〔1〕七年411正月己未，振旅于京师，改授大将军、扬州牧，给班剑二十人，本官悉如故，固辞。凡南北征伐战亡者，并列上赙赠。尸丧未反，遣主帅迎接，致还本土。二月，卢循至番禺，为孙季高所破，收余众南走。刘藩、孟怀玉斩徐道覆于始兴。
七年正月己未这一天，在京城整顿军队，改任为大将军、扬州牧，赏赐了二十把班剑，原先的官职全部保留，但他坚决推辞。凡是南北征战中战死的人，都列上名单并给予丧葬财物。尸体和灵柩还没运回的，派主帅去迎接，送还他们的家乡。二月，卢循到了番禺，被孙季高打败，他收集残余的部众向南逃跑。刘藩、孟怀玉在始兴斩杀了徐道覆。
〔2〕晋自中兴以来，治纲大弛，权门并兼，强弱相凌，百姓流离，不得保其产业。桓玄颇欲厘改，竟不能行。公既作辅，大示轨则，豪强肃然，远近知禁。至是，会稽余姚虞亮复藏匿亡命千余人，公诛亮，免会稽内史司马休之。
东晋自从中兴以来，法纪大大松弛，权贵大家相互兼并，强者欺凌弱者，百姓流离失所，保不住自己的产业。桓玄很想整顿改革，最后也没能实行。刘裕当了辅政大臣后，大力树立法规准则，豪强们不敢放肆，远近都知道禁令了。到这时候，会稽余姚的虞亮又藏匿了一千多个亡命之徒，刘裕杀了虞亮，并且罢免了会稽内史司马休之的官职。
〔3〕天子又申前命，公固辞。于是改授太尉、中书监，乃受命。奉送黄钺，解冀州。交州刺史杜慧度斩卢循，传首京师。先是，诸州郡所遣秀才、孝廉，多非其人，公表天子，申明旧制，依旧策试。
皇帝再次重申之前的任命，刘裕坚决推辞。于是改任他为太尉、中书监，这才接受任命。恭敬地交还了黄钺，解除了冀州的职务。交州刺史杜慧度斩杀了卢循，将首级传送到京城。在此之前，各州郡推举的秀才、孝廉，大多不是合适的人选，刘裕上表给皇帝，申明旧有的制度，依旧进行策试选拔。
〔4〕征西将军、荆州刺史道规疾患求归。八年412四月，改授豫州刺史，以后将军、豫州刺史刘毅代之。毅与公俱举大义，兴复晋室，自谓京城、广陵，功业足以相抗。虽权事推公，而心不服也。毅既有雄才大志，厚自矜许，朝士素望者多归之。与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施并深相结。及西镇江陵，豫州旧府，多割以自随，请僧施为南蛮校尉。既知毅不能居下，终为异端，密图之。毅至西，称疾笃，表求从弟兖州刺史藩以为副贰，伪许焉。九月，藩入朝，公命收藩及谢混，并于狱赐死。自表讨毅，又假黄钺，率诸军西征。以前镇军将军司马休之为平西将军、荆州刺史，兖州刺史道怜镇丹徒，豫州刺史诸葛长民监太尉留府事，加太尉司马，丹阳尹刘穆之建威将军，配以实力。壬午，发自京师。遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩前袭江陵。十月，镇恶克江陵，毅及党与皆伏诛。
征西将军、荆州刺史刘道规因病请求回京。义熙八年四月，改任他为豫州刺史，以后将军、豫州刺史刘毅接替他的职位。刘毅和刘裕都曾高举大义，复兴晋室，刘毅自认为在京城、广陵的功业足以与刘裕抗衡。虽然暂时推尊刘裕，但内心并不服气。刘毅既有雄才大志，又非常自负，朝中素有声望的人大多归附他。他与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施都结成了深厚的交情。等到刘毅西镇江陵时，把豫州旧府的人员和物资大多割取带走，并请求任命郗僧施为南蛮校尉。刘裕知道刘毅不甘居人下，终究会成为祸患，秘密谋划对付他。刘毅到了西边，声称病重，上表请求让堂弟兖州刺史刘藩作为自己的副手，刘裕假装答应。九月，刘藩入朝，刘裕下令逮捕刘藩和谢混，都在狱中赐死。刘裕自己上表讨伐刘毅，又假借皇帝的名义授予黄钺，率领各路军队西征。任命前镇军将军司马休之为平西将军、荆州刺史，兖州刺史刘道怜镇守丹徒，豫州刺史诸葛长民监管太尉留府事务，加授太尉司马，丹阳尹刘穆之建威将军，配给实际兵力。壬午日，从京师出发。派遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩先行袭击江陵。十月，王镇恶攻克江陵，刘毅及其党羽全部被诛杀。
十一月己卯这一天，公到达江陵，发布命令说：
〔6〕夫去弊拯民，必存简恕，舍网修纲，虽烦易理。江、荆凋残，刑政多阙；顷年事故，绥抚未周。遂令百姓疲匮，岁月滋甚，财伤役困，虑不幸生。凋残之余，而不减旧，刻剥征求，不循政道。宰莅之司，或非良干，未能菲躬俭，苟求盈给，积习生常，渐不知改。
要革除弊政、拯救百姓，就必须秉持简约和宽恕的原则，放弃细密的法网而修整主要的纲纪，这样虽然看起来繁琐，但实际上容易治理。江州和荆州地区凋敝残破，刑罚和政令多有缺失；近年来发生的事故，安抚工作还没有周全。于是导致百姓疲惫困乏，一年比一年严重，财物受损，徭役困苦，忧虑不幸的事情会发生。在凋敝残破之余，却不减少旧有的赋税，苛刻地剥削搜刮，不遵循为政之道。主管的官员中，有的并非良才干吏，不能做到自身节俭，而是苟且地追求足够的供给，积习成为常态，渐渐不知道改正。
〔7〕近因戎役，来涉二州，践境亲民，愈见其瘼；思欲振其所急，恤其所苦。凡租税调役，悉宜以见户为正。州郡县屯田池塞，诸非军国所资，利入守宰者，今一切除之。州郡县吏，皆依尚书定制实户置。台调癸卯梓材，庚子皮毛，可悉停省，别量所出。巴陵均折度支，依旧兵运。原五岁刑已下，凡所质录贼家余口，亦悉原放。
最近因为战事，我来到这两个州，亲自踏上这片土地接触百姓，更深切地感受到他们的疾苦；想要解救他们最迫切的问题，抚恤他们的苦难。凡是租税、征调和徭役，都应该以现有的实际户数为准。州、郡、县经营的屯田、池塘、关塞等，凡是那些不是国家军事所需、只是让地方官获利的部分，现在全部废除。州、郡、县的官吏，都按照尚书省制定的标准根据实际户数来设置。朝廷以前征调的癸卯年的梓木材料、庚子年的皮毛，可以全部停止，另外再酌情征收其他物资。巴陵地区折纳物资供应度支，依旧由军队运输。赦免五年刑期以下的罪犯，凡是因盗贼案被扣押的家属剩余人口，也全部释放。
〔8〕以荆州十郡为湘州，公乃进督，以西阳太守朱龄石为益州刺史，率众伐蜀。进公太傅、扬州牧，加羽葆鼓吹，班剑二十人。
将荆州的十个郡划出来设置湘州，他于是被提拔为都督，并任命西阳太守朱龄石为益州刺史，率领军队讨伐蜀地。随后又晋升他为太傅、扬州牧，加赐羽葆鼓吹仪仗和二十名持剑卫士。
〔9〕九年413二月乙丑，公至自江陵。初，诸葛长民贪淫骄横，为士民所患苦。公以其同大义，优容之。刘毅既诛，长民谓所亲曰：“昔年醢彭越，今年诛韩信，祸其至矣。”将谋作乱。公克期至京邑，而每淹留不进，公卿以下频日奉候于新亭，长民亦骤出。既而公轻舟密至，已还东府矣。长民到门，引前，却人闲语，凡平生于长民所不尽者，皆与及之；长民甚说。已密命左右壮士丁旿等自幔后出，于坐拉焉。长民坠床，又于地殴之，死于床侧。舆尸付廷尉；并诛其弟黎民。旿骁勇有气力，时人为之语曰：“勿跋扈，付丁旿。”
九年二月乙丑这天，刘裕从江陵回到建康。当初，诸葛长民贪婪淫逸，骄横跋扈，被士人和百姓所痛恨。刘裕因为他曾一同参与起义大业，所以宽容忍让他。刘毅被诛杀后，诸葛长民对亲近的人说：“当年刘邦把彭越剁成肉酱，今年又杀了韩信，灾祸大概要轮到我了。”于是准备谋反作乱。刘裕约定日期到达京城，却常常停留不进，朝廷百官连日在新亭等候，诸葛长民也频繁出迎。不久，刘裕乘轻舟秘密到达，已经返回东府了。诸葛长民来到门口，刘裕接见他，屏退旁人私下交谈，凡是平时与长民说不完的话，都谈到了；长民非常高兴。这时刘裕已秘密命令身边壮士丁旿等人从帐幕后面出来，在座位上将他抓住。长民跌下床，又在地上被殴打，死在床旁。用车载着尸体交给廷尉；并杀了他的弟弟诸葛黎民。丁旿勇猛有力气，当时人因此编了一句话说：“不要飞扬跋扈，有个丁旿等着你。”
〔10〕先是，山湖川泽，皆为豪强所专，小民薪采渔钓，皆责税直，至是禁断之。时民居未一，公表曰：
在此之前，山川湖泊都被那些有权有势的豪强霸占了，老百姓不管是打柴还是捕鱼，都得向他们交税。一直到这个时候，这种不合理的做法才被禁止。当时百姓的居住地还没有统一规划，于是这位大人就上奏说：
〔11〕臣闻先王制治，九土攸序；分境画疆，各安其居；在昔盛世，人无迁业，故井田之制，三代以隆。秦革斯政，汉遂不改；富强兼并，于是为弊。然九服弗扰，所托成旧，在汉西京，大迁田、景之族，以实关中，即以三辅为乡闾，不复系之于齐、楚。自永嘉播越，爰托淮、海，朝有匡复之算，民怀思本之心，经略之图，日不暇给。是以宁民绥治，犹有未遑。及至大司马桓温，以民无定本，伤治为深，庚戌土断，以一其业。于时财阜国丰，实由于此。自兹迄今，弥历年载，画一之制，渐用颓弛。杂居流寓，闾伍弗修，王化所以未纯，民瘼所以犹在。
我听说古代的圣王治理天下，把九州都治理得井井有条；划分疆界，让百姓安居乐业；在过去的盛世，人们不轻易改变职业，所以井田制度在夏、商、周三代得以兴盛。秦朝改变了这一政策，汉朝沿袭不改；富强的势力开始兼并土地，成了弊病。不过当时天下还算安定，百姓都托身在旧土。到了西汉，朝廷大规模迁徙齐国的田氏、景氏这些家族，用来充实关中，就把京畿所在的关中地区作为他们的家乡，不再让他们和齐、楚旧地挂钩。自从永嘉之乱后朝廷南渡，寄居在淮河、长江一带，朝廷有恢复中原的打算，百姓也怀着回归故土的心思，筹划治理的事务天天都忙不过来。所以安民治国的事，还来不及全面开展。到了大司马桓温的时候，他认为百姓没有固定的根基，对治理的伤害太大，于是在庚戌年推行了土断政策，把百姓的户籍统一到居住地。当时财富增长、国家丰裕，确实靠了这个政策。但从那以后到现在，过了很多年，整齐划一的制度渐渐废弛了。各地流民混杂居住，基层的户籍编制也不整顿，这就是为什么王道教化不能纯粹、百姓的疾苦至今仍然存在的原因。
〔12〕臣荷重任，耻责实深，自非改调解张，无以济治。夫人情滞常，难与虑始，所谓父母之邦以为桑梓者，诚以生焉终焉，敬爱所托耳。今所居累世，坟垄成行，敬恭之诚，岂不与事而至。请准庚戌土断之科，庶子本所弘，稍与事著。然后率之以仁义，鼓之以威武，超大江而跨黄河，抚九州而复旧土，则恋本之志，乃速申于当年，在始暂勤，要终所以能易。伏惟陛下，垂矜万民，怜其所失，永怀《鸿雁》之诗，思隆中兴之业。既委臣以国重，期臣以宁济，若所启合允，请付外施行。
我担负着重要的使命，深感羞愧和责任重大，如果不改变政策、调整方针，就无法把国家治理好。人的性情常常拘泥于常规，难以在事情开始时一起谋划长远，所说的“父母之邦”和“桑梓”，确实是因为在那里出生、在那里终老，是敬爱之情所寄托的地方。如今我们在这里居住已经好几代，祖先的坟墓排列成行，这种恭敬的诚意，难道不是随着这一事实而自然产生的吗？请求按照庚戌年土断的条例来办理，或许这样根本的宗旨得以弘扬，逐渐在事务中显现出来。然后以仁义来引领百姓，以威武来激励将士，跨过长江、渡过黄河，安抚九州，恢复旧有的疆土，这样眷恋故土的志向，就能很快在当代表达出来；开始时暂时勤劳，但最终容易成功。我俯首思惟陛下，怜悯天下万民，同情他们的损失，永远铭记《鸿雁》这首诗，思考振兴中兴的大业。既然把国家重任委托给我，期望我安定济世，如果我的建议合适并得到批准，请求交付外朝施行。
〔13〕于是依界土断，唯徐、兖、青三州居晋陵者，不在断例。诸流寓郡县，多被并省。以公领镇西将军、豫州刺史。公固让太傅、州牧及班剑，奉还黄钺。七月，朱龄石平蜀，斩伪蜀王谯纵，传首京师。九月，封公次子义真为桂阳县公，以赏平齐及定卢循也。天子重申前命，授公太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹、班剑二十人。将吏百余敦劝，乃受羽葆、鼓吹、班剑，余固辞。十年414，息民简役。筑东府，起府舍。
于是按照居住地边界进行土断（户籍整理），只有徐州、兖州、青州三个州住在晋陵的人，不在土断的范围之内。各个流亡寓居的郡县，大多被合并或裁撤了。让刘公兼任镇西将军和豫州刺史。刘公坚决推让太傅、州牧以及班剑这些官职和仪仗，并且归还了黄钺。七月，朱龄石平定了蜀地，斩杀了伪蜀王谯纵，把他的首级传送到京城。九月，封刘公的二儿子刘义真为桂阳县公，用来奖赏平定齐地和卢循的功劳。天子再次重申之前的任命，授予刘公太傅、扬州牧，还加赐了羽葆、鼓吹和二十人的班剑仪仗。刘公手下的一百多个将吏都来敦促劝说，于是他才接受了羽葆、鼓吹和班剑，其他的还是坚决推辞。义熙十年，让百姓休养生息，减少徭役。修建了东府，建造了府舍。