〔1〕△南京宗人府 吏部 户部附总督粮储 礼部 兵部 刑部 工部 都察院附提督操江 通政司 大理寺 詹事府 翰林院 国子监 太常寺 光禄寺太仆寺 鸿胪寺 尚宝司 六科 行人司 钦天监 太医院 五城兵马司应天府附上元江宁二县 已上南京官 王府长史司 布政司 按察司 各道行太仆寺 苑马寺 都转运盐使司 盐课提举司 市舶提举司 茶马司 府州 县 儒学 巡检司 驿 税课司 仓库 织染局 河泊所〔附闸坝官〕批验所 递运所 铁冶所 医学 阴阳学 僧纲司 道纪司
南京宗人府、吏部、户部（附带总督粮储官员）、礼部、兵部、刑部、工部、都察院（附带提督操江官员）、通政司、大理寺、詹事府、翰林院、国子监、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、尚宝司、六科、行人司、钦天监、太医院、五城兵马司、应天府（附带上元、江宁两县）。以上是南京的官职。还有王府长史司、布政司、按察司、各道行太仆寺、苑马寺、都转运盐使司、盐课提举司、市舶提举司、茶马司、府、州、县、儒学、巡检司、驿、税课司、仓库、织染局、河泊所（附带闸坝官）、批验所、递运所、铁冶所、医学、阴阳学、僧纲司、道纪司。
〔2〕南京宗人府。经历司，经历一人。（南京官品秩，俱同北京。）
南京宗人府。下设经历司，设经历一人。（南京官员的品级和俸禄，都与北京相同。）
〔3〕吏部。尚书一人，右侍郎一人。（六部侍郎，至弘治后始专设右。万历三年1575俱革。十一年1583复设。天启中，每部增侍郎一人。崇祯间革。）其属，司务厅，司务一人。文选、考功、验封、稽勋四清吏司，各郎中一人，主事一人。（验封、稽勋二司主事，后并革。）凡南京官，六年考察，考功掌之，不由北吏部。
吏部。设尚书一人，右侍郎一人。（六部中的侍郎，到弘治以后才专门设置右侍郎。万历三年全部废除。万历十一年又恢复。天启年间，每部增加侍郎一人。崇祯年间废除。）其下属机构：司务厅，设司务一人。文选、考功、验封、稽勋四个清吏司，各设郎中一人，主事一人。（验封、稽勋二司的主事，后来都废除了。）凡是南京的官员，每六年进行一次考察，由考功司掌管，不经过北京吏部。
〔4〕户部。尚书一人，右侍郎一人，司务一人，照磨一人。十三司，郎中十三人，员外郎九人，（浙江、江西、湖广、广东、广西、福建、山西、陕西、云南九司各一人，嘉靖三十七年1558，革山西、陕西三司员外郎各一人，隆庆中又革广西、云南二司员外郎各一人。）主事十七人，（山西、广东、广西、云南四司各二人，隆庆三年1569革广东司主事一人。）所辖，宝钞提举司，提举一人。广积库、承运库、赃罚库、甲乙丙丁戊五字库、宝钞广惠库、军储仓，各大使一人。长安门仓、东安门仓、西安门仓、北安门仓各副使一人。龙江盐仓检校批验所，大使一人。（隆庆三年1569，革宝钞司提举、军储仓大使。）
户部。设尚书一人，右侍郎一人，司务一人，照磨一人。下设十三个清吏司，共有郎中十三人，员外郎九人（浙江、江西、湖广、广东、广西、福建、山西、陕西、云南九个司各一人，嘉靖三十七年，革去山西、陕西三司的员外郎各一人，隆庆年间又革去广西、云南二司的员外郎各一人）。主事十七人（山西、广东、广西、云南四个司各二人，隆庆三年革去广东司主事一人）。所辖机构：宝钞提举司，设提举一人。广积库、承运库、赃罚库、甲乙丙丁戊五字库、宝钞广惠库、军储仓，各设大使一人。长安门仓、东安门仓、西安门仓、北安门仓各设副使一人。龙江盐仓检校批验所，设大使一人。（隆庆三年，革去宝钞司提举、军储仓大使。）
〔5〕总督粮储一人。（嘉靖以前，特设都御史。二十六年革，以户部右侍郎加都御史衔领之。）
总督粮储一人。（嘉靖以前，特别设置都御史担任此职。嘉靖二十六年废除，改用户部右侍郎加都御史的头衔来兼任。）
〔6〕礼部。尚书一人，右侍郎一人，司务一人。仪制、祠祭、主客、精膳四司，各郎中一人。仪制、祠祭二司，各主事一人。所辖，铸印局，副使一人。教坊司，右韶舞一人，左右司乐各一人。
礼部。设尚书一人，右侍郎一人，司务一人。下设仪制、祠祭、主客、精膳四个清吏司，各设郎中一人。仪制、祠祭二司，各设主事一人。所辖机构：铸印局，设副使一人。教坊司，设右韶舞一人，左右司乐各一人。
〔7〕兵部。尚书参赞机务一人，右侍郎一人，司务一人。武选、职方、车驾、武库四司，郎中四人，员外郎二人，（武选、武库无员外郎。）主事五人。（车驾主事二人。）所辖，典牧所，提领一人。（正八品）会同馆、大胜关，各大使一人。按参赞机务，自宣德八年1433黄福始。成化二十三年1487，始奉敕谕，专以本部尚书参赞机务，同内外守备官操练军马，抚恤人民，禁戢盗贼，振举庶务，故其职视五部为特重云。
兵部。设尚书参赞机务一人，右侍郎一人，司务一人。下设武选、职方、车驾、武库四个清吏司，共有郎中四人，员外郎二人（武选、武库两司没有员外郎），主事五人（车驾司主事二人）。所辖机构：典牧所，设提领一人（正八品）。会同馆、大胜关，各设大使一人。按：参赞机务一职，从宣德八年黄福开始担任。成化二十三年，才开始奉皇帝敕谕，专门以兵部尚书参赞机务，与内外守备官一起操练军马，抚恤人民，禁止盗贼，振兴各项事务，所以这个职务比五部其他官职更为重要。
〔8〕刑部。尚书一人，右侍郎一人，司务、照磨各一人。十三司郎中十三人，员外郎五人，（惟浙江、江西、河南、陕西、广东五司设。）主事十四人，（广东司二人。）分掌南京诸司，及公、侯、伯、五府、京卫所刑名之事。司狱二人。
刑部。设尚书一人，右侍郎一人，司务、照磨各一人。十三个清吏司共有郎中十三人，员外郎五人（只有浙江、江西、河南、陕西、广东五个司设置），主事十四人（广东司二人）。分别掌管南京各衙门以及公、侯、伯、五军都督府、京卫所等机构的刑事案件。设司狱二人。
〔9〕工部。尚书一人，右侍郎一人，司务一人。营缮、虞衡、都水、屯田四司，郎中四人，员外郎二人，（营缮司一人，都水司一人，嘉靖三十七年1558，革都水员外郎。）主事八人。（营缮司三人，屯田司一人，余各二人。）所辖，营缮所，所正、所副、所丞各一人。龙江、清江二提举司，各提举一人。（副提举后革。）文思院、宝源局、军器局、织染所、龙江抽分竹木局、瓦屑坝抽分竹木局，各大使一人。（嘉靖三十七年1558，革文思院大使。）
工部。设尚书一人，右侍郎一人，司务一人。下设营缮、虞衡、都水、屯田四个清吏司，共有郎中四人，员外郎二人（营缮司一人，都水司一人，嘉靖三十七年革去都水员外郎），主事八人（营缮司三人，屯田司一人，其余各二人）。所辖机构：营缮所，设所正、所副、所丞各一人。龙江、清江两个提举司，各设提举一人（副提举后来革去）。文思院、宝源局、军器局、织染所、龙江抽分竹木局、瓦屑坝抽分竹木局，各设大使一人（嘉靖三十七年革去文思院大使）。
〔10〕都察院。右都御史一人，右副都御史一人，右佥都御史一人，司务、经历、都事、照磨各一人，司狱二人。（嘉靖三十七年1558，革司狱一人。隆庆四年1570，革都事。）浙江、江西、河南、山东、山西、陕西、四川、云南、贵州九道，各御史二人。福建、湖广、广东、广西四道，各御史三人。（嘉靖后不全设，恒以一人兼数道。）凡刷卷、巡仓、巡江、巡城、屯田、印马、巡视粮储、监收粮斛、点闸军士、管理京营、比验军器，皆叙而差之。清军，则偕兵部、兵科。核后湖黄册，则偕户部、户科。
都察院。设右都御史一人，右副都御史一人，右佥都御史一人，司务、经历、都事、照磨各一人，司狱二人（嘉靖三十七年革去司狱一人，隆庆四年革去都事）。浙江、江西、河南、山东、山西、陕西、四川、云南、贵州九个道，各设御史二人。福建、湖广、广东、广西四个道，各设御史三人（嘉靖以后不完全设置，常常以一人兼管数道）。凡是审查案卷、巡视仓库、巡视长江、巡视京城、屯田、检验马匹、巡视粮储、监收粮斛、点检军士、管理京营、检验军器，都按照次序派遣御史。清军则与兵部、兵科一同进行。核查后湖的黄册，则与户部、户科一同进行。
〔11〕提督操江一人。（以副佥都御史为之，领上、下江防之事。）
提督操江这个职位设一个人，由副佥都御史来担任，负责统领上江和下江的防务事务。
〔12〕通政使司。通政使一人，右通政一人，右参议一人，掌收呈状，付刑部审理。经历一人。
通政使司。设通政使一人、右通政一人、右参议一人，负责接收申诉文书，然后交付刑部审理。另外还设有经历一人，掌管文书收发等事务。
〔13〕大理寺。卿一人，右寺丞一人，司务一人，左、右寺正各一人，左、右评事各三人。（隆庆三年1569，革左、右评事各一人。）
大理寺。设置卿一名，右寺丞一名，司务一名，左寺正和右寺正各一名，左评事和右评事各三名。（隆庆三年时，裁撤了左、右评事各一名。）
〔15〕翰林院。学士一人，（不常置，以翰林坊局官署职。）孔目一人。
翰林院。设学士一人（这一职位不常设，而是由翰林坊局的官员兼任），孔目一人。
〔16〕国子监。祭酒一人，司业一人，监丞一人，典簿一人，博士三人，助教六人，学正五人，学录二人，典籍一人，学馔一人。（嘉靖三十七年1558，革助教二人及掌馔。隆庆四年1570，革博士一人，学正一人。）
国子监。设有祭酒一人，司业一人，监丞一人，典簿一人，博士三人，助教六人，学正五人，学录二人，典籍一人，学馔一人。（嘉靖三十七年，裁撤了助教两人以及掌馔。隆庆四年，裁撤了博士一人，学正一人。）
〔17〕太常寺。卿一人，少卿一人，典簿一人，博士一人，协律郎二人，赞礼郎七人，（嘉靖中，革赞礼郎一人。）司乐二人。各祠祭署合奉祀八人，祀丞七人。（天、地坛奉祀一、祀丞一。山川坛、耤田奉祀一。祖陵奉祀、祀丞各一。皇陵奉祀、祀丞各二。孝陵、扬王坟、徐王坟各奉祀一，祀丞一。嘉靖后，革天地坛、祖陵、扬王坟三祠祭署祀丞。）
太常寺这个机构，设卿一人，少卿一人，典簿一人，博士一人，协律郎二人，赞礼郎七人（嘉靖年间，裁撤了赞礼郎一人），司乐二人。各个祠祭署总共设奉祀八人，祀丞七人。（其中天地坛设奉祀一人、祀丞一人；山川坛和耤田设奉祀一人；祖陵设奉祀和祀丞各一人；皇陵设奉祀和祀丞各二人；孝陵、扬王坟、徐王坟各设奉祀一人、祀丞一人。嘉靖以后，裁撤了天地坛、祖陵、扬王坟这三个祠祭署的祀丞。）
〔18〕光禄寺。卿一人，少卿一人，（隆庆四年1570，革少卿。）典簿一人。大官、珍羞、良酝、掌醢四署，各署正一人，署丞一人。（嘉靖中，革良酝、掌醢二署署丞。万历中，革珍羞署丞。）
光禄寺。设有卿一人，少卿一人，（隆庆四年，裁撤了少卿一职。）典簿一人。下辖大官、珍羞、良酝、掌醢四个署，每个署设署正一人，署丞一人。（嘉靖年间，裁撤了良酝、掌醢两个署的署丞。万历年间，裁撤了珍羞署的署丞。）
〔19〕太仆寺。卿一人，少卿二人，寺丞二人，（隆庆中，革少卿一人，寺丞一人。主簿一人。）
太仆寺这个机构，设有一位卿，两位少卿，两位寺丞。（隆庆年间，裁减了一位少卿和一位寺丞。另外还设有一位主簿。）
〔20〕鸿胪寺。卿一人，主簿一人。司仪、司宾二署，各署丞一人，鸣赞四人，序班九人。
鸿胪寺这个机构，设有一个正卿和一个主簿。下面还管着司仪、司宾两个署，每个署都设一个署丞，另外还有四个鸣赞和九个序班。
〔22〕吏、户、礼、兵、刑、工六科。给事中六人。又户科给事中一人，管理后湖黄册。
设有吏科、户科、礼科、兵科、刑科、工科六科，每科设给事中一人，共六人。此外，户科还另设一名给事中，专门负责管理后湖的黄册。
〔24〕钦天监。监正一人，监副一人，主簿一人。五官正一人，五官灵台郎二人，五官监候一人，五官司历一人。
钦天监这个机构，设置一名监正、一名监副、一名主簿。还有一名五官正、两名五官灵台郎、一名五官监候、一名五官司历。
〔25〕太医院。院判一人，吏目一人。惠民药局、生药库，各大使一人。
太医院设有院判一人，吏目一人。惠民药局和生药库，各设大使一人。