这一年，琉球和乌斯藏前来进贡。
〔11〕三十三年1605春正月，重修京师外城。庚辰，银定、歹成犯镇番，总兵官达云击败之。夏四月辛亥，蕴鉁等伏诛。五月丙申，凤阳大风雨，毁陵殿神座。庚子，雷击圜丘望灯高杆。六月乙巳，以雷警，敕修省。秋八月己巳，停刑。九月甲午，昭和殿灾。丙申，京师地震。
三十三年春季正月，重新修建京城的外城。庚辰日，银定、歹成侵犯镇番，总兵官达云击败了他们。夏季四月辛亥日，蕴鉁等人被处死。五月丙申日，凤阳发生大风雨，毁坏了陵殿的神座。庚子日，雷电击中了圜丘的望灯高杆。六月乙巳日，因为雷电警示，皇帝下令修身反省。秋季八月己巳日，停止执行刑罚。九月甲午日，昭和殿发生火灾。丙申日，京城发生地震。
〔12〕冬十一月辛巳，免淮阳被灾田租。十二月壬寅，诏罢天下开矿。以税务归有司，岁输所入之半于内府，半户、工二部。丙午，免河南被灾田租。乙卯，以皇长孙生，诏赦天下。开宗室科举入仕例。罢采广东珠池、云南宝井。
冬季十一月辛巳日，免除淮阳地区遭受灾害的田租。十二月壬寅日，下诏停止全国的开矿活动。将税务归由有关部门管理，每年将收入的一半送交内府，另一半送交户部和工部。丙午日，免除河南遭受灾害的田租。乙卯日，因为皇长孙出生，下诏大赦天下。开放宗室成员通过科举考试入仕的条例。停止开采广东的珠池和云南的宝井。
〔13〕三十四年1606春二月庚戌，加上皇太后徽号。辛亥，大学士沈鲤、朱赓请补六部大僚，不报。三月己卯，云南人杀税监杨荣，焚其尸。丁酉，真定、顺德、广平、大名灾，蠲振有差。夏四月癸亥，浚朱旺口河工成。五月癸酉，河套部犯延绥，官军击走之。六月癸卯，缅甸陷木邦。是月，畿内大蝗。秋七月癸未，沈一贯、沈鲤致仕。九月甲午，诏陕西严敕边备。冬十月丙申，停刑。十一月己巳，朵颜入犯，总兵官姜显谟御却之。十二月壬子，南京妖贼刘天绪谋反，事觉伏诛。是年，安南、琉球入贡。蒙古喀尔喀诸部悉归我大清。
万历三十四年春季二月庚戌日，给皇太后加上了尊号。辛亥日，大学士沈鲤、朱赓请求补任六部的高级官员，皇帝没有批复。三月己卯日，云南人杀死了税监杨荣，并焚烧了他的尸体。丁酉日，真定、顺德、广平、大名发生灾害，朝廷根据灾情不同减免赋税和赈济。夏季四月癸亥日，疏浚朱旺口的河道工程完工。五月癸酉日，河套部落侵犯延绥，官军击退了他们。六月癸卯日，缅甸攻陷了木邦。这个月，京城附近地区发生严重蝗灾。秋季七月癸未日，沈一贯、沈鲤退休。九月甲午日，下诏命令陕西严格整顿边防。冬季十月丙申日，暂停执行死刑。十一月己巳日，朵颜部入侵，总兵官姜显谟抵御并击退了他们。十二月壬子日，南京的妖贼刘天绪谋反，事情败露后被处死。这一年，安南、琉球前来进贡。蒙古喀尔喀各部都归附了大清。
〔14〕三十五年1607春正月辛未，给事中翁宪祥言，抚、按官解任宜候命，不宜听其自去，不报。二月戊戌，安南贼武德成犯云南，总兵官沐睿御却之。三月辛巳，赐黄士俊等进士及第、出身有差。夏四月戊戌，银定、歹成犯凉州，副总兵柴国柱击走之。壬子，顺义王撦力克卒。五月戊子，前礼部尚书于慎行及礼部侍郎李廷机、南京吏部侍郎叶向高并礼部尚书兼东阁大学士，预机务。六月，湖广及徽、宁、太平、严州大水。闰月辛巳，复河套诸部贡市。秋七月庚子，京师久雨。刑部请发热审疏，不报。八月丙寅，振畿内饥。九月甲午，停刑。冬十月癸酉，山东旱饥，蠲振有差。十一月壬子，于慎行卒。十二月，金沙江蛮阿克叛，陷武定，攻围云南，别陷嵩明、禄丰。安南贼犯钦州。是年，琉球入贡。
万历三十五年春季正月辛未那天，给事中翁宪祥上奏说，巡抚和巡按御史离职应该等候皇上的命令，不应听任他们自行离开，皇上没有批复。二月戊戌那天，安南的贼寇武德成进犯云南，总兵官沐睿率兵抵御并击退了他们。三月辛巳那天，赐给黄士俊等人进士及第、进士出身等不同等级。夏季四月戊戌那天，银定、歹成侵犯凉州，副总兵柴国柱将他们打跑了。壬子那天，顺义王撦力克去世。五月戊子那天，前礼部尚书于慎行与礼部侍郎李廷机、南京吏部侍郎叶向高一同被任命为礼部尚书兼东阁大学士，参与机要事务。六月，湖广以及徽州、宁国、太平、严州发生大水灾。闰六月辛巳那天，恢复河套各部落的贡市贸易。秋季七月庚子那天，京城长时间下雨。刑部请求呈发热审的奏疏，皇上没有批复。八月丙寅那天，赈济京畿内的饥荒。九月甲午那天，停止执行刑罚。冬季十月癸酉那天，山东发生旱灾和饥荒，不同程度地减免赋税和进行赈济。十一月壬子那天，于慎行去世。十二月，金沙江一带的蛮族阿克反叛，攻陷了武定，并围攻云南府城，又另外攻陷了嵩明、禄丰。安南贼寇进犯钦州。同年，琉球前来进贡。
〔15〕三十六年1608春正月，河南、江北饥。二月戊辰，京师地震。夏六月己卯，南畿大水。秋七月丁酉，京师地震。郴州矿贼起。八月癸亥，治云南失事诸臣罪，巡抚都御史陈用宾、总兵官沐睿下狱，论死。庚辰，振南畿及嘉兴、湖州饥。九月甲午，四川巡抚都御史乔璧星奏擒阿克于东川，贼平。冬十一月壬子，朱赓卒。十二月戊午，再振南畿，免税粮。是年，琉球入贡。
万历三十六年春季正月，河南和江北地区发生饥荒。二月戊辰日，京城发生地震。夏季六月己卯日，南畿发生大水灾。秋季七月丁酉日，京城又发生地震。郴州有矿贼起事。八月癸亥日，朝廷追究云南战事失利的各位大臣的罪责，巡抚都御史陈用宾和总兵官沐睿被关进监狱，判处死刑。庚辰日，赈济南畿以及嘉兴、湖州的饥荒。九月甲午日，四川巡抚都御史乔璧星奏报在东川擒获了阿克，贼寇被平定。冬季十一月壬子日，朱赓去世。十二月戊午日，再次赈济南畿，并免除税粮。同年，琉球来进贡。
〔16〕三十七年1609春三月辛卯，拱兔陷大胜堡，游击于守志战于小凌河，败绩。己酉，大学士叶向高请发群臣相攻诸疏，公论是非，以肃人心，不报。夏四月，倭寇温州。秋九月癸卯，左都御史詹沂封印自去。丁未，停刑。是秋，福建、浙江、江西大水。湖广、四川、河南、陕西、山西旱。畿内、山东、徐州蝗。冬十二月己巳，留畿内、山东诸省税银三分之一振饥民。徐州贼杀如皋知县张藩。是年，日本入琉球，执其国王尚宁。哈密入贡。
万历三十七年（1609年）春天三月辛卯日，蒙古拱兔部攻陷了明军的大胜堡，游击将军于守志在小凌河一带迎战，结果打了败仗。己酉日，大学士叶向高请求朝廷将群臣互相攻击的奏章全部公开，让大家公开评论是非对错，以整肃人心，但皇帝没有答复。夏季四月，倭寇侵扰温州。秋季九月癸卯日，左都御史詹沂封好官印自行离职而去。丁未日，朝廷下令停止行刑。这年秋天，福建、浙江、江西发生大洪水。湖广、四川、河南、陕西、山西出现旱灾。京城近郊、山东、徐州一带闹蝗灾。冬季十二月己巳日，朝廷下令截留京城近郊和山东等省三分之一的税银，用来赈济饥民。徐州的贼寇杀害了如皋知县张藩。同一年，日本军队进入琉球，抓走了琉球国王尚宁。哈密卫来明朝进贡。
〔17〕三十八年1610春三月癸巳，赐韩敬等进士及第、出身有差。夏四月丁丑，正阳门楼灾。辛卯，以旱灾异常，谕群臣各修职业，勿彼此攻讦。辛丑，振畿内、山东、山西、河南、陕西、福建、四川饥。五月，河南贼陈自管等作乱，有司讨擒之。冬十月辛丑，停刑。十一月壬寅朔，日有食之。丁卯，以军乏饷，谕廷臣陈足国长策，不得请发内帑。是年，乌斯藏入贡。
三十八年春季三月癸巳日，赐予韩敬等人进士及第、进士出身等不同等级。夏季四月丁丑日，正阳门城楼发生火灾。辛卯日，因为旱灾异常严重，告谕各位大臣各自做好本职，不要互相攻击诋毁。辛丑日，赈济京城附近、山东、山西、河南、陕西、福建、四川的饥荒。五月，河南贼寇陈自管等作乱，主管部门讨伐并擒获了他们。冬季十月辛丑日，停止刑罚。十一月初一壬寅日，发生日食。丁卯日，因为军队缺乏粮饷，告谕朝廷大臣陈述富国的长远策略，但不得请求动用内库钱财。这一年，乌斯藏前来进贡。
〔18〕三十九年1611春二月庚子，河套部敌犯甘州之红崖、青湖，官军御却之。夏四月，京师旱。戊子，怡神殿灾。丙申，设边镇常平仓。五月壬寅，御史徐兆魁疏劾东林讲学诸人阴持计典，自是诸臣益相攻击。广西、广东大水。六月，自徐州北至京师大水。是夏，停热审。冬十月丁卯，户部尚书赵世卿拜疏自去。甲申，停刑。阁臣请释轻犯，不报。是年，暹罗入贡。
万历三十九年春季二月庚子日，河套地区的敌人进犯甘州的红崖、青湖，官军抵御并击退了他们。夏季四月，京城发生旱灾。戊子日，怡神殿发生火灾。丙申日，在边境重镇设立常平仓。五月壬寅日，御史徐兆魁上疏弹劾东林讲学的那些人暗中把持考核官员的计典，从此以后各位大臣更加互相攻击。广西、广东发生大水灾。六月，从徐州以北到京城发生大水灾。这个夏天，停止了热审（暑热时审理减刑的程序）。冬季十月丁卯日，户部尚书赵世卿呈上奏疏后自行离职。甲申日，停止执行刑罚。内阁大臣请求释放轻罪的犯人，皇帝没有答复。这一年，暹罗（今泰国）来进贡。
〔19〕四十年1612春二月癸未，吏部尚书孙丕扬拜疏自去。三月丙午，振京师流民。夏四月丙寅，南京各道御史言：“台省空虚，诸务废堕，上深居二十余年，未尝一接见大臣，天下将有陆沈之忧。”不报。五月甲午朔，日有食之。秋八月，河决徐州。九月庚戌，李廷机拜疏自去。冬十月甲申，停刑。是年，琉球中山王尚宁遣使报归国。
万历四十年春二月癸未日，吏部尚书孙丕扬上奏疏后自行离职。三月丙午日，赈济京城流民。夏四月丙寅日，南京各道御史进言：“中央官署空虚，各项事务荒废，皇上深居宫中二十多年，从未接见过一次大臣，天下将有陆沉的忧虑。”皇上不答复。五月甲午朔日，发生日食。秋八月，黄河在徐州决口。九月庚戌日，李廷机上奏疏后自行离职。冬十月甲申日，停止行刑。同年，琉球中山王尚宁派遣使者报告归国。
〔20〕四十一年1613春正月庚申，谕朝鲜练兵防倭。三月癸酉，赐周延儒等进士及第、出身有差。夏五月己巳，谕吏部都察院：“年来议论混淆，朝廷优容不问，遂益妄言排陷，致大臣疑畏，皆欲求去，甚伤国体。自今仍有结党乱政者，罪不宥。”六月乙未，卜失兔袭封顺义王。秋七月甲子，兵部尚书掌都察院事孙玮拜疏自去。九月壬申，吏部左侍郎方从哲、前吏部左侍郎吴道南并礼部尚书兼东阁大学士，预机务。庚辰，吏部尚书赵焕拜疏自去。是年，两畿、山东、江西、河南、广西、湖广、辽东大水。乌斯藏入贡。
万历四十一年春季正月庚申日，皇帝命令朝鲜训练军队防备倭寇。三月癸酉日，赐予周延儒等人进士及第、进士出身等不同等级。夏季五月己巳日，皇帝告谕吏部和都察院：“近年来议论纷纷，朝廷宽容不过问，于是更加肆意妄言排斥陷害，导致大臣们猜疑畏惧，都想要辞职，严重损害国家体统。从今以后如果还有结党乱政的，治罪不予宽恕。”六月乙未日，卜失兔承袭顺义王的封号。秋季七月甲子日，兵部尚书兼掌都察院事务的孙玮上奏疏自行离职。九月壬申日，吏部左侍郎方从哲、前吏部左侍郎吴道南一同被任命为礼部尚书兼东阁大学士，参与机要事务。庚辰日，吏部尚书赵焕上奏疏自行离职。这一年，北直隶、南直隶、山东、江西、河南、广西、湖广、辽东发生大洪水。乌斯藏前来进贡。
〔21〕四十二年1614春正月乙丑，总兵官刘綎讨建昌叛蛮，平之。二月辛卯，慈圣皇太后崩。己酉，振畿内饥。三月丙子，福王之国。夏四月丙戌，以皇太后遗命赦天下。六月甲午，葬孝定皇后。秋八月甲午，礼部右侍郎孙慎行拜疏自去。癸卯，叶向高致仕。是年，安南、土鲁番入贡。
万历四十二年春天正月的乙丑日，总兵官刘綎讨伐建昌叛乱的蛮族，平定了他们。二月辛卯日，慈圣皇太后去世。己酉日，赈济京城附近的饥荒。三月丙子日，福王前往自己的封国。夏季四月丙戌日，因为皇太后的遗命，大赦天下。六月甲午日，安葬孝定皇后。秋季八月甲午日，礼部右侍郎孙慎行上奏疏后自行离职。癸卯日，叶向高退休。这一年，安南和土鲁番来进贡。