〔1〕三法司曰刑部、都察院、大理寺。刑部受天下刑名，都察院纠察，大理寺驳正。太祖尝曰：“凡有大狱，当面讯，防构陷锻炼之弊。”故其时重案多亲鞫，不委法司。洪武十四年1381，命刑部听两造之词，议定入奏。既奏，录所下旨，送四辅官、谏院官、给事中覆核无异，然后覆奏行之。有疑狱，则四辅官封驳之。逾年，四辅官罢，乃命议狱者一归于三法司。十六年1383，命刑部尚书开济等，议定五六日旬时三审五覆之法。十七年1384，建三法司于太平门外钟山之阴，命之曰贯城。下敕言：“贯索七星如贯珠，环而成象名天牢。中虚则刑平，官无邪私，故狱无囚人；贯内空中有星或数枚者即刑繁，刑官非其人；有星而明，为贵人无罪而狱。今法天道置法司，尔诸司其各慎乃事，法天道行之，令贯索中虚，庶不负朕肇建之意。”又谕法司官：“布政、按察司所拟刑名，其间人命重狱，具奏转达刑部、都察院参考，大理寺详拟。著为令。”
三法司指的是刑部、都察院和大理寺。刑部负责受理全国的案件，都察院负责监察弹劾，大理寺负责审核纠正。太祖曾经说过：“凡是大案要案，必须当面审讯，防止有人捏造罪名、罗织罪状。”所以那时候重大案件皇帝大多亲自审问，不交给法司。洪武十四年，命令刑部听取原告和被告双方的说法，议定后上奏。上奏后，记录下皇帝的批示，送到四辅官、谏院官、给事中那里复核，如果没有异议，再上奏执行。如果有疑难的案件，就由四辅官驳回。过了一年，四辅官被撤销，于是命令审理案件全部归三法司负责。十六年，命令刑部尚书开济等人，议定出五六日、旬时等三审五覆的审理方法。十七年，在太平门外钟山的北面建了三法司的衙门，命名为“贯城”。皇帝下诏说：“贯索七星像一串珠子，环绕成象名叫天牢。中间空虚就说明刑罚平允，官员没有邪念私心，所以监狱里没有囚犯；贯索里面空中有一些星星，就说明刑罚繁多，刑官不是合适的人选；有星星而且明亮，就说明有贵人没罪却进了监狱。现在效法天道设置法司，你们各部门都要谨慎行事，效法天道来执行，让贯索星中间空虚，这样才不辜负我创建法司的初衷。”又告谕法司官员：“布政司、按察司所拟定的刑罚，其中涉及人命的重大案件，要详细奏报转达给刑部、都察院参考，由大理寺详细拟定。把这些定为法令。”
〔2〕刑部有十三清吏司，治各布政司刑名，而陵卫、王府、公侯伯府、在京诸曹及两京州郡，亦分隶之。按察名提刑，盖在外之法司也，参以副使、佥事，分治各府县事。京师自笞以上罪，悉由部议。洪武初决狱，笞五十者县决之，杖八十者州决之，一百者府决之，徒以上具狱送行省，移驳繁而贿赂行。乃命中书省御史台详谳，改月报为季报，以季报之数，类为岁报。凡府州县轻重狱囚，依律决断。违枉者，御史、按察司纠劾。至二十六年定制，布政司及直隶府州县，笞杖就决；徒流、迁徙、充军、杂犯死罪解部，审录行下，具死囚所坐罪名上部详议如律者，大理寺拟覆平允，监收侯决。其决不待时重囚，报可，即奏遣官往决之。情词不明或失出入者，大理寺驳回改正，再问驳至三，改拟不当，将当该官吏奏问，谓之照驳。若亭疑谳决，而囚有番异，则改调隔别衙门问拟。二次番异不服，则具奏，会九卿鞫之，谓之圆审。至三四讯不服，而后请旨决焉。
刑部设有十三个清吏司，分别管理各布政司的刑事案件，同时陵卫、王府、公侯伯府、在京各衙门以及两京（南京、北京）的州郡，也分别归属这些司管理。按察司又叫提刑司，是设在地方的法司，下面设有副使、佥事，分别管理各府县的事务。京城里从笞刑以上的罪行，全部由刑部审议。洪武初年判决案件，笞刑五十下的由县里判决，杖刑八十下的由州里判决，杖刑一百下的由府里判决，徒刑以上的案件要整理案卷送到行省，但这样一来公文往来繁多，贿赂也趁机横行。于是命令中书省和御史台详细审理，把每月上报改为每季度上报，再把每季度的数字汇总成年度报告。凡是府、州、县里的轻重罪犯，都按照法律判决。如果有违法的、冤枉的，由御史和按察司弹劾纠正。到洪武二十六年定下制度：布政司和直隶的府、州、县，笞刑和杖刑就地判决；徒刑、流放、迁徙、充军、杂犯死罪要解送到刑部，经过审理后下发，把死囚所犯的罪名上报刑部，如果符合法律，由大理寺复核公平，然后监禁等候判决。那些不必等到秋后处决的重犯，上报批准后，就奏请派官员去执行死刑。如果案情不清或者判决有出入，大理寺就驳回改正，再问再驳，最多三次，如果改判仍然不当，就把负责的官吏奏报追究，这叫做“照驳”。如果案件有疑问需要判决，而囚犯翻供，就改调到别的衙门去审理。如果翻供两次还不服，就上奏，召集九卿一起审问，这叫做“圆审”。到三四次审讯还不服，然后请旨判决。
〔3〕正统四年1439，稍更直省决遣之制，徒流就彼决遣，死罪以闻。成化五年1469，南大理评事张钰言：“南京法司多用严刑，迫囚诬服，其被纠者亦止改正而无罪，甚非律意。”乃诏申大理寺参问刑部之制。弘治十七年1504，刑部主事朱瑬言：“部囚送大理，第当驳正，不当用刑。”大理卿杨守随言：“刑具永乐间设，不可废。”帝是其言。
正统四年，稍微调整了直隶和各省判决遣送的制度：徒刑和流放就在当地判决遣送，死罪则上报朝廷。成化五年，南京大理寺评事张钰进言：“南京的法司多用严刑，逼迫囚犯屈打成招，那些被纠察出来的也只是改正了却不受惩罚，这完全不符合法律的本意。”于是下诏重申大理寺参与审问刑部案件的制度。弘治十七年，刑部主事朱瑬说：“刑部的囚犯送到大理寺，只应该驳回改正，不应当用刑。”大理寺卿杨守随说：“刑具是永乐年间设置的，不能废除。”皇帝认为他说得对。
〔4〕会官审录之例，定于洪武三十年1397。初制，有大狱必面讯。十四年1381，命法司论囚，拟律以奏，从翰林院、给事中及春坊正字、司直郎会议平允，然后覆奏论决。至是置政平、讼理二幡，审谕罪囚。谕刑部曰：“自今论囚，惟武臣、死罪，朕亲审之，余俱以所犯奏。然后引至承天门外，命行人持讼理幡，传旨谕之；其无罪应释者，持政平幡，宣德意遣之。”继令五军都督府、六部、都察院、六科、通政司、詹事府，间及驸马杂听之，录冤者以状闻，无冤者实犯死罪以下悉论如律，诸杂犯准赎。永乐七年1409，令大理寺官引法司囚犯赴承天门外，行人持节传旨，会同府、部、通政司、六科等官审录，如洪武制。十七年1419，令在外死罪重囚，悉赴京师审录。仁宗特命内阁学士会审重囚，可疑者再问。宣德三年1428奏重囚，帝令多官覆阅之，曰：“古者断狱，必讯于三公九卿，所以合至公，重民命。卿等往同覆审，毋致枉死。”英国公张辅等还奏，诉枉者五十六人，重命法司勘实，因切戒焉。
会官审录的制度，定于洪武三十年。最初的制度是，有大案一定要当面审讯。洪武十四年，命令法司审理囚犯，拟定法律条文上奏，然后由翰林院、给事中以及春坊正字、司直郎共同商议，公平之后，再上奏判决。到这时设置了“政平”、“讼理”两面旗帜，用来审问和告谕罪囚。告谕刑部说：“从今以后审理囚犯，只有武臣和死罪，我亲自审问，其余的都按所犯罪行上奏。然后带到承天门外，命令行人手持‘讼理’旗，传旨告谕他们；那些无罪应当释放的，手持‘政平’旗，宣扬恩德后释放。”接着命令五军都督府、六部、都察院、六科、通政司、詹事府，有时还有驸马一起参与审理，记录有冤情的人的情况上报，没有冤情的、确实犯有死罪以下的都按法律判决，各种杂犯准许赎罪。永乐七年，命令大理寺官员带领法司的囚犯到承天门外，行人手持符节传旨，会同府、部、通政司、六科等官员审录，按照洪武年间的制度。永乐十七年，命令在外地的死罪重囚，全部送到京城审录。仁宗特地命令内阁学士会审重囚，有可疑的再问。宣德三年上奏重囚，皇帝命令多官复审，说：“古代断案，一定要询问三公九卿，是为了达到最公正，重视人命。你们前去共同复审，不要导致冤枉致死。”英国公张辅等人回来上奏，诉说冤枉的有五十六人，又命令法司查实，并严厉告诫他们。
〔5〕天顺三年1459，令每岁霜降后，三法司同公、侯、伯会审重囚，谓之朝审。历朝遂遵行之。成化十七年1481，命司礼太监一员会同三法司堂上官，于大理寺审录，谓之大审。南京则命内守备行之。自此定例，每五年辄大审。初，成祖定热审之例，英宗特行朝审，至是复有大审，所矜疑放遣，尝倍于热审时。内阁之与审也，自宪宗罢，至隆庆元年1567，高拱复行之。故事，朝审吏部尚书秉笔，时拱适兼吏部故也。至万历二十六年1598朝审，吏部尚书缺，以户部尚书杨俊民主之。三十二年1604复缺，以户部尚书赵世卿主之。崇祯十五年1642，命首辅周延儒同三法司清理淹狱，盖出于特旨云。大审，自万历二十九年1601旷不举，四十四年乃行之。
天顺三年，下令每年霜降之后，三法司会同公、侯、伯一起审理重囚，这叫做“朝审”。后来的朝代都遵循这个做法。成化十七年，命令一名司礼太监会同三法司的长官，在大理寺审录，这叫做“大审”。南京则由内守备执行。从此定为例，每五年举行一次大审。起初，成祖制定了“热审”的条例，英宗特别实行了朝审，到这时又有了大审，被怜悯、有疑问而释放的囚犯，常常比热审时多一倍。内阁参与审录，从宪宗时停止，到隆庆元年，高拱又恢复了。按照旧例，朝审由吏部尚书执笔，当时高拱正好兼任吏部尚书。到万历二十六年朝审，吏部尚书空缺，由户部尚书杨俊民主持。三十二年又空缺，由户部尚书赵世卿主持。崇祯十五年，命令首辅周延儒会同三法司清理积压的案件，这是出于特旨。大审，从万历二十九年起空缺没有举行，到四十四年才举行。