〔7〕玄又议复肉刑，琳之以为：“唐、虞象刑，夏禹立辟，盖淳薄既异，致化实同，宽猛相济，惟变所适。《书》曰‘刑罚世轻世重’，言随时也。夫三代风纯而事简，故罕蹈刑辟；季末俗巧而务殷，故动陷宪网。若三千行于叔世，必有踊贵之尤，此五帝不相循法，肉刑不可悉复者也。汉文发仁恻之意，伤自新之路莫由，革古创制，号称刑厝，然名轻而实重，反更伤民。故孝景嗣位，轻之以缓。缓而民慢，又不禁邪，期于刑罚之中，所以见美在昔，历代详论而未获厥中者也。兵荒后，罹法更多。弃市之刑，本斩右趾，汉文一谬，承而弗革，所以前贤恨恨，议之而未辩。钟繇、陈群之意，虽小有不同，而欲右趾代弃市。若从其言，则所活者众矣。降死之生，诚为轻法，然人情慎显而轻昧，忽远而惊近，是以盘盂有铭，韦弦作佩，况在小人，尤其所惑，或目所不睹，则忽而不戒，日陈于前，则惊心骇瞩。由此言之，重之不必不伤，轻之不必不惧，而可以全其性命，蕃其产育，仁既济物，功亦益众。又今之所患，逋逃为先，屡叛不革，逃身靡所，亦以肃戒未犯，永绝恶原。至于余条，宜依旧制。岂曰允中，贵献管穴。”
玄又提议恢复肉刑，孔琳之认为：“唐尧、虞舜时期采用象征性的刑罚，夏禹创立了刑律，这是因为时代淳朴与浇薄已经不同，但教化要达到的效果是相同的，宽严相济，只是根据变化来适应。《尚书》说‘刑罚随着时世有时轻有时重’，说的是要顺应时代。夏、商、周三代风俗淳朴事务简单，所以很少有人触犯刑律；后世风俗奸诈事务繁多，所以动不动就落入法网。如果三千条刑罚在末世实行，必然会出现鞋子（踊）价格昂贵的忧虑（受刖刑的人多导致踊贵），这就是五帝不相沿袭法律的原因，肉刑是不可以全部恢复的。汉文帝发出仁爱恻隐之心，痛心改过自新的人没有途径，于是改革古制创立新法，号称刑罚搁置不用，但名义上轻了实际上却重了，反而更加伤害百姓。所以汉景帝继位后，减轻刑罚使之宽松。宽松后百姓松怠，又不能禁止邪恶，期望刑罚适中，所以过去被认为美好，但历代详细讨论却没有得到适中的。战乱兵荒之后，犯法的人更多。弃市的刑罚，本来只是斩右趾，汉文帝一时失误，承袭下来没有改革，所以前代贤人深为遗憾，议论它却没有辨明。钟繇、陈群的意见，虽然稍有不同，但都想用斩右趾来代替弃市。如果听从他们的说法，那么能够存活的人就多了。从死刑降为生刑，确实是轻法，但人的常情是谨慎于明显而轻忽于隐晦，忽略长远而害怕近前，所以盘盂上有铭文，韦弦作为佩饰（以自我警戒），何况对于小人，尤其容易被迷惑，有时眼睛看不到，就会轻忽而不警戒，每天陈列在眼前，则惊心骇目。由此说来，加重刑罚不一定不伤害，减轻刑罚不一定不让人害怕，但可以保全他们的性命，繁衍他们的生养，仁爱已经济助万物，功劳也益于众人。又如今所忧虑的，逃犯是首要问题，屡次叛变不改，逃亡无处可逃，也可以以此来整肃警戒未犯法的人，永远断绝罪恶的根源。至于其他条款，应该依照旧制度。哪里说是公允适中，只是贡献一点浅见。”
〔8〕玄好人附悦，而琳之不能顺旨，是以不见知。迁楚台员外散骑侍郎。遭母忧，去职。服阕，除司徒左西掾，以父致仕自解。时司马休之为会稽内史、后将军，仍以琳之为长史。父忧，去官。服阕，补太尉主簿，尚书左丞，扬州治中从事史，所居著绩。
桓玄喜欢别人阿谀奉承，但是孔琳之不能顺从他的旨意，因此不被赏识。孔琳之升任楚台员外散骑侍郎。遭遇母亲去世，离职。服丧期满，被任命为司徒左西掾，因为父亲退休而自己解职。当时司马休之担任会稽内史、后将军，仍然任命孔琳之为长史。后来父亲去世，辞去官职。服丧期满，补任太尉主簿、尚书左丞、扬州治中从事史，所担任的职位都有显著政绩。
〔9〕时责众官献便宜，议者以为宜修庠序，恤典刑，审官方，明黜陟，举逸拔才，务农简调。琳之于众议之外，别建言曰：“夫玺印者，所以辩章官爵，立契符信。官莫大于皇帝，爵莫尊于公侯。而传国之玺，历代迭用，袭封之印，奕世相传，贵在仍旧，无取改作。今世唯尉一职，独用一印，至于内外群官，每迁悉改，讨寻其义，私所未达。若谓官各异姓，与传袭不同，则未若异代之为殊也。若论其名器，虽有公卿之贵，不若帝王之重；若以或有诛夷之臣，忌其凶秽，则汉用秦玺；延祚四百，未闻以子婴身戮国亡，而弃之不佩。帝王公侯之尊，不疑于传玺，人臣众僚之卑，何嫌于即印。载籍未闻其说，推例自乖其准。而终年刻铸，丧功肖实，金银铜炭之费，不可称言，非所以因循旧贯易简之道。愚谓众官即用一印，无烦改作。若有新置官，又官多印少，文或零失，然后乃铸，则仰裨天府，非唯小益。”
当时，朝廷要求官员们进献有利的建议。议论的人认为应当修建学校，慎重对待法典刑罚，审慎官员的任用，明确升降的标准，举荐隐逸人才，发展农业，减少征调。琳在众人的议论之外，另外建议说：“玺印是用来辨别官职爵位、订立凭证符信的。官职没有比皇帝更大的，爵位没有比公侯更尊贵的。但传国的玉玺，历代反复使用；承袭封爵的印信，累世相传，重要的是沿用旧的，不需要改作。现在世上只有廷尉这一官职单独使用一个印；至于内外众官，每次升迁都改换印章。我探讨其中的道理，私下未能通晓。如果说官印因官员姓氏不同，与世代承袭不同，那还不如改朝换代更不同呢。如果论官爵名器，虽有公卿的尊贵，不如帝王的重要；如果因为有时有被诛灭的臣子，忌讳其不吉，那么汉朝使用秦朝的玉玺，延续国运四百年，没听说因为子婴被杀死、国家灭亡而抛弃不佩带。帝王公侯如此尊贵，都不怀疑传国玺；人臣众僚如此卑下，又何必嫌弃官印呢？典籍中没有听说过这种说法，推究起来也违背常规。而终年刻铸，浪费人力，金银铜炭的费用，不可胜言，这不是遵循旧制简便易行的做法。我私下认为众官就用一个印，不必麻烦改作。如果有新设的官职，或者官多印少，文字有零失，然后才铸造，那才对国家有所补益，并非只是小利。”
〔10〕又曰：“凶门柏装，不出礼典，起自末代，积习生常，遂成旧俗。爰自天子，达于庶人，诚行之有由，卒革必骇。然苟无关于情，而有愆礼度，存之未有所明，去之未有所失，固当式遵先典，厘革后谬，况复兼以游费，实为民患者乎！凡人士丧仪，多出闾里，每有此须，动十数万，损民财力，而义无所取。至于寒庶，则人思自竭，虽复室如悬磬，莫不倾产殚财，所谓葬之以礼，其若此乎。谓宜谨遵先典，一罢凶门之式，表以素扇，足以示凶。”
又说：“凶门柏装这种风俗，礼经里并没有记载，是近代才兴起的。时间一长，大家习惯了，就成了老规矩。上至天子，下至百姓，确实是有原因才这么做，一下子要改，肯定大家都会觉得吓人。但是，如果跟哀伤的感情没什么关系，又违反了礼法，留着他没什么道理，去掉它也没什么损失，本来就该遵从古礼，改正后来的错误，更何况还要花很多不必要的钱，实在是对老百姓有害啊！凡是士人的丧礼仪式，大多出自民间，每次有这种需要，动不动就要十几万，耗费民力财力，却没什么意义。至于穷苦人家，个个都想尽力办好，就算家里穷得叮当响，也没有不倾家荡产的，这就是所谓的按礼数下葬吗？我认为应该严格依从古礼，全部废除凶门这种形式，改用白色扇子来显示丧事，就足够表示哀悼了。”
〔11〕又曰：“昔事故饥荒，米谷绵绢皆贵，其后米价登复，而绢于今一倍。绵绢既贵，蚕业者滋，虽勤厉兼倍，而贵犹不息。愚谓致此，良有其由。昔事故之前，军器正用铠而已，至于袍袄裲裆，必俟战阵，实在库藏，永无损毁。今仪从直卫及邀罗使命，或有防卫送迎，悉用袍袄之属，非唯一府，众军皆然。绵帛易败，势不支久。又昼以御寒，夜以寝卧，曾未周年，便自败裂。每丝绵新登，易折租以市，又诸府竞收，动有千万，积贵不已，实由于斯，私服为脂艰贵，官库为之空尽。愚谓若侍卫所须，固不可废，其余则依旧用铠。小小使命送迎之属，止宜给仗，不烦铠袄。用之既简，则其价自降”
又说：“从前因为战乱和饥荒，米谷、丝绵、绢帛都很贵，后来米价恢复了，但绢价到现在还涨了一倍。丝绵绢帛既然贵了，从事蚕桑业的人就增多，虽然加倍勤劳努力，但物价还是居高不下。我认为造成这种情况，确实是有原因的。从前战乱之前，军用器械只用铠甲而已，至于袍袄、裲裆，一定要等到上阵打仗时才用，平时都收藏在仓库里，永远不会损坏。现在仪仗护卫和迎接护送使命的，或者有防卫送迎任务的，全都使用袍袄这类衣物，不仅是一个府署，各军都是如此。丝绵织品容易破损，势必不能长久使用。又白天用来御寒，夜里用来当被子睡觉，不到一年，就自己破裂了。每当新丝绵上市，官方就用折算租税的方式购买，各个府署争相收购，动辄成千上万，物价持续昂贵，实在是由此造成的。私人的衣物因此变得难以置办，官府的仓库也因此空虚耗尽。我认为如果侍卫所必需的，固然不能废除，其余的情况则依旧用铠甲。小小的使命送迎之类，只应给武器，不必动用铠袄。使用既然简化了，那么丝绵的价格自然就会下降。”
〔12〕又曰：“夫不耻恶食，唯君子能之。肴馔尚奢，为日久矣。今虽改张是弘，而此风未革。所甘不过一味，而陈必方丈，适口之外，皆为悦目之费，富者以之示夸，贫者为之殚产，众所同鄙，而莫能独异。愚谓宜粗为其品，使奢俭有中；若有不改，加以贬黜，则德俭之化，不日而流。”
又说：“不把粗劣的食物当成耻辱，只有君子才能做到。菜肴讲究奢华，已经很久了。现在虽然进行改革并加以弘扬，但这种风气没有改变。喜欢吃的不过是一种口味，但摆出来却必须满满一大桌，除了满足口味之外，都是为了让眼睛愉悦的浪费。富人们用它来显示富有，穷人们因此耗尽家产。大家都共同鄙视这种风气，却没有人能独自改变。我认为应当粗略地规定等级，使奢侈和节俭有个适中的标准；如果有人不改正，就对他加以降职或罢免，那么崇尚德行节俭的风气，不用多久就会流行开来。”
〔13〕迁尚书吏部郎。义熙六年410，高祖领平西将军，以为长史，大司马琅邪王从事中郎。又除高祖平北、征西长史，迁侍中。宋台初建，除宋国侍中。出为吴兴太守，公事免。
他被升任为尚书吏部郎。义熙六年，宋高祖刘裕兼任平西将军，任命他为长史，又担任大司马琅邪王的从事中郎。接着又任命他为刘裕的平北将军和征西将军的长史，升任侍中。刘裕的宋国官署刚建立，他被任命为宋国的侍中。后来外放担任吴兴郡太守，因公事被免职。