〔1〕二十五年1597春正月丙辰，朝鲜使来请援。二月丙寅，复议征倭。丙子，前都督同知麻贵为备倭总兵官，统南北诸军。三月乙巳，山东右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务。己未，兵部侍郎邢玠为尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略御倭。夏六月戊寅，皇极、中极、建极三殿灾。癸未，罢修国史。秋七月癸巳，诫谕群臣。丁酉，诏赦天下。是月，杨应龙叛，掠合江、綦江。八月丁丑，倭破朝鲜闲山，遂薄南原，副总兵杨元弃城走，倭逼王京。甲申，京师地震。九月壬辰，逮前兵部尚书石星下狱，论死。冬十月甲戌，安南黎惟潭篡立，款关请罪，诏授安南都统使。是年，琉球入贡。
万历二十五年春天正月丙辰日，朝鲜派使者来请求援军。二月丙寅日，再次商议征讨倭寇。丙子日，前任都督同知麻贵被任命为备倭总兵官，统领南北各路军队。三月乙巳日，山东右参政杨镐被任命为佥都御史，负责经略朝鲜军务。己未日，兵部侍郎邢玠升任兵部尚书，总督蓟州、辽东、保定的军务，负责抵御倭寇。夏季六月戊寅日，皇极殿、中极殿、建极殿三座宫殿发生火灾。癸未日，停止编纂国史。秋季七月癸巳日，告诫并训谕群臣。丁酉日，下诏大赦天下。这个月，杨应龙叛乱，劫掠合江、綦江。八月丁丑日，倭寇攻破朝鲜的闲山，随后逼近南原，副总兵杨元弃城逃跑，倭寇逼近朝鲜王京。甲申日，京师发生地震。九月壬辰日，逮捕前兵部尚书石星，关进监狱，判处死刑。冬季十月甲戌日，安南的黎惟潭篡位自立，到边境关口请罪，朝廷下诏任命他为安南都统使。这一年，琉球来进贡。
〔2〕二十六年1598春正月，官军攻倭于蔚山，不克，杨镐、麻贵奔王京。三月癸卯，赐赵秉忠等进士及第、出身有差。壬子，群臣诣文华门疏请皇长子冠婚，不允。夏四月丁卯，辽东总兵官李如松出塞，遇伏战死。壬申，京师旱，敕修省。六月丁巳，杨镐罢。戊午，中官李敬采珠广东。丙寅，张位罢。丙子，巡抚天津佥都御史万世德经略朝鲜。秋七月丙戌，中官鲁保鬻两淮余盐。八月丁丑，京师地震。九月壬辰，免浙江被灾田租。冬十月乙卯，总兵官刘綎、麻贵分道击倭，败之。董一元攻倭新寨，败绩。十一月戊戌，倭弃蔚山遁，官军分道进击。十二月，总兵官陈璘破倭于乙山，朝鲜平。是年，乌斯藏入贡。
万历二十六年春天正月，官军在蔚山进攻倭寇，没有攻克，杨镐、麻贵逃回王京。三月癸卯日，赐予赵秉忠等人进士及第、进士出身等不同等级。壬子日，群臣到文华门上疏请求为皇长子举行冠礼和婚礼，皇帝不允许。夏季四月丁卯日，辽东总兵官李如松出塞，遭遇伏击战死。壬申日，京师干旱，下令修身反省。六月丁巳日，杨镐被罢免。戊午日，宦官李敬到广东采珠。丙寅日，张位被罢免。丙子日，巡抚天津佥都御史万世德经略朝鲜。秋季七月丙戌日，宦官鲁保售卖两淮地区的余盐。八月丁丑日，京师地震。九月壬辰日，免除浙江受灾地区的田租。冬季十月乙卯日，总兵官刘綎、麻贵分路进攻倭寇，打败了他们。董一元进攻倭寇的新寨，战败。十一月戊戌日，倭寇放弃蔚山逃跑，官军分路追击。十二月，总兵官陈璘在乙山打败倭寇，朝鲜平定。这一年，乌斯藏来进贡。
〔3〕二十七年1599春二月壬子，分遣中官领浙江、福建、广东市舶司。是月，贵州巡抚江东之遣兵讨杨应龙，败绩。三月己亥，前兵部侍郎李化龙总督川、湖、贵州军务，讨杨应龙。夏四月甲戌，御午门，受倭俘。是月，临清民变，焚税使马堂暑，杀其参随三十四人。闰月丙戌，以倭平，诏天下，除东征加派田赋。己丑，久旱，敕修省。丙申，以诸皇子婚，诏取太仓银二千四百万两。户部告匮，命严核天下积储。六月己亥，杨应龙陷綦江，参将房嘉宠、游击张良贤战死。秋八月甲午，陕西狄道县山崩。九月，土蛮犯锦州。
万历二十七年春天二月壬子日，分派宦官管理浙江、福建、广东的市舶司。这个月，贵州巡抚江东之派兵讨伐杨应龙，战败。三月己亥日，前兵部侍郎李化龙总督四川、湖广、贵州军务，讨伐杨应龙。夏季四月甲戌日，皇帝亲临午门，接受倭寇俘虏。这个月，临清发生民变，焚烧了税使马堂的官署，杀死他的参随三十四人。闰月丙戌日，因为倭寇平定，下诏天下，免除东征时加派的田赋。己丑日，久旱，下令修身反省。丙申日，因为各位皇子结婚，下诏从太仓取银二千四百万两。户部报告库银匮乏，命令严格核查天下积储。六月己亥日，杨应龙攻陷綦江，参将房嘉宠、游击张良贤战死。秋季八月甲午日，陕西狄道县山崩。九月，土蛮侵犯锦州。
〔4〕冬十月壬午，振京城饥民。丙戌，以播州用兵，加四川、湖广田赋。戊子，贵州宣慰使安疆臣有罪，诏讨贼自赎。十一月己酉，免河南被灾田租。癸酉，振畿辅及凤阳等处饥。十二月丁丑，武昌、汉阳民变，击伤税使陈奉。戊子，振京师就食流民。是年，琉球入贡。
冬季十月的壬午日，赈济京城的饥民。丙戌日，因为播州用兵，增加四川、湖广的田赋。戊子日，贵州宣慰使安疆臣有罪，皇帝下诏命他讨贼自赎。十一月的己酉日，免除河南受灾地区的田租。癸酉日，赈济京畿附近及凤阳等地的饥荒。十二月的丁丑日，武昌、汉阳发生民变，打伤了税使陈奉。戊子日，赈济到京城讨饭的流民。这一年，琉球前来进贡。
〔5〕二十八年1600春二月戊寅，京师地震。丙戌，李化龙帅师分八路进讨播州。夏六月丁丑，克海龙囤，杨应龙自缢死，播州平。秋七月辛亥，旱，敕修省。八月辛未，慈庆宫成。丙子，罢朝鲜戍兵。九月甲寅，停刑。是秋，炒花犯辽东，副总兵解生等败没。冬十月辛未，贵州皮林苗叛，总兵官陈璘讨之。丙子，云南税监杨荣开采阿瓦、孟密宝井。十二月乙未，御午门，受播州俘。是年，两畿各省灾伤，民饥盗起，内外群臣交章请罢矿税诸监，皆不听。大西洋利玛窦进方物。
万历二十八年春天二月戊寅这天，京城发生了地震。丙戌这天，李化龙率领军队分八路进军讨伐播州。夏天六月丁丑这天，攻克了海龙囤，杨应龙上吊自杀，播州被平定。秋天七月辛亥这天，发生旱灾，皇帝下令修身反省。八月辛未这天，慈庆宫建成。丙子这天，撤回了驻守朝鲜的军队。九月甲寅这天，停止行刑。这年秋天，炒花侵犯辽东，副总兵解生等人战败阵亡。冬天十月辛未这天，贵州皮林的苗族反叛，总兵官陈璘前往讨伐。丙子这天，云南的税监杨荣开采阿瓦、孟密的宝石矿井。十二月乙未这天，皇帝亲临午门，接受播州的俘虏。这一年，南北两京及各省都遭受灾害，百姓饥饿，盗贼蜂起，朝内朝外的大臣们纷纷上奏请求撤销矿税等各监，皇帝都不听从。大西洋的利玛窦进献了地方特产。
〔6〕二十九年1601春正月壬子，以播州平，诏天下，蠲四川、贵州、湖广、云南加派田租逋赋，除官民诖误罪。是月，皮林苗贼平。二月甲戌，振大同、宣府饥。三月乙卯，赐张以诚等进士及第、出身有差。是月，武昌民变，杀税监陈奉参随六人，焚巡抚公署。夏四月乙酉，征陈奉还，以守备承天中官杜茂代之。五月，苏州民变，杀织造中官孙隆参随数人。六月，京师自去年六月不雨，至是月乙亥始雨。山东、山西、河南皆大旱。丁亥，法司请热审，不报。是夏，振畿内饥。秋九月壬寅，河决开封、归德。丁未，赵志皋卒。癸丑，振贵州饥。戊午，前礼部尚书沈鲤、朱赓并兼东阁大学士，预机务。冬十月己卯，立皇长子常洛为皇太子，封诸子常洵福王，常浩瑞王，常润惠王，常瀛桂王。诏赦天下。壬辰，加上慈圣皇太后尊号。十二月辛未，诏复朵颜马市。是年，琉球入贡。
万历二十九年春正月壬子日，因为播州（杨应龙叛乱）已被平定，皇帝下诏大赦天下，免除四川、贵州、湖广、云南等地加派的田租和拖欠的赋税，并赦免官员和百姓因过失而犯的罪行。同月，皮林的苗人叛乱也被平定。二月甲戌日，赈济大同、宣府的饥荒。三月乙卯日，赐予张以诚等人进士及第、进士出身等不同等级。同月，武昌发生民变，杀死税监陈奉的随从六人，并烧毁巡抚官署。夏季四月乙酉日，召回陈奉，任命守备承天的宦官杜茂代替他。五月，苏州发生民变，杀死织造宦官孙隆的几名随从。六月，京城从去年六月起一直没下雨，到这个月乙亥日才下雨。山东、山西、河南都遭受大旱。丁亥日，司法部门请求举行热审（在暑热季节审理囚犯并酌情宽免），皇帝没有批复。这年夏天，赈济京畿地区的饥荒。秋季九月壬寅日，黄河在开封、归德决口。丁未日，内阁首辅赵志皋去世。癸丑日，赈济贵州饥荒。戊午日，前礼部尚书沈鲤、朱赓一同被任命为东阁大学士，参与机要政务。冬季十月己卯日，立皇长子朱常洛为皇太子，封其他儿子朱常洵为福王、朱常浩为瑞王、朱常润为惠王、朱常瀛为桂王。下诏大赦天下。壬辰日，为慈圣皇太后加尊号。十二月辛未日，下诏恢复与朵颜部的马市贸易。这一年，琉球前来进贡。
〔7〕三十年1602春正月己未，以四方灾异敕修省。二月己卯，不豫，召大学士沈一贯于启祥宫，命罢矿税，停织造，释逮击，复建言诸臣职。翼日，疾瘳，寝前诏。甲申，重建乾清、坤宁宫。闰月丙申，复河套诸部贡市。戊午，河州黄河竭。三月甲申，腾越民变，杀税监委官。夏四月辛丑，振顺天、永平饥。五月乙亥，法司请热审，不报。秋七月辛巳，边饷缺，命严催积逋。是月，缅贼陷蛮莫宣抚司，宣抚思正奔腾越，贼追至，有司杀正以谢贼，始解。冬十月戊戌，振江北灾。丙辰，停刑。是年，琉球、哈密入贡。
万历三十年春季正月的己未日，因为各地发生灾异，皇帝下诏命令修身反省。二月己卯日，皇帝身体不适，在启祥宫召见大学士沈一贯，命令停止矿税，停止织造，释放被捕的官员，恢复进谏官员的职务。第二天，皇帝病愈，就搁置了之前的诏令。甲申日，重建乾清宫和坤宁宫。闰二月的丙申日，恢复河套各部族的朝贡贸易。戊午日，河州的黄河干涸。三月甲申日，腾越发生民变，杀死了税监委派的官员。夏季四月辛丑日，赈济顺天、永平的饥荒。五月乙亥日，司法部门请求进行热审，没有答复。秋季七月辛巳日，边防军饷缺乏，命令严厉催缴积欠的赋税。同月，缅甸贼寇攻陷了蛮莫宣抚司，宣抚使思正逃奔到腾越，贼寇追到，当地官员杀了思正向贼寇谢罪，才解围。冬季十月戊戌日，赈济江北的灾荒。丙辰日，停止行刑。这一年，琉球、哈密前来进贡。
〔8〕三十一年1603春三月戊午，吏部奏天下郡守阙员，不报。是月，播州余贼吴洪等作乱，有司讨平之。夏四月丁亥朔，日有食之。五月丙辰，阁臣请热审，不报。戊寅，京师地震。凤阳大雨雹，毁皇陵殿脊。是夏，河决苏家庄，北浸丰、沛、鱼台、单县。秋九月甲子，江北盗起。冬十月甲申，停刑。丙申，睢州贼杨思敬作乱，有司讨擒之。十一月甲子，获妖书，言帝欲易太子，诏五城大索。十二月丙戌，召见皇太子于启祥宫，赐手敕慰谕。
三十一年春季三月戊午这天，吏部上奏说天下郡守的职位空缺很多，皇帝没有批复。同月，播州残留的贼寇吴洪等人作乱，有关部门派兵讨伐平定了他们。夏季四月丁亥初一，发生了日食。五月丙辰，内阁大臣请求进行热审，皇帝没有批复。戊寅日，京城发生地震。凤阳下起了大冰雹，毁坏了皇陵的殿脊。这年夏天，黄河在苏家庄决口，向北淹没了丰县、沛县、鱼台、单县等地。秋季九月甲子日，长江以北地区盗贼兴起。冬季十月甲申日，停止行刑。丙申日，睢州的贼寇杨思敬作乱，有关部门讨伐并擒获了他。十一月甲子日，发现一本妖书，上面说皇帝想要更换太子，于是下诏在五城大肆搜捕。十二月丙戌日，在启祥宫召见皇太子，赐给亲手写的诏书安慰晓谕他。
〔9〕三十二年1604春二月壬寅，阁臣请补司道郡守及遣巡方御史，不报。三月甲子，乾清宫成。乙丑，赐杨守勤等进士及第、出身有差。夏四月辛巳朔，日有食之。是月，浚泇河工成。五月癸酉，雷火焚长陵明楼。六月丙戌，以陵灾，命补阙官恤刑狱。丁酉，昌平大水，坏长、泰、康、昭四陵石梁。秋七月庚戌，京师大雨，坏城垣。辛酉，振被水居民。八月辛丑，群臣伏文华门，疏请修举实政，降旨切责。丙午，分水河工成。九月戊申，振畿南六府饥。闰月辛丑，武昌宗人蕴鉁等作乱，杀巡抚都御史赵可怀。冬十月甲寅，始叙平播州功。
万历三十二年春季二月壬寅日，内阁大臣请求补充司道、知府和派遣巡按御史，皇帝没有批复。三月甲子日，乾清宫建成。乙丑日，赐予杨守勤等人进士及第、进士出身等不同等级。夏季四月辛巳初一，发生日食。这个月，疏浚泇河的工程完成。五月癸酉日，雷火焚烧了长陵的明楼。六月丙戌日，因陵墓遭灾，命令补充缺官，并谨慎处理刑狱案件。丁酉日，昌平发大水，冲毁了长陵、泰陵、康陵、昭陵四座陵墓的石桥。秋季七月庚戌日，京城下大雨，毁坏了城墙。辛酉日，赈济被水淹的居民。八月辛丑日，群臣跪伏在文华门前，上疏请求兴办实际政务，皇帝下旨严厉斥责。丙午日，分水河工程完成。九月戊申日，赈济京城以南六府的饥荒。闰九月辛丑日，武昌的宗室成员朱蕴鉁等人作乱，杀死巡抚都御史赵可怀。冬季十月甲寅日，开始评定平定播州的功劳。