〔1〕垣崇祖，字敬远，下邳人也。族姓豪强，石虎世，自略阳徙之于邺。曾祖敞，为慕容德伪吏部尚书。祖苗，宋武征广固，率部曲归降，仍家下邳，官至龙骧将军、汝南新蔡太守。父询之，积射将军，宋孝武世死事，赠冀州刺史。
垣崇祖，字敬远，是下邳人。他的家族是豪强大族，在石虎统治时期，从略阳迁移到邺城。他的曾祖垣敞，在前燕慕容德时期担任吏部尚书。祖父垣苗，在宋武帝征讨广固时，率领私人军队归降，于是定居在下邳，官至龙骧将军、汝南新蔡太守。父亲垣询之，担任积射将军，在宋孝武帝时期为国事而死，被追赠为冀州刺史。
〔2〕崇祖年十四，有干略，伯父豫州刺史护之谓门宗曰：“此儿必大成吾门，汝等不及也。”刺史刘道隆辟为主簿，厚遇之。除新安王国上将军。景和世，道隆求出为梁州，启转崇祖为义阳王征北行参军，与道隆同行，使还下邳召募。
垣崇祖十四岁时，就有才干和谋略，他的伯父（时任豫州刺史的垣护之）对家族众人说：“这孩子一定能大大地光耀我们家族，你们都比不上他。”刺史刘道隆征召他担任主簿，对他待遇优厚。后来朝廷任命他为新安王国的上将军。在景和年间，刘道隆请求到梁州任职，并上表推荐崇祖转任义阳王的征北行参军，与道隆一同前往，又派他回下邳招募兵士。
〔3〕明帝立，道隆被诛。薛安都反，明帝遣张永、沈攸之北讨，安都使将裴祖隆、李世雄据下邳。祖隆引崇祖共拒战，会青州援军主刘弥之背逆归降，祖隆士众沮败，崇祖与亲近数十人夜救祖隆，与俱走还彭城。虏既陷徐州，崇祖仍为虏将游兵琅邪间不复归，虏不能制。密遣人于彭城迎母，欲南奔，事觉，虏执其母为质。崇祖妹夫皇甫肃兄妇，薛安都之女，故虏信之。肃仍将家属及崇祖母奔朐山，崇祖因将部曲据之，遣使归命。太祖在淮阴，板为朐山戍主，送其母还京师，明帝纳之。
宋明帝即位后，刘道隆被杀。薛安都反叛，明帝派张永、沈攸之向北讨伐，薛安都派将领裴祖隆、李世雄占据下邳。裴祖隆邀请垣崇祖一起抵抗，恰逢青州援军主将刘弥之背叛叛逆前来归降，裴祖隆的士兵士气低落，溃败而逃。垣崇祖和亲近的几十人连夜去救裴祖隆，和他一起逃回彭城。北魏军队攻陷徐州后，垣崇祖仍然作为北魏的将领在琅邪一带打游击，不再回归，北魏也无法控制他。他秘密派人到彭城迎接母亲，想要南逃，事情被发觉，北魏抓了他的母亲作为人质。垣崇祖的妹夫皇甫肃的兄长之妻，是薛安都的女儿，所以北魏信任皇甫肃。皇甫肃于是带领家属和垣崇祖的母亲逃往朐山，垣崇祖趁机率领部曲占据朐山，派使者归顺萧道成。萧道成当时在淮阴，任命垣崇祖为朐山戍主，把他的母亲送回京城，明帝接纳了这一安排。
〔4〕朐山边海孤险，人情未安。崇祖常浮舟舸于水侧，有急得以入海。军将得罪亡叛，具以告虏。虏伪圂城都将东徐州刺史成固公始得青州，闻叛者说，遣步骑二万袭崇祖，屯洛要，去朐山城二十里。崇祖出送客未归，城中惊恐，皆下船欲去。崇祖还，谓腹心曰：“贼比拟来，本非大举，政是承信一说，易遣诳之。今若得百余人还，事必济矣。但人情一骇，不可敛集。卿等可急去此二里外大叫而来，唱‘艾塘义人已得破虏，须戍军速往，相助逐退’。”船中人果喜，争上岸。崇祖引入据城，遣羸弱入岛，令人持两炬火登山鼓叫。虏参骑谓其军备甚盛，乃退。崇祖启明帝曰：“淮北士民，力屈胡虏，南向之心，日夜以冀。崇祖父伯并为淮北州郡，门族布在北边，百姓所信，一朝啸咤，事功可立。第名位尚轻，不足威众，乞假名号，以示远近。”明帝以为辅国将军、北琅邪兰陵二郡太守。亡命司马从之谋袭郡，崇祖讨捕斩之。数陈计算，欲克复淮北。时虏声当寇淮南，明帝以问崇祖。崇祖因启：“宜以轻兵深入，出其不意，进可立不世之勋，退可绝其窥窬之患。”帝许之。崇祖将数百人入虏界七百里，据南城，固蒙山，扇动郡县。虏率大众攻之，其别将梁湛母在虏，虏执其母，使湛告部曲曰：“大军已去，独住何为！”于是众情离阻，一时奔退。崇祖谓左右曰：“今若俱退，必不获免。”乃住后力战，大败追者而归。以久劳，封下邳县子。泰豫元年472，行徐州事，徙戍龙沮，在朐山南。崇祖启断水注平地，以绝虏马。帝以问刘怀珍，云可立。崇祖率将吏塞之，未成。虏主谓伪彭城镇将平阳公曰：“龙沮若立，国之耻也，以死争之。”数万骑掩至。崇祖马槊陷阵不能抗，乃筑城自守。会天雨十余日，虏乃退。龙沮竟不立。历盱眙、平阳、东海三郡太守，将军如故。转邵陵王南中郎司马，复为东海太守。
朐山靠着海边，地势孤立险要，人心不安定。垣崇祖经常在水边备好船只，一旦有紧急情况就可以从海上撤离。有个军官犯了罪叛逃，把详细情况都告诉了北魏人。北魏的伪圂城都将、东徐州刺史成固公刚刚攻占青州，听到叛逃者的话，就派了两万步兵和骑兵来袭击垣崇祖，驻扎在洛要，离朐山城只有二十里。垣崇祖当时出去送客人还没回来，城里的人非常惊慌，都下了船准备逃跑。垣崇祖回来后，对心腹说："敌人这次来，本来不是大规模的进攻，不过是听信了一面之词，很容易就能骗过他们。现在如果能有一百多人回来，事情肯定能成功。但是人心已经慌了，没法聚集起来。你们可以赶快跑到离这里二里外的地方，大叫着跑过来，喊‘艾塘的义士已经打败了敌人，需要守军赶快前去，帮助追击败退的敌人’。"船上的人果然高兴，争着上岸。垣崇祖带着他们进城据守，又派老弱病残的人上岛，还叫人拿着两个火把登上山，敲鼓呐喊。北魏的侦察骑兵看到这阵势，以为城里的军队很多，就撤退了。垣崇祖向宋明帝启奏说："淮北的百姓，被胡人逼迫，但思念南方朝廷的心意，日夜都在盼望。我的父伯都是淮北州郡的长官，我们的家族分布在北方边境，深受百姓信任，一旦我振臂一呼，就可以建立功业。只是我现在的名位还太轻，不足以威服众人，请暂时授予我一个名号，以显示给远近的人看。"明帝就任命他为辅国将军、北琅邪兰陵二郡太守。有个亡命之徒叫司马从之的，计划袭击郡城，垣崇祖讨伐并斩杀了他。垣崇祖多次陈述计策，想要收复淮北。当时北魏声称要入侵淮南，明帝就此事问垣崇祖的意见。垣崇祖建议说："应该派轻装部队深入敌境，出其不意，进攻可以建立非凡的功勋，退则可以断绝敌人觊觎的祸患。"皇帝同意了。垣崇祖率领几百人深入北魏境内七百里，占领南城，巩固蒙山，煽动各郡县反正。北魏率领大军来攻，他们有个别将叫梁湛的，他母亲在北魏那边，北魏就抓住他母亲，让梁湛告诉他的部下说："大军已经撤走了，你们独自留在这里干什么！"于是众人情绪离散，一下子就奔逃撤退了。垣崇祖对身边的人说："现在如果都撤退，一定不能幸免。"于是留下来奋力作战，大败追兵，然后才回来。因为长期辛劳，被封为下邳县子。泰豫元年，代理徐州事务，改驻防龙沮，龙沮在朐山的南面。垣崇祖建议切断水流，引水淹平地，以断绝北魏骑兵。皇帝问刘怀珍，刘怀珍说可以。垣崇祖带领将士官吏堵塞河道，但没有完成。北魏君主对彭城镇将平阳公说："龙沮如果建成，是我们的耻辱，要拼死争夺。"于是数万骑兵突然杀到。垣崇祖持矛冲锋陷阵，不能抵挡，于是筑城自守。恰逢连续下十多天雨，北魏军队才撤退。龙沮最终没能建成。垣崇祖先后担任盱眙、平阳、东海三郡太守，将军官职不变。又转任邵陵王南中郎司马，再次担任东海太守。
〔5〕初，崇祖遇太祖于淮阴，太祖以其武勇，善待之。崇祖谓皇甫肃曰：“此真吾君也！吾今逢主矣，所谓千载一时。”遂密布诚节。元徽末，太祖忧虑，令崇祖受旨即以家口托皇甫肃，勒数百人将入虏界，更听后旨。会苍梧废，太祖召崇祖领部曲还都，除游击将军。沈攸之事平，以崇祖为持节、督兖青冀三州诸军事，累迁冠军将军、兖州刺史。太祖践阼，谓崇祖曰：“我新有天下，夷虏不识运命，必当动其蚁众，以送刘昶，为辞。贼之所冲，必在寿春。能制此寇，非卿莫可。”徙为使持节、监豫司二州诸军事、豫州刺史，将军如故。封望蔡县侯，七百户。
当初，垣崇祖在淮阴遇到太祖（萧道成），太祖因为他勇猛，对他很好。崇祖对皇甫肃说：“这真是我的君主啊！我今天遇到明主了，可以说是千载难逢的时机。”于是暗中表达忠诚。元徽末年，太祖很担忧，命令崇祖接受旨意后立即将家眷托付给皇甫肃，率领几百人准备进入敌境，再等待后续命令。恰逢苍梧王（刘昱）被废黜，太祖召崇祖率领部曲返回都城，任命他为游击将军。沈攸之的事情平定后，任命崇祖为持节、督兖青冀三州诸军事，多次升迁至冠军将军、兖州刺史。太祖即位后，对崇祖说：“我新近拥有天下，夷虏不知天命，一定会出动他们的蚁众，以送回刘昶为借口。贼军的进攻方向，必定在寿春。能够制服这股敌寇，非你不可。”于是调任他为使持节、监豫司二州诸军事、豫州刺史，将军之职不变。封为望蔡县侯，食邑七百户。
〔6〕建元二年，虏遣伪梁王郁豆眷及刘昶，马步号二十万，寇寿春。崇祖召文武议曰：“贼众我寡，当用奇以制之。当修外城以待敌，城既广阔、非水不固，今欲堰肥水却淹为三面之险，诸君意如何？”众曰：“昔佛狸侵境，宋南平王士卒完盛，以郭大难守，退保内城。今日之事，十倍于前。古来相承，不筑肥堰，皆以地形不便，积水无用故也。若必行之，恐非事宜。”崇祖曰：“卿见其一，不识其二。若舍外城，贼必据之，外修楼橹，内筑长围，四周无碍，表里受敌，此坐自为擒。守郭筑堰，是吾不谏之策也。”乃于城西北立堰塞肥水，堰北起小城，周为深堑，使数千人守之。崇祖谓长史封延伯曰：“虏贪而少虑，必悉力攻小城，图破此堰。见堑狭城小，谓一往可克，当以蚁附攻之。放水一激，急逾三峡，事穷奔透，自然沈溺。此岂非小劳而大利邪？”虏众由西道集堰南，分军东路肉薄攻小城。崇祖著白纱帽，肩舆上城，手自转式。至日晡时，决小史埭。水势奔下，虏攻城之众，漂坠堑中，人马溺死数千人，众皆退走。初，崇祖在淮阴，见上，便自比韩信、白起，咸不信，唯上独许之，崇祖再拜奉旨。及破虏启至，上谓朝臣曰：“崇祖许为我制虏，果如其言。其恒自拟韩、白，今真其人也。”进为都督号平西将军，增封为千五百户。崇祖闻陈显达李安民皆增给军仪，启上求鼓吹横吹。上敕曰：“韩、白何可不与众异！”给鼓吹一部。
建元二年，北魏派伪梁王郁豆眷和刘昶，率领步兵和骑兵号称二十万，侵犯寿春。垣崇祖召集文武官员商议说：“敌人多我们少，应该用奇计来制服他们。应当修缮外城来抵御敌人，外城很广阔，没有水就不坚固，现在我想筑坝拦截肥水，把水放出去形成三面的险阻，大家觉得怎么样？”众人说：“从前佛狸（拓跋焘）侵犯边境，宋南平王的军队完整强盛，因为外城太大难以防守，退回来保卫内城。今天的事情，比那时严重十倍。自古以来相承，不筑肥水坝，都是因为地形不方便，积水没有用处的缘故。如果一定要这样做，恐怕不合适。”崇祖说：“你们只看到了一面，没有看到另一面。如果放弃外城，敌人一定会占据它，在外面修筑楼橹，在内部修筑长围，四周没有障碍，我们里外受敌，这等于自己束手就擒。守外城筑水坝，是我不会接受劝谏的策略。”于是就在城西北筑坝堵塞肥水，坝北边建起小城，周围挖深沟，派几千人守卫。崇祖对长史封延伯说：“敌人贪婪而缺少考虑，一定会全力进攻小城，企图打破这个坝。看到沟窄城小，认为一攻就可以拿下，会像蚂蚁一样攀附攻城。我们放水一冲，水流比三峡还急，他们事急奔逃，自然会淹死。这难道不是小的辛苦而大的利益吗？”敌人从西边道路在坝南集结，分兵从东路肉搏进攻小城。崇祖戴着白纱帽，坐着轿子上城，亲手转动式盘占卜。到傍晚时，挖开小史埭。水势奔流而下，敌人攻城的部队，被冲落坠入沟中，人马淹死几千人，敌人都退走了。当初，崇祖在淮阴，见到皇上，就把自己比作韩信、白起，大家都不相信，只有皇上唯独赞许他，崇祖拜了两拜接受旨意。等到打败敌人的报告送到，皇上对朝臣说：“崇祖答应为我制服敌人，果然像他说的。他常自比韩信、白起，现在真是那样的人了。”升任为都督、平西将军，增加封邑到一千五百户。崇祖听说陈显达、李安民都增加了军仪，就上奏请求鼓吹横吹。皇上下令说：“韩信、白起怎么能和众人不同！”赐给他鼓吹一部。