〔39〕彧比至冀州，而袁绍已夺馥位，绍待彧以上宾之礼。彧明有意数，见汉室崩乱，每怀匡佐之义。时，曹操在东郡，彧闻操有雄略，而度绍终不能定大业。初平二年191，乃去绍从操。操与语大悦，曰：“吾子房也。”以为奋武司马，时年二十九。明年，又为操镇东司马。
荀彧到达冀州的时候，袁绍已经夺取了韩馥的职位，袁绍用上宾的礼节对待荀彧。荀彧明智而有谋略，看到汉朝王室混乱衰败，常常怀着匡扶辅佐的志向。当时，曹操在东郡，荀彧听说曹操有雄才大略，并且估计袁绍最终不能成就大业。初平二年，于是离开袁绍去投奔曹操。曹操和他交谈后非常高兴，说：“你是我的张良啊。”任命他为奋武司马，当时荀彧二十九岁。第二年，又担任曹操的镇东司马。
〔40〕兴平元年194，操东击陶谦，使彧守甄城，任以留事。会张邈、陈宫以兖州反操，而潜迎吕布。布即至，诸城悉应之。邈乃使人谲彧曰：“吕将军来助曹使君击陶谦，宜亟供军实。”彧知邈有变，即勒兵设备，故邈计不行。豫州刺史郭贡率兵数万来到城下，求见彧。彧将往，东郡太守夏侯淳等止之。曰：“何知贡不与吕布同谋，而轻欲见之。今君为一州之镇，往必危也。”彧曰：“贡与邈等分非素结，今来速者，计必未定，及其犹豫，宜时说之，纵不为用，可使中立。若先怀疑嫌，彼将怒而成谋，不如往也。”贡既见彧无惧意，知城不可攻，遂引而去。彧乃使程昱说范、东阿，使固其守，卒全三城以待操焉。
兴平元年，曹操向东攻打陶谦，让荀彧镇守鄄城，把后方事务托付给他。恰逢张邈、陈宫在兖州反叛曹操，暗地里迎接吕布。吕布一到，各个城池都纷纷响应。张邈于是派人欺骗荀彧说：“吕将军来帮助曹使君攻打陶谦，应该赶紧提供军需物资。”荀彧知道张邈有变故，就立即整顿军队加强防备，所以张邈的计谋没有得逞。豫州刺史郭贡率领几万兵马来到城下，请求面见荀彧。荀彧准备前往，东郡太守夏侯惇等人阻止他说：“怎么知道郭贡不和吕布同谋，却轻易想见他？现在您是一州的镇守者，去了一定有危险。”荀彧说：“郭贡和张邈等人本来就没有交情，如今来得快，一定是主意还没定；趁他犹豫不决，应当及时说服他，即使不能让他为我们所用，也可以让他保持中立。如果先对他产生怀疑，他就会发怒而促成合谋，不如去见他。”郭贡见到荀彧没有畏惧之意，知道鄄城不可能被攻下，于是领兵离去。荀彧于是派程昱去劝说范县、东阿的守将，让他们巩固城防，最终保全了三座城池来等待曹操。
〔41〕二年195，陶谦死，操欲遂取徐州，还定吕布。彧谏曰：
兴平二年，陶谦死了，曹操想趁机夺取徐州，再回军平定吕布。荀彧劝谏说：
〔42〕昔高祖保关中，光武据河内，皆深根固本，以制天下。进可以胜敌，退足以坚守，故虽有困败，而终济大业。将军本以兖州首事，故能平定山东，此实天下之要地，而将军之关河也。若不先定之，根本将何寄乎？宜急分讨陈宫，使虏不得西顾，乘其间而收熟麦，约食稸谷，以资一举，则吕布不足破也。今舍之而东，未见其便。多留兵则力不胜敌，少留兵则后不足因。布乘虚寇暴，震动人心，纵数城或全，其余非复己有，则将军尚安归乎？且前讨徐州，威罚实行，其子弟念父兄之耻，必人自为守。就能破之，尚不可保。彼若惧而相结，共为表里，坚壁清野，以待将军，将军攻之不拔，掠之无获，不出一旬，则十万之众未战而自困矣。夫事固有弃彼取此，以权一时之势，愿将军虑焉。
从前汉高祖刘邦保全关中，汉光武帝刘秀占据河内，都是先巩固根本，再来控制天下。这样，进可以战胜敌人，退足以坚守。所以虽然有时会遭遇失败，但最终成就了大业。将军您原本是从兖州开始起事的，所以能够平定山东地区，这实在是天下的要地，就像将军您的关中和河内一样。如果不先把这个根本之地安定好，那根本要寄托在哪里呢？应当赶紧分兵去讨伐陈宫，让敌人不能向西顾盼，趁这个机会收割成熟的麦子，节省粮食、积蓄谷物，来准备一次大的行动，那么吕布就不难击破了。现在放弃这个计划而向东进军，我看不到有什么好处。多留兵在这里，兵力不足战胜敌人；少留兵呢，今后又不能依靠。吕布乘虚侵犯掠夺，会震动人心，即使有几座城能保全，其余的城就不是您的了，那将军您还能回到哪里去呢？况且上次讨伐徐州，对那里实行了严厉的惩罚，他们的子弟都记着父兄的耻辱，一定会人人各自坚守。就算能攻破徐州，也还不能保住。他们如果因为恐惧而互相联合，内外呼应，加固工事、转移物资，来对付将军，那您攻打攻不下，掠夺又没有收获，不出十天，十万大军还没作战就已经自己陷入困境了。事情本来就有放弃这个而争取那个，来权衡一时形势的做法，希望将军好好考虑一下。
〔43〕操于是大收熟麦，复与布战。布败走，因分定诸县，兖州遂平。
曹操于是大量收割成熟的麦子，再次与吕布交战。吕布战败逃跑，于是曹操分别平定了各个县，兖州就这样被平定了。
〔44〕建安元年196，献帝自河东还洛阳，操议欲奉迎车驾，徙都于许。众多以山东未定，韩暹、杨奉负功恣睢，未可卒制。彧乃劝操曰：“昔晋文公纳周襄王，而诸侯景从；汉高祖为义帝缟素，而天下归心。自天子蒙尘，将军首唱义兵，徒以山东扰乱，未遑远赴，虽御难于外，乃心无不在王室。今銮驾旋轸，东京榛芜，义士有存本之思，兆人怀感旧之哀。诚因此时奉主上以从人望，大顺也；秉至公以服天下，大略也；扶弘义以致英俊，大德也。四方虽有逆节，其何能为？韩暹、杨奉，安足恤哉！若不时定，使豪杰生心，后虽为虑，亦无及矣。”操纵之。
建安元年（公元196年），汉献帝从河东（今山西夏县一带）回到洛阳。曹操打算迎接皇帝，把都城迁到许县（今河南许昌）。很多人认为关东地区还没平定，韩暹、杨奉仗着功劳骄横放纵，一时难以制服。荀彧于是劝曹操说：“当年晋文公接纳周襄王回都，诸侯都像影子一样跟从他；汉高祖为义帝穿丧服发丧，天下人都归心于他。自从天子流亡在外，将军您首先发动义兵，只是因为关东大乱，没来得及远赴勤王，虽然在外平定战乱，但心里无时无刻不在挂念王室。现在皇帝的车驾已经回转，可洛阳已是荒草丛生，忠义之士想着保存王室根本，百姓们怀着怀念旧都的悲哀。要是能趁这个机会尊奉主上以顺应民心，这是最顺应大局的；秉持最大的公心来使天下人服气，这是最高明的策略；扶持大义来招揽英才，这是最大的德行。即使四方有叛逆之徒，他们又能有什么作为？韩暹、杨奉，哪里值得顾虑呢！如果不及时决定，让别的豪杰生出抢先的念头，以后即使再考虑，也来不及了。”曹操听从了他的建议。
〔45〕及帝都许，以彧为侍中，守尚书令。操每征伐在外，其军国之事，皆与彧筹焉，彧又进操计谋之士从子攸，及钟繇、郭嘉、陈群、杜袭、司马懿、戏志才等，皆称其举。唯严象为杨州，韦康为凉州，后并负败焉。
等到汉献帝在许昌建都，任命荀彧为侍中，代理尚书令。曹操每次外出征战，军国大事都和荀彧一起商量。荀彧又向曹操推荐了谋士，他的侄子荀攸，以及钟繇、郭嘉、陈群、杜袭、司马懿、戏志才等人，这些人都很称职。只有严象担任扬州刺史，韦康担任凉州刺史，后来都失败了。
〔46〕袁绍既兼河朔之地，有骄气。而操败于张绣，绍与操书甚倨。操大怒，欲先攻之，而患力不敌，以谋于彧。彧量绍虽强，终为操所制，乃说先取吕布，然后图绍，操从之。三年198，遂擒吕布，定徐州。
袁绍已经占据了黄河以北的地区，便有了骄傲的情绪。而曹操在张绣那里打了败仗，袁绍给曹操写信语气很傲慢。曹操非常生气，想要先攻打袁绍，但担心自己的实力不敌，于是和荀彧商量。荀彧估计袁绍虽然强大，但最终会被曹操制服，就劝说曹操先攻取吕布，然后再图谋袁绍，曹操听从了他的建议。建安三年，终于擒获了吕布，平定了徐州。
〔47〕五年200，袁绍率大众以攻许，操与相距。绍甲兵甚盛，议者咸怀惶惧。少府孔融谓彧曰：“袁绍地广兵强，田丰、许攸智计之士为其谋，审配、逢纪尽忠之臣任其事，颜良、文丑勇冠三军，统其兵，殆难克乎？”彧曰：“绍兵虽多而法不整，田丰刚而犯上，许攸贪而不正，审配专而无谋，逢纪果而自用，颜良、文丑匹夫之勇，可一点而擒也。”后皆如彧所筹，事在《袁绍传》。
建安五年，袁绍率领大军攻打许都，曹操率兵与他相抗衡。袁绍的军队十分强盛，议事的人都感到惶恐畏惧。少府孔融对荀彧说：“袁绍地广兵强，有田丰、许攸这样的智谋之士为他出谋划策，审配、逢纪这样的尽忠之臣为他处理事务，颜良、文丑这样的勇冠三军的将领统率军队，恐怕很难战胜吧？”荀彧说：“袁绍的军队虽然众多但法令不整肃，田丰刚愎自用而冒犯上司，许攸贪婪而不正派，审配专权而没有谋略，逢纪果敢但刚愎自用，颜良、文丑不过是一夫之勇，可以一战而擒获。”后来事情都如荀彧所预料的那样，这事记载在《袁绍传》中。
〔48〕操保官度，与绍连战，虽胜而军粮方尽，书与彧议，欲还许以致绍师。彧报曰：“今谷食虽少，未若楚汉在荥阳、成皋间也。是时刘、项莫肯先退者，以为先退则势屈也。公以十分居一之众，画地而守之，扼其喉而不得进，已半年矣。情见势谒，必将有变，此用奇之时，不可失也。”操从之，乃坚壁持之。遂以奇兵破绍，绍退走。封彧万岁亭侯，邑一千户。
曹操据守在官渡，与袁绍连续交战，虽然取得了胜利，但军粮正要用尽，他写信给荀彧商议，想撤回许都来引诱袁绍的军队。荀彧回复说：“现在粮食虽然少，但还比不上楚汉在荥阳、成皋之间对峙的时候。那时刘邦、项羽都不肯先退，因为他们认为先退就会导致形势受挫。您用不到敌人十分之一的兵力，划地而守，扼住敌人的咽喉使其不能前进，已经半年了。情况已经显露，形势已经穷竭，必定会有变化，这是使用奇谋的时候，不可错过。”曹操听从了他的建议，于是坚守壁垒，与袁绍相持。最终用奇兵打败了袁绍，袁绍退走。曹操封荀彧为万岁亭侯，食邑一千户。
〔49〕六年201，操以绍新破，未能为患，但欲留兵卫之，自欲南征刘表，以计问彧。彧对曰：“绍既新败，众惧人扰，今不因而定之，而欲远兵江汉，若绍收离纠散，乘虚以出，则公之事去矣。”操乃止。
建安六年，曹操认为袁绍刚刚被打败，还构不成大的威胁，所以想留下军队守卫北边，自己则准备向南征讨刘表，于是拿这个想法询问荀彧。荀彧回答说：“袁绍刚打了败仗，部下都惊恐不安，现在不趁这个时机彻底平定他，反而要派兵远征江汉一带，如果袁绍收拾残部，乘虚来攻打我们，那您的大事就完了。”曹操于是停止了南征的计划。
〔50〕九年204，操拔邺，自领冀州牧。有说操宜复置九州者，以为冀部所统既广，则天下易服。操将从之。彧言曰：“今苦依古制，是为冀州所统，悉有河东、冯翊、扶风、西河、幽、并之地也。公前屠邺城，海内震骇，各惧不得保其土宇，守其兵众。今若一处被侵，必谓以次见夺，人心易动，若一旦生变，天下未可图也。愿公先定河北，然后修复旧京，南临楚郢，责王贡之不入。天下咸知公意，则人人自安。须海内大定，乃议古制，此主稷长久之利也。”操报曰：“微足下之相难，所失多矣！”遂寝九州议。
建安九年，曹操攻占了邺城，自己兼任冀州牧。有人建议曹操应该恢复古代的九州制度，说冀州管辖的地方大了，天下就容易归顺。曹操打算采纳。荀彧说：“如果现在按照古代的制度，那么冀州所统辖的将会包括河东、冯翊、扶风、西河、幽州、并州这些地方。您之前攻破邺城时大肆杀戮，天下都震惊害怕，各地都担心保不住自己的地盘和军队。现在如果有一处被侵犯，他们一定会认为会挨个被夺走，人心容易动摇，万一发生变乱，天下就很难再拿下了。希望您先平定河北，然后修复旧都洛阳，向南面逼近楚国的郢都，责问他们为什么不进贡。天下人都明白了您的意图，就会各自安心。等到天下彻底安定，再讨论古代的制度，这才是国家长远的利益。”曹操回复说：“没有您的诘问，我损失就大了！”于是搁置了关于恢复九州的讨论。