〔12〕融到郡，收合士民，起兵讲武，驰檄飞翰，引谋州郡。贼张饶等群辈二十万众从冀州还，融逆击，为饶所败，乃收散兵保朱虚县。稍复鸠集吏民为黄巾所误者男女四万余人，更置城邑，立学校，表显儒术，荐举贤良郑玄、彭璆、邴原等。郡人甄子然、临孝存知名早卒，融恨不及之，乃命配食县社。其余虽一介之善，莫不加礼焉。郡人无后及四方游士有死亡者，皆为棺具而敛葬之。时，黄巾复来侵暴，融乃出屯都昌，为贼管亥所围。融逼急，乃遣东莱太史慈求救于平原相刘备。备惊曰：“孔北海乃复知天下有刘备邪？”即遣兵三千救之，贼乃散走。
孔融到了北海郡以后，召集当地的士人和百姓，组织军队、操练武艺，还飞快地发出文书跟各个州郡联络商量。这时候，贼人张饶带着二十万大军从冀州回来，孔融带兵迎战，结果被张饶打败，只好收拾剩下的士兵退守朱虚县。后来他又慢慢聚集了被黄巾军裹挟的男女百姓四万多人，重新修建城邑，开办学校，宣扬儒家学说，并且推荐了郑玄、彭璆、邴原这些贤良之士。郡里有个叫甄子然和临孝存的人，很有名但死得早，孔融觉得没能跟他们交往很遗憾，就下令让他们配享县里的祭祀场所。其他就算只有一点点善行的人，孔融也都以礼相待。郡里没有后代的人和从外地来的游士如果去世了，他都出棺材帮忙安葬。这时候黄巾军又来侵犯，孔融就出兵驻扎在都昌，结果被贼人管亥包围了。孔融形势危急，就派东莱人太史慈去向平原国的相刘备求救。刘备惊讶地说：“孔北海竟然还知道天下有个刘备啊？”马上派了三千兵去救援，贼兵这才溃散逃走。
〔13〕时，袁、曹方盛，而融无所协附。左丞祖者，称有意谋，劝融有所结纳。融知绍、操终图汉室，不欲与同，故怒而杀之。
当时，袁绍和曹操的势力正强大，而孔融没有依附他们。有一个叫左丞祖的人，号称有谋略，劝孔融与袁绍、曹操结交。孔融知道袁绍、曹操最终是要图谋汉朝的江山，不愿意与他们同流合污，因此一怒之下杀了左丞祖。
〔14〕融负有高气，志在靖难，而才疏意广，迄无成功。在郡六年，刘备表领青州刺史。建安元年196，为袁谭所攻，自春至夏，战士所余裁数百人，流矢雨集，戈矛内接。融隐几读书，谈笑自若。城夜陷，乃奔东山，妻、子为谭所虏。
孔融自视很高，有志于平定祸乱，但才疏志大，始终没有成功。他在郡任职六年，刘备上表举荐他兼任青州刺史。建安元年，被袁谭攻打，从春天到夏天，剩下的战士仅几百人，流箭像雨一样密集，戈矛在城内相接。孔融靠着几案读书，谈笑自如。夜晚城池被攻陷，他就逃往东山，妻子和孩子被袁谭俘虏。
〔15〕及献帝都许，征融为将作大匠，迁少府。每朝会访对，融辄引正定议，公卿大夫绵隶名而已。
等到汉献帝定都许昌，征召孔融担任将作大匠，后又升任少府。每次朝会时皇帝询问政事，孔融总是引经据典，提出正确的意见，而其他的公卿大夫们只是挂名充数罢了。
〔16〕初，太傅马日磾奉使山东，及至淮南，数有意于袁术。术轻侮之。遂夺取其节，求去又不听，因欲逼为军帅。日磾深自恨，遂呕血而毙。及丧还，朝廷议欲加礼。融乃独议曰：“日磾以上公之尊，秉髦节之使，衔命直指，宁辑东夏，而曲媚奸臣，为所牵率，章表署用，辄使首名，附下罔上，奸以事君。昔国佐当晋军而不挠，宜僚临白刃而正色。王室大臣，岂得以见胁为辞！又袁术僭逆，非一朝一夕，日磾随从，周旋历岁。《汉律》与罪人交关三日已上，皆应知情。《春秋》鲁叔孙得臣卒，以不发扬襄仲之罪，贬不书日。郑人讨幽公之乱，斫子家之棺。圣上哀矜旧臣，未忍追案，不宜加礼。”朝廷从之。
起初，太傅马日磾奉命出使山东，到了淮南后，多次向袁术表示友好。袁术轻视侮辱他，夺了他的符节，他想离开袁术又不允许，还想逼他当军师。马日磾深深悔恨自己，竟然吐血而死。等到他的灵柩送回来，朝廷讨论要给他追加礼仪待遇。唯独孔融发表意见说：“马日磾以上公的尊贵身份，手持使节的使命，奉王命直接前往，要安抚东方地区，却曲意讨好奸臣，被他牵着鼻子走，上奏章和签名时总把自己的名字放在首位，这是附和下属欺骗上级，以奸邪方式事奉君主。从前齐国大夫国佐面对晋国军队毫不屈服，楚国勇士宜僚面对刀剑脸色不变。王室的大臣，怎么能用被胁迫当借口！再说袁术僭越叛逆不是一朝一夕，马日磾跟在他身边，周旋了好几年。《汉律》规定与罪人交往三天以上，都应该知情。《春秋》记载鲁国大夫叔孙得臣去世时，因为不揭发襄仲的罪过，所以《春秋》贬低他不记去世日期。郑国讨伐幽公之乱时，砍了子家的棺材。圣上可怜他是老臣，不忍心再追究，但也不应该给他礼仪优待。”朝廷听从了孔融的意见。
〔18〕古者敦厖，善否不别，吏端刑清，政无过失。百姓有罪，皆自取之。末世陵迟，风化坏乱，政挠其俗，法害其人。故曰上失其道，民散久矣。而欲绳之以古刑，投之以残弃，非所谓与时消息者也。纣斫朝涉之胫，天下谓为无道。夫九牧之地，千八百君若各刖一人，是下常有千八百纣也。求俗休和，弗可得已。且被刑之人，虑不念生，志在思死，类多趋恶，莫复归正。夙沙乱齐，伊戾祸宋，赵高、英布，为世大患。不能止人遂为非也，适足绝人还为善耳。虽忠如鬻拳，信如卞和，智如孙膑，冤如巷伯，才如史迁，达如子政，一离刀锯，没世不齿。是太甲之思诵，穆公之霸秦，南睢之骨立，卫武之《初筵》，陈汤之都赖，魏尚之守边，无所复施也。汉开改恶之路，凡为此也。故明德之君，远度深惟，弃短就长，不荀革其政者也。
古代人敦厚朴实，善恶的界限没那么分明，官吏办事公正，刑法简明，国家政治没什么过失。老百姓要是犯了罪，那都是自己招来的。可是到了后世，社会风气越来越坏，政治扰乱了习俗，法令也成了害人的东西。所以说，在上位的人丢了道义，老百姓早就离心离德了。这时候想拿古代的刑法来约束他们，用残酷的刑罚来处置他们，这可不是顺应时势变化的道理。商纣王砍断早晨趟水过河的人的小腿，天下人都说他残暴无道。想想看，天下九州，一共有一千八百个诸侯，要是每个诸侯都砍一个人的脚，那天下就等于同时有了一千八百个纣王。这样想让社会风气变好，是根本不可能的。再说那些受过刑的人，心里不想活，只想着死，大多会走向邪恶，再也不走正道。像夙沙在齐国作乱，伊戾在宋国惹祸，还有赵高、英布这些人，都成了社会的大祸害。刑罚不但不能阻止人们为非作歹，反倒彻底断了他们改过自新的路。就算有人像鬻拳那样忠诚，像卞和那样守信，像孙膑那样聪明，像巷伯那样冤枉，像司马迁那样有才华，像刘向那样明达事理，一旦受了刀锯之刑，一辈子都抬不起头来。所以，太甲思念伊尹的教诲而改过，秦穆公称霸西戎，南雎骨瘦如柴，卫武公作《宾之初筵》自悔，陈汤在都赖水斩杀郅支单于，魏尚镇守边疆，这些才干和事迹都没办法再施展了。汉朝开辟了改过自新的道路，就是为了这个原因。所以有德行的君主，总是深谋远虑，舍弃短处，采用长处，不会轻易改变政治制度。
〔20〕是时，荆州牧刘表不供职贡，多行僭伪，遂乃郊祀天地，拟斥乘舆。诏书班下其事。融上疏曰：
那时候，荆州牧刘表不向朝廷进贡，做了很多僭越本分、弄虚作假的事，竟然在郊外祭天祭地，还比照皇帝的排场来摆谱。皇帝下诏书把这件事公布出来。孔融就上了一份奏疏说：
〔21〕窃闻领荆州牧刘表桀逆放恣，所为不轨，至乃郊祭天地，拟仪社稷。虽昏僭恶极，罪不容诛，至于国体，宜且讳之。何者？万乘至重，天王至尊，身为圣躬，国为神器，陛级县远，禄位限绝，犹天之不可阶，日用之不可逾也。每有一竖臣，辄云图之，若形之四方，非所以杜塞邪萌。愚谓虽有重戾，必宜隐忍。贾谊所谓“掷鼠忌器”，盖谓此也。是以齐兵次楚，唯责包茅；王师败绩，不书晋人。前以露袁术之罪，今复下刘表之事，是使跛牂欲窥高岸，天险可得而登也。案表跋扈，擅诛列侯，遏绝诏命，断盗贡篚，招呼元恶，以自营卫，专为群逆，主萃渊萎。郜鼎在庙，章孰甚焉！桑落瓦解，其势可见。臣愚以为宜隐郊祀之事，以崇国防。
我私下听说兼任荆州牧的刘表凶暴叛逆，行为放肆，做事不守法度，甚至跑到郊外去祭祀天地，模仿国家的典制。虽然他昏庸僭越到了极点，死有余辜，但为了朝廷的体面，还是先别声张为好。为什么呢？因为天子地位极重，天王身份极尊，君主是圣体，国家是神器，等级差距悬殊，禄位界线分明，就像天不能搭梯子爬上去，太阳不能跨越一样。每次出现一个奸臣，就有人说要除掉他，这话要是传到四方，可不是杜绝邪恶苗头的办法。我认为即使有大罪，也一定要忍住。贾谊说的“投鼠忌器”，就是这个道理。所以当年齐国军队开到楚国边境，只责备楚国没进贡包茅；周天子的军队打了败仗，史书也不写是晋国人打败的。之前我们公开了袁术的罪状，现在又下发刘表的事情，这等于让瘸腿的母羊想去窥探高岸，让天险都能爬上去。据查刘表飞扬跋扈，擅自诛杀列侯，拒绝执行诏令，截留盗取进贡的财物，招揽首恶分子来保护自己，专门聚集叛逆之徒，就像鱼聚在深渊、兽集在草泽。郜鼎放在太庙里，征兆还有比这更明显的吗？桑树叶落、瓦片碎裂，他的垮台已经可以看出来了。我愚见认为应该隐瞒他郊祭天地的事，来维护国家的安全。
〔22〕五年200，南阳王冯、东海王祗薨，帝伤其早殁，欲为修四时之祭，以访于融。融对曰：
五年，南阳王冯和东海王祗去世了。皇帝为他们年纪轻轻就死了而感到悲伤，想要为他们设置四季的祭祀，于是向融咨询。融回答说：
〔23〕圣恩敦睦，盛时增思，悼二王之灵，发哀愍之诏，稽度前典，以正礼制。窃观故事，前梁怀王、临江愍王、齐哀王、临淮怀王并薨无后，同产昆弟，即景、武、昭、明四帝是也，未闻前朝修立祭祀。若临时所施，则不列传纪。臣愚以为诸在冲龀，圣慈哀悼，礼同成人，加以号谥者，宜称上恩，祭祀礼毕，而后绝之。至于一岁之限，不合礼意，又违先帝已然之法，所未敢处。
皇上的恩情深厚和睦，在太平盛世更加思念亲人，哀悼两位王子的在天之灵，发布了哀怜的诏书，考察并参照前代的典章制度，来订正礼仪规制。我私下考察以往的事例，前朝的梁怀王、临江愍王、齐哀王、临淮怀王都是去世时没有后代，而他们的同母兄弟，就是景帝、武帝、昭帝、明帝这四位皇帝，并没有听说前朝为他们专门设立祭祀。如果只是临时施行的，那史书上就不会记载。我愚昧地认为，那些在幼年就夭折的王子，皇上慈爱哀悼，用成人的礼节来对待，并加给谥号的，应该称颂皇上的恩典，等祭祀典礼结束之后，就停止祭祀。至于规定一年的期限，既不符合礼制精神，又违背了先帝已经定下的规矩，我不敢擅自决定。
〔24〕初，曹操攻屠邺城，袁氏妇子多见侵略，而操子丕私纳袁熙妻甄氏。融乃与操书，称“武王伐纣，以妲己赐周公”。操不悟，后问出何经典。对曰：“以今度之，想当然耳。”后操讨乌桓，又嘲之曰：“大将军远征，萧条海外。昔肃慎不贡楛矢，丁零盗苏武牛羊，可并案也。”
起初，曹操攻打并屠戮邺城，袁绍的妻妾子女大多遭到侵犯掠夺，而曹操的儿子曹丕私自娶了袁熙的妻子甄氏。孔融于是写信给曹操，说：“周武王讨伐商纣王，把妲己赏赐给了周公。”曹操没明白，后来问孔融这是出自哪部经典。孔融回答说：“用今天的事情来推测，想来是理所当然罢了。”后来曹操讨伐乌桓，孔融又嘲讽他说：“大将军远征，海外一片萧条。从前肃慎不进贡楛矢，丁零人偷盗苏武的牛羊，可以一并查办处理。”
〔25〕时，年饥兵兴，操表制酒禁，融频书争之，多侮慢之辞。既见操雄诈渐著，数不能堪，故发辞偏宕，多致乖忤。又尝奏宜准古王畿之制，千里寰内，不以封建诸侯。操疑其所论建渐广，益惮之。然以融名重天下，外相容忍，而潜怨正议，虑鲠大业。山阳郗虑承望风旨，以微法奏免融官。因显明仇怨，操故书激厉融曰：
当时，年成饥荒，战事又起，曹操上表请求制定禁酒令，孔融多次写信争辩，言辞充满侮辱轻慢。他看到曹操的野心和奸诈逐渐显露，几次三番受不了，所以说话偏激放纵，常常违逆触犯。又曾上奏说应该效仿古代王畿的制度，千里范围之内，不实行分封诸侯。曹操怀疑他议论的领域越来越广，更加忌惮他。但孔融名望太高，曹操表面容忍，暗里却怨恨他的正直言论，担心妨碍自己成大事。山阳人郗虑揣摩曹操的心思，拿点小事上奏免了孔融的官。为了公开挑明仇怨，曹操故意写信刺激孔融说：