〔12〕宪宗嗣位，征拜考功郎中、知制诰。既至阙下，旋召入翰林为学士，转中书舍人，赐紫。宪宗初即位，中书小吏滑涣与知枢密中使刘光琦暱善，颇窃朝权，吉甫请去之。刘辟反，帝命诛讨之；计未决，吉甫密赞其谋，兼请广征江淮之师，由三峡路入，以分蜀寇之力。事皆允从，由是甚见亲信。二年807春，杜黄裳出镇，擢吉甫为中书侍郎、平章事。吉甫性聪敏，详练物务，自员外郎出官，留滞江淮十五余年，备详闾里疾苦。及是为相，患方镇贪恣，乃上言使属郡刺史得自为政。叙进群材，甚有美称。
宪宗继位后，征召李吉甫为考功郎中、知制诰。到了京城后，很快又召入翰林院为学士，转任中书舍人，赐紫金鱼袋。宪宗刚即位时，中书省的小吏滑涣与知枢密的中使刘光琦关系密切，颇窃取朝廷权力，李吉甫请求除掉他们。刘辟反叛，皇帝命令征讨；计划未定，李吉甫秘密赞成这个谋略，并请求广泛征调江淮的军队，从三峡路进入，以分散蜀地叛贼的力量。事情都得到允许，因此很受皇帝亲近信任。元和二年春，杜黄裳出京镇守，提拔李吉甫为中书侍郎、平章事。李吉甫性情聪敏，熟悉政务，自从员外郎外放为官，在江淮滞留了十五年多，详细了解民间疾苦。等到他做宰相，担心地方藩镇贪婪放纵，于是上言让所属郡的刺史能自主施政。按等级进用各类人才，很有美名。
〔13〕三年808秋，裴均为仆射、判度支，交结权幸，欲求宰相。先是，制策试直言极谏科，其中有讥刺时政，忤犯权幸者，因此均党扬言皆执政教指，冀以摇动吉甫，赖谏官李约、独孤郁、李正辞、萧俛密疏陈奏，帝意乃解。吉甫早岁知奖羊士谔，擢为监察御史；又司封员外郎吕温有词艺，吉甫亦眷接之。窦群亦与羊、吕善。群初拜御史中丞，奏请士谔为侍御史，温为郎中、知杂事。吉甫怒其不先关白，而所请又有超资者，持之数日不行，因而有隙。群遂伺得日者陈克明出入吉甫家，密捕以闻；宪宗诘之，无奸状。吉甫以裴垍久在翰林，宪宗亲信，必当大用，遂密荐垍代己，因自图出镇。其年九月，拜检校兵部尚书，兼中书侍郎、平章事，充淮南节度使，上御通化门楼饯之。在扬州，每有朝廷得失，军国利害，皆密疏论列。又于高邮县筑堤为塘，溉田数千顷，人受其惠。
元和三年秋，裴均担任仆射、判度支，结交权贵宠臣，想谋求宰相职位。此前，制策考试开设直言极谏科，其中有人讥讽时政，触犯权贵宠臣，因此裴均的同党扬言都是执政者指使的，希望以此动摇李吉甫，多亏谏官李约、独孤郁、李正辞、萧俛秘密上疏陈述，皇帝才释然。李吉甫早年赏识并提拔羊士谔，提拔他为监察御史；又司封员外郎吕温有文才，吉甫也眷顾接待他。窦群也与羊士谔、吕温交好。窦群刚被任命为御史中丞，上奏请求任命羊士谔为侍御史，吕温为郎中、知杂事。李吉甫生气他们没有事先禀告，而且所请求的人又有越级提拔的，于是压了几天不执行，因此产生了矛盾。窦群于是窥伺到占卜人陈克明出入李吉甫家，秘密逮捕并上报；宪宗审问，没有发现奸邪之事。李吉甫因为裴垍长期在翰林院，宪宗亲近信任，必定会被重用，于是秘密推荐裴垍代替自己，并自己谋划出京镇守。当年九月，被任命为检校兵部尚书，兼中书侍郎、平章事，充任淮南节度使，皇帝亲临通化门楼为他饯行。在扬州，每当朝廷有得失、军国利害，他都秘密上疏论述。又在高邮县筑堤为塘，灌溉田地数千顷，百姓受到他的好处。
〔14〕五年810冬，裴垍病免。明年正月，授吉甫金紫光禄大夫、中书侍郎、平章事、集贤殿大学士、监修国史、上柱国、赵国公。及再入相，请减省职员并诸色出身胥吏等，及量定中外官俸料，时以为当。京城诸僧有以庄硙免税者，吉甫奏曰：“钱米所征，素有定额，宽缁徒有余之力，配贫下无告之民，必不可许。”宪宗乃止。又请归普润军于泾原。
元和五年冬，裴垍因病免职。第二年正月，授予李吉甫金紫光禄大夫、中书侍郎、平章事、集贤殿大学士、监修国史、上柱国、赵国公。等到再次入朝为相，他请求裁减官员和各色出身的胥吏，以及酌情确定朝廷和地方官员的俸禄，当时认为很恰当。京城各寺庙有凭借庄园、水磨免税的，李吉甫上奏说：“征收钱粮，历来有固定数额，宽免僧侣富余的力量，却转嫁给贫苦无告的百姓，一定不能允许。”宪宗于是停止。又请求将普润军调回泾原。
〔15〕七年，京兆尹元义方奏：“永昌公主准礼令起祠堂，请其制度。”初，贞元中，义阳、义章二公主咸于墓所造祠堂一百二十间，费钱数万；及永昌之制，上令义方减旧制之半。吉甫奏曰：“伏以永昌公主，稚年夭枉，举代同悲，况于圣情，固所钟念。然陛下犹减制造之半，示折衷之规，昭俭训人，实越今古。臣以祠堂之设，礼典无文，德宗皇帝恩出一时，事因习俗，当时人间不无窃议。昔汉章帝时，欲为光武原陵、明帝显节陵，各起邑屋，东平王苍上疏言其不可。——东平王即光武之爱子，明帝之爱弟。贤王之心，岂惜费于父兄哉！诚以非礼之事，人君所当慎也。今者，依义阳公主起祠堂，臣恐不如量置墓户，以充守奉。”翌日，上谓吉甫曰：“卿昨所奏罢祠堂事，深惬朕心。朕初疑其冗费，缘未知故实，是以量减。览卿所陈，方知无据。然朕不欲破二十户百姓，当拣官户委之。”吉甫拜贺。上曰：“卿，此岂是难事！有关朕身，不便于时者，苟闻之则改，此岂足多耶！卿但勤匡正，无谓朕不能行也。”
元和七年，京兆尹元义方上奏说：“永昌公主按照礼制法令要修建祠堂，请求确定建造的规格。”起初，在贞元年间，义阳、义章两位公主都在墓地修建了祠堂，共一百二十间，花费数万钱；到了永昌公主的规制，皇帝命令元义方将旧有的规模减少一半。李吉甫上奏说：“我认为永昌公主年幼夭折，天下人都为之悲痛，何况陛下您的感情，自然特别宠爱。然而陛下仍然减少建造的一半，展示折中的规矩，昭示节俭来训导百姓，实在是超越古今。我认为祠堂的设立，礼制典籍中没有记载，德宗皇帝是一时兴起，事情因循习俗，当时民间不是没有私下议论的。从前汉章帝时，想要为光武帝的原陵、明帝的显节陵各自修建城邑屋舍，东平王刘苍上书说不可行。东平王是光武帝的爱子、明帝的爱弟。贤王的心意，难道是吝惜花费在父兄身上吗？实在是因为不合礼制的事情，君主应当谨慎。如今，仿照义阳公主修建祠堂，我担心不如酌情设置守墓的民户，来负责守护供奉。”第二天，皇帝对李吉甫说：“你昨天所奏的停止修建祠堂的事，很合我的心意。我起初怀疑这是不必要的开支，但因不知道典故，所以只是酌情减少。看了你的陈述，才知道没有依据。然而我不想让二十户百姓破费，应当挑选官户来承担这件事。”李吉甫跪拜祝贺。皇帝说：“你，这哪里是难事！凡是关系到我的自身、对时政有不便之处，只要听到就改正，这哪里值得过分称赞呢！你只管勤于匡正我的过失，不要认为我做不到啊。”
〔16〕七年812七月，上御延英，顾谓吉甫曰：“朕近日畋游悉废，唯喜读书。昨于《代宗实录》中，见其时纲纪未振，朝廷多事，亦有所鉴诫。向后见卿先人事迹，深可嘉叹。”吉甫降阶跪奏曰：“臣先父伏事代宗，尽心尽节，迫于流运，不待圣时，臣之血诚，常所追恨。陛下耽悦文史，听览日新，见臣先父忠于前朝，著在实录，今日特赐褒扬，先父虽在九泉，如睹白日。”因俯伏流涕，上慰谕之。
元和七年七月，皇帝亲临延英殿，对李吉甫说：“朕近来完全停止了打猎游玩，只喜欢读书。昨天在《代宗实录》中，看到当时法纪不振，朝廷多事，也很有借鉴警戒。后来看到你父亲的事迹，深为赞叹。”李吉甫走下台阶跪着上奏说：“我的父亲侍奉代宗，尽心尽节，但迫于时运，没有等到圣明时代，我的一片赤诚之心，常常追悔遗憾。陛下爱好文史，听政览事日益更新，看到我父亲忠于前朝，记载在实录中，今天特地给予褒奖，我父亲虽然在九泉之下，如同见到了白日。”于是伏地流泪，皇帝安慰了他。
〔17〕八年813十月，上御延英殿，问时政记记何事。时吉甫监修国史，先对曰：“是宰相记天子事以授史官之实录也。古者，右史记言，今起居舍人是；左史记事，今起居郎是。永徽中，宰相姚璹监修国史，虑造膝之言，或不可闻，因请随奏对而记于仗下，以授于史官，今时政记是也。”上曰：“间或不修，何也？”曰：“面奉德音，未及施行，总谓机密，故不可书以送史官；其间有谋议出于臣下者，又不可自书以付史官；及已行者，制令昭然，天下皆得闻知，即史官之记，不待书以授也。且臣观时政记者，姚璹修之于长寿，及璹罢而事寝；贾耽、齐抗修之于贞元，及耽、抗罢而事废。然则关时政化者，不虚美，不隐恶，谓之良史也。”
元和八年十月，皇帝亲临延英殿，询问时政记记录什么事。当时李吉甫监修国史，先回答说：“这是宰相记录天子的事情以交给史官的实录。古代，右史记言，现在的起居舍人就是；左史记事，现在的起居郎就是。永徽年间，宰相姚璹监修国史，担心皇帝与大臣私下交谈的话有时不能公开，于是请求在奏对时记录于仗下，然后交给史官，这就是现在的时政记。”皇帝说：“有时不修撰，为什么？”回答说：“当面接受皇帝的命令，还没有来得及施行，这些都是机密，所以不能写下来送给史官；其中有谋议出于臣下的，又不能自己写下来交给史官；等到已经施行，制敕命令明白公开，天下都能知道，那么史官自己会记录，不需要等我们写下来交给他们。而且我看时政记，姚璹在长寿年间修撰，到他罢官后就停止了；贾耽、齐抗在贞元年间修撰，到他俩罢官后也废弃了。然而，关系到时政教化的，不虚美，不隐恶，才叫做良史。”
〔18〕是月，回纥部落南过碛，取西城柳谷路讨吐蕃。西城防御使周怀义表至，朝廷大恐，以为回纥声言讨吐蕃，意是入寇。吉甫奏曰：“回纥入寇，且当渐绝和事，不应便来犯边，但须设备，不足为虑。”因请自夏州至天德，复置废馆一十一所，以通缓急。又请发夏州骑士五百人，营于经略故城，应援驿使，兼护党项。九年814，请于经略故城置宥州。六胡州以在灵盐界，开元中废六州。曰：“国家旧置宥州，以宽宥为名，领诸降户。天宝末，宥州寄理于经略军，盖以地居其中，可以总统蕃部，北以应接天德，南援夏州。今经略遥隶灵武，又不置军镇，非旧制也。”宪宗从其奏，复置宥州，诏曰：“天宝中宥州寄理于经略军，宝应已来，因循遂废。由是昆夷屡扰，党项靡依，蕃部之人，抚怀莫及。朕方弘远略，思复旧规，宜于经略军置宥州，仍为上州，于郭下置延恩县，为上县，属夏绥银观察使。”
这个月，回纥部落向南越过沙漠，取道西城的柳谷路去讨伐吐蕃。西城防御使周怀义的奏表送到朝廷，朝廷非常恐慌，认为回纥虽然声称讨伐吐蕃，但实际意图是入侵唐朝。李吉甫上奏说：“回纥如果入侵，应该会逐渐断绝和好关系，不应该立刻就侵犯边境，我们只需做好防备，不足为虑。”于是请求从夏州到天德，重新设置废弃的驿馆十一所，以便紧急时通信。又请求调发夏州骑兵五百人，在经略旧城驻营，接应驿使，同时保护党项。元和九年，请求在经略旧城设置宥州。六胡州因为位于灵盐边界，开元年间已经废除了六州。李吉甫说：“国家以前设置宥州，以‘宽宥’为名，管辖各个归降的部族。天宝末年，宥州寄治在经略军，因为地处其中，可以统领蕃部，北面接应天德，南面支援夏州。如今经略军远属灵武，又不设置军镇，不符合旧制。”宪宗采纳了他的奏议，重新设置宥州，下诏说：“天宝年间宥州寄治在经略军，宝应年以来，因循旧例而废置。因此吐蕃屡次侵扰，党项无所依靠，蕃部的人民，无法安抚关怀。我正要弘扬远略，思考恢复旧规，应该在经略军设置宥州，仍为上州，在城下设置延恩县，为上县，隶属夏绥银观察使。”
〔19〕淮西节度使吴少阳卒，其子元济请袭父位。吉甫以为淮西内地，不同河朔，且四境无党援，国家常宿数十万兵以为守御，宜因时而取之。颇叶上旨，始为经度淮西之谋。
淮西节度使吴少阳去世了，他的儿子吴元济请求继承父亲的职位。李吉甫认为淮西属于内陆地区，不同于河朔一带，而且四周没有同党支援，国家经常驻扎几十万军队来防守，应该趁这个机会攻取它。这个意见很符合皇上的心意，于是开始谋划平定淮西的策略。