〔1〕理藩院都察院（五城兵马司六科给事中） 通政使司大理寺翰林院（文渊阁国史馆经筵讲官起居注） 詹事府太常寺太仆寺光禄寺鸿胪寺国子监衍圣公（五经博士） 钦天监太医院坛庙官陵寝官僧道录司
理藩院、都察院（下辖五城兵马司和六科给事中）、通政使司、大理寺、翰林院（下辖文渊阁、国史馆、经筵讲官、起居注官）、詹事府、太常寺、太仆寺、光禄寺、鸿胪寺、国子监、衍圣公（下辖五经博士）、钦天监、太医院、坛庙官、陵寝官、僧道录司。
〔2〕理藩院管理院务大臣，满洲一人。（特简大学士为之。）尚书，左、右侍郎，俱各满洲一人。（间亦有蒙古人为之。）额外侍郎一人。（以蒙古贝勒、贝子之贤能者任之。）其属：堂主事，满档房满洲二人、蒙古三人，汉档房汉军一人。领办处，员外郎、主事，满、蒙各一人。司务厅司务，满、蒙各一人。笔帖式，满洲三十有六人，蒙古五十有五人，汉军六人。旗籍、王会、柔远、典属、理刑、徕远六清吏司：郎中，宗室一人，（柔远司置。）满洲三人，（旗籍、王会、典属司各一人。）蒙古八人。旗籍、王会、理刑司各二人。典属、徕远司各一人。）员外郎，宗室一人，旗籍司置。满洲十人，王会、柔远、典属、理刑司各二人。旗籍、徕远司各一人。蒙古二十有四人。（旗籍二人，王会三人，柔远五人，典属六人，理刑、徕远司各一人。主事，满洲二人，（旗籍、典属司各一人。）蒙古七人。（柔远、典属、理刑司各一人。王会、徕远司各二人。）笔帖式，满洲三十有六人，蒙古五十有五人，汉军六人。银库，司官二人，（司官内奏委。）司库一人，（正七品。）库使、笔帖式各二人。（以上俱满洲缺。）
理藩院设管理院务大臣一人，由满洲人担任（皇帝特旨从大学士中挑选）。尚书、左侍郎、右侍郎各一人，都由满洲人担任（偶尔也有蒙古人）。额外侍郎一人（由蒙古贝勒、贝子中贤能的人担任）。下属官员有：堂主事，满档房设满洲二人、蒙古三人，汉档房设汉军一人。领办处设员外郎、主事各一人，满、蒙各一人。司务厅设司务一人，满、蒙各一人。笔帖式共三十六人（满洲）、五十五人（蒙古）、六人（汉军）。下设旗籍、王会、柔远、典属、理刑、徕远六个清吏司：各司郎中，宗室一人（柔远司设），满洲三人（旗籍、王会、典属司各一人），蒙古八人（旗籍、王会、理刑司各二人，典属、徕远司各一人）。员外郎，宗室一人（旗籍司设），满洲十人（王会、柔远、典属、理刑司各二人，旗籍、徕远司各一人），蒙古二十四人（旗籍二人，王会三人，柔远五人，典属六人，理刑、徕远司各一人）。主事，满洲二人（旗籍、典属司各一人），蒙古七人（柔远、典属、理刑司各一人，王会、徕远司各二人）。笔帖式，满洲三十六人，蒙古五十五人，汉军六人。银库设司官二人（从司官中奏派），司库一人（正七品），库使、笔帖式各二人（以上都是满洲人缺额）。
〔3〕尚书掌内外藩蒙古、回部及诸番部，制爵禄，定朝会，正刑罚，控驭抚绥，以固邦翰。侍郎贰之。旗籍掌考内紥萨克疆里，（大漠以南曰内蒙古，部二十有四：曰科尔沁，曰紥赉特，曰杜尔伯特，曰郭尔罗斯，曰敖汉，曰奈曼，曰巴林，曰紥鲁特，曰阿鲁科尔沁，曰翁牛特，曰克什克腾，曰喀尔喀左翼，曰喀喇沁，曰土默特，曰乌珠穆沁，曰浩齐特，曰苏尼特，曰阿巴噶，曰阿巴哈纳尔，曰四子部落，曰茂明安，曰乌喇特，曰喀尔喀右翼，曰鄂尔多斯，为旗四十有九。）畴封爵，（凡六等：一亲王，二郡王，三贝勒，四贝子，五镇国公，六辅国公。不入六等者，曰台吉、塔布囊，亦分四等。）辨谱系。凡官属、（紥萨克之辅曰协理台吉。其属曰管旗章京，曰副章京，曰参领，曰佐领，曰骁骑校。）部众会盟、（盟地六：曰哲里木，曰卓索图，曰昭乌达，曰锡林郭勒，曰乌尔察布，曰伊克昭。置盟长、副盟长各一人，由紥萨克请简。）军旅邮传，并隶治之；兼稽游牧内属者。（凡归化城土默特、黑龙江布特哈皆是。）王会掌内紥萨克宾礼，典朝觐、贡献仪式。凡飨赉、馆饩，视等级以为差。典属掌外紥萨克部旗封爵，（大漠以北曰外蒙古，部四：曰土谢图汗，曰赛音诺颜，曰车臣汗，曰紥萨克图汗，为旗八十有六。又有杜尔伯特部，土尔扈特部，和硕特部，辉特部，绰罗斯部，额鲁特部。别于蒙古者，曰和托辉特，曰哈柳沁，曰托斯，曰奢集努特，曰古罗格沁，并属。以外紥萨克封爵有汗，以列王、贝勒、贝子、公之右。无塔布囊，有台吉。）治盟会。（喀尔喀四盟：曰汗阿林，曰齐齐尔里克，曰克鲁伦巴尔和屯，曰紥克毕拉色钦毕都尔诺尔。杜尔伯特二盟：曰赛因济雅哈图左翼，曰赛因济雅哈图右翼。土尔扈特五盟：曰南乌讷恩素珠克图，曰北乌讷恩素珠克图，曰东乌讷恩素珠克图，曰西乌讷恩素珠克图，曰青塞特奇勒图。和硕特一盟：曰巴图塞特奇勒。盟置盟长、副盟长各一人，于同盟紥萨克内简用。惟青海之盟无长。）置邮驿，颁屯田、互市政令；兼稽游牧内属者。（一曰察哈尔，二曰巴尔呼，三曰额鲁特，四曰紥哈沁，五曰明阿特，六曰乌梁海，七曰达木，八曰哈萨克。）柔远掌治外紥萨克众部，凡喇嘛、番僧禄廪、朝贡，并司其仪制。徕远掌回部紥萨克、伯克岁贡年班，番子、土司亦如之；并典外裔职贡。（附牧回城卡伦外，曰布鲁特。内附者各给以衔，岁遣使输马。他哈萨克，若浩罕，若博罗尔，若巴达克山，若爱乌罕，并各效其职贡。理刑掌蒙古、番、回刑狱诤讼。领办处掌综领众）务。银库掌帑金出纳。
尚书负责管理内外蒙古、回部及各个藩部，制定爵位俸禄，规定朝会礼仪，执掌刑罚，控制安抚，以巩固国家的屏障。侍郎是尚书的副手。旗籍司负责核查内蒙古各旗的疆域（大漠以南称为内蒙古，有二十四个部：科尔沁、紥赉特……等，共四十九个旗），划分爵位（共六等：亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公。不入六等的称为台吉、塔布囊，也分四等），辨别宗族谱系。所有官员（紥萨克的辅佐官员叫协理台吉，下属有管旗章京、副章京、参领、佐领、骁骑校）、部众会盟（有六个盟地：哲里木、卓索图、昭乌达、锡林郭勒、乌尔察布、伊克昭，各设盟长、副盟长一人，由紥萨克奏请任命）、军队、邮传，都归旗籍司管理；同时兼管游牧内属的部落（如归化城土默特、黑龙江布特哈等）。王会司负责内蒙古王公的礼仪，主持朝觐、进贡的仪式。凡是宴请、赏赐、馆舍供给，都按等级差别对待。典属司负责外蒙古各部的旗和封爵（大漠以北称为外蒙古，有四个部：土谢图汗、赛音诺颜、车臣汗、紥萨克图汗，共八十六个旗。还有杜尔伯特、土尔扈特、和硕特、辉特、绰罗斯、额鲁特等部。另外不同于蒙古的，有和托辉特、哈柳沁、托斯、奢集努特、古罗格沁，都归此管辖。外蒙古封爵有汗，排在王、贝勒、贝子、公的右边。没有塔布囊，有台吉），管理盟会（喀尔喀有四盟：汗阿林、齐齐尔里克、克鲁伦巴尔和屯、紥克毕拉色钦毕都尔诺尔。杜尔伯特有二盟：赛因济雅哈图左翼、右翼。土尔扈特有五盟：南乌讷恩素珠克图、北乌讷恩素珠克图、东乌讷恩素珠克图、西乌讷恩素珠克图、青塞特奇勒图。和硕特有一盟：巴图塞特奇勒。各盟设盟长、副盟长一人，在同盟的紥萨克中挑选任用。只有青海的盟没有盟长），设置驿站，颁布屯田、互市政令；同时兼管游牧内属的部落（一察哈尔，二巴尔呼，三额鲁特，四紥哈沁，五明阿特，六乌梁海，七达木，八哈萨克）。柔远司负责管理外蒙古各部，所有喇嘛、番僧的俸禄、朝贡，以及相关的礼仪制度。徕远司负责管理回部紥萨克、伯克的年班进贡，番子、土司也一样；并掌管外藩的职贡（在回城卡伦外附牧的，叫布鲁特。归附的分别授予衔位，每年派使者进贡马匹。其他如哈萨克、浩罕、博罗尔、巴达克山、爱乌罕等，都各自进贡）。理刑司负责蒙古、番、回的刑狱诉讼。领办处负责总领各种事务。银库负责库银的收支。
〔4〕其兼领者：蒙古翻译房，员外郎、主事各一人，（司官内奏委。）校正汉文官二人，（满、蒙内阁侍读学士、侍读、翰林院侍读、侍讲学士、侍读、侍讲内奏派。）主章奏文移。内、外馆监督各一人，（六部司员内充补。光绪三十三年1907省。）主宾馆缮完涤除。乌兰哈达、三座塔、八沟司官各一人，分驻塔子沟笔帖式一人，（嘉庆十五年1810撤回，并四处司员俱改为理事官，隶热河都统，仍由本院司员内简放。）分主蒙古部落民人讼事。察哈尔游牧处理事员外郎十有六人，（以在京蒙古各旗与察哈尔各旗官员内番选。由护军、骁骑校选用者授员外郎。由中书、笔帖式选用者，先授主事，三年1798称职，升员外郎。）分主游牧察哈尔民人讼事。张家、喜峰、独石、杀虎、古北诸口管理驿站员外郎、（司员内奏委。）笔帖式各一人，主蒙古邮驿政令。围场总管一人，（康熙四十五年1706置。乾隆十四年1749始来隶。嘉庆七年1802后，改隶热河都统。）左、右翼长各一人，章京八人，（初制六品。乾隆十八年1753升五品。）骁骑校八人，主守木兰围场，专司巡察。
理藩院兼管的机构有：蒙古翻译房，设员外郎、主事各一人（从司官中奏派）。校正汉文官二人（从满、蒙内阁侍读学士、侍读、翰林院侍读、侍讲学士、侍读、侍讲中奏派），负责奏章和文件。内馆、外馆监督各一人（由六部司员充补，光绪三十三年撤销），负责宾馆的修缮和打扫。乌兰哈达、三座塔、八沟各设司官一人，塔子沟分驻笔帖式一人（嘉庆十五年撤回，四处司员都改为理事官，隶属热河都统，仍由本院司员中选派），分别管理蒙古部落的民事诉讼。察哈尔游牧处理事员外郎十六人（从在京蒙古各旗和察哈尔各旗官员中挑选。由护军、骁骑校选用的授员外郎；由中书、笔帖式选用的，先授主事，三年称职后升员外郎），分别管理游牧察哈尔的民事诉讼。张家口、喜峰口、独石口、杀虎口、古北口等关口的管理驿站员外郎（从司员中奏派）、笔帖式各一人，负责蒙古地区的邮驿政令。围场总管一人（康熙四十五年设置，乾隆十四年才归属理藩院，嘉庆七年后改隶热河都统），左、右翼长各一人，章京八人（初制六品，乾隆十八年升五品），骁骑校八人，负责守卫木兰围场，专门巡察。