〔33〕抚军将军刘毅抗表南征，公与毅书曰：“吾往习击妖贼，晓其变态，新获奸利，其锋不可轻。宜须装严毕，与弟同举。”又遣毅从弟藩往止之。毅不从，舟师二万，发自姑孰。循之初下也，使道覆向寻阳，自寇湘中诸郡。荆州刺史道规遣军至长沙，为循所败。径至巴陵，将向江陵。道覆闻毅上，驰使报循曰：“毅兵众甚盛，成败事系之于此，宜并力摧之。若此克捷，天下无复事矣。根本既定，不忧上面不平也。”循即日发巴陵，与道覆连旗而下。别有八艚舰九枚，起四层，高十二丈。公以南藩覆没，表送章绶，诏不听。五月，刘毅败绩于桑落洲，弃船步走，余众不得去者，皆为贼所擒。初，循至寻阳，闻公已还，不信也。既破毅，乃审凯入之问，并相视失色。循欲退还寻阳，进平江陵，据二州以抗朝廷。道覆谓宜乘胜径进，固争之。疑议多日，乃见从。
抚军将军刘毅上奏章请求南征，刘裕写信给他说：“我以前经常打击那些妖贼，了解他们的各种变化，他们最近占了点便宜，锋芒不能小看。应该等装备准备齐全了，我跟你一起行动。”又派刘毅的堂弟刘藩去阻止他。刘毅不听，率领两万水军，从姑孰出发。卢循刚开始南下的时候，派徐道覆去打寻阳，自己则进攻湘中各个郡县。荆州刺史刘道规派军队到长沙，被卢循打败。卢循直接到了巴陵，准备进攻江陵。徐道覆听说刘毅南征，派人快马报告卢循说：“刘毅兵力很强，成败就看这一仗了，应该合力打垮他。如果这一仗赢了，天下就没大事了。根基稳了，还怕上面摆不平吗？”卢循当天就从巴陵出发，跟徐道覆会合，旌旗相连顺流而下。另外还有九艘八艚舰，四层楼，高十二丈。刘裕因为南方藩镇沦陷，上表辞去官印，皇帝下诏不准。五月，刘毅在桑落洲打了败仗，弃船从陆路逃跑，剩下的士兵跑不掉的，都被敌人俘虏了。当初，卢循到寻阳的时候，听说刘裕已经回去了，不相信。等打败了刘毅，才确认刘裕凯旋的消息，大家都互相看着，脸色都变了。卢循想退兵回寻阳，再进取江陵，占据两个州来对抗朝廷。徐道覆认为应该乘胜直接推进，坚决争论。争论了好几天，卢循才听从。
〔34〕毅败问至，内外汹扰。于时北师始还，多创痍疾病。京师战士，不盈数千。贼既破江、豫二镇，战士十余万，舟车百里不绝。奔败还者，并声其雄盛。孟昶、诸葛长民惧寇渐逼，欲拥天子过江，公不听，昶固请不止。公曰：“今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，莫有固志。若一旦迁动，便自瓦解土崩，江北亦岂可得至！设令得至，不过延日月耳。今兵士虽少，自足以一战。若其克济，则臣主同休；苟厄运必至，我当以死卫社稷，横尸庙门，遂其由来以身许国之志，不能远窜于草间求活也。我计决矣，卿勿复言！”昶恐其不济，乃为表曰：“臣裕北讨，众并不同，唯臣赞裕行计，致使强贼乘间，社稷危逼，臣之罪也。今谨引分以谢天下。”封表毕，乃仰药而死。
何无忌战败的消息传来，朝廷内外一片骚动不安。当时北伐的军队刚刚返回，很多将士都带着伤病。京城里的战士不满几千人。敌人已经攻破了江州和豫州，战士有十多万，船只和车辆连绵百里不断。逃跑回来的人都宣扬敌人如何强大威猛。孟昶、诸葛长民害怕敌人一步步逼近，想要挟持天子逃到长江以北去。刘裕不同意这样做，孟昶就固执地请求不止。刘裕说：“现在重要的藩镇在外倾覆，强大的敌人向内逼近，人心惊慌恐惧，没有坚定的意志。如果一旦迁都移动，我们便会土崩瓦解，哪里还到得了江北！即使能到达，也不过是拖延时日罢了。如今士兵虽然少，但足够用来一战。如果能够取胜，那么君臣同享胜利；如果厄运注定来临，我当以死保卫国家，横尸在太庙门口，实现我向来以身许国的志向，绝不能逃窜到荒野里去苟且偷生。我的主意已经定了，你不要再说了！”孟昶担心刘裕不能成功，就写了一份奏表说：“刘裕北伐的时候，众人都不赞同，只有我赞成他的行动，致使强敌钻了空子，国家危急，这是我的罪过。现在谨以死来向天下谢罪。”奏表封好之后，他就服毒自杀了。
〔35〕于是大开赏募，投身赴义者，一同登京城之科。发居民治石头城，建牙戒严。时议者谓宜分兵守诸津要。公以为：“贼众我寡，若分兵屯，则人测虚实。且一处失利，则沮三军之心。今聚众石头，随宜应赴，既令贼无以测多少，又于众力不分。若徒旅转集，徐更论之耳。”移屯石头，乃栅淮断查浦。既而群贼大至，公策之曰：“贼若于新亭直进，其锋不可当，宜且回避，胜负之事，未可量也；若回泊西岸，此成擒耳。”
于是大规模地公开悬赏招募，凡是投身参加义军的人，都按照直接攻打京城的功劳标准给予封赏。征发居民修筑石头城，竖立旗帜，宣布戒严。当时有人建议应该分兵把守各个渡口要道。公认为：“贼兵多我军少，如果分散兵力驻守，敌人就能探明我们的虚实；而且一处失利，就会挫伤全军士气。现在集中兵力在石头城，根据情况灵活应对，既让敌人无法知道我们兵力多少，又使力量不分散。如果后续部队陆续集结，再慢慢考虑其他对策。”于是移师驻扎石头城，并在秦淮河上设置栅栏，阻断查浦的道路。不久大批贼兵到来，公分析说：“贼兵如果从新亭直接进攻，锋芒锐不可当，我们应该暂且回避，胜败还难以预料；如果绕道停泊西岸，那就等着被擒获了。”
〔36〕道覆欲自新亭、白石焚舟而上。循多疑少决，每欲以万全为虑，谓道覆曰：“大军未至，孟昶便望风自裁，大势言之，自当计日溃乱。今决胜负于一朝，既非必定之道，且杀伤士卒，不如按兵待之。”公于时登石头城以望循军，初见引向新亭，公顾左右失色；既而回泊蔡洲。道覆犹欲上，循禁之。自是众军转集，修治越城，筑查浦、药园、廷尉三垒，皆守以实众。冠军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉屯丹阳郡西，建武将军王仲德屯越城，广武将军刘怀默屯建阳门外。使宁朔将军索邈领鲜卑具装虎班突骑千余匹，皆被练五色，自淮北至于新亭。贼并聚观，咸畏惮之；然犹冀京邑及三吴有应之者。遣十余舰来拔石头栅。公命神弩射之，发辄摧陷，循乃止，不复攻栅。设伏兵于南岸，使羸老悉乘舟舰向白石。公忧其从白石步上，乃率刘毅、诸葛长民北出拒之，留参军徐赤特戍南岸，命坚守勿动。公既去，贼焚查浦步上，赤特军战败，死没有百余人。赤特弃余众，单舸济淮，贼遂率数万屯丹阳郡。公率诸军驰归，众忧贼过，咸谓公当径还拒战，公先分军还石头，众莫之晓。解甲息士，洗浴饮食之，乃出列陈于南塘。以赤特违处分，斩之。命参军诸葛叔度、朱龄石率劲勇士千余人过淮。群贼数千，皆长刀矛鋋，精甲曜日，奋跃争进。龄石所领多鲜卑，善步槊，并结陈以待之。贼短兵弗能抗，死伤者数百人，乃退走。会日莫，众亦归。
徐道覆想从新亭、白石出发，烧掉船只后上岸决战。卢循却多疑而优柔寡断，总想万无一失，对道覆说：“大军还没到，孟昶就望风自杀，从大局来看，应该用不了多久就会自行溃乱。现在非要一天决出胜负，既不是必然可行的方法，而且会杀伤士兵，不如按兵不动等待时机。”刘裕当时登上石头城观察卢循的军队，起初看到敌军向新亭移动，刘裕回头看着左右的人，脸色都变了；接着敌军又掉头停泊在蔡洲。道覆还想继续进攻，卢循阻止了他。从此各路军队逐渐集结，修整越城，修筑查浦、药园、廷尉三座营垒，都派重兵把守。冠军将军刘敬宣驻守北郊，辅国将军孟怀玉驻守丹阳郡西边，建武将军王仲德驻守越城，广武将军刘怀默驻守建阳门外。刘裕派宁朔将军索邈率领一千多匹鲜卑精锐的铠甲骑兵，都披着五彩绸缎，从淮北一直排列到新亭。敌军聚在一起观看，都很害怕；但卢循仍然希望京城和三吴地区有人响应。他们派出十多艘战船来拔除石头城的防御栅栏。刘裕命令神弩射击，每发必中，敌军船只纷纷被摧毁打翻，卢循于是停止，不再进攻栅栏。刘裕在南岸设下伏兵，让老弱的士兵都乘船向白石进发。刘裕担心敌军从白石登陆，就率领刘毅、诸葛长民向北出兵阻击，留下参军徐赤特驻守南岸，命令他坚守不要出动。刘裕离开后，敌军在查浦烧毁船只上岸，徐赤特的军队战败，死了一百多人。徐赤特抛弃剩余部队，独自驾船渡过秦淮河，敌军于是率领数万人驻扎在丹阳郡。刘裕率领各路军队急速赶回，众人担心敌军已经过河，都认为刘裕应该直接回去迎战，但刘裕却先分兵返回石头城，大家都不明白他的用意。他让士兵脱下铠甲休息，洗澡吃饭，然后才在南塘排开阵势。因为徐赤特违反命令，刘裕杀了他。又命令参军诸葛叔度、朱龄石率领一千多名精锐士兵渡过秦淮河。几千敌军都拿着长刀矛枪，铠甲闪耀，奋勇争先。朱龄石率领的士兵大多是鲜卑人，擅长使用步槊，结成阵势等待。敌军短兵器无法抵抗，死伤数百人，于是撤退逃跑。正好天色已晚，双方收兵回营。
〔37〕刘毅之败，豫州主簿袁兴国反叛，据历阳以应贼。琅邪内史魏顺之遣将谢宝讨斩之。兴国司马袭宝，顺之不救而退，公怒斩之。顺之，咏之之弟也。于是功臣震慑，莫敢不用命。六月，更授公太尉、中书监，加黄钺。受黄钺，余固辞。以司马庾悦为建威将军、江州刺史，自东阳出豫章。七月庚申，群贼自蔡洲南走，还屯寻阳。遣辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间太守蒯恩追之。公还东府，大治水军，皆大舰重楼，高者十余丈。卢循遣其大将荀林寇江陵，桓谦先于江陵奔羌，又自羌入蜀，伪主谯纵以为荆州刺史。谦及谯道福率军二万，出寇江陵，适与林会，相去百余里。荆州刺史道规斩谦于枝江，破林于江津，追至竹町，斩之。初，循之走也，公知其必寇江陵，登遣淮陵内史索邈领马军步道援荆州；又遣建威将军孙季高率众三千，自海道袭番禺。江州刺史庾悦至五亩峤，贼遣千余人据断峤道，悦前驱鄱阳太守虞丘进攻破之。公治兵大办。十月，率兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶等舟师南伐。以后将军刘毅监太尉留守府，后事皆委焉。是月，徐道覆率众三万寇江陵。荆州刺史道规又大破之，斩首万余级，道覆走还盆口。初，公之遣索邈也，邈在道为贼所断，道覆败后方达。自循东下，江陵断绝京邑之问，传者皆云已没。及邈至，方知循走。
刘毅战败之后，豫州主簿袁兴国反叛，占据历阳响应贼寇。琅邪内史魏顺之派将领谢宝讨伐并斩杀了袁兴国。袁兴国的司马袭击谢宝，魏顺之不去救援反而退兵，刘裕一怒之下斩杀了魏顺之。魏顺之是魏咏之的弟弟。从此，功臣们都感到震慑，再没有人敢不听从命令。六月，朝廷又任命刘裕为太尉、中书监，并加赐黄钺。刘裕只接受了黄钺，其他职务坚决推辞。又任命司马庾悦为建威将军、江州刺史，从东阳出兵前往豫章。七月庚申日，贼军从蔡洲向南逃走，回师驻扎在寻阳。刘裕派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间太守蒯恩追击他们。刘裕回到东府，大规模建造水军，都是大船重楼，高的有十多丈。卢循派他的大将荀林进犯江陵，桓谦先前从江陵逃到羌地，又从羌地进入蜀地，伪主谯纵任命他为荆州刺史。桓谦和谯道福率领两万军队，出兵进犯江陵，恰好与荀林会合，双方相距一百多里。荆州刺史刘道规在枝江斩杀桓谦，在江津击败荀林，追到竹町，斩杀了他。当初，卢循逃走时，刘裕知道他一定会进犯江陵，立即派淮陵内史索邈率领骑兵从陆路增援荆州；又派建威将军孙季高率领三千人从海路袭击番禺。江州刺史庾悦到达五亩峤，贼军派一千多人占据并截断了峤道，庾悦的前锋鄱阳太守虞丘进攻破了他。刘裕治理军队，大规模做准备。十月，率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶等水军南征。让后将军刘毅监管太尉留守府，后方事务都委托给他。同月，徐道覆率领三万人进犯江陵。荆州刺史刘道规又大败徐道覆，斩首一万多人，徐道覆逃回盆口。当初，刘裕派遣索邈时，索邈在路上被贼军截断，直到徐道覆败退后才到达。自从卢循东下以来，江陵与京城之间的联络断绝，传说的人都说江陵已经沦陷。等到索邈到达，才知道卢循已经逃走。