〔31〕时，赤眉、青犊、上江、大彤、铁胫、五幡十余万众并在射犬，世祖引兵将击之。纯军在前，去众营数里，贼忽夜攻纯，雨射营中，士多死伤。纯勒部曲，坚守不动。选敢死二千人，俱持强弩，各傅三矢，使衔枚间行，绕出贼后，齐声呼噪，强弩并发，贼众惊走，追击，遂破之。驰骑白世祖。世祖明旦与诸将俱至营，劳纯曰：“昨夜困乎？”纯曰：“赖明公威德，幸而获全。”世祖曰：“大兵不可夜动，故不相救耳。军营进退无常，卿宗族不可悉居军中。”乃以纯族人耿伋为蒲吾长，悉令将亲属居焉。
当时，赤眉、青犊、上江、大彤、铁胫、五幡等部共十几万人马集中在射犬，光武帝刘秀率军将要攻击他们。耿纯的部队作为前锋，距离贼军大营几里路，贼人突然在夜间进攻耿纯，箭矢像下雨一样射入营中，士兵死伤很多。耿纯约束部队，坚守阵地不动。他挑选了两千名敢死之士，都手持强弩，每人各带三支箭，命令他们口中衔枚，从小路悄悄行进，绕到贼军背后，齐声呐喊，强弩齐发，贼军惊恐奔逃，耿纯率军追击，于是打败了他们。耿纯派骑兵飞驰报告刘秀。第二天早晨，刘秀与各位将领一起到达耿纯的军营，慰劳他说：“昨夜奋战，很辛苦吧？”耿纯回答说：“仰仗明公您的威德，侥幸得以保全。”刘秀说：“大部队不可在夜间行动，所以没有救援你。军营进退没有常规，你的宗族不可以全部住在军营中。”于是任命耿纯的族人耿伋为蒲吾县长，让耿纯率领亲属全部居住在那里。
〔32〕世祖即位，封纯高阳侯。击刘永于济阴，下定陶。初，纯从攻王郎，堕马折肩，时疾发，乃还诣怀宫。帝问：“卿兄弟谁可使者？”纯举从弟植，于是使植将纯营，纯犹以前将军从。
光武帝即位后，封耿纯为高阳侯。在济阴攻打刘永，攻下了定陶。当初，耿纯跟随攻打王郎，从马上摔下来折断了肩膀，当时疾病发作，于是回到怀宫去觐见光武帝。光武帝问：“你的兄弟里哪个可以任用？”耿纯推荐了堂弟耿植，于是就派耿植率领耿纯的军营，耿纯仍然以前将军的身份跟随出征。
〔33〕时真定王刘扬复造作谶记云：“赤九之后，瘿扬为主。”扬病瘿，欲以惑众，与绵曼贼交通。建武二年26春，遣骑都尉陈副、游击将军邓隆征扬，扬闭城门，不内副等。乃复遣纯持节，行赦令于幽、冀，所过并使劳慰王侯。密敕纯曰：“刘扬若见，因而收之。”纯从吏士百余骑与副、隆会元氏，俱至真定，止传舍。扬称病不谒，以纯真定宗室之出，遣使与纯书，欲相见。纯报曰：“奉使见王侯牧守，不得先诣，如欲面会，宜出传舍。”时，扬弟临邑侯让及从兄细各拥兵万余人，扬自恃众强而纯意安静，即从官属诣之，兄弟并将轻兵在门外。扬入见纯，纯接以礼敬，因延请其兄弟，皆入，乃闭阁悉诛之，因勒兵而出。真定震怖，无敢动者。帝怜扬、让谋未发，并封其子，复故国。
当时，真定王刘扬又编造谶语说：“赤九之后，瘿扬为主。”刘扬脖子上长了个肉瘤，想用这个说法迷惑百姓，还跟绵曼一带的贼寇勾结。建武二年春天，光武帝派骑都尉陈副、游击将军邓隆去征召刘扬，刘扬关了城门，不让陈副他们进来。光武帝就又派耿纯带着符节，到幽州、冀州去发布赦免令，沿途还要慰劳各王侯。光武帝私下嘱咐耿纯说：“如果见到刘扬，就趁机把他抓起来。”耿纯带着一百多个骑兵和官吏，在元氏跟陈副、邓隆会合，一起到了真定，住在驿馆里。刘扬假称有病不来拜见，因为耿纯是真定宗室的旁支，就派人送信给耿纯，想见面聊聊。耿纯回信说：“我奉命来见王侯和州牧、太守，不能先去拜访您，您要真想见面，就该到驿馆来。”当时，刘扬的弟弟临邑侯刘让和堂兄刘细各自带着一万多士兵，刘扬仗着自己人多势众，又看耿纯神色平静，就带着下属来到驿馆，兄弟几个都带着轻装精兵守在门外。刘扬进去见耿纯，耿纯很礼貌地接待他，接着又请他的兄弟们都进来，等人都到齐了，就关上门把他们全杀了，然后率兵而出。真定城上下都吓坏了，没人敢乱动。光武帝怜惜刘扬、刘让的阴谋还没发动，就一并封了他们的儿子，恢复了他们原来的封国。
〔34〕纯还京师，因自请曰：“臣本吏家子孙，幸遭大汉复兴，圣帝受命，备位列将，爵为通侯。天下略定，臣无所用志，愿试治一郡，尽力自效。”帝笑曰：“卿既治武，复欲修文邪？”乃拜纯为东郡太守。时，东郡未平，纯视事数月，盗贼清宁。四年28，诏纯将兵击更始东平太守范荆，荆降。进击太山济南及平原贼，皆平之。居东郡四岁，时发干长有罪，纯案奏，围守之，奏未下，长自杀。纯坐免，以列侯奉朝请。从击董宪，道过东郡，百姓老小数千随东驾涕泣，云“愿复得耿君”。帝谓公卿曰：“纯年少被甲胄为军吏耳，治郡乃能见思若是乎？”
耿纯回到京城，于是主动请求说：“我本是官吏家庭的子孙，有幸遇到大汉复兴，圣明的皇帝承受天命，让我位列将领，爵位达到通侯。天下大致平定了，我没有用武之地了，愿意尝试治理一个郡，尽自己的力量报效朝廷。”皇帝笑着说：“你既然能带兵打仗，又想搞文治吗？”于是任命耿纯为东郡太守。当时东郡还没有完全平定，耿纯上任几个月，盗贼就被清除安定了。建武四年，皇帝下诏让耿纯率兵攻打更始政权任命的东平太守范荆，范荆投降。又进军攻打太山、济南和平原的贼寇，都平定了。耿纯在东郡任职四年，当时发干县长有罪，耿纯立案上奏，并包围看守他，奏章还没批复，县长就自杀了。耿纯因此被牵连免职，以列侯的身份参加朝会。后来耿纯跟随皇帝攻打董宪，路上经过东郡，百姓老小数千人跟着皇帝的车驾哭泣，说“希望再得到耿君”。皇帝对公卿们说：“耿纯年轻时穿着铠甲当军吏罢了，治理郡县竟然能如此被百姓思念吗？”
〔35〕六年30，定封为东光侯。纯辞就国，帝曰：“文帝谓周勃‘丞相吾所重，君为我率诸侯就国’，今亦然也。”纯受诏而去。至邺，赐谷万斛。到国，吊死问病，民爱敬之。八年32，东郡、济阴盗贼群起，遣大司空李通、横野大将军王常击之。帝以纯威信著于卫地，遣使拜太中大夫，使与大兵会东郡。东郡闻纯入界，盗贼九千余人皆诣纯降，大兵不战而还。玺书复以为东郡太守，吏民悦服。十三年37，卒官，谥曰成侯。子阜嗣。
建武六年，耿纯被正式封为东光侯。他辞别皇帝前往封国，皇帝说：“汉文帝曾对周勃说‘丞相是我所看重的人，你替我率领诸侯们前往封国’，现在的情形也是这样。”耿纯接受诏令就出发了。到了邺城，皇帝赏赐他一万斛粮食。到达封国后，他吊唁死者，慰问病人，百姓都很爱戴尊敬他。建武八年，东郡和济阴一带盗贼蜂拥而起，皇帝派大司空李通、横野大将军王常去攻打。皇帝因为耿纯的威信在卫地很有名，就派使者任命他为太中大夫，让他与大部队在东郡会合。东郡的盗贼听说耿纯进入地界，九千多人都来向耿纯投降，大军没打仗就回去了。皇帝又下诏任命他做东郡太守，官吏百姓都心悦诚服。建武十三年，他在任上去世，谥号叫成侯。他的儿子耿阜继承爵位。
〔36〕植后为辅威将军，封威邑侯。宿至代郡太守，封遂乡侯。为赤眉将军，封著武侯，从邓禹西征，战死云阳。凡宗族封列侯者四人，关内侯者三人，为二千石者九人。
植后来担任辅威将军，被封为威邑侯。宿做到了代郡太守，被封为遂乡侯。某人担任赤眉将军，被封为著武侯，跟随邓禹向西征伐，战死在云阳。总计家族中封为列侯的有四人，封为关内侯的有三人，担任俸禄二千石官职的有九人。
〔37〕阜徙封莒乡侯，永平十四年71，坐同族耿歙与楚人颜忠辞语相连，国除。建初二年77，肃宗追思纯功，绍封阜子盱为高亭侯。盱卒，无嗣，帝复封盱弟腾。卒，子忠嗣。忠卒，孙绪嗣。
耿阜被改封为莒乡侯。汉明帝永平十四年，他因为同族耿歙卷入楚人颜忠的供词（被牵连），封国被撤销。汉章帝建初二年，章帝追念耿纯的功劳，续封耿阜的儿子耿盱为高亭侯。耿盱去世，没有儿子继承，章帝又封耿盱的弟弟耿腾为侯。耿腾去世，他儿子耿忠继承爵位。耿忠去世，他孙子耿绪继承爵位。