〔11〕玄既至巴陵，仲堪遣众距之，为玄所败。玄进至杨口，又败仲堪弟子道护，乘胜至零口，去江陵二十里，仲堪遣军数道距之。佺期自襄阳来赴，与兄广共击玄，玄惧其锐，乃退军马头。佺期等方复追玄苦战，佺期败，走还襄阳，仲堪出奔酂城，玄遣将军冯该蹑佺期，获之。广为人所缚，送玄，并杀之。仲堪闻佺期死，乃将数百人奔姚兴，至冠军城，为该所得，玄令害之。
桓玄到达巴陵后，仲堪派兵抵抗，被桓玄击败。桓玄进至杨口，又击败仲堪的弟子殷道护，乘胜至零口，距离江陵二十里，仲堪派数路军队抵抗。杨佺期从襄阳赶来，与兄杨广一起攻击桓玄，桓玄惧怕其锐气，于是退军马头。佺期等再次追击桓玄苦战，佺期战败，逃回襄阳，仲堪出奔酂城，桓玄派将军冯该追击佺期，抓获了他。杨广被人绑缚，送交桓玄，一并杀死。仲堪听说佺期死，于是带领数百人投奔姚兴，到达冠军城，被冯该抓获，桓玄下令杀害了他。
〔12〕于是遂平荆雍，乃表求领江、荆二州。诏以玄都督荆司雍秦梁益宁七州、后将军、荆州刺史、假节，以桓脩为江州刺史。玄上疏固争江州，于是进督八州及杨豫八郡，复领江州刺史。玄又辄以伟为冠军将军、雍州刺史。时寇贼未平，朝廷难违其意，许之。玄于是树用腹心，兵马日盛，屡上疏求讨孙恩，诏辄不许。其后恩逼京都，玄建牙聚众，外托勤王，实欲观衅而进，复上疏请讨之。会恩已走，玄又奉诏解严。以伟为江州，镇夏口；司马刁畅为辅国将军，督八郡，镇襄阳；遣桓振、皇甫敷、冯该等戍湓口。移沮漳蛮二千户于江南，立武宁郡；更招集流人，立绥安郡。又置诸郡丞。诏征广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，玄皆留不遣。自谓三分有二，知势运所归，屡上祯祥以为己瑞。
于是平定了荆州和雍州，桓玄上表请求兼领江、荆二州。下诏以桓玄都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁七州、后将军、荆州刺史、假节，以桓脩为江州刺史。桓玄上疏坚决争求江州，于是进督八州及杨豫八郡，又兼领江州刺史。桓玄又擅自任命桓伟为冠军将军、雍州刺史。当时寇贼未平，朝廷难以违背他的意思，同意了。桓玄于是任用亲信，兵马日益强盛，屡次上疏请求讨伐孙恩，下诏总是不允许。后来孙恩逼近京都，桓玄竖旗聚众，表面上说是勤王，实际想观望形势而进，又上疏请求讨伐。恰逢孙恩已退，桓玄又奉诏解严。任命桓伟为江州刺史，镇守夏口；司马刁畅为辅国将军，督八郡，镇守襄阳；派遣桓振、皇甫敷、冯该等戍守湓口。迁移沮漳蛮二千户到江南，设立武宁郡；又招集流民，设立绥安郡。又设置各郡丞。下诏征召广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，桓玄都扣留不让走。自认为三分天下有其二，知道运势所归，屡次进献祥瑞作为自己的吉兆。
〔13〕初。庾楷既奔于玄，玄之求讨孙恩也，以为右将军。玄既解严，楷亦去职。楷以玄方与朝廷构怨，恐事不克，祸及于己，乃密结于后将军元显，许为内应。元兴初，元显称诏伐玄，玄从兄石生时为太傅长史，密书报玄。玄本谓扬土饥馑，孙恩未灭，必未遑讨己，可得蓄力养众，观衅而动。既闻元显将伐之，甚惧，欲保江陵。长史卞范之说玄曰：“公英略威名振于天下，元显口尚乳臭，刘牢之大失物情，若兵临近畿，示以威赏，则土崩之势可翘足而待，何有延敌入境自取蹙弱者乎！”玄大悦，乃留其兄伟守江陵，抗表率众，下至寻阳，移檄京邑，罪状元显。檄至。元显大惧，下船而不克发。玄既失人情，而兴师犯顺，虑众不为用，恒有回旆之计。既过寻阳，不见王师，意甚悦，其将吏亦振。庾楷谋泄，收絷之。至姑孰，使其将冯该、苻宏、皇甫敷、索元等先攻谯王尚之。尚之败。刘牢之遣子敬宣诣玄降。
当初，庾楷投奔桓玄后，桓玄请求讨伐孙恩时，任命他为右将军。桓玄解严后，庾楷也离职。庾楷认为桓玄正与朝廷结怨，恐怕事情不成功，祸及自身，于是秘密结交后将军元显，答应做内应。元兴初年，元显声称奉诏讨伐桓玄，桓玄的从兄桓石生当时任太傅长史，秘密写信报告桓玄。桓玄本以为扬州地区饥荒，孙恩未灭，一定无暇讨伐自己，可以蓄力养众，观望形势而动。听说元显将要讨伐自己，非常害怕，想退保江陵。长史卞范之劝说桓玄：“您的英略威名震动天下，元显乳臭未干，刘牢之大失人心，如果军队临近京城，示以威赏，则土崩之势可翘足而待，何必延敌入境自取窘迫呢！”桓玄大喜，于是留下其兄桓伟守江陵，自己上表率众东下，到达寻阳，向京城发布檄文，列举元显罪状。檄文到后，元显非常害怕，下船而不能出发。桓玄已经失去人心，却兴师犯顺，担心部众不为己用，常有回师之念。过了寻阳，不见朝廷军队，心中很高兴，其将吏也振奋。庾楷的密谋泄露，被逮捕。到达姑孰，派其将冯该、苻宏、皇甫敷、索元等先攻谯王司马尚之。尚之战败。刘牢之派其子刘敬宣到桓玄处投降。
〔14〕玄至新亭，元显自溃。玄入京师，矫诏曰：“义旗云集，罪在元显。太傅已别有教，其解严息甲，以副义心。”又矫诏加己总百揆，侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，又加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人，置左右长史、司马、从事中郎四人，甲杖二百人上殿。玄表列太傅道子及元显之恶，徙道子于安成郡，害元显于市。于是玄入居太傅府，害太傅中郎毛泰、泰弟游击将军邃，太傅参军荀逊、前豫州刺史庾楷父子、吏部郎袁遵、谯王尚之等，流尚之弟丹杨尹恢之、广晋伯允之、骠骑长史王诞、太傅主簿毛遁等于交广诸郡，寻追害恢之、允之于道。以兄伟为安西将军、荆州刺史，领南蛮校尉，从兄谦为左仆射、加中军将军、领选，脩为右将军、徐兖二州刺史，石生为前将军、江州刺史，长史为卞范之为建武将军、丹杨尹、王谧为中书令、领军将军。大赦，改元为大亨。玄让丞相，自署太尉、领平西将军、豫州刺史。又加衮冕之服，绿綟绶，增班剑为六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名。
桓玄到达新亭，元显自行溃散。桓玄进入京城，假传诏书说：“义旗云集，罪在元显。太傅已另有命令，应当解严息甲，以符合义心。”又假传诏书加自己总百揆（总揽朝政）、侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，兼领徐州刺史，又加假黄钺（代表皇帝征伐）、羽葆鼓吹（仪仗）、班剑二十人，设置左右长史、司马、从事中郎四人，甲仗二百人上殿。桓玄上表列举太傅司马道子和元显的罪恶，流放道子到安成郡，在街市杀害元显。于是桓玄入居太傅府，杀害太傅中郎毛泰、泰弟游击将军毛邃、太傅参军荀逊、前豫州刺史庾楷父子、吏部郎袁遵、谯王司马尚之等，流放尚之弟丹杨尹司马恢之、广晋伯司马允之、骠骑长史王诞、太傅主簿毛遁等到交广诸郡，不久在路上追害了恢之、允之。任命其兄桓伟为安西将军、荆州刺史，兼南蛮校尉，从兄桓谦为左仆射、加中军将军、兼管选举，桓脩为右将军、徐兖二州刺史，桓石生为前将军、江州刺史，长史卞范之为建武将军、丹杨尹，王谧为中书令、领军将军。大赦，改年号为“大亨”。桓玄辞让丞相，自任太尉、兼平西将军、豫州刺史。又加衮冕之服（皇帝礼服）、绿綟绶（绿色绶带），增加班剑为六十人，剑履上殿，入朝不快步，赞奏不称名。
〔15〕玄将出居姑孰，访之于众，王谧对曰：“《公羊》有言，周公何以不之鲁？欲天下一乎周也。愿静根本，以公旦为心。”玄善其对而不能从。遂大筑城府，台馆山池莫不壮丽，乃出镇焉。既至姑孰，固辞录尚书事，诏许之，而大政皆谘焉，小事则决于桓谦、卞范之。
桓玄将要出居姑孰，向众人征求意见，王谧回答说：“《公羊传》有言，周公为什么不去鲁国？因为想要天下统一于周朝。希望您安定根本，以周公旦为心。”桓玄认为他说得好但不能听从。于是大筑城府，台馆山池无不壮丽，然后出镇姑孰。到达姑孰后，坚决辞让录尚书事，下诏允许，但大政都咨询他，小事则由桓谦、卞范之决定。
〔16〕自祸难屡构，干戈不戢，百姓厌之。思归一统。及玄初至也，黜凡佞，擢俊贤，君子之道粗备，京师欣然。后乃陵侮朝廷，幽摈宰辅，豪奢纵欲，众务繁兴，于是朝野失望，人不安业。时会稽饥荒，玄令赈贷之。百姓散在江湖采梠，内史王愉悉召之还。请米，米既不多，吏不时给，顿仆道路死者十八九焉。玄又害吴兴太守高素、辅国将军竺谦之、谦之从兄高平相朗之、辅国将军刘袭、袭弟彭城内史季武、冠军将军孙无终等，皆牢之之党，北府旧将也。袭兄冀州刺史轨及宁朔将军高雅之、牢之子敬宣并奔慕容德。玄讽朝廷以己平元显功，封豫章公，食安成郡地方二百二十五里，邑七千五百户；平仲堪、佺期功，封桂阳郡公，地方七十五里，邑二千五百户；本封南郡如故。玄以豫章改封息升，桂阳郡公赐兄子濬，降为西道县公。又发诏为桓温讳，有姓名同者一皆改之，赠其母马氏豫章公太夫人。元兴二年403，玄诈表请平姚兴，又讽朝廷作诏，不许。玄本无资力，而好为大言，既不克行，乃云奉诏故止。初欲饰装，无他处分，先使作轻舸，载服玩及书画等物。或谏之，玄曰：“书画服玩既宜恒在左右，且兵凶战危，脱有不意，当使轻而易运。”众咸笑之。
自从祸难屡次发生，战事不断，百姓厌烦，希望统一。等到桓玄初到京城时，罢黜庸佞，提拔俊贤，君子之道粗略具备，京城人心欢喜。后来却凌侮朝廷，幽禁排斥宰辅，豪奢纵欲，众多事务繁兴，于是朝野失望，人不安业。当时会稽饥荒，桓玄下令赈贷。百姓散在江湖采梠（野谷），内史王愉全部召还。请求发米，米既不多，吏员又不及时给，倒毙在道路上的有十之八九。桓玄又杀害吴兴太守高素、辅国将军竺谦之、谦之从兄高平相竺朗之、辅国将军刘袭、袭弟彭城内史刘季武、冠军将军孙无终等，都是刘牢之的同党，北府旧将。刘袭的兄长冀州刺史刘轨及宁朔将军高雅之、刘牢之的儿子刘敬宣都投奔慕容德。桓玄暗示朝廷以自己平定元显的功劳，封豫章公，食邑安成郡地方二百二十五里，七千五百户；平定仲堪、佺期的功劳，封桂阳郡公，地方七十五里，二千五百户；本来的南郡公爵位照旧。桓玄将豫章公改封给儿子桓升，桂阳郡公赐给兄子桓濬，降为西道县公。又下诏为桓温避讳，有姓名相同的一律改掉，赠其母马氏为豫章公太夫人。元兴二年，桓玄假意上表请求讨平姚兴，又暗示朝廷下诏不许。桓玄本来没有实力，却好说大话，既然不能实行，便说是奉诏而停止。起初想整装，没有其他安排，先让人制作轻便小船，装载服玩及书画等物。有人劝谏，桓玄说：“书画服玩适宜常放在身边，而且兵凶战危，倘有不测，应当使它们轻便易运。”众人都笑话他。