〔1〕刘仁轨，字正则，汴州尉氏人。少贫贱，好学。值乱，不能安业，每动止，画地书空，寓所习，卒以通博闻。武德初，河南道安抚大使任瑰上疏有所论奏，仁轨见其稿，为窜定数言。瑰惊异，赤牒补息州参军。转陈仓尉。部人折冲都尉鲁宁者，豪纵犯法，县莫敢屈。仁轨约不再犯，而宁暴横自如，仁轨搒杀之。州以闻，太宗曰：“尉而杀吾折冲，可乎？”召诘让。仁轨对曰：“宁辱臣，臣故杀之。”帝以为刚正，更擢咸阳丞。
刘仁轨，字正则，是汴州尉氏县人。小时候家境贫寒，但喜欢学习。正赶上战乱，不能安心从事学业，每次行动举止，都在地上画、在空中写，寄托所学的东西，最终凭借博学闻名。武德初年，河南道安抚大使任瑰上疏有所论奏，刘仁轨看到他的草稿，为他改动了几句话。任瑰感到惊异，就用赤牒（直接任命）补任他为息州参军。后来转任陈仓尉。部下有个折冲都尉鲁宁，豪横放纵犯法，县里没人敢制止他。刘仁轨警告他不要再犯，但鲁宁依然暴横如故，刘仁轨就把他打死了。州里上报给朝廷，太宗说：“一个县尉杀了我的折冲都尉，可以吗？”召来责问。刘仁轨回答说：“鲁宁侮辱我，所以我杀了他。”太宗认为他刚强正直，反而提升他为咸阳丞。
〔2〕贞观十四年640，校猎同州。时秋敛未讫，仁轨谏曰：“今兹澍泽沾足，百谷炽茂，收才十二。常日赘调，已有所妨。又供猎事，缮桥治道，役虽简省，犹不损数万。少延一旬，使场圃毕劳，陛下六飞徐驱，公私交泰。”玺书褒纳。拜新安令。累迁给事中。为李义府所恶，出为青州刺史。显庆五年660，伐辽，义府欲斥以罪，使督漕，而船果覆没。坐免官，白衣随军。
贞观十四年，太宗在同州举行校猎。当时秋收还没有结束，刘仁轨进谏说：“今年雨水充足，庄稼茂盛，但只收了十分之二。平时额外的赋税已经有所妨碍。现在又为了狩猎，修缮桥梁、整治道路，虽然劳役有所简省，但也不下数万。稍微推迟十天，让百姓完成收割打场，陛下车驾慢慢行进，公私都能安泰。”太宗用诏书褒奖并采纳了他的意见。任命他为新安县令。多次升迁后任给事中。被李义府所憎恨，外放为青州刺史。显庆五年，征伐辽东，李义府想借机加罪于他，让他督运漕粮，结果船果然翻了。因此被免官，以平民身份随军。
〔3〕初，苏定方既平百济，留郎将刘仁愿守其城，左卫中郎将王文度为熊津都督，抚纳残党。文度死，百济故将福信及浮屠道琛迎故王子扶余丰立之，引兵围仁愿。诏仁轨检校带方州刺史，统文度之众，并发新罗兵为援，仁轨将兵严整，转斗陷阵，所向无前。信等释仁愿围，退保任存城。既而福信杀道琛，并其众，招还叛亡，势张甚。仁轨与仁愿合，则解甲休士。时定方伐高丽，围平壤不克。高宗诏仁轨拔军就新罗与金法敏议去留计。将士咸欲还，仁轨曰：“《春秋》之义，大夫出疆，有可以安社稷、便国家者，得专之。今天子欲灭高丽，先诛百济，留兵镇守，制其心腹。虽孽竖跳梁，士力未完，宜厉兵粟马，乘无备，击不意，百不百全。战胜之日，开张形势，腾檄济师，声援接，虏亡矣。今平壤不胜，熊津又拔，则百济之烬复炎，高丽之灭无期。吾等虽入新罗，正似坐客，有不如志，悔可得邪？扶余丰猜贰，表合内携，热不支久。宜坚守伺变以图之，不可轻动。”众从其议，乃请益兵。
当初，苏定方平定百济后，留下郎将刘仁愿驻守百济城，左卫中郎将王文度担任熊津都督，安抚招纳残余的百济人。王文度死后，百济原来的将领福信和僧人道琛迎接前百济王子扶余丰，立他为王，然后带兵包围了刘仁愿。皇帝下诏任命刘仁轨代理带方州刺史，统领王文度的部队，同时征发新罗的军队作为援军。刘仁轨治军严整，转战冲锋，所向无敌。福信等人解除了对刘仁愿的包围，退守任存城。不久福信杀了道琛，吞并了他的部众，招回叛逃的人，势力非常嚣张。刘仁轨和刘仁愿会合后，就卸下铠甲让士兵休整。当时苏定方正在讨伐高丽，围攻平壤没有攻克。唐高宗下诏让刘仁轨撤军到新罗，和金法敏商议去留的计划。将士们都想要回去，刘仁轨说：“《春秋》的大义，大夫出国在外，如果有能够安定国家、有利于社稷的事情，可以自己作主处理。现在天子想要消灭高丽，先攻灭百济，留下军队镇守，控制它的要害。虽然敌人嚣张跳梁，我军兵力还未完全集结，但我们应该磨砺兵器、喂饱战马，趁他们没有防备，出其不意地攻击，即使不能百战百胜，也大有胜算。等到战胜的那天，我们扩大战果，发布檄文调集援军，声援相接，敌人就完蛋了。现在平壤没有攻下，熊津如果又被敌人夺回，那么百济的余烬就会复燃，高丽灭亡就遥遥无期了。我们即使进入新罗，也不过是像做客一样，如果事情不顺，后悔还来得及吗？扶余丰猜忌多疑，表面联合而内心分裂，势不能长久。我们应该坚守等待变化，寻找机会对付他们，不能轻举妄动。”众人听从了他的意见，于是请求增兵。
〔4〕时贼守真岘城，仁轨夜督新罗兵薄城扳堞，比明，入之，遂通新罗饟道。而丰果袭杀福信，遣使至高丽、倭丐援。会诏遣右威卫将军孙仁师率军浮海而至，士气振。于是，诸将议所向，或曰：“加林城水陆之冲，盍先击之？”仁轨曰：“兵法避实击虚。加林险而固，攻则伤士，守则旷日。周留城，贼巢穴，群凶聚焉。若克之，诸城自下。”于是仁师、仁愿及法敏帅陆军以进，仁轨与杜爽、扶余隆繇熊津白江会之。遇倭人白江口，四战皆克，焚四百艘，海水为丹。扶余丰脱身走，获其宝剑。伪王子扶余忠胜、忠志等率其众与倭人降，独酋帅迟受信据任存城未下。始，定方破百济，酋领沙吒相如、黑齿常之啸亡散，据险以应福信，至是皆降。仁轨以赤心示之，畀取任存自效，即给铠仗粮糒。仁师曰：“夷狄野心难信，若受甲济粟，资寇便也。”仁轨曰：“吾观相如、常之忠而谋，因机立功，尚何疑？”二人讫拔其城。迟受信委妻子奔高丽，百济余党悉平。仁师等振旅还，诏留仁轨统兵镇守。
当时敌人守真岘城，刘仁轨夜间督促新罗兵逼近城墙攀爬女墙，到天亮时攻入城中，于是打通了新罗的运粮道路。扶余丰果然袭击杀了福信，并派使者到高丽、倭国请求援兵。恰逢朝廷下诏派右威卫将军孙仁师率军渡海而来，士气振奋。于是诸将商议进攻方向，有人说：“加林城是水陆要冲，何不先攻打它？”刘仁轨说：“兵法要避实击虚。加林城险要坚固，攻打会损伤士兵，防守则会旷日持久。周留城是贼人的巢穴，群凶聚集在那里。如果攻克它，其他城池自然会被攻下。”于是孙仁师、刘仁愿及金法敏率领陆军前进，刘仁轨与杜爽、扶余隆从熊津、白江会合。在白江口遭遇倭军，四次交战都获胜，焚烧了四百艘船，海水都染红了。扶余丰脱身逃跑，缴获了他的宝剑。伪王子扶余忠胜、忠志等率领部众与倭人投降，只有酋帅迟受信占据任存城未攻下。当初，苏定方攻破百济时，酋长沙吒相如、黑齿常之聚集逃散人员，据守险要以响应福信，到这时都投降了。刘仁轨以诚心相待，让他们攻取任存城来效力，立即给予铠甲、兵器、粮食。孙仁师说：“夷狄野心难测，如果给他们武器粮食，是资助敌人。”刘仁轨说：“我看沙吒相如、黑齿常之忠诚而有谋略，能抓住机会立功，有什么可怀疑的？”二人最终攻下了任存城。迟受信抛弃妻子儿女逃往高丽，百济余党全部平定。孙仁师等凯旋回师，朝廷下诏留刘仁轨统兵镇守。
〔5〕百济再被乱，僵尸如莽，仁轨始命瘗埋吊祭焉。葺复户版，署官吏，开道路，营聚落，复防堰，赈贫贷乏，劝课耕种，为立官社，民皆安其所。遂营屯田，以经略高丽。仁愿至京师，帝劳曰：“若本武将，军中奏请，皆有文理，何道而然？”对曰：“仁轨之辞，非臣所能。”帝叹赏之，超进仁轨六阶，真拜带方州刺史，赐第一区，厚赉妻子，玺书褒勉。
百济再次遭受战乱，尸体像草一样遍布，刘仁轨开始命令埋葬尸体并举行祭奠。修复户籍，设置官吏，开辟道路，营建村落，修复堤坝，赈济贫困，借贷给缺乏物资的人，鼓励耕种，为他们建立官社，百姓都安居乐业。于是营建屯田，以经营高丽。刘仁愿回到京师，皇帝慰劳他说：“你本是武将，但军中的奏请都很有文理，是怎么办到的？”刘仁愿回答说：“那是刘仁轨写的，不是我能做到的。”皇帝感叹赞赏，破格提升刘仁轨六级，正式任命为带方州刺史，赐给一座宅第，重重赏赐其妻子，下诏书褒奖勉励。
〔6〕先是，贞观、永徽中，士战殁者皆诏使吊祭，或以赠官推授子弟。显庆后，讨伐恩赏殆绝；及破百济、平壤，有功者皆不甄叙。州县购募，不愿行，身壮家富者，以财参逐，率得避免。所募皆伫劣寒惫，无斗志。仁轨具论其弊，请加慰赉，以鼓士心。又表用扶余隆，使绥定余众。帝乃以隆为熊津都督。
在此之前，贞观、永徽年间，士兵战死的，皇帝都下诏派使者吊祭，有的追赠官职并推恩授予子弟。显庆以后，征讨的恩赏几乎断绝；等到攻破百济、平壤，有功的人都不被甄别录用。州县招募士兵，人们不愿去，身强力壮家境富裕的，用钱财贿赂辗转逃避，大都得以避免。所招募的都是些弱小、贫寒、疲惫的人，没有斗志。刘仁轨详细论述了这些弊端，请求加以慰劳赏赐，以鼓舞士气。又上表请求任用扶余隆，让他安抚平定百济余众。皇帝于是任命扶余隆为熊津都督。
〔7〕时刘仁愿为卑列道总管，诏率兵度海，使代旧屯，与仁轨俱还。仁轨曰：“上巡狩方岳，又经略高丽。方农时，而吏与兵悉被代，新至者未习，万一蛮夷生变，谁与捍之？不如留旧兵毕获，等级遣还。仁轨当留，未可去。”仁愿不可，曰：“吾但知准诏耳。”仁轨曰：“不然。苟利国家，知无不为，臣之节也。”因陈便宜，愿留屯。诏可。由是以仁愿为不忠。
当时刘仁愿担任卑列道总管，皇帝下诏让他率兵渡海，去替换旧驻军，并与刘仁轨一起返回。刘仁轨说：“皇上巡视四方，又经营高丽。正是农忙时节，而官吏和士兵全部被替换，新来的人不熟悉情况，万一蛮夷发生变故，谁来抵御他们？不如留下旧兵完成收获，然后分批遣返。我应当留下，不能离开。”刘仁愿不同意，说：“我只知道遵守诏令罢了。”刘仁轨说：“不对。如果有利于国家，知道的事没有不做的，这是臣子的节操。”于是陈述了便利之处，愿意留下驻守。诏令同意了。因此认为刘仁愿不忠。
〔8〕始，仁轨任带方州，谓人曰：“天将富贵此翁邪！”乃请所颁历及宗庙讳，或问其故，答曰：“当削平辽海，颁示本朝正朔。”卒皆如言。及封泰山，仁轨乃率新罗、百济、儋罗、倭四国酋长赴会。天子大悦，擢为大司宪。迁右相，兼检校太子左中护。累功封乐城县男。
当初，刘仁轨担任带方州刺史时，对人说：“上天将要让这个老头富贵吗！”于是请求颁发朝廷历法和宗庙避讳，有人问他原因，他回答说：“我应当削平辽海地区，向那里颁布本朝的正朔。”最终都如他所说。到皇帝封禅泰山时，刘仁轨率领新罗、百济、儋罗、倭四国的酋长参加盛会。天子非常高兴，提升他为大司宪。升任右相，兼检校太子左中护。累积功劳封为乐城县男。
〔9〕总章元年668，为熊津道安抚大使，兼浿江道总管，副李勣讨高丽，平之。以疾辞位，进金紫光禄大夫，听致仕。俄召为陇州刺史，拜太子左庶子、同中书门下三品，监脩国史。咸亨五年674，为鸡林道大总管，东伐新罗。仁轨率兵绝瓠芦河，攻大镇七重城，破之。进爵为公，子及兄子授上柱国者三人，州党荣之，号所居为“乐城乡三柱里”。俄拜尚书左仆射兼太子宾客，仍知政事。
总章元年，刘仁轨担任熊津道安抚大使，兼浿江道总管，作为李勣的副手征讨高丽，平定了高丽。因病辞去职位，进封金紫光禄大夫，允许退休。不久又召为陇州刺史，拜太子左庶子、同中书门下三品，监修国史。咸亨五年，任鸡林道大总管，向东征讨新罗。刘仁轨率兵渡过瓠芦河，攻打大镇七重城，攻破了它。进爵为公，他的儿子和侄子中有三人被授予上柱国，州里的人都以此为荣，把他居住的地方称为“乐城乡三柱里”。不久拜尚书左仆射兼太子宾客，仍然主持政事。