〔13〕秋八月癸巳，承天门灾，诏求直言。戊申，盛庸、铁铉击败燕兵，济南围解，复德州。九月，诏录洪武中功臣罪废者后。辛未，封盛庸历城侯，擢铁铉山东布政使，参赞军务，寻进兵部尚书。以庸为平燕将军，都督陈晖、平安副之。庸屯德州，平安及吴杰屯定州，徐凯屯沧州。
秋天八月癸巳日，承天门发生火灾，下诏征求直言。戊申日，盛庸、铁铉击败燕兵，济南之围解除，收复德州。九月，下诏录用洪武年间因罪被废的功臣的后代。辛未日，封盛庸为历城侯，升铁铉为山东布政使，参赞军务，不久进升兵部尚书。任命盛庸为平燕将军，都督陈晖、平安为副将。盛庸屯兵德州，平安及吴杰屯兵定州，徐凯屯兵沧州。
〔14〕冬十月，召李景隆还，赦不诛。庚申，燕兵袭沧州，徐凯被执。十二月甲午，燕兵犯济宁，薄东昌。乙卯，盛庸击败之。斩其将张玉。丙辰，复战，又败之，燕兵走馆陶。庸军势大振，檄诸屯军合击燕，绝其归路。
冬天十月，召回李景隆，赦免其罪不杀。庚申日，燕兵袭击沧州，徐凯被俘。十二月甲午日，燕兵进犯济宁，逼近东昌。乙卯日，盛庸击败燕兵，斩杀其大将张玉。丙辰日，再次交战，又打败燕军，燕兵逃往馆陶。盛庸军威大振，传檄各地驻军合击燕军，断绝其归路。
〔15〕三年1401春正月辛酉朔，凝命神宝成，告天地宗庙，御奉天殿受朝贺。乙丑，吴杰、平安邀击燕兵于深州，不利。辛未，大祀天地于南郊。丁丑，享太庙，告东昌捷。复齐泰、黄子澄官。三月辛巳，盛庸败燕兵于夹河，斩其将谭渊。再战不利，都指挥庄得、楚智等力战死。壬午，复战，败绩，庸走德州。丁亥，都督何福援德州。癸巳，贬齐泰、黄子澄、谕燕罢兵。闰月己亥，吴杰、平安及燕战于藁城，败绩，还保真定。燕兵掠真定、顺德广平、大名。棣上书读召还诸将息兵，遣大理少卿薛岩报之。是月，《礼制》成，颁行天下。
建文三年春天正月初一辛酉日，凝命神宝制成，祭告天地宗庙，皇帝在奉天殿接受朝贺。乙丑日，吴杰、平安在深州拦击燕兵，不利。辛未日，在南郊隆重祭祀天地。丁丑日，在太庙祭祀，报告东昌大捷。恢复齐泰、黄子澄的官职。三月辛巳日，盛庸在夹河击败燕兵，斩杀其将谭渊。再战不利，都指挥庄得、楚智等力战而死。壬午日，再次交战，大败，盛庸逃往德州。丁亥日，都督何福救援德州。癸巳日，贬谪齐泰、黄子澄，下诏劝燕王罢兵。闰三月己亥日，吴杰、平安与燕兵在藁城交战，大败，退回真定坚守。燕兵掠夺真定、顺德、广平、大名。朱棣上书请求召回诸将息兵，皇帝派大理少卿薛岩去回复。当月，《礼制》编成，颁行天下。
〔16〕夏五月甲寅，盛庸以兵扼燕饷道，不克。棣复遣使上书，下其使于狱。六月壬申，燕将李远寇沛县，焚粮艘。壬午，都督袁宇邀击之，败绩。
夏天五月甲寅日，盛庸派兵扼守燕军的粮道，没有成功。朱棣又派使者上书，皇帝将使者下狱。六月壬申日，燕将李远侵犯沛县，焚烧运粮船。壬午日，都督袁宇拦击李远，战败。
〔17〕秋七月己丑，燕兵掠彰德。丁酉，平安自真定攻北平。壬寅，大同守将房昭帅兵由紫荆关趋保定，驻易州西水寨。九月甲辰，平安及燕将刘江战于北平，败绩，还保真定。
秋天七月己丑日，燕兵掠夺彰德。丁酉日，平安从真定进攻北平。壬寅日，大同守将房昭率兵从紫荆关赶往保定，驻扎在易州西水寨。九月甲辰日，平安与燕将刘江在北平交战，战败，退回真定坚守。
〔18〕冬十月丁巳，真定诸将遣兵援房昭，及燕王战于齐眉山，败绩。十一月壬辰，辽东总兵官杨文攻永平，及刘江战于昌黎，败绩。己亥，平安败燕将李彬于杨村。十二月癸亥，燕兵焚真定军储。诏中官奉使侵暴吏民者，所在有司系治。是月，驸马都尉梅殷镇淮安。《太祖实录》成。
冬天十月丁巳日，真定诸将派兵救援房昭，与燕王在齐眉山交战，战败。十一月壬辰日，辽东总兵官杨文进攻永平，与刘江在昌黎交战，战败。己亥日，平安在杨村击败燕将李彬。十二月癸亥日，燕兵焚烧真定的军需储备。下诏说，宦官奉命出使而侵扰官吏百姓的，所在官府将其逮捕治罪。当月，驸马都尉梅殷镇守淮安。《太祖实录》编成。
〔19〕四年1402春正月甲申，召故周王橚于蒙化，居之京师。燕兵连陷东阿、东平、汶上、兖州、济阳，东平吏目郑华，济阳教谕王省皆死之。甲申，魏国公徐辉祖帅师援山东。燕兵陷沛县，知县颜伯玮、主簿唐子清、典史黄谦死之。癸丑，薄徐州。二月甲寅，都督何福及陈晖、平安军济宁，盛庸军淮上。己卯，更定品官勋阶。三月，燕兵攻宿州，平安追及于淝河，斩其将王真，遇伏败绩，宿州陷。
建文四年春天正月甲申日，从蒙化召回以前的周王朱橚，让他住在京城。燕兵接连攻陷东阿、东平、汶上、兖州、济阳，东平吏目郑华、济阳教谕王省皆殉难。甲申日，魏国公徐辉祖率军救援山东。燕兵攻陷沛县，知县颜伯玮、主簿唐子清、典史黄谦殉难。癸丑日，燕兵逼近徐州。二月甲寅日，都督何福及陈晖、平安在济宁驻军，盛庸在淮上驻军。己卯日，重新制定官员的品级和勋阶。三月，燕兵进攻宿州，平安追击到淝河，斩杀燕将王真，但遭遇伏击战败，宿州陷落。
〔20〕夏四月丁卯，何福、平安败燕兵于小河，斩其将陈文。甲戌，徐辉祖等败燕兵于齐眉山，斩其将李斌，燕兵惧，谋北归。会帝闻讹言，谓燕兵已北，召辉祖还，何福军亦孤。庚辰，诸将及燕兵大战于灵璧，败绩，陈晖、平安、礼部侍郎陈性善、大理寺卿彭与明皆被执。五月癸未，杨文帅辽东兵赴济南，溃于直沾。己丑，盛庸军溃于淮上，燕兵渡淮，趋扬州。指挥王礼等叛降燕，御史王彬、指挥崇刚死之。辛丑，燕兵至六合，诸军迎战，败绩。壬寅，诏天下勤王，遣御史大夫练子宁、侍郎黄观、修撰王叔英分道徵兵。召齐泰、黄子澄还。苏州知府姚善、宁波知府王琎、徽州知府陈彦回、乐平知县张彦方各起兵入卫。甲辰，遣庆成郡主如燕师，议割地罢兵。
夏天四月丁卯日，何福、平安在小河击败燕兵，斩杀其将陈文。甲戌日，徐辉祖等在齐眉山击败燕兵，斩杀其将李斌，燕兵恐惧，图谋北归。恰逢皇帝听到谣言，说燕兵已经北撤，于是召回徐辉祖，何福的军队也孤立无援。庚辰日，诸将与燕兵在灵璧大战，战败，陈晖、平安、礼部侍郎陈性善、大理寺卿彭与明皆被俘。五月癸未日，杨文率辽东兵赶赴济南，在直沽溃败。己丑日，盛庸的军队在淮上溃败，燕兵渡过淮河，直趋扬州。指挥王礼等叛变投降燕王，御史王彬、指挥崇刚殉难。辛丑日，燕兵到达六合，各路军队迎战，战败。壬寅日，下诏天下勤王，派遣御史大夫练子宁、侍郎黄观、修撰王叔英分路征兵。召回齐泰、黄子澄。苏州知府姚善、宁波知府王琎、徽州知府陈彦回、乐平知县张彦方各自起兵入京护卫。甲辰日，派遣庆成郡主前往燕军，商议割地罢兵。
〔21〕六月癸丑，盛庸帅舟师败燕兵于浦子口，复战不利。都督佥事陈瑄以舟师叛附于燕。乙卯，燕兵渡江，盛庸战于高资港，败绩。戊午，镇江守将童俊叛降燕。庚申，燕兵至龙潭。辛酉，命诸王分守都城，遣李景隆及兵部尚书茹瑺、都督王佐如燕军，申前约。壬戌，复遣谷王橞、安王楹往。皆不听。甲子，遣使齐蜡书四出，促勤王兵。乙丑，燕兵犯金川门，左都督徐增寿谋内应，伏诛。谷王橞及李景隆叛，纳燕兵，都城陷。宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。
六月癸丑日，盛庸率水军在浦子口击败燕兵，但再战时失利。都督佥事陈瑄率水军叛变投降燕王。乙卯日，燕兵渡江，盛庸在高资港交战，战败。戊午日，镇江守将童俊叛变投降燕王。庚申日，燕兵到达龙潭。辛酉日，命诸王分守京城，派李景隆及兵部尚书茹瑺、都督王佐前往燕军，重申前议。壬戌日，又派谷王朱橞、安王朱楹前往。燕王都不听从。甲子日，派使者携带蜡封密信分赴各地，催促勤王兵。乙丑日，燕兵进犯金川门，左都督徐增寿图谋作内应，被处死。谷王朱橞和李景隆叛变，接纳燕兵入城，京城陷落。宫中起火，皇帝不知去向。燕王派宦官在火中找出帝后的尸骨，过了八天，于壬申日埋葬。
〔22〕或云帝由地道出亡。正统五年1440。有僧自云南至广西，诡称建文皇帝。恩恩知府岑瑛闻于朝。按问，乃钧州人杨行祥，年已九十余，下狱，阅四月死。同谋僧十二人，皆戍辽东。自后滇、黔、巴、蜀间，相传有帝为僧时往来迹。正德、万历、崇祯间，诸臣请续封帝后，及加庙谥，皆下部议，不果行。大清乾隆元年1736，诏廷臣集议，追谥曰恭闵惠皇帝。
也有人说皇帝从地道逃出。正统五年，有个僧人从云南到广西，假称是建文皇帝。恩恩知府岑瑛上报朝廷。审问后，发现是钧州人杨行祥，已经九十多岁，关进监狱，过了四个月死了。同谋的十二个僧人，都被发配辽东。此后云南、贵州、四川之间，相传有皇帝当僧人时往来的踪迹。正德、万历、崇祯年间，大臣们请求续封皇帝的后代，以及加封庙号谥号，都交给礼部讨论，但最终没有实行。大清乾隆元年，下诏让廷臣集体商议，追谥为恭闵惠皇帝。
〔23〕赞曰：惠帝天资仁厚。践阼之初，亲贤好学，召用方孝孺等。典章制度，锐意复古。尝因病晏朝，尹昌隆进谏，即深自引咎，宣其疏于中外。又除军卫单丁，减苏、松重赋，皆惠民之大者。乃革命而后，纪年复称洪武，嗣是子孙臣庶以纪载为嫌，草野传疑，不无讹谬。更越圣朝，得经论定，尊名壹惠，君德用彰，懿哉。
史臣赞曰：惠帝天性仁厚。即位之初，亲近贤才，爱好学习，征召任用方孝孺等人。对于典章制度，锐意恢复古制。曾因生病而晚朝，尹昌隆进谏，他立即深刻自责，将尹昌隆的奏疏宣示朝廷内外。又免除军卫中的独子，减免苏州、松江的重赋，这些都是惠民的大举措。但靖难之后，年号又改称洪武，此后子孙臣民因忌讳而不敢记载，民间流传的疑问，难免有错误。到了本朝（清朝），经过论定，尊奉一个谥号，君王的德行得以彰显，真是美好啊。