〔6〕高祖定京城，遣书招之。瑀以郡归国，授光禄大夫，封宋国公，拜民部尚书。太宗为右元帅，攻洛阳，以瑀为府司马。武德五年622，迁内史令。时军国草创，方隅未宁，高祖乃委以心腹，凡诸政务，莫不关掌。高祖每临轩听政，必赐升御榻，瑀既独孤氏之婿，与语呼之为萧郎。国典朝仪，亦责成于瑀，瑀孜孜自勉，绳违举过，人皆惮之。常奏便宜数十条，多见纳用，手敕曰：“得公之言，社稷所赖。运智者之策，以能成人之美；纳谏者之言，以金宝酬其德。今赐金一函，以报智者，勿为推退。”瑀固辞，优诏不许。其年，州置七职，务取才望兼美者为之。及太宗临雍州牧，以瑀为州都督。高祖常有敕而中书不时宣行，高祖责其迟，瑀曰：“臣大业之日，见内史宣敕，或前后相乖者，百司行之，不知何所承用。所谓易必在前，难必在后，臣在中书日久，备见其事。今皇基初构，事涉安危，远方有疑，恐失机会。比每受一敕，臣必勘审，使与前敕不相乖背者，始敢宣行。迟晚之愆，实由于此。”高祖曰：“卿能用心若此，我有何忧？”初，瑀之朝也，关内产业并先给勋人。至是特还其田宅，瑀皆分给诸宗子弟，唯留庙堂一所，以奉烝尝。及平王世充，瑀以预军谋之功，加邑二千户，拜尚书右仆射。内外考绩皆委之司会，为群僚指南，庶务繁总。瑀见事有时偏驳，而持法稍深，颇为时议所少。瑀尝荐封伦于高祖，高祖以伦为中书令。太宗即位，迁尚书左仆射，封伦为右仆射。伦素怀险诐，与商量将为可奏者，至太宗前尽变易之。于时房玄龄、杜如晦既新用事，疏瑀亲伦，瑀心不能平，遂上封事论之，而辞旨寥落。太宗以玄龄等功高，由是忤旨，废于家。俄拜特进、太子少师。未几，复为尚书左仆射，赐实封六百户。太宗常谓瑀曰：“朕欲使子孙长久，社稷永安，其理如何？”瑀对曰：“臣观前代国祚所以长久者，莫若封诸侯以为盘石之固。秦并六国，罢侯置守，二代而亡；汉有天下，郡国参建，亦得年余四百。魏、晋废之，不能永久。封建之法，实可遵行。”太宗然之，始议封建。寻坐与侍中陈叔达于上前忿诤，声色甚厉，以不敬免。岁余，授晋州都督。明年，征授左光禄大夫，兼领御史大夫。与宰臣参议朝政，瑀多辞辩，每有评议，玄龄等不能抗。然心知其是，不用其言，瑀弥怏怏。玄龄、魏徵、温彦博尝有微过，瑀劾之，而罪竟不问，因此自失。由是罢御史大夫，以为太子少傅，不复预闻朝政。六年623，授特进，行太常卿。八年625，为河南道巡省大使，人有坐当推劾苦未得其情者，遂置格置绳，以至于死，太宗特免责之。九年626，拜特进，复令参预政事。太宗尝从容谓房玄龄曰：“萧瑀大业之日，进谏隋主，出为河池郡守。应遭割心之祸，翻见太平之日，北叟失马，事亦难常。”瑀顿首拜谢。太宗又曰：“武德六年623以后，太上皇有废立之心而不之定也，我当此日，不为兄弟所容，实有功高不赏之惧。此人不可以厚利诱之，不可以刑戮惧之，真社稷臣也。”因赐瑀诗曰：“疾风知劲草，版荡识诚臣。”又谓瑀曰：“卿之守道耿介，古人无以过也。然而善恶太明，亦有时而失。”瑀再拜谢曰：“臣特蒙诫训，又许臣以忠谅，虽死之日，犹生之年也。”魏徵进而言曰：“臣有逆众以执法，明主恕之以忠；臣有孤特以执节，明主恕之以劲。昔闻其言，今睹其实，萧瑀不遇明圣，必及于难！”太宗悦其言。
高祖平定京城后，派人送信招降萧瑀。萧瑀率郡归附，被授光禄大夫，封宋国公，拜民部尚书。太宗为右元帅攻洛阳，任萧瑀为府司马。武德五年，升内史令。当时军国初创，四方未定，高祖把他当心腹，所有政务都让他掌管。高祖每次临朝听政，必赐他升御榻，因他是独孤氏之婿，称他为萧郎。国家典章礼仪也由他负责，萧瑀勤勉自励，纠察违失，人人敬畏。他常上奏数十条便利之事，多被采纳，高祖手敕说：“得公之言，社稷所赖。今赐金一函，以报智者。”萧瑀坚决推辞，高祖下诏不许。那年，州置七职，务必选才望兼美者充任。太宗任雍州牧时，以萧瑀为州都督。高祖常有敕令而中书省不及时宣行，高祖责备迟缓，萧瑀说他在大业年间见内史宣敕前后矛盾，百官不知如何执行。现在皇基初建，事关安危，每受一敕，他必勘审与前敕不矛盾才敢宣行，所以延迟。高祖说：“你能如此用心，我还有什么担忧？”当初萧瑀入朝时，关内产业已先给功臣，至此特还其田宅，萧瑀全分给宗族子弟，只留一所庙堂用于祭祀。平定王世充后，萧瑀因参预军谋，加邑二千户，拜尚书右仆射。内外考绩都委任他，他成为群僚指南，但有时处事偏颇，执法稍严，颇受非议。萧瑀曾推荐封伦，高祖任封伦为中书令。太宗即位后，萧瑀迁左仆射，封伦为右仆射。封伦阴险，与萧瑀商量好上奏的事，到太宗面前全改变。当时房玄龄、杜如晦新当权，疏远萧瑀而亲近封伦，萧瑀心中不平，上密奏论此事，但辞旨空泛。太宗因玄龄等功高，萧瑀忤旨，被免职在家。不久拜特进、太子少师。没多久又复为尚书左仆射，赐实封六百户。太宗曾问萧瑀如何使子孙长久、社稷永安，萧瑀说前代国祚长久者，莫过于分封诸侯以为磐石，秦废封建而二代亡，汉郡国参建得四百余年，魏、晋废除不能长久，封建之法可行。太宗赞同，开始议论封建。不久因与侍中陈叔达在太宗面前争吵，声色俱厉，以不敬被免官。一年多后，授晋州都督。次年，征授左光禄大夫兼御史大夫，参议朝政。萧瑀善辩，每次评议，房玄龄等不能抗辩，但明知他是对的却不用其言，萧瑀更加郁闷。房玄龄、魏徵、温彦博有过失，萧瑀弹劾，但罪竟不问，萧瑀因此失意，被罢御史大夫，改太子少傅，不再参预朝政。六年，授特进，行太常卿。八年，为河南道巡省大使，有人犯法应审问而未得实情，他竟用木枷绳索致人死亡，太宗特免责罚。九年，拜特进，复令参预政事。太宗曾从容对房玄龄说，萧瑀在隋朝进谏被贬河池，应遭割心之祸，反而见到太平，如塞翁失马。萧瑀顿首拜谢。太宗又说，武德六年以后，太上皇有废立之心，他当时不被兄弟所容，有功高不赏之惧。萧瑀此人不可厚利诱，不可刑戮惧，真是社稷臣。于是赐诗：“疾风知劲草，版荡识诚臣。”又说萧瑀守道耿介，古人莫及，但善恶太明，有时失当。萧瑀再拜谢说，蒙训诫并许以忠谅，虽死犹生。魏徵进言说，他执法逆众，明主以忠恕之；他孤特执节，明主以劲恕之。萧瑀不遇明圣，必遭难。太宗很高兴。
〔7〕十七年，与长孙无忌等二十四人并图形于凌烟阁。是岁，立晋王为皇太子，拜瑀太子太保，仍知政事。太宗之伐辽东也，以洛邑冲要，襟带关、河，以瑀为洛阳宫守。车驾自辽还，请解太保，仍同中书门下。太宗以瑀好佛道，尝赉绣佛像一躯，并绣瑀形状于佛像侧，以为供养之容。又赐王褒所书《大品般若经》一部，并赐袈裟，以充讲诵之服焉。瑀尝称：“玄龄以下同中书门下内臣，悉皆朋党比周，无至心奉上。”累独奏云：“此等相与执权，有同胶漆，陛下不细谙知，但未反耳。”太宗谓瑀曰：“为人君者，驱驾英材，推心待士，公言不亦甚乎，何至如此！”太宗数日谓瑀曰：“知臣莫若君，夫人不可求备，自当舍其短而用其长。朕虽才谢聪明，不应顿迷臧否。”因数为瑀信誓。瑀既不自得，而太宗积久衔之，终以瑀忠贞居多而未废也。会瑀请出家，太宗谓曰：“甚知公素爱桑门，今者不能违意。”瑀旋踵奏曰：“臣顷思量，不能出家。”太宗以对群臣吐言，而取舍相违，心不能平。瑀寻称足疾，时诣朝堂，又不入见，太宗谓侍臣曰：“瑀岂不得其所乎，而自慊如此？”遂手诏曰：
贞观十七年，萧瑀与长孙无忌等二十四人的画像一同被挂在凌烟阁上。这一年，唐太宗立晋王李治为皇太子，任命萧瑀为太子太保，仍然让他参与政事。太宗征伐辽东时，认为洛阳是战略要地，连接着函谷关和黄河，于是让萧瑀担任洛阳宫留守。太宗从辽东返回后，萧瑀请求解除太子太保的职务，但仍然保留同中书门下三品的职位。太宗因为萧瑀喜好佛道，曾赏赐他一尊绣制的佛像，还在佛像旁边绣上萧瑀的像，作为供养的样子。又赐给萧瑀一部王褒书写的《大品般若经》，并赐给他袈裟，作为讲经诵经时穿的衣服。萧瑀曾经说：“房玄龄以下那些同中书门下的内臣，全都结党营私，没有真心侍奉皇上。”他多次单独上奏说：“这些人相互勾结把持大权，就像胶和漆一样粘在一起，陛下您不了解详情，只是他们还没造反罢了。”太宗对萧瑀说：“做君主的，要驾驭英雄人才，推心置腹地对待士人，您的话不也太过分了吗？何至于此！”过了几天，太宗又对萧瑀说：“了解臣子没有比得上君主的，人不能要求十全十美，自然应当舍弃他的短处而用他的长处。我虽然才能算不上聪明，但也不至于糊涂到分不清好坏。”于是多次对萧瑀发誓表明信任。萧瑀自己感到不得志，而太宗也长期对他怀恨在心，但最终因为萧瑀忠诚正直的方面居多，所以没有废黜他。恰逢萧瑀请求出家为僧，太宗对他说：“我很了解您一向喜爱佛教，现在不能违背您的意愿。”萧瑀随即又上奏说：“我刚刚想了想，不能出家。”太宗因为他在群臣面前说出口的话，却前后矛盾，心里很不平。萧瑀不久又声称脚有病，有时到朝堂上，却不进去觐见。太宗对侍臣说：“萧瑀难道还不满足吗？竟然这样自怨自艾？”于是亲笔写诏书说：
〔8〕朕闻物之顺也，虽异质而成功；事之违也，亦同形而罕用。是以舟浮楫举，可济千里之川；辕引轮停，不越一毫之地。故知动静相循易为务，曲直相反难为功，况乎上下之宜、君臣之际者矣。朕以无明于元首，期托德于股肱，思欲去伪归真，除浇反朴。至于佛教，非意所遵，虽有国之常经，固弊俗之虚术。何则？求其道者，未验福于将来；修其教者，翻受辜于既往。至若梁武穷心于释氏，简文锐意于法门，倾帑藏以给僧祗，殚人力以供塔庙。及乎三淮沸浪，五岭腾烟，假余息于熊蹯，引残魂于雀谷。子孙覆亡而不暇，社稷俄顷而为墟，报施之征，何其缪也！而太子太保、宋国公瑀践覆车之余轨，袭亡国之遗风。弃公就私，未明隐显之际；身俗口道，莫辩邪正之心。修累叶之殃源，祈一躬之福本，上以违忤君主，下则扇习浮华。往前朕谓张亮云：“卿既事佛，何不出家？”瑀乃端然自应，请先入道，朕即许之，寻复不用。一回一惑，在于瞬息之间；自可自否，变于帷扆之所。乖栋梁之大体，岂具瞻之量乎？朕犹隐忍至今，瑀尚全无悛改。宜即去兹朝阙，出牧小藩，可商州刺史，仍除其封。
我听说事物如果顺应，即使材质不同也能成功；如果违逆，即使形状相同也少有作用。所以船浮桨举，可渡千里江河；车辕拉引而轮子停转，连一毫之地也越不过。可见动静相循容易做好，曲直相反难以成功，何况上下君臣之间呢？我作为君主不够明智，期望依靠辅佐大臣，想要去伪归真，除浮薄返质朴。至于佛教，并非我所遵奉，虽是国家常法，但本是弊俗的虚术。为何？求道者未见未来之福，修教者反而受既往之罪。像梁武帝倾心佛教，梁简文帝锐意法门，耗尽国库供给僧众，用尽人力建造塔庙，结果三淮沸浪、五岭腾烟，最后靠熊掌维生，在雀谷中残喘，子孙覆亡，社稷顷刻成废墟，报应何其荒谬！而太子太保、宋国公萧瑀重蹈覆车，沿袭亡国遗风。弃公就私，不明隐显之际；身居世俗而口谈佛道，不辨邪正之心。修累世祸源，求一己福本，上违逆君主，下扇动浮华。以前我对张亮说：“你既然事佛，何不出家？”萧瑀竟端然自答，请求先入道，我当即答应，不久他又不用。一会迷惑，一会清醒，瞬息之间；自可自否，变于宫殿之中。违背栋梁大臣的体统，岂有众人瞻仰的器量？我隐忍至今，萧瑀全无悔改。应立即离开朝堂，出京任小州长官，可任商州刺史，并免去封爵。
〔9〕二十一年，征授金紫光禄大夫，复封宋国公。从幸玉华宫，遘疾薨于宫所，年七十四。太宗闻而辍膳，高宗为之举哀，遣使吊祭。太常谥曰“肃”。太宗曰：“易名之典，必考其行。瑀性多猜贰，此谥失于不直，更宜摭实。”改谥曰贞褊公。册赠司空、荆州都督，赐东园秘器，陪葬昭陵。临终遗书曰：“生而必死，理之常分。气绝后可著单服一通，以充小敛。棺内施单席而已，冀其速朽，不得别加一物。无假卜日，惟在速办。自古贤哲，非无等例，尔宜勉之。”诸子遵其遗志，敛葬俭薄。
贞观二十一年，征召萧瑀授金紫光禄大夫，复封宋国公。随驾到玉华宫，患病在宫中去世，享年七十四。太宗听说后停止用膳，高宗为他举哀，派使者吊祭。太常拟定谥号为“肃”。太宗说：“易名之典，必须考察其行为。萧瑀性情多猜忌，这个谥号不够正直，应据实改定。”于是改谥为贞褊公。册赠司空、荆州都督，赐东园秘器，陪葬昭陵。临终遗书说：“生而必死，是自然之理。气绝后穿一套单衣，准备小敛。棺内只铺单席，希望尽快腐朽，不得添加任何物品。不用占卜吉日，只求速办。自古贤哲，并非没有先例，你们应努力遵行。”儿子们遵从他的遗志，丧葬俭朴。