〔14〕“海口自云梯关四套以下，阔七八里至十余里，深三四丈。欲别议开凿，必须深阔相类，方可注放，工力甚难。且未至海口，乾地犹可施工，其将入海之地，潮汐往来，与旧口等耳。旧口皆系积沙，人力虽不可浚，水力自能冲刷，海无可浚之理。惟当导河归海，则以水治水，即浚海之策也。河亦非可以人力导，惟当缮治堤防，俾无旁决，则水由地中，沙随水去，即导河之策也。
“海口从云梯关四套以下，宽七八里到十余里，深三四丈。如果想另外开凿，必须深度和宽度类似，才能放水，工程难度很大。而且还没到海口，干地还可以施工，那些将要入海的地方，潮汐往来，和旧口一样。旧口都是积沙，人力虽然不能疏浚，水力自然能够冲刷，海口没有需要疏浚的道理。只应当引导黄河归海，这就叫以水治水，就是疏浚海口的策略。黄河也不是靠人力能引导的，只应当修缮堤防，使它没有旁决，那么水在河道中流，沙随水去，这就是引导黄河的策略。
〔15〕频年以来，日以缮堤为事，顾卑薄而不能支，迫近而不能容，杂以浮沙而不能久。是以河决崔镇，水多北溃，为无堤也。淮决高家堰、黄浦口，水多东溃，堤弗固也。不咎制之未备，而咎筑堤为下策，岂通论哉！上流既旁溃，又岐下流而分之，其趋云梯入海口者，譬犹强弩之末耳。水势益分则力益弱，安能导积沙以注海？
“多年来，每天以修堤为事，但堤坝低矮单薄不能支撑，太过迫近不能容纳，夹杂浮沙不能持久。所以黄河在崔镇决口，水多向北溃决，是因为没有堤坝。淮河在高家堰、黄浦口决口，水多向东溃决，是因为堤坝不坚固。不责备防备不完备，却责备筑堤是下策，难道是通论吗？上游既然旁溃，又在下游分叉，那些奔向云梯关入海口的水，就像强弩之末一样。水势越分力量越弱，怎么能引导积沙注入大海呢？
〔16〕故今日浚海急务，必先塞决以导河，尤当固堤以杜决，而欲堤之不决，必真土而勿杂浮沙，高厚而勿惜巨费，让远而勿与争地，则堤乃可固也。沿河堤固，而崔镇口塞，则黄不旁决而冲漕力专。高家堰筑，朱家口塞，则淮不旁决而会黄力专。淮、黄既合，自有控海之势。又惧其分而力弱也，必暂塞清江浦河，而严司启闭以防其内奔。姑置草湾河，而专复云梯以还其故道。仍接筑淮安新城长堤，以防其末流。使黄、淮力全，涓滴悉趋于海，则力强且专，下流之积沙自去，海不浚而辟，河不挑而深，所谓固堤即以导河，导河即以浚海也。”
“所以今天疏浚海口的紧急任务，必须先堵塞决口来引导黄河，尤其应当巩固堤防来杜绝决口，而想要堤防不决口，必须用真土而不要夹杂浮沙，要高大厚实而不要吝惜巨大费用，要退让远一点而不要与河争地，这样堤防才能坚固。沿河堤防坚固，崔镇口堵塞，那么黄河不旁决而冲刷漕运的力量专一。高家堰筑好，朱家口堵塞，那么淮河不旁决而汇合黄河的力量专一。淮河、黄河合流后，自然有控制海口的形势。又担心它们分流而力量减弱，必须暂时堵塞清江浦河，并严格管理启闭以防止内流。暂且搁置草湾河，而专门恢复云梯关以回到故道。仍然接筑淮安新城长堤，以防备末流。使黄河、淮河力量完整，每一滴水都奔向大海，那么力量强大而专一，下游的积沙自然去掉，海口不用疏浚而自开，河道不用开挖而自深，这就是所谓巩固堤防就是引导黄河，引导黄河就是疏浚海口。”
〔17〕又言：“黄水入徐，历邳、宿、桃、清，至清口会淮而东入海。淮水自洛及凤，历盱、泗，至清口会河而东入海。此两河故道也。元漕江南粟，则由扬州直北庙湾入海，未尝溯淮。陈瑄始堤管家诸湖，通淮为运道。虑淮水涨溢，则筑高家堰堤以捍之，起武家墩，经大、小涧至阜宁湖，而淮不东侵。又虑黄河涨溢，则堤新城北以捍之，起清江浦，沿钵池山、柳浦湾迤东，而黄不南侵。
又说：“黄河水进入徐州，经过邳州、宿迁、桃源、清河，到清口汇合淮河向东入海。淮河水从洛河及凤阳，经过盱眙、泗州，到清口汇合黄河向东入海。这是两河故道。元朝漕运江南的粮食，是从扬州一直向北到庙湾入海，不曾溯淮河而上。陈瑄才开始修筑管家等湖的堤坝，打通淮河作为运道。担心淮水涨溢，就修筑高家堰堤来防御，起自武家墩，经过大涧、小涧到阜宁湖，使淮水不向东侵。又担心黄河涨溢，就在新城北面筑堤防御，起自清江浦，沿着钵池山、柳浦湾向东，使黄河不向南侵。
〔18〕其后，堤岸渐倾，水从高堰决入，淮郡遂同鱼鳖。而当事者未考其故，谓海口壅闭，宜亟穿支渠。讵知草湾一开，西桥以上正河遂至淤阻。夫新河阔二十余丈，深仅丈许，较故道仅三十之一，岂能受全河之水？下流既壅，上流自溃，此崔镇诸口所由决也。今新河复塞，故河渐已通流，虽深阔未及原河十一，而两河全下，沙随水刷，欲其全复河身不难也。河身既复，阔者七八里，狭亦不下三四百丈，滔滔东下，何水不容？匪惟不必别凿他所，即草湾亦可置勿浚矣。
“后来，堤岸逐渐倾斜，水从高家堰决口涌入，淮安郡城就变成了鱼鳖的天下。而当事者没有考察原因，说海口壅塞，应该赶紧开挖支渠。哪里知道草湾一开，西桥以上的正河就淤塞了。新河宽二十多丈，深仅一丈左右，比起故道只有三十分之一，怎么能承受全河之水？下游既然壅塞，上游自然溃决，这就是崔镇各口决口的原因。现在新河又堵塞了，故河逐渐通流，虽然深度宽度不及原河的十分之一，但两河全部下流，沙随水刷，想要完全恢复河身并不难。河身恢复后，宽的七八里，窄的也不下三四百丈，滔滔东下，什么水不能容纳？不但不必另外开凿其他地方，就连草湾也可以搁置不疏浚了。
〔19〕故为今计，惟修复陈瑄故迹，高筑南北两堤，以断两河之内灌，则淮、扬昏垫可免。塞黄浦口，筑宝应堤，浚东关等浅，修五闸，复五坝，则淮南运道无虞。坚塞桃源以下崔镇口诸决，则全河可归故道。黄、淮既无旁决，并驱入海，则沙随水刷，海口自复，而桃、清浅阻，又不足言。此以水治水之法也。若夫爬捞之说，仅可行诸闸河，前入屡试无功，徒费工料。”
“所以为今之计，只有修复陈瑄的旧迹，高筑南北两道堤防，以阻断两河向内灌注，那么淮安、扬州的洪水灾害可以避免。堵塞黄浦口，修筑宝应堤，疏浚东关等浅滩，修理五座闸门，恢复五座坝，那么淮南运道就没有忧患。坚决堵塞桃源以下崔镇口等决口，那么全河可以回归故道。黄河、淮河既然没有旁决，并力奔向大海，那么沙随水刷，海口自然恢复，而桃源、清河的浅阻，就不足挂齿了。这就是以水治水的方法。至于那种爬捞的说法，只能在闸河中使用，前人多次试验没有效果，白白浪费工料。”
〔20〕于是条上六议：曰塞决口以挽正河，曰筑堤防以杜溃决，曰复闸坝以防外河，曰创滚水坝以固堤岸，曰止浚海工程以省糜费，曰寝开老黄河之议以仍利涉。帝悉从其请。
于是潘季驯条陈上奏六项建议：一是堵塞决口以挽正河道，二是修筑堤防以杜绝溃决，三是恢复闸坝以防御外河，四是创建滚水坝以巩固堤岸，五是停止疏浚海口工程以节省浪费，六是搁置开挖老黄河的提议以维持航行便利。皇帝全部听从了他的请求。
〔21〕七年1528十月，两河工成，赉季驯、一麟银币，而遣给事中尹瑾勘实。八年1529春进季驯太子太保工部尚书，荫一子。一麟等迁擢有差。是役也，筑高家堰堤六十余里，归仁集堤四十余里，柳浦湾堤东西七十余里，塞崔镇等决口百三十，筑徐、睢、邳、宿、桃、清两岸遥堤五万六千余丈，砀、丰大坝各一道，徐、沛、丰、砀缕堤百四十余里，建崔镇、徐升、季泰、三义减水石坝四座，迁通济闸于甘罗城南，淮、扬间堤坝无不修筑，费帑金五十六万有奇。其秋擢季驯南京兵部尚书。季驯又请复新集至小浮桥故道，给事中王道成、河南巡抚周鉴等不可而止。自桂芳、季驯时罢总河不设，其后但以督漕兼理河道。高堰初筑，清口方畅，流连数年，河道无大患。
万历七年（1579年）十月，两河工程完工，赏赐潘季驯、江一麟银两布匹，并派给事中尹瑾勘察核实。八年春，晋升潘季驯为太子太保、工部尚书，荫封一个儿子。江一麟等人升迁各有差别。这次工程，修筑高家堰堤六十多里，归仁集堤四十多里，柳浦湾堤东西七十多里，堵塞崔镇等决口一百三十处，修筑徐州、睢宁、邳州、宿迁、桃源、清河两岸遥堤五万六千多丈，砀山、丰县大坝各一道，徐州、沛县、丰县、砀山缕堤一百四十多里，建造崔镇、徐升、季泰、三义减水石坝四座，将通济闸迁到甘罗城南，淮安、扬州之间的堤坝全部修筑，花费国库银五十六万有余。那年秋天，提升潘季驯为南京兵部尚书。潘季驯又请求恢复新集到小浮桥的故道，给事中王道成、河南巡抚周鉴等人不同意而停止。自从吴桂芳、潘季驯时撤销总河官职不设，此后只以督漕兼任河道管理。高家堰刚筑好，清口畅通，连续几年，河道没有大患。
〔22〕至十五年，封丘、偃师、东明、长垣屡被冲决。大学士申时行言：“河所决地在三省，守臣画地分修，易推委。河道未大坏，不必设都御史，宜遣风力老成给事中一人行河。”乃命工科都给事中常居敬往。居敬请修筑大社集东至白茅集长堤百里。从之。
到万历十五年（1587年），封丘、偃师、东明、长垣屡次被冲决。大学士申时行说：“黄河决口的地方涉及三个省，地方官划地分修，容易推诿。河道还没有大坏，不必设置都御史，应该派遣一位有魄力、老练的给事中巡视河道。”于是命令工科都给事中常居敬前往。常居敬请求修筑从大社集东到白茅集的长堤一百里。皇帝同意了。
〔23〕初，黄河由徐州小浮桥入运，其河深且近洪，能刷洪以深河，利于运道。后渐徙沛县飞云桥及徐州大、小溜沟。至嘉靖末，决邵家口，出秦沟，由浊河口入运，河浅，迫茶城，茶城岁淤，运道数害。万历五年1577冬，河复南趋，出小浮桥故道，未几复堙。潘季驯之塞崔镇也，厚筑堤岸，束水归漕。嗣后水发，河臣辄加堤，而河身日高矣。于是督漕佥都御史杨一魁欲复黄河故道，请自归德以下丁家道口浚至石将军庙，令河仍自小浮桥出。又言：“善治水者，以疏不以障。年来堤上加堤，水高凌空，不啻过颡。滨河城郭，决水可灌。宜测河身深浅，随处挑浚，而于黄河分流故道，设减水石门以泄暴涨。”给事中王士性则请复老黄河故道。大略言：
起初，黄河从徐州小浮桥进入运河，河道深且靠近洪口，能冲刷洪口使河加深，有利于运道。后来逐渐迁徙到沛县飞云桥和徐州的大、小溜沟。到嘉靖末年，在邵家口决口，从秦沟流出，由浊河口进入运河，河水浅，逼近茶城，茶城每年淤积，运道多次受害。万历五年（1577年）冬，黄河又向南流，从小浮桥故道流出，不久又淤塞。潘季驯堵塞崔镇时，加厚修筑堤岸，束水归槽。此后水发，河臣就加高堤坝，而河身越来越高。于是督漕佥都御史杨一魁想要恢复黄河故道，请求从归德以下的丁家道口疏浚到石将军庙，让黄河仍然从小浮桥流出。又说：“善于治水的人，用疏导而不是用堵塞。近年来堤上加堤，水高凌空，不止超过额头。沿河城郭，决水就能灌入。应该测量河身深浅，随处挑浚，而在黄河分流的故道上，设置减水石门来排泄暴涨。”给事中王士性则请求恢复老黄河故道。大致说：
〔24〕“自徐而下，河身日高，而为堤以束之，堤与徐州城等。束益急，流益迅，委全力于淮而淮不任。故昔之黄、淮合，今黄强而淮益缩，不复合矣。黄强而一启天妃、通济诸闸，则灌运河如建瓴。高、宝一梗，江南之运坐废。淮缩则退而侵泗。为祖陵计，不得不建石堤护之。堤增河益高，根本大可虞也。河至清河凡四折而后入海。淮安、高、宝、盐、兴数百万生灵之命托之一丸泥，决则尽成鱼虾矣。
“从徐州往下，河身一天天增高，而用堤坝来约束它，堤坝与徐州城一样高。约束越急，水流越迅急，把全部力量压在淮河上而淮河承受不住。所以过去黄河、淮河合流，现在黄河强而淮河更加收缩，不再合流了。黄河强，一开启天妃、通济等闸门，那么灌入运河就像从屋顶倒水一样。高邮、宝应一梗塞，江南的漕运就废了。淮河收缩就后退而侵犯泗州。为了祖陵（明祖陵）考虑，不得不建石堤保护它。堤坝增高，黄河也更高，根本大计令人担忧。黄河到清河共经过四个弯道然后入海。淮安、高邮、宝应、盐城、兴化数百万生灵的性命寄托在一丸泥（指堤坝）上，一旦决口就都变成鱼虾了。