〔25〕纷纷之议，有欲增堤泗州者，有欲开颜家、灌口、永济三河，南甃高家堰、北筑滚水坝者。总不如复河故道，为一劳永逸之计也。河故道由三义镇达叶家冲与淮合，在清河县北别有济运河，在县南盖支河耳。河强夺支河，直趋县南，而自弃北流之道，然河形固在也。自桃源至瓦子滩凡九十里，洼下不耕，无室庐填墓之碍，虽开河费巨，而故道一复，为利无穷。”
“纷纷议论中，有人想增加泗州堤坝，有人想开挖颜家河、灌口河、永济河，南边砌高家堰、北边筑滚水坝。总不如恢复黄河故道，作为一劳永逸之计。黄河故道从三义镇到达叶家冲与淮河汇合，在清河县北另有济运河，在县南大概是支流而已。黄河强夺支流，直向县南，而自己放弃了北流的道路，但河形还在。从桃源到瓦子滩共九十里，地势低洼不耕种，没有房屋坟墓的阻碍，虽然开河费用巨大，但故道一恢复，利益无穷。”
〔26〕议皆未定。居敬及御史乔璧星皆请复专设总理大臣。乃命潘季驯为右都御史总督河道。
议论都未定。常居敬和御史乔璧星都请求恢复专门设置总理大臣。于是任命潘季驯为右都御史总督河道。
〔27〕时帝从居敬言，罢老黄河议，而季驯抵官，言：“新集故道，故老言‘铜帮铁底’，当开，但岁俭费繁，未能遽行。”又言：“黄水浊而强，汶、泗清且弱，交会茶城。伏秋黄水发，则倒灌人漕，沙停而淤，势所必至。然黄水一落，漕即从之，沙随水去，不浚自通，纵有浅阻，不过旬日。往时建古洪、内华二闸，黄涨则闭闸以遏浊流，黄退则启闸以纵泉水。近者居敬复增建镇口闸，去河愈近，则吐纳愈易。但当严闸禁如清江浦三闸之法，则河渠永赖矣。”帝方委季驯，即从其言，罢故道之议。未几，水患益甚。
当时皇帝听从常居敬的话，取消了老黄河的提议，潘季驯到任后，说：“新集故道，老人们说是‘铜帮铁底’，应当开挖，但年景不好费用繁多，不能立即实行。”又说：“黄水浑浊而强，汶水、泗水清澈而弱，在茶城交汇。伏天秋天黄水发，就倒灌入漕河，沙停而淤，是必然之势。但黄水一落，漕河就随之，沙随水去，不疏浚自通，即使有浅阻，不过十天。过去建造古洪、内华两座闸门，黄涨就闭闸以遏浊流，黄退就启闸以放清水。近来常居敬又增建镇口闸，离河更近，那么吐纳更容易。只应当严格闸禁如同清江浦三闸之法，那么河渠永远受益。”皇帝正倚重潘季驯，就听从了他的话，取消了故道之议。不久，水患更加严重。
〔28〕十七年1589六月，黄水暴涨，决兽医口月堤，漫李景高口新堤，冲入夏镇内河，坏田庐，没人民无算。十月，决口塞。十八年1590，大溢，徐州水积城中者逾年。众议迁城改河。季驯浚魁山支河以通之，起苏伯湖至小河口，积水乃消。十九年1591九月，泗州大水，州治淹三尺，居民沉溺十九，浸及祖陵。而山阳复河决，江都、邵伯又因湖水下注，田庐浸伤。工部尚书曾同亨上其事，议者纷起。乃命工科给事中张贞观往泗州勘视水势，而从给事中杨其休言，放季驯归，用舒应龙为工部尚书总督河道。
万历十七年（1589年）六月，黄水暴涨，冲决兽医口月堤，漫过李景高口新堤，冲入夏镇内河，毁坏田庐，淹死无数人。十月，决口堵塞。十八年，大水泛滥，徐州城中积水超过一年。众人议论迁城改河。潘季驯疏浚魁山支河来通水，从苏伯湖到小河口，积水才消退。十九年九月，泗州大水，州治被淹三尺，居民淹死十分之九，浸及祖陵。而山阳又河决，江都、邵伯又因湖水下注，田庐被淹。工部尚书曾同亨上报此事，议论纷纷。于是命令工科给事中张贞观前往泗州察看水势，并听从给事中杨其休的话，让潘季驯回家，用舒应龙为工部尚书总督河道。
〔29〕二十年1592三月，季驯将去，条上辨惑者六事，力言河不两行，新河不当开，支渠不当浚。又著书曰河防一览，大旨在筑堤障河，束水归漕；筑堰障淮，逼淮注黄。以清刷浊，沙随水去。合则流急，急则荡涤而河深；分则流缓，缓则停滞而沙积。上流既急，则海口自辟而无待于开。其治堤之法，有缕堤以束其流，有遥堤以宽其势，有滚水坝以泄其怒。法甚详，言甚辩。然当是时，水势横溃，徐、泗、淮、扬间无岁不受患，祖陵被水。季驯谓当自消，已而不验。于是季驯言诎，而分黄导淮之议由此起矣。
万历二十年（1592年）三月，潘季驯即将离任，条陈上奏辨惑六件事，力言黄河不能分两条河道，新河不应当开，支渠不应当疏浚。又著书《河防一览》，大意是筑堤障河，束水归漕；筑堰障淮，逼淮注黄。以清刷浊，沙随水去。合流则流急，急则荡涤而河深；分流则流缓，缓则停滞而沙积。上流既急，则海口自开而不待于开凿。他治堤的方法，有缕堤以束其流，有遥堤以宽其势，有滚水坝以泄其怒。方法很详细，言论很雄辩。但当时水势横溃，徐州、泗州、淮安、扬州之间无年不受灾，祖陵被水淹。潘季驯说应当自行消退，后来没有应验。于是潘季驯的言论被驳倒，而分黄导淮的议论从此兴起。
〔30〕贞观抵泗州言：“臣谒祖陵，见泗城如水上浮盂，盂中之水复满。祖陵自神路至三桥、丹墀，无一不被水。且高堰危如累卵，又高、宝隐祸也。今欲泄淮，当以辟海口积沙为第一义。然泄淮不若杀黄，而杀黄于淮流之既合，不若杀于未合。但杀于既合者与运无妨，杀于未合者与运稍碍。别标本，究利害，必当杀于未合之先。至于广入海之途，则自鲍家口、黄家营至鱼沟、金城左右，地势颇下，似当因而利导之。”贞观又会应龙及总漕陈于陛等言：“淮、黄同趋者惟海，而淮之由黄达海者惟清口。自海沙开浚无期，因而河身日高；自河流倒灌无已，因而清口日塞。以致淮水上浸祖陵，漫及高、宝，而兴、泰运堤亦冲决矣。今议辟清口沙，且分黄河之流于清口上流十里地，去口不远，不至为运道梗。分于上，复合于下，则冲海之力专。合必于草湾之下，恐其复冲正河，为淮城患也。塞鲍家口、黄家营二决，恐横冲新河，散溢无归。两岸俱堤，则东北清、沭、海、安洼下地不虞溃决。计费凡三十六万有奇。若海口之塞，则潮汐莫窥其涯，难施畚锸。惟淮、黄合流东下，河身涤而渐深，海口刷而渐辟，亦事理之可必者。”帝悉从其请。乃议于清口上流北岸，开腰铺支河达于草湾。
张贞观到达泗州说：“臣拜谒祖陵，见泗州城像水上漂浮的盂，盂中的水又是满的。祖陵从神路到三桥、丹墀，没有一处不被水淹。而且高家堰危如累卵，又是高邮、宝应的隐患。现在要泄淮水，应当以开辟海口积沙为第一要义。但泄淮不如杀黄（削弱黄河水势），而杀黄在淮流已经合流之后，不如在未合流之前。但在合流之后杀黄与运道无妨，在未合流之前杀黄与运道稍有妨碍。要分标本，究利害，一定应当在未合流之前杀黄。至于扩大入海通道，从鲍家口、黄家营到鱼沟、金城左右，地势较低，似乎应当因势利导。”张贞观又会同舒应龙及总漕陈于陛等人说：“淮河、黄河同奔向大海，而淮河通过黄河到达海只有清口。自从海沙开浚无期，因而河身日高；自从河流倒灌不止，因而清口日塞。以致淮水上涨浸淹祖陵，漫及高邮、宝应，而兴化、泰州的运堤也冲决了。现在建议开辟清口淤沙，并且分黄河之流于清口上游十里处，离口不远，不至于成为运道的障碍。在上游分，在下游合，那么冲海的力量专一。合流必须在草湾之下，恐怕它再冲正河，成为淮城的祸患。堵塞鲍家口、黄家营两处决口，恐怕横冲新河，散溢无归。两岸都筑堤，那么东北的清河、沭阳、海州、安东洼下之地就不怕溃决。总计费用三十六万有余。至于海口的堵塞，潮汐看不到边际，难以用畚锸施工。只有淮河、黄河合流东下，河身被冲刷而渐深，海口被刷而渐开，也是事理中必然的。”皇帝全部听从他们的请求。于是商议在清口上游北岸，开挖腰铺支河到达草湾。
〔31〕既而淮水自决张福堤。直隶巡按彭应参言：“祖陵度可无虞，且方东备倭警，宜暂停河工。”部议令河臣熟计。应龙、贞观言：“为祖陵久远计，支河实必不容已之工，请候明春倭警宁息举行。”其事遂寝。
不久淮水自己冲决了张福堤。直隶巡按彭应参说：“祖陵估计可以无忧，而且正东边防备倭寇警报，应该暂停河工。”工部商议让河臣周密计划。舒应龙、张贞观说：“为祖陵长久计，支河实在是不可停止的工程，请等到明年春天倭寇警报平息后再进行。”这事就搁置了。
〔32〕二十一年1593春，贞观报命，议开归、徐达小河口，以救徐、邳之溢；导浊河入小浮桥故道，以纾镇口之患。下总河会官集议，未定。五月，大雨，河决单县黄堌口，一由徐州出小浮桥，一由旧河达镇口闸。邳城陷水中，高、宝诸湖堤决口无算。明年，湖堤尽筑塞，而黄水大涨，清口沙垫，淮水不能东下，于是挟上源阜陵诸湖与山溪之水，暴浸祖陵，泗城淹没。二十三年1595，又决高邮中堤及高家堰、高良涧，而水患益急矣。
万历二十一年（1593年）春，张贞观回朝复命，建议开挖归德、徐州到小河口，以救徐州、邳州的溢水；引导浊河进入小浮桥故道，以缓解镇口的祸患。交给总河会官集议，未定。五月，大雨，黄河在单县黄堌口决口，一股从徐州出小浮桥，一股从旧河到镇口闸。邳州城陷于水中，高邮、宝应等湖堤决口无数。第二年，湖堤全部筑塞，但黄水大涨，清口沙垫，淮水不能东下，于是挟带上游阜陵等湖和山溪的水，暴涨浸淹祖陵，泗州城淹没。二十三年，又决高邮中堤及高家堰、高良涧，水患更加紧急。
〔33〕先是，御史陈邦科言：“固堤束水未收刷沙之利，而反致冲决。法当用浚，其方有三。冬春水涸，令沿河浅夫乘时捞浅，则沙不停而去，一也。官民船往来，船尾悉系钯犁，乘风搜涤，则沙不宁而去，二也。仿水磨、水碓之法，置为木机，乘水滚荡，则沙不留而去，三也。至淮必不可不会黄，故高堰断不可弃。湖溢必伤堤，故周家桥溃处断不可开。已弃之道必淤满，故老黄河、草湾等处断不可复。”疏下所司议。户部郎中华存礼则请复黄河故道，并浚草湾。而是时腰铺犹未开，工部侍郎沈节甫言：“复黄河未可轻议，至诸策皆第补偏救弊而已，宜概停罢。”乃召应龙还工部，时二十二年九月也。
此前，御史陈邦科说：“巩固堤防束水没有收到刷沙的效果，反而导致冲决。办法应当用疏浚，方法有三种。冬春水枯，让沿河浅夫乘机捞浅，则沙不停留而去，这是第一种。官民船往来，船尾都系上钯犁，乘风搜涤，则沙不能安宁而去，这是第二种。仿照水磨、水碓的方法，设置木机，乘水滚荡，则沙不留而去，这是第三种。至于淮河必然要与黄河会合，所以高家堰绝对不能放弃。湖溢必然伤堤，所以周家桥溃处绝对不能开。已经废弃的河道必然淤满，所以老黄河、草湾等处绝对不能恢复。”奏疏下到有关部门讨论。户部郎中华存礼则请求恢复黄河故道，并疏浚草湾。而这时腰铺还没有开，工部侍郎沈节甫说：“恢复黄河不可轻议，至于各种策略都只是补偏救弊而已，应该全部停罢。”于是召回舒应龙回工部，当时是万历二十二年（1594年）九月。
〔34〕既而给事中吴应明言：“先因黄河迁徙无常，设遥、缕二堤束水归漕，及水过沙停，河身日高，徐、邳以下居民尽在水底。今清口外则黄流阻遏，清口内则淤沙横截，强河横灌上流约百里许，淮水仅出沙上之浮流，而潴蓄于盱、泗者遂为祖陵患矣。张贞观所议腰铺支河归之草湾，或从清河南岸别开小河至骆家营、马厂等地，出会大河，建闸启闭，一遇运浅，即行此河，亦策之便者。”至治泗水，则有议开老子山，引淮水入江者。宜置闸以时启闭，拆张福堤而堤清口，使河水无南向。部议下河漕诸臣会勘。直隶巡按牛应元因谒祖陵，目击河患，绘图以进，因上疏言：
接着给事中吴应明说：“先前因为黄河迁徙无常，设置遥堤、缕堤束水归漕，等到水过沙停，河身日高，徐州、邳州以下居民全在水底。现在清口外黄流阻遏，清口内淤沙横截，强河横灌上游约百里，淮水仅从沙上浮流而出，而潴蓄在盱眙、泗州的就成了祖陵的祸患。张贞观所议的腰铺支河归入草湾，或者从清河南岸另开小河到骆家营、马厂等地，出去会合大河，建闸启闭，一遇运浅，就行驶此河，也是便利之策。”至于治理泗水，有人建议开老子山，引淮水入长江。应当置闸以时启闭，拆张福堤而筑堤清口，使河水不向南流。工部议下河漕诸臣会勘。直隶巡按牛应元因谒祖陵，目击河患，绘图进呈，于是上疏说：