲自捧着太祖神主，文武大臣捧着七位祖宗的神主，安放在景神殿。
〔19〕二十年1541四月，太庙灾，成祖、仁宗主毁，奉安列圣主于景神殿。遣大臣诣长陵、献陵告题帝后主，亦奉安景神殿。二十二年1543十月，以旧庙基隘，命相度规制。议三上，不报。久之，乃命复同堂异室之旧，庙制始定。二十四年1545六月，礼部尚书费寀等以太庙安神，请定位次。帝曰：“既无昭穆，亦无世次，只序伦理。太祖居中，左四序成、宣、宪、睿，右四序仁、英、孝、武。皆南向。’七月，以庙建礼成，百官表贺，诏天下。新庙仍在阙左，正殿九间，前两庑，南戟门。门左神库，右神厨。又南为庙门，门外东南宰牲亭，南神宫监，西庙街门。正殿后为寝殿，奉安列圣神主，又后为祧庙，藏祧主，皆南向。
嘉靖二十年四月，太庙发生火灾，成祖和仁宗的神主被烧毁，将各位先帝的神主临时安放在景神殿。派遣大臣到长陵、献陵祭告并题写皇帝和皇后的神主，也安放在景神殿。嘉靖二十二年十月，因为旧庙基址狭窄，命令勘察测量规划。三次上奏商议，都没有得到回复。过了很久，才命令恢复同堂异室的旧制，庙制才最终确定。嘉靖二十四年六月，礼部尚书费寀等人因为太庙安放神主，请求确定位置次序。皇帝说：“既然没有昭穆之分，也没有世次之别，只按伦理顺序排列。太祖居中，左边依次是成祖、宣宗、宪宗、睿宗，右边依次是仁宗、英宗、孝宗、武宗。都面向南方。”七月，因为庙宇建成礼制完成，百官上表庆贺，皇帝下诏告知天下。新庙仍在皇宫左侧，正殿九间，前面有两排厢房，南面是戟门。门左边是神库，右边是神厨。再往南是庙门，门外东南是宰牲亭，南面是神宫监，西面是庙街门。正殿后面是寝殿，安放各位先帝的神主，再后面是祧庙，存放迁出的神主，都面向南方。
〔20〕二十七年，帝欲祔孝烈皇后方氏于太庙，而祧仁宗。大学士严嵩、礼部尚书徐阶等初皆持不可，既而不能坚其议。二十九年十一月，祧仁宗，遂祔孝烈于西第四室。隆庆六年1572八月，穆宗将祔庙，敕礼臣议当祧庙室。礼科陆树德言：“宣宗于穆宗仅五世，请仍祔睿宗于世庙，而宣宗勿祧。”疏下礼部，部议宣宗世次尚近，祧之未安。因言：“古者以一世为一庙，非以一君为一世，故晋之庙十一室而六世，唐之庙十一室而九世。宋自太祖上追四祖至徽宗，始定为九世十一室之制，以太祖、太宗同为一世故也。其后徽宗祔以与哲宗同一世，高宗祔以与钦宗同一世，皆无所祧，及光宗升祔，增为九世十二室。今自宣宗至穆宗凡六世，上合二祖仅八世，准以宋制，可以无祧，但于寝殿左右各增一室，则尊祖敬宗，并行不悖矣。”帝命如旧敕行，遂祧宣宗。天启元年1621七月，光宗将祔庙。太常卿洪文衡请无祧宪宗，而祧睿宗。不听。
嘉靖二十七年，皇帝想要将孝烈皇后方氏的神主附祭于太庙，而迁出仁宗的神主。大学士严嵩、礼部尚书徐阶等人起初都坚持认为不可以，后来没能坚持他们的意见。嘉靖二十九年十一月，迁出了仁宗，于是将孝烈皇后附祭在西边第四室。隆庆六年八月，明穆宗将要附庙，皇帝命令礼官讨论应当迁出的庙室。礼科给事中陆树德说：“宣宗到穆宗只有五世，请求仍然将睿宗附祭于世庙，而不要迁出宣宗。”奏疏下发到礼部，礼部商议认为宣宗世次还比较近，迁出不妥。于是说：“古代以一世为一庙，不是以一位皇帝为一世，所以晋朝有十一室而只有六世，唐朝有十一室而只有九世。宋朝从太祖追尊四祖到徽宗，才定为九世十一室的制度，因为太祖和太宗是同一世。后来徽宗附祭，与哲宗同一世，高宗附祭，与钦宗同一世，都没有迁出，到光宗升祔，增加到九世十二室。现在从宣宗到穆宗共六世，加上二祖（太祖、成祖）只有八世，按照宋制，可以不迁出，只要在寝殿左右各增加一室，那么尊祖敬宗，并行不悖。”皇帝命令按照旧敕执行，于是迁出了宣宗。天启元年七月，明光宗将要附庙。太常卿洪文衡请求不要迁出宪宗，而迁出睿宗。皇帝不听。
〔21〕洪武元年1368祫飨太庙。德祖皇考妣居中。南向。懿祖皇考妣东第一位，西向。熙祖皇考妣西第一位，东向。仁祖皇考妣东第二位，西向。七年1374，御史答禄与权言：“皇上受命七年而禘祭未举。宜参酌古今，成一代之典。”诏下礼部、太常司、翰林院议，以为：“虞、夏、商、周世系明白，故禘礼可行。汉、唐以来，莫能明其始祖所自出，当时所谓禘祭，不过祫已祧之祖而祭之，乃古之大祫，非禘也。宋神宗尝曰：‘禘者，所以审谛祖之所自出。’是则莫知祖之所自出，禘礼不可行也。今国家追尊四庙，而始祖所自出者未有所考，则禘难遽行。”太祖是其议。弘治元年1488，定每岁暮奉祧庙懿祖神座于正殿左，居熙祖上，行祫祭之礼。
洪武元年，在太庙举行祫祭。德祖皇帝和皇后的神位居中，面向南方。懿祖皇帝和皇后的神位在东边第一位，面向西方。熙祖皇帝和皇后的神位在西边第一位，面向东方。仁祖皇帝和皇后的神位在东边第二位，面向西方。洪武七年，御史答禄与权说：“皇上受命七年，但禘祭还没有举行。应该参酌古今，成为一代的典制。”皇帝下诏交给礼部、太常司、翰林院讨论，他们认为：“虞、夏、商、周世系清楚，所以禘礼可以举行。汉、唐以来，没有人能知道始祖的由来，当时所谓的禘祭，不过是合祭已经迁出的祖先，那是古代的大祫，不是禘祭。宋神宗曾经说：‘禘，是审察始祖的由来。’既然不知道祖先的由来，禘礼就不能举行。现在国家追尊了四庙，但始祖的由来没有考证，所以禘礼难以立即举行。”太祖皇帝同意了这个意见。弘治元年，规定每年年末将祧庙中懿祖的神座奉到正殿左边，位置在熙祖之上，举行祫祭之礼。