〔2〕万历元年1573，河决房村，筑堤洼子头至秦沟口。明年，给事中郑岳言：“运道自茶城至淮安五百余里，自嘉靖四十四年1565河水大发，淮口出水之际，海沙渐淤，今且高与山等。自淮而上，河流不迅，泥水愈淤。于是邳州浅，房村决，吕、梁二洪平，茶城倒流，皆坐此也。今不治海口之沙，乃日筑徐、沛间堤岸，桃、宿而下，听其所之。民之为鱼，未有已时也。”因献宋李公义、王令图浚川爬法。命河臣勘奏，从其所言。而是年秋，淮、河并溢。明年八月河决砀山及邵家口、曹家庄、韩登家口而北，淮亦决高家堰而东，徐、邳、淮南北漂没千里。自此桃、清上下河道淤塞，漕艘梗阻者数年，淮、扬多水患矣。总河都御史傅希挚改筑砀山月堤，暂留三口为泄水之路。其冬，并塞之。
万历元年（1573年），黄河在房村决口，朝廷修筑了从洼子头到秦沟口的堤坝。第二年，给事中郑岳上书说：“运道从茶城到淮安有五百多里，自从嘉靖四十四年（1565年）黄河大发水，淮河入海口一带，海沙逐渐淤积，现在高度都快和山一样了。从淮河往上，水流不湍急，泥沙更加淤积。于是邳州段变浅，房村决口，吕梁、徐州二洪水平缓，茶城出现倒流，都是因为这个原因。现在不治理海口的淤沙，却天天在徐州、沛县一带修筑堤岸，桃源、宿迁以下，任凭河水横流。百姓变成鱼鳖（被淹死），没有尽头啊。”于是献上宋代李公义、王令图的浚川爬（一种疏浚工具）的方法。皇帝命令河臣勘察上奏，采纳了他的建议。但那年秋天，淮河和黄河同时泛滥。第二年八月，黄河在砀山以及邵家口、曹家庄、韩登家口向北决口，淮河也在高家堰向东决口，徐州、邳州、淮河两岸南北方圆千里被淹没。从此以后，桃源、清河上下游河道淤塞，漕运船只被堵了好几年，淮安、扬州一带水患频繁。总河都御史傅希挚改筑了砀山的月堤，暂时留下三个口子作为泄水通道。那年冬天，又把这三个口子全部堵上了。
〔3〕四年1525二月，督漕侍郎吴桂芒言：“淮、扬洪潦奔冲，盖缘海宾汊港久堙，入海止云梯一径，致海拥横沙，河流泛溢，而盐、安、高、宝不可收拾。国家转运，惟知急民，而不暇急漕，而不暇急民，故朝廷设官，亦主治河，而不知治海。请设水利佥事一员，专疏海道，审度地利，如草湾及老黄河皆可趋海，何必专事云梯哉？”帝优诏报可。
万历四年（1576年）二月，督漕侍郎吴桂芒上书说：“淮安、扬州一带洪水泛滥，是因为海边汊港长期淤塞，入海只有云梯关一条通道，导致海水挟带横沙，河流泛滥，盐城、安东、高邮、宝应等地无法收拾。国家运输粮食，只知道着急百姓（的赋税），却没空管漕运，也没空管百姓，所以朝廷设立官员，也只知道治理黄河，却不知道治理海洋。请设立一名水利佥事，专门负责疏通海道，考察地理形势，比如草湾和老黄河都可以通往大海，何必只盯着云梯关呢？”皇帝下诏褒奖并同意了他的建议。
〔4〕桂芳复言：“黄水抵清河与淮合流，经清江浦外河，东至草湾，又折而西南，过淮安、新城外河，转入安东县前，直下云梯关入海。近年关口多壅，河流日浅，惟草湾地低下，黄河冲决，骎骎欲夺安东入海，以县治所关，屡决屡塞。去岁，草湾迤东自决一口，宜于决口之西开挑新口，以迎埽湾之溜，而于金城至五港岸筑堤束水。语云：“救一路哭，不当复计一家哭。”今淮、扬、凤、泗、邳、徐不啻一路矣。安东自众流汇围，只文庙、县署仅存椽瓦，其势垂陷，不如委之，以拯全淮。”帝不欲弃安东，而命开草湾如所请。八月，工竣，长万一千一百余丈，塞决口二十二，役夫四万四千。帝以海口开浚，水患渐平，赉桂芳等有差。
吴桂芳又说：“黄水流到清河与淮河合流，经过清江浦的外河，向东到草湾，又折向西南，经过淮安、新城的外河，转入安东县前，一直往下到云梯关入海。近年来关口多处堵塞，河流越来越浅，只有草湾地势低下，黄河冲决，渐渐想夺取安东入海的通道，但因为关系到县治，屡次决口又屡次堵塞。去年，草湾以东自己决开了一个口子，应该在决口西边开挖新口，以迎接弯道的水流，并在金城到五港的岸边筑堤束水。俗话说：‘救一路人的哭泣，不应该再计较一家人的哭泣。’如今淮安、扬州、凤阳、泗州、邳州、徐州不止一路啊。安东被众多水流包围，只有文庙、县署仅存椽瓦，形势快要陷没，不如放弃它，来拯救整个淮河地区。”皇帝不想放弃安东，但命令按照所请开挖草湾。八月，工程完工，长一万一千一百多丈，堵塞决口二十二处，动用民工四万四千人。皇帝因为海口开通疏浚，水患逐渐平息，赏赐吴桂芳等人各有差别。
〔5〕未几，河决韦家楼，又决沛县缕水堤，丰、曹二县长堤，丰、沛、徐州、睢宁、金乡、鱼台、单、曹田庐漂溺无算，河流啮宿迁城。帝从桂芳请，迁县治、筑土城避之。于是御史陈世宝请复老黄河故道，言：“河自桃源三义镇历清河县北，至大河口会淮入海。运道自淮安天妃庙乱淮而下，十里至大河口，从三义镇出口向桃源大河而去，凡七十余里，是为老黄河。至嘉靖初，三义镇口淤，而黄河改趋清河县南与淮会，自此运道不由大河口而径由清河北上矣。近者，崔镇屡决，河势渐趋故道。若仍开三义镇口引河入清河北，或令出大河口与淮流合，或从清河西别开一河，引淮出河上游，则运道无恐，而淮、泗之水不为黄流所涨。”部覆允行。
不久，黄河在韦家楼决口，又在沛县的缕水堤决口，丰县、曹县的长堤也决口，丰县、沛县、徐州、睢宁、金乡、鱼台、单县、曹县的农田房屋被淹没无数，河流冲刷宿迁城。皇帝听从吴桂芳的请求，迁移县治、修筑土城来躲避。于是御史陈世宝请求恢复老黄河故道，说：“黄河从桃源三义镇经过清河县北，到大河口与淮河汇合入海。运道从淮安天妃庙横渡淮河而下，十里到大河口，从三义镇出口向桃源大河而去，共七十多里，这就是老黄河。到嘉靖初年，三义镇口淤塞，黄河改道流向清河县南与淮河汇合，从此运道不走大河口而直接由清河县北上了。近来，崔镇多次决口，河势逐渐趋向故道。如果仍然开凿三义镇口引河进入清河县北，或者让它从大河口与淮河合流，或者从清河县西另开一条河，引淮河从黄河上游流出，那么运道就不用担心，而淮河、泗水也不会被黄河水涨淹。”工部批复同意执行。
〔6〕桂芳言：“淮水向经清河会黄河趋海。自去秋河决崔镇，清江正河淤淀，淮口梗塞。于是淮弱河强，不能夺草湾入海之途，而全淮南徙，横灌山阳、高、宝间，向来湖水不逾五尺，堤仅七尺，今堤加丈二，而水更过之。宜急护湖堤以杀水势。”部议以为必淮有所归，而后堤可保，请令桂芳等熟计。报可。
吴桂芳说：“淮水一向经过清河汇合黄河奔向大海。自从去年秋天黄河在崔镇决口，清江的正河淤积沉淀，淮河入海口堵塞。于是淮河弱、黄河强，不能夺取草湾入海的通道，而整个淮河向南迁徙，横灌山阳、高邮、宝应之间，向来湖水不超过五尺，堤坝只有七尺，现在堤坝增加到一丈二尺，而水势更高。应该赶紧保护湖堤来削弱水势。”工部讨论认为必须让淮水有所归宿，然后堤坝才能保住，请命令吴桂芳等人周密计划。皇帝批复同意。
〔7〕开河、护堤二说未定，而河复决崔镇，宿、沛、清、桃两岸多坏，黄河日淤垫，淮水为河所迫，徙而南，时五年八月也。希挚议塞决口，束水归漕。桂芳欲冲刷成河，以为老黄河入海之路。帝令急塞决口，而俟水势稍定，乃从桂芳言。时给事中汤聘尹议导淮入江以避黄，会桂芳言：“黄水向老黄河故道而去，下奔如驶，淮遂乘虚涌入清口故道，淮、扬水势渐消。”部议行勘，以河、淮既合，乃寝其议。
开河和护堤两种说法还没有定论，黄河又在崔镇决口，宿迁、沛县、清河、桃源两岸多处被冲坏，黄河日益淤积抬高，淮水被黄河逼迫向南迁徙，这时是万历五年（1577年）八月。傅希挚建议堵塞决口，束水归槽。吴桂芳想冲刷成河，作为老黄河入海的道路。皇帝命令赶紧堵塞决口，等水势稍微稳定，再听从吴桂芳的建议。当时给事中汤聘尹建议引导淮河入长江来避开黄河，适逢吴桂芳说：“黄水向着老黄河故道流去，向下奔流如飞，淮水于是乘虚涌入清口故道，淮安、扬州水势逐渐消退。”工部讨论后派人勘察，因为黄河、淮河已经合流，于是搁置了那个建议。
〔9〕“淮、泗之水不下清口而下山阳，从黄浦口入海。浦口不能尽泄，浸淫高、宝邵伯诸湖，而湖堤尽没，则以淮、泗本不入湖，而今入湖故也。淮、泗之入湖者，又缘清口向未淤塞，而今淤塞故也。清口之淤塞者，又缘黄河淤塞日高，淮水不得不让河而南徙也。盖淮水并力敌黄，胜负或亦相半，自高家堰废坏，而清口内通济桥、朱家等口淮水内灌，于是淮、泗之力分，而黄河得以全力制其敝，此清口所以独淤于今岁也。下流既淤，则上流不得不决。
“淮河、泗水的水不流向清口而流向山阳，从黄浦口入海。黄浦口不能完全排泄，就漫溢到高邮、宝应、邵伯等湖，湖堤全部淹没，这是因为淮河、泗水本来不流入这些湖，现在却流入的原因。淮河、泗水之所以流入湖中，又是因为清口向来没有淤塞，现在却淤塞了。清口淤塞的原因，又是因为黄河淤塞越来越高，淮水不得不让路给黄河而向南迁徙。大概淮水全力对抗黄河，胜负或许各半，自从高家堰废坏，清口内的通济桥、朱家等口淮水向内灌注，于是淮河、泗水的力量分散，而黄河得以全力制服它的弱点，这就是清口今年特别淤塞的原因。下游既然淤塞，那么上游就不得不决口。
〔10〕每岁粮艘以四五月毕运，而堤以六七月坏。水发之时不能为力，水落之后方图堵塞。甫及春初，运事又迫，仅完堤工，于河身无与。河身不挑则来年益高。上流之决，必及于徐、吕，而不止于邳、迁；下流之涸，将尽乎邳、迁，而不止于清、桃。须不惜一年粮运，不惜数万帑藏，开挑正河，宽限责成，乃为一劳永逸。
“每年粮船在四五月间完成运输，而堤坝在六七月间损坏。水发的时候无法用力，水落之后才计划堵塞。刚到了春初，运输事务又紧迫，仅仅完成了堤坝工程，对于河床没有帮助。河床不疏浚，来年就会更高。上游的决口，必定会波及徐州、吕梁，而不止于邳州、宿迁；下游的干涸，将会遍及邳州、宿迁，而不止于清河、桃源。必须不惜一年的粮食运输，不惜数万库银，开挖疏浚正河，放宽期限责成完工，才能一劳永逸。
〔11〕至高家堰、朱家等口，宜及时筑塞，使淮、泗并力足以敌黄，则淮水之故道可复，高、宝之大患可减。若兴、盐海口堙塞，亦宜大加疏浚。而湖堤多建减水大闸，堤下多开支河。要未有不先黄河而可以治淮，亦未有不疏通淮水而可以固堤者也。”事下河漕诸臣会议。
“至于高家堰、朱家等口，应该及时筑塞，使淮河、泗水合力足以对抗黄河，那么淮水的故道可以恢复，高邮、宝应的大患可以减轻。如果兴化、盐城海口淤塞，也应该大力疏浚。并且在湖堤多建减水大闸，堤下多开支河。总之，没有不先治理黄河而能治理淮河的，也没有不疏通淮水而能巩固堤防的。”此事交给河漕各位大臣商议。
〔12〕淮之出清口也，以黄水由老黄河奔注，而老黄河久淤，未几复塞，淮水仍涨溢。给事中刘铉请亟开通海口，而简大臣会同河漕诸臣往治。乃命桂芳为工部尚书兼理河漕，而裁总河都御史官。桂芳甫受命而卒。
淮水从清口流出，是因为黄水从老黄河奔流注入，而老黄河长期淤塞，不久又堵住了，淮水仍然涨溢。给事中刘铉请求赶紧开通海口，并选派大臣会同河漕各位官员前往治理。于是任命吴桂芳为工部尚书兼管河漕，并裁撤总河都御史官职。吴桂芳刚受命就去世了。