〔13〕异与赤眉遇于华阴，相拒六十余日，战数十合，降其将刘始、王宣等五千余人。三年27春，遣使者即拜异为征西大将军。会邓禹率车骑将军邓弘等引归，与异相遇，禹、弘要异共攻赤眉。异曰：“异与贼相拒且数十日，虽屡获雄将，余众尚多，可稍以恩信倾诱，难卒用兵破也。上今使诸将屯黾池要其东，而异击其西，一举取之，此万成计也。”禹、弘不从。弘遂大战移日，赤眉阳败，弃辎重走。车皆载土，以豆覆其上，兵士饥，争取之。赤眉引还击弘，弘军溃乱。异与禹合兵救之，赤眉小却。异以士卒饥倦，可且休，禹不听，复战，大为所败，死伤者三千余人。禹得脱归宜阳。异弃马步走上回溪阪，与麾下数人归营。复坚壁，收其散卒，招集诸营保数万人，与贼约期会战。使壮士变服与赤眉同，伏于道侧。旦日，赤眉使万人攻异前部，异裁出兵以救之。贼见势弱，遂悉众攻异，异乃纵兵大战。日昃，贼气衰，伏兵卒起，衣服相乱，赤眉不复识别，众遂惊溃。追击，大破于崤底，降男女八万人。余众尚十余万，东走宜阳降。玺书劳异曰：“赤眉破平，士吏劳苦，始虽垂翅回溪，终能奋翼黾池，可谓失之东隅，收之桑榆。方论功赏，以答大勋。”
冯异与赤眉军在华阴相遇，双方对峙了六十多天，交战几十次，冯异降服了赤眉军的将领刘始、王宣等五千多人。建武三年春天，光武帝派使者就地任命冯异为征西大将军。这时恰好邓禹率领车骑将军邓弘等人回师，与冯异相遇，邓禹和邓弘邀冯异一起攻打赤眉。冯异说：“我与贼军相持了几十天，虽然多次擒获他们的勇将，但剩余的人还很多，可以慢慢用恩德信义来招降他们，很难一下子用武力攻破。现在皇上命令诸将驻扎在黾池堵住他们的东面，而我攻击他们的西面，一举就可以拿下，这是万全之计。”邓禹、邓弘不听。邓弘于是与赤眉大战了一整天，赤眉假装失败，丢弃辎重逃跑。车上都装着土，上面覆盖着豆子，士兵们饥饿，争着去抢豆子。赤眉军随即回兵攻击邓弘，邓弘的军队溃散混乱。冯异和邓禹合兵救援，赤眉军稍稍退却。冯异认为士兵又饿又累，应该暂且休息，邓禹不听，再次出战，结果被赤眉军打得大败，死伤了三千多人。邓禹逃脱，回到宜阳。冯异丢弃战马，步行逃上回溪阪，与部下几个人回到军营。他又坚守营垒，收集散兵，招集各营堡几万人，与赤眉约定日期会战。冯异派壮士换上与赤眉相同的衣服，埋伏在路旁。第二天，赤眉派一万人攻打冯异的先头部队，冯异只派出一小部分兵力救援。赤眉军见冯异兵力弱，于是全军进攻冯异，冯异这才出动主力大战。到太阳偏西时，赤眉军士气衰落，伏兵突然杀出，由于衣服相混，赤眉军无法分辨，于是惊慌溃散。冯异军追击，在崤底大破赤眉，俘虏了男女八万人。剩下的还有十多万，向东逃到宜阳投降。光武帝下诏书慰劳冯异说：“赤眉被平定，将士们辛苦了，开始时虽然在回溪垂下了翅膀，但最终能在黾池振翅高飞，可以说是失之东隅，收之桑榆。现在要论功行赏，以报答你们的大功。”
〔14〕时，赤眉虽降，众寇犹盛：延岑据蓝田，王歆据下邽，芳丹据新丰，蒋震据霸陵，张邯据长安，公孙守据长陵，杨周据谷口，吕鲔据陈仓，角闳据汧，骆延据盩厔，任良据鄠，汝章据槐里，各称将军，拥兵多者万余，少者数千人，转相攻击。异且战且行，屯军上林苑中。延岑既破赤眉，自称武安王，拜置牧守，欲据关中，引张邯、任良共攻异。异击破之，斩首千余级，诸营保守附岑者皆来降归异。岑走攻析，异遣复汉将军邓晔、辅汉将军于匡要击岑，大破之，隆其将苏臣等八千余人。岑遂自武关走南阳。
当时，赤眉军虽然已经投降，但各地的贼寇势力仍然强盛：延岑占据蓝田，王歆占据下邽，芳丹占据新丰，蒋震占据霸陵，张邯占据长安，公孙守占据长陵，杨周占据谷口，吕鲔占据陈仓，角闳占据汧县，骆延占据盩厔，任良占据鄠县，汝章占据槐里，各自号称将军，拥兵多的有万余人，少的也有数千人，相互攻击。冯异一边作战一边行军，驻军在上林苑中。延岑打败赤眉军后，自称武安王，任命州牧郡守，想要占据关中，率领张邯、任良一起进攻冯异。冯异击败了他们，斩首一千多人，各营垒中保守依附延岑的人都来投降归顺冯异。延岑逃跑攻打析县，冯异派遣复汉将军邓晔、辅汉将军于匡拦截攻击延岑，大败延岑，降服了他的将领苏臣等八千多人。延岑于是从武关逃往南阳。
〔15〕时，百姓饥饿，人相食，黄金一斤易豆五升。道路断隔，委输不至，军士委以果实为粮。诏拜南阳赵匡为右扶风，将兵助异，并送缣谷，军中皆称万岁。异兵食渐盛，乃稍诛击豪杰不从令者，褒赏降附有功劳者，悉遣其渠帅诣京师，散其众归本业。威行关中，惟吕鲔、张邯、蒋震遣使降蜀，其余悉平。
当时，百姓饿得厉害，甚至发生人吃人的惨事，一斤黄金只能换五升豆子。道路不通，粮食运不过来，士兵们只好靠野果当饭吃。朝廷下诏任命南阳人赵匡做右扶风，让他带兵去帮助冯异，还送去绢帛和粮食，军队里都高兴地喊万岁。冯异的军队粮食渐渐充足，就开始慢慢打击那些不听话的豪强，奖赏投降归附有功劳的人，把他们的首领都送到京城，解散他们的部队让他们回家种田。冯异的威势在关中传开了，只有吕鲔、张邯、蒋震这伙人派人向蜀地投降，别的地方都平定了。
〔16〕明年，公孙述遣将程焉，将数万人就吕鲔出屯陈仓。异与赵匡迎击，大破之，焉退走汉川。异追战于箕谷，复破之，还击破吕鲔，营保降者甚众。其后蜀复数遣将间出，异辄摧挫之。怀来百姓，申理枉结，出入三岁，上林成都。
第二年，公孙述派将军程焉率领几万人马，去和吕鲔会合，一起出兵驻扎在陈仓。冯异和赵匡迎击，大败他们，程焉逃往汉川。冯异追击到箕谷，再次打败他们，然后回军击败吕鲔，营寨堡垒投降的很多。后来蜀地又多次派将领秘密出击，冯异总是挫败他们。他安抚前来归附的百姓，为他们申雪冤屈，往来三年，上林一带变得像都市一样繁华。
〔17〕异自以久在外，不自安，上书思慕阙廷，愿亲帷幄，帝不许。后人有章言异专制关中，斩长安令，威权至重，百姓归心，号为“咸阳王”。帝使以章示异。异惶惧，上书谢曰：“臣本诸生，遭遇受命之会，充备行伍，过蒙恩私，位大将，爵通侯，受任方面，以立微功，皆自国家谋虑，愚臣无所能及。臣伏自思惟：以诏敕战攻，每辄如意；时以私心断决，未尝不有悔。国家独见之明，久而益远，乃知‘性与天道，不可得而闻也’。当兵革始起，扰攘之时，豪杰竞逐，迷惑千数。臣以遭遇，托身圣明，在倾危混淆之中，尚不敢过差，而况天下平定，上尊下卑，而臣爵位所蒙，巍巍不测乎？诚冀以谨敕，遂自终始。见所示臣章，战栗怖惧。伏念明主知臣愚性，固敢因缘自陈。”诏报曰：“将军之于国家，义为君臣，恩犹父子。何嫌何疑，而有惧意？”
冯异自己觉得长期在外面领兵，心里不踏实，就上书给皇帝，说想念朝廷，希望能到皇宫里做事，但皇帝没同意。后来有人上奏章告发冯异在关中专权，杀了长安县令，权力大得很，老百姓都归附他，叫他“咸阳王”。皇帝让人把奏章拿给冯异看。冯异吓坏了，赶紧上书认错说：“我本来是个读书人，碰到那个受命的时机，在军队里凑个数，过分地蒙受您的恩典，当了大将，封了通侯，被任命负责一个方面，立了一点小功，那都是国家的谋划，我自己根本没那个本事。我私下琢磨：按您的诏令打仗，每次都能成；有时候自己拿主意，没有一回不后悔的。您独到的见识，时间越长越显得深远，我才明白‘天性和天道，是没法听到的’。当初战乱刚起，乱糟糟的时候，各路豪杰争着出头，迷了心窍的数都数不过来。我因为运气好，投身到您圣明的主子这里，在那危险混乱的局面里，还不敢出差错，何况现在天下太平了，上下尊卑都有规矩，我蒙受的爵位这么高，深得摸不着边呢？我实在想靠谨慎小心，善始善终。看到您给我看的那份奏章，我吓得发抖。想着您明白我愚笨的性子，才敢借着机会把心里话都说出来。”皇帝下诏回答说：“将军对于国家，从道义上是君臣，从恩情上就像父子。有什么嫌疑好猜忌的，还至于害怕吗？”
〔18〕六年30春，异朝京师。引见，帝谓公卿曰：“是我起兵时主簿也。为吾披荆棘，定关中。”既罢，使中黄门赐以珍宝、衣服、钱、帛。诏曰：“仓卒无蒌亭豆粥，虖沱河麦饭，厚意久不报。”异稽首谢曰：“臣闻管仲谓桓公曰：‘愿君无忘射钩，臣无忘槛车。’齐国赖之。臣今亦愿国家无忘河北之难，小臣不敢忘巾车之恩。”后数引宴见，定议图蜀，留十余日，令异妻子随异还西。
建武六年春天，冯异到京城朝见皇帝。皇帝接见他，并对大臣们说：“这是我起兵时的主簿啊。他为我披荆斩棘，平定了关中。”朝见结束后，皇帝派宦官赐给他珍宝、衣服、钱和布帛。又下诏说：“当年匆忙时，你在无蒌亭给我豆粥，在滹沱河给我麦饭，这份深情我一直没来得及报答。”冯异叩头拜谢说：“我听说管仲对齐桓公说：‘希望您别忘了被射中带钩的事，我也别忘了被关进囚车的耻辱。’齐国因此强盛。现在我也希望陛下别忘了在河北的艰难，我绝不敢忘记您在巾车乡对我的恩情。”后来冯异多次被皇帝召见宴请，一起商议攻打蜀地的计划，留了十几天，然后让冯异的妻子儿女跟着他一起回西部。
〔19〕夏，遣诸将上陇，为隗嚣所败，乃诏异军栒邑。未及至，隗嚣乘胜使其将王元、行巡将二万余人下陇，因分遣巡取栒邑。异即驰兵，欲先据之。诸将皆曰：“虏兵盛而新乘胜，不可与争，宜止军便地，徐思方略。”异曰：“虏兵临境，忸忕小利，遂欲深入。若得栒邑，三辅动摇，是吾忧也。夫‘攻者不足，守者有余’。今先据城，以逸待劳，非所以争也。”潜往闭城，偃旗鼓。行巡不足，驰赴之。异乘其不意。卒击鼓建旗而出。巡军惊乱奔走，追击数十里，大破之。祭遵亦破王元于汧。于是北地诸豪长耿定等，悉畔隗嚣降。异上书言状，不敢自伐。诸将或欲分其功，帝患之。乃下玺书曰：“制诏大司马，虎牙、建威、汉忠、捕虏、武威将军：虏兵猥下，三辅惊恐。栒邑危亡，在于旦夕。北地营保，按兵观望。今偏城获全，虏兵挫折，使耿定之属，复念君臣之义。征西功若丘山，犹自以为不足。孟之反奔而殿，亦何异哉？今遣太中大夫赐征西吏士死伤者医药、棺敛，大司马已下亲吊死问疾，以崇谦让。”于是使异进军义渠，并领北地太守事。
夏天，朝廷派各位将领攻打陇地，结果被隗嚣打败，于是就下诏命令冯异驻军栒邑。还没等到达，隗嚣乘胜派他的大将王元、行巡率领两万多人从陇地扑下来，并分派行巡去攻取栒邑。冯异立刻率军快跑，想抢先占领栒邑。将领们都说：“敌军兵多将广，又刚打了胜仗，不能跟他们硬碰硬，应该找个方便的地方先扎营，慢慢想对策。”冯异说：“敌军压境，他们贪图眼前小利，想趁机深入。要是让他们占了栒邑，三辅一带就会动摇，这才是我的心病啊。俗话说‘进攻容易兵力不够，防守则兵力有余’。现在我们抢先拿下的城，以逸待劳，不是什么硬碰硬。”于是他偷偷赶往栒邑，关闭城门，把旌旗战鼓都收藏起来。行巡不知道这情况，飞马赶来。冯异趁其不备，突然擂鼓树旗杀出来。行巡的军队惊慌乱跑，冯异追了几十里，把他们打得大败。祭遵也在汧县打败了王元。这样一来，北地郡的各位豪强首领耿定等人，全都背叛隗嚣投降了。冯异上书报告情况，不敢自己夸功。有些将领想分他的功劳，光武帝很担心。于是光武帝下诏说：“命令大司马、虎牙将军、建威将军、汉忠将军、捕虏将军、武威将军：敌军大量涌来，三辅很恐惧。栒邑危在旦夕。北地的营垒都按兵不动观望。如今偏远的城邑得以保全，敌军受到挫折，使耿定这些人重新想起君臣的大义。征西将军功如山丘，却还认为自己做得不够。当年孟之反在逃跑时殿后，跟他现在有什么区别呢？现在我派太中大夫给征西军的死伤将士送去医药和棺材，大司马这些官员亲自去吊唁死者、慰问伤者，来推崇谦让的美德。”于是又让冯异进军义渠，同时兼任北地太守的职务。