〔14〕三年549三月，进帝位司空。及魏平江陵，帝与王僧辩等进启请晋安王以太宰承制。十二月，晋安王至自寻阳，入居朝堂，给帝班剑二十人。
承圣三年三月，皇帝晋升陈霸先为司空。等到西魏攻陷江陵后，陈霸先和王僧辩等人一起上奏章，请求让晋安王萧方智以太宰的身份代行皇帝职权。十二月，晋安王从寻阳来到京城，进入朝堂居住，赐给陈霸先班剑二十人。
〔15〕四年五月，齐送贞阳侯明还主社稷，王僧辩纳之。明即位，改元天成，以晋安王为皇太子。初，齐之纳贞阳也，帝固争之，以为不可，不见从。帝居常愤叹曰：“嗣主高祖之孙，元皇之子，竟有何辜，坐致废黜？假立非次，此情可知。”乃密具袍数千领及锦彩金银，以为赏赐之资。
四年五月，北齐送贞阳侯萧明回来主持国家社稷，王僧辩接纳了他。萧明登基，改年号为天成，立晋安王为皇太子。当初，北齐送贞阳侯回来的时候，陈武帝坚决反对，认为不行，但意见没有被听从。陈武帝平时常常愤慨叹息说：“嗣主是高祖的孙子、元皇的儿子，究竟有什么罪过，白白地被废黜？越次拥立非正统的人，这其中的用意可想而知。”于是秘密准备了数千件袍服以及锦缎、彩帛、金银，作为赏赐用的物资。
〔16〕九月壬寅，帝召徐度、侯安都、周文育，仍部列将士，水陆俱进，夜发南徐州，讨王僧辩。甲辰，帝至石头，前遣勇士自城北逾入。时僧辩方视事，闻外白有兵，遽走。帝大兵寻至，因风纵火，僧辩就禽。是夜缢之，及其子頠。
九月壬寅日，皇帝召见徐度、侯安都、周文育，并部署排列将士，从水路和陆路同时进发，夜里从南徐州出发，讨伐王僧辩。甲辰日，皇帝到达石头城，先前派遣的勇士从城北翻墙进入。当时王僧辩正在处理政务，听闻外面报告说有军队，急忙逃跑。皇帝的大军不久就到了，借着风势放火，王僧辩被擒获。当夜将他勒死，连同他的儿子王頠。
〔17〕于是废贞阳侯，而奉晋安王即位，改承圣四年为绍泰元年。壬子，诏授帝侍中、大都督中外诸军事、车骑将军、扬、南徐二州刺史，持节、司空、班剑、鼓吹并如故。仍诏甲仗百人出入殿省。
于是废黜了贞阳侯，拥立晋安王登上皇位，将承圣四年改为绍泰元年。壬子这一天，下诏授予皇帝侍中、大都督中外诸军事、车骑将军、扬州和南徐州两个州的刺史，原有的持节、司空、班剑、鼓吹等官职和仪仗都照旧保留。又下诏允许一百名穿戴盔甲的卫士在宫殿和官署自由进出。
〔18〕震州刺史杜龛据吴兴，与义兴太守韦载举兵逆命。辛未，帝表自东讨，留高州刺史侯安都、石州刺史杜棱宿卫台省。甲戌，军至义兴。秦州刺史徐嗣徽，据城入齐，又要南豫州刺史任约举兵应龛，齐人资其兵食。嗣徽乘虚奄至阙下，侯安都出战，嗣徽等退据石头。丁丑，载及龛从弟北叟来降，帝抚而释之，仍以载兄鼎知郡事。以嗣徽寇逼，卷甲还都，命周文育进讨杜龛。
震州刺史杜龛占据了吴兴，和义兴太守韦载一起起兵反抗朝廷。辛未那天，皇帝陈霸先上表请求亲自东征，留下高州刺史侯安都、石州刺史杜棱在台省守卫。甲戌那天，军队到达义兴。秦州刺史徐嗣徽占据城池投降了北齐，又邀约南豫州刺史任约起兵响应杜龛，北齐资助他们兵力粮食。徐嗣徽趁虚突然逼近皇宫城下，侯安都出兵迎战，徐嗣徽等人退守石头城。丁丑那天，韦载和杜龛的堂弟杜北叟前来投降，皇帝安抚并释放了他们，仍然任命韦载的哥哥韦鼎主持郡中事务。因为徐嗣徽的侵逼，皇帝撤军返回都城，命令周文育进军讨伐杜龛。
〔19〕十一月己卯，齐遣兵五千，度据姑孰，又遣安州刺史翟子崇、楚州刺史刘士荣、淮州刺史柳达摩，领兵万人，于胡墅度米粟三万石、马千匹入石头。帝乃遣侯安都领水军夜袭胡墅，烧齐船，周铁武率舟师断齐运输，帝领铁骑自西明门袭之。齐人大溃，嗣徽留达摩等守城，自率亲属腹心，往南州采石，以迎齐援。
十一月己卯这一天，北齐派兵五千人，渡江占领了姑孰。又派安州刺史翟子崇、楚州刺史刘士荣、淮州刺史柳达摩，率领一万士兵，在胡墅渡江运送三万石粮食、一千匹马进入石头城。皇帝于是派侯安都率领水军夜袭胡墅，烧毁了北齐的船只；周铁武率领水军切断了北齐的运输线；皇帝亲自带领精锐骑兵从西明门发动袭击。北齐军队大败，嗣徽留下柳达摩等人守城，自己率领亲属和心腹，前往南州的采石，以迎接北齐的援军。
〔20〕先是，太白自十一月丙戌不见，十二月乙卯出于东方。丙辰，帝尽命众军分部甲卒，对冶城日立航度兵，攻其水南二栅。柳达摩等度淮置阵，帝督兵疾战，纵火烧栅，烟尘涨天，齐人大溃，尽收其船舰。是日，嗣徽、约等领齐兵还据石头，帝遣侯安都领水军袭破之，嗣徽等单舸脱走。丁巳，拔石头南岸栅，移度北岸起栅，以绝其汲路。又堙塞东门故城中诸井。齐所据城中无水，水一合贸米一升，一升米贸绢一匹，或炒米食之。达摩谓其众曰：“顷在北，童谣云，‘石头捣两裆，捣青复捣黄’。侯景服青，已倒于此，今吾徒衣黄，岂谣言验邪？”庚申，达摩遣侯子钦、刘士荣等请和，帝许之。乃于城外盟约，其将士恣其南北。辛酉，帝出石头南门陈兵，送齐人归北者。及至，齐人杀之。壬戌，齐和州长史乌丸远自南州奔远历阳，江宁令陈嗣、黄门侍郎曹朗据姑孰，不从。帝命侯安都、徐度等讨平之，聚其首为京观。是月，杜龛以城降。
在此之前，金星从十一月丙戌日就看不见了，到十二月乙卯日又在东方出现。丙辰日，皇帝下令各军分配甲兵，在冶城对面每天架设浮桥渡兵，攻打秦淮河南岸的两个营寨。柳达摩等人渡过秦淮河摆开阵势，皇帝督率士兵全力作战，放火烧寨，烟尘冲天，北齐军队大败，缴获了他们所有的船舰。当天，侯嗣徽、任约等人率领齐兵退回石头城，皇帝派侯安都率领水军袭击打败了他们，侯嗣徽等人乘单船逃脱。丁巳日，攻克石头城南岸的营寨，转移到北岸建立营寨，以断绝他们的取水路。又填塞了石头城东门旧城中的水井。北齐军队占据的城中没有水，一合水换一升米，一升米换一匹绢，有的人炒米来吃。柳达摩对他的部下说：“先前在北边，有童谣说‘石头捣两裆，捣青复捣黄’。侯景穿青色衣服，已经在这里倒台了，现在我们穿黄色衣服，难道是童谣应验了吗？”庚申日，柳达摩派侯子钦、刘士荣等人请求讲和，皇帝答应了。于是在城外订立盟约，放归他们的将士随意去南方或北方。辛酉日，皇帝出石头城南门陈列军队，送归顺的齐人回北方。等他们到了那，齐人却杀了他们。壬戌日，北齐和州长史乌丸远从南州逃奔到历阳，江宁令陈嗣、黄门侍郎曹朗占据姑孰，不服从命令。皇帝命令侯安都、徐度等人讨伐平定他们，把首级堆起来建成京观。这个月，杜龛开城投降。
〔21〕二年548正月癸未，诛龛，其弟翕、从弟北叟、司马沈孝敦并赐死。
二年正月癸未这天，诛杀了龛，他的弟弟翕、堂弟北叟和司马沈孝敦也一同被赐死。
〔22〕三月戊戌，齐遣水军仪同萧轨、厍狄伏连、尧难宗、东方老、侍中裴英起、东广州刺史独狐辟恶、洛州刺史李希光并任约、徐嗣徽、王僧愔等众十万出栅口，向梁山。帐内荡主黄丛逆击，败之，烧其前军船舰。齐顿军保芜湖。五月丙申，齐兵至秣陵故城。己亥，帝率宗室王侯及朝臣，于大司马门外白虎阙下，刑牲告天，以齐人背约，发言慷慨，涕泗交流，士卒观者益奋。辛丑，齐军于秣陵故城，跨淮立桥栅，引度兵马。癸卯，自方山进及儿塘，游骑至台，都下震骇。帝潜以精卒三千配沈泰，度江袭齐行台赵彦深于瓜步，获其舟粟。六月甲辰，齐兵潜至钟山龙尾。丁未，进至莫府山。帝遣钱明领水军出江乘，要击齐人粮运，尽获之。齐军大馁，杀马驴而食之。壬子，齐军至玄武湖西北莫府山南，将据北郊坛。众军自覆舟东移，顿郊坛北，与齐人相对。其夜，大雨震电，暴风拔木，平地水丈余。齐军昼夜坐立泥中，县鬲以爨，足指皆烂。而台中及潮沟北，水退路燥，官军每得番易。甲寅，少霁。是时食尽，调市人馈军，皆是麦屑为饭，以荷叶裹而分给，间以麦饣半，兵士皆困。会文帝遣送米三千石，鸭千头，帝即炊米煮鸭，誓申一战。士及防身，计粮数脔，人人裹饭，婫以鸭肉。帝命众军蓐食，攻之，齐军大溃。执嗣徽及其弟嗣宗，斩之以徇。虏萧轨、东方老、王敬宝、李希光、裴英起、王僧智等将帅四十六人。其军士得窜至江者，缚筏以济，中江而溺，流尸至京口者弥岸。惟任约、王僧愔获免。先是童谣云：“虏万夫，入五湖，城南酒家使虏奴。”自晋、宋以后，经絓在魏境江、淮以北，南人皆谓为虏，于时以赏俘贸酒者，一人裁得一醉。丁巳，众军出南州，烧贼舟。己未，斩刘归义、徐嗣产、傅野猪于建康市，是日解严。庚申，诛萧轨、东方老、王敬宝、李希光、裴英起等。
三月戊戌这天，北齐派遣水军仪同萧轨、厍狄伏连、尧难宗、东方老、侍中裴英起、东广州刺史独孤辟恶、洛州刺史李希光以及任约、徐嗣徽、王僧愔等人率领十万兵马从栅口出发，向梁山进军。陈军的帐内荡主黄丛迎击，打败了他们，烧毁了齐军前军的船舰。齐军于是驻军保卫芜湖。五月丙申日，齐军到达秣陵故城。己亥日，陈文帝率领宗室王侯和朝廷大臣，在大司马门外的白虎阙下，杀牲祭天，因为齐人背弃盟约，文帝发言慷慨激昂，眼泪鼻涕流在一起，在场的士兵看到后更加振奋。辛丑日，齐军在秣陵故城，跨过秦淮河建立桥栅，引导兵马渡河。癸卯日，齐军从方山前进到儿塘，流动骑兵到达台城，京城上下惊骇震动。文帝秘密地派三千精兵配给沈泰，渡江袭击齐国行台赵彦深在瓜步，缴获了他们的船只和粮食。六月甲辰日，齐军秘密到达钟山的龙尾。丁未日，前进到莫府山。文帝派钱明率领水军从江乘出发，拦击齐军的运粮队伍，全部缴获了粮食。齐军非常饥饿，杀掉马和驴来吃。壬子日，齐军到达玄武湖西北的莫府山南，准备占据北郊坛。陈军从覆舟山向东移动，驻扎在北郊坛北，与齐军相对。当天夜里，下起大雨，雷电交加，暴风拔起树木，平地上水深一丈多。齐军昼夜在泥水中坐立，悬起锅来烧饭，脚趾都腐烂了。而台城和潮沟以北，水退后路面干燥，官军得以轮换休息。甲寅日，天气稍微放晴。当时粮食吃光了，征调市民供应军队，都是用麦屑做的饭，用荷叶包着分给士兵，有时夹杂一些麦饼，士兵都很困乏。恰好文帝派人送来米三千石、鸭一千头，文帝立即煮米煮鸭，发誓要打一仗。士兵和负责防身的人，计算粮食和肉块，人人包饭，用鸭肉拌着吃。文帝命令众军饱餐一顿，然后进攻，齐军大败。抓获徐嗣徽和他的弟弟徐嗣宗，斩首示众。俘虏萧轨、东方老、王敬宝、李希光、裴英起、王僧智等将帅四十六人。齐军士兵能逃到江边的，扎木筏渡江，到江中淹死，尸体漂流到京口的，布满江岸。只有任约、王僧愔得以逃脱。先前有童谣说：“虏万夫，入五湖，城南酒家使虏奴。”自从晋、宋以后，沦陷在魏国境内江淮以北地区的南方人，都被称为“虏”，当时用赏赐的俘虏去换酒喝，一个人只能换得一醉。丁巳日，陈军出南州，烧毁了敌人的船只。己未日，在建康市斩杀了刘归义、徐嗣产、傅野猪，当天解除戒严。庚申日，诛杀萧轨、东方老、王敬宝、李希光、裴英起等人。
〔23〕太平元年九月壬寅，帝进位丞相、录尚书事、镇卫大将军、扬州牧，进封义兴郡公。庚申，追赠皇考侍中、光禄大夫，封义兴郡公，谥曰恭。十月甲戌，梁帝敕丞相自今问讯，可施别榻，以近扆坐。
太平元年九月壬寅日，皇帝被加封为丞相、录尚书事、镇卫大将军、扬州牧，还被进封为义兴郡公。庚申日，追赠他已故的父亲为侍中、光禄大夫，封为义兴郡公，谥号为恭。十月甲戌日，梁帝下令说，丞相从今以后来问安时，可以设置一个单独的坐榻，让他靠近御座就坐。
〔24〕二年548正月壬寅，诏加帝班剑十人，并前为三十。丁未，诏赠皇兄道谈南兖州刺史、长城县公，谥曰昭烈。皇弟休光侍中、南徐州刺史、武康县侯，谥曰忠壮。甲寅，遣兼侍中谒者仆射陆缮策拜长城县夫人章氏为义兴国夫人。丁卯，诏赠皇祖侍中、太常卿，谥曰孝。追封皇祖妣许氏吴郡嘉兴县君，谥曰敬。皇妣张氏义兴国太夫人，谥曰宣。
二年正月壬寅日，下诏给皇帝增加班剑仪仗十人，加上之前的共三十人。丁未日，下诏追赠皇帝的哥哥陈道谈为南兖州刺史、长城县公，谥号为昭烈；追赠皇帝的弟弟陈休光为侍中、南徐州刺史、武康县侯，谥号为忠壮。甲寅日，派遣兼侍中谒者仆射陆缮持节册封长城县夫人章氏为义兴国夫人。丁卯日，下诏追赠皇帝的祖父为侍中、太常卿，谥号为孝；追封皇帝的祖母许氏为吴郡嘉兴县君，谥号为敬；追封皇帝的母亲张氏为义兴国太夫人，谥号为宣。