〔11〕迁殿中侍御史。徐敬业举兵，诏元忠监李孝逸军。至临淮，而偏将雷仁智为贼败，孝逸惧其锋，按兵未敢前。元忠曰：“公以宗室将，天下安危系焉。海内承平久，闻狂狡窃发，皆倾耳翘心以待其诛。今军不进，使远近解情，万有一朝廷以他将代公，且何辞？”孝逸然之，乃部分进讨。时敬业保下阿溪，弟敬猷屯淮阴，咸请“先击下阿，下阿败，淮阴自破。今淮阴急，敬业必救，是敌在腹背也。”元忠曰：“不然。贼劲兵尽守下阿，利在一决，苟有负，则大事去矣。敬酋博徒不知战，且其兵寡易摇，大军临之，势宜克。敬业畏直捣江都，必将邀我中路，吾今乘胜进，又以逸击劳，破之必矣。譬之逐兽，弱者先禽。今舍必禽之弱，而趋难敌之强，非计也。”孝逸乃引兵击淮阴，敬猷脱身遁，遂进击敬业，平之。还。授司刑正。
升任殿中侍御史。徐敬业起兵，皇帝下诏命令元忠监督李孝逸的军队。到达临淮，偏将雷仁智被贼军打败，李孝逸畏惧贼军锋芒，按兵不动不敢前进。元忠说：“您以宗室身份为将，天下安危系于您一身。海内太平已久，听说狂贼窃发，都倾耳翘首等待诛杀他们。现在军队不前进，使远近的人离心，万一朝廷用其他将领代替您，您将如何解释？”李孝逸认为对，于是部署军队进讨。当时徐敬业据守下阿溪，其弟徐敬猷屯兵淮阴，众将都请求先攻击下阿，说下阿败了，淮阴自然破灭。如果先攻淮阴，徐敬业必然来救，这样就会腹背受敌。元忠说：“不对。贼军精兵都在下阿，利在速决，如果失败，则大事去矣。徐敬猷是赌徒，不懂军事，而且他的兵少容易动摇，大军压境，势必攻克。徐敬业害怕我军直捣江都，必定会中途拦截我军，我如今乘胜前进，又以逸待劳，必能打败他。好比追野兽，先擒弱者。现在舍弃必擒的弱者，而趋向难敌的强者，不是好计策。”李孝逸于是引兵攻击淮阴，徐敬猷脱身逃跑，于是进军攻击徐敬业，平定了叛乱。回朝后，授任司刑正。
〔12〕迁洛阳令。陷周兴狱当死，以平扬、楚功，得流。岁余，为御史中丞，复为来俊臣所构。将就刑，神色不动，前死者宗室子三十余，尸相枕藉于前，元忠顾曰：“大丈夫行居此矣。”俄敕凤阁舍人王隐客驰骑免死，传声及于市，诸囚欢叫，元忠独坚坐，左右命起，元忠曰：“未知实否。”既而隐客至，宣诏已，乃徐谢，亦不改容。流费州。复为中丞。岁余，陷侯思止狱，仍放岭南。酷吏诛，人多讼元忠者，乃召复旧官。因侍宴，武后曰：“卿累负谤铄，何邪？”对曰：“臣犹鹿也，罗织之吏如猎者，苟须臣肉为之羹耳，彼将杀臣以求进，臣顾何辜？”
升任洛阳令。被周兴诬陷，判处死刑，因平定扬州、楚州的功劳，得以流放。一年多后，任御史中丞，又被来俊臣陷害。将被处刑时，神色不变，前面死去的宗室子弟三十多人，尸体相互枕藉，元忠看着说：“大丈夫就是走到这一步了。”不久，皇帝下令凤阁舍人王隐客骑马奔来免死，传话声传到刑场，众囚犯欢呼叫喊，只有元忠安然坐着，身边的人让他起来，元忠说：“不知道是真是假。”等王隐客到了，宣读诏书后，他才慢慢道谢，脸色也不改变。流放费州。后来重新任中丞。一年多后，又陷于侯思止的冤狱，被流放岭南。酷吏被诛杀后，很多人为元忠申诉，于是被召回恢复旧官。一次侍宴，武后问：“你多次招受诽谤，为什么呢？”元忠回答：“臣就像鹿，罗织罪名的小吏就像猎人，如果需要臣的肉做羹汤，他们就会杀我来求取升官，臣有什么罪呢？”
〔13〕圣历二年699，为凤阁侍郎、同凤阁鸾台平章事，俄检校并州长史、天兵军大总管，以备突厥。迁左肃政台御史大夫，兼检校洛州长史，治号威明。张易之家奴暴百姓，横甚，元忠笞杀之，权豪惮服。俄为陇右诸军大使，以讨吐蕃；又为灵武道行军大总管御突厥。元忠驭军持重，虽无赫然功，而亦未尝败。
圣历二年，魏元忠担任凤阁侍郎、同凤阁鸾台平章事（相当于宰相），不久又代理并州长史、天兵军大总管，用来防备突厥。后来调任左肃政台御史大夫，同时代理洛州长史，治理地方以威严公正著称。张易之的家奴残害百姓，非常蛮横，魏元忠用杖刑处死了他，权贵豪强都害怕并敬服他。不久他担任陇右各军的大使，去讨伐吐蕃；又担任灵武道行军大总管抵御突厥。魏元忠统率军队稳重谨慎，虽然没有显赫的战功，但也从未打过败仗。
〔14〕中宗在东宫，为检校左庶子。时二张势倾朝廷，元忠尝奏曰：“臣承先帝之顾，且受陛下厚恩，不能徇忠，使小人在君侧，臣之罪也。”易之等恨怒，因武后不豫，即共谮元忠与司礼丞高戬谋挟太子为耐久朋，遂下制狱。诏皇太子、相王及宰相引元忠等辨于廷，不能决。昌宗乃引张说为证，说初伪许之，至是迫使言状，不应，后又促之，说曰：“臣不闻也。”易之等遽曰：“说与同逆。说曩尝谓元忠为伊、周。夫伊尹放太甲，周公摄王位。此反状明甚。”说曰：“易之、昌宗安知伊、周，臣乃能知之。伊尹、周公，历古以为忠臣，陛下不遣学伊、周，将何效焉？”说又曰：“臣知附易之朝夕可宰相，从元忠则族灭。今不敢面欺，惧元忠之冤。”后寤其谗，然重违易之，故贬元忠高要尉。
中宗在东宫时，元忠任检校左庶子。当时张易之、张昌宗兄弟权势倾动朝廷，元忠曾上奏说：“臣受先帝的顾命，又受陛下厚恩，不能尽忠，使小人留在陛下身边，是臣的罪过。”张易之等怀恨愤怒，趁武后有病，就一起诬告元忠与司礼丞高戬谋划挟持太子作为长久的朋友，于是元忠被下狱。诏令皇太子、相王及宰相带领元忠等在朝廷上辩论，不能决断。张昌宗于是引张说作证，张说起初假装答应，到这时被迫让他说出情况，他不应，后来又催促他，张说说：“我没有听说。”张易之等急忙说：“张说与元忠同谋叛逆。张说从前曾称元忠为伊尹、周公。伊尹放逐太甲，周公摄政王位。这就是明显的反状。”张说说：“易之、昌宗哪里知道伊尹、周公，臣才知道。伊尹、周公，自古以来被认为是忠臣，陛下不让他们学习伊、周，要效法什么呢？”张说又说：“臣知道依附易之很快可以当宰相，跟从元忠则会被灭族。如今不敢当面欺骗，是怕元忠被冤枉。”武后明白他们的谗言，但难以违逆易之，所以贬元忠为高要尉。
〔15〕中宗复位，召为卫尉卿、同中书门下三品。不阅旬，迁兵部尚书，进侍中。武后崩，帝居丧，军国事委元忠裁可，拜中书令，封齐国公。神龙二年706，为尚书右仆射，知兵部尚书，当朝用事，群臣莫敢望。谒告上冢，诏宰相诸司长官祖道上东门，赐锦袍，给千骑四人侍，赐银千两。元忠到家，于亲戚无所赈施。及还，帝为幸白马寺迎劳之。
中宗皇帝复位后，召元忠担任卫尉卿、同中书门下三品。不到十天，升任兵部尚书，又晋升为侍中。武则天去世后，中宗正在守丧，把军国大事委托给元忠裁决，并任命他为中书令，封为齐国公。神龙二年，元忠担任尚书右仆射，兼管兵部尚书，在朝中执掌大权，群臣没有谁敢和他相比。他请假回家上坟，皇帝下诏命令宰相和各部门长官到上东门设宴送行，赐给他锦袍，派一千名骑兵中的四人侍从，并赐银千两。元忠到家后，对亲戚没有任何施舍。回朝时，皇帝亲自到白马寺迎接慰劳他。
〔16〕安乐公主私请废太子，求为皇太女，帝以问元忠，元忠曰：“公主而为皇太女，驸马都尉当何名？”主恚曰：“山东木强安知礼？阿母子尚为天子，我何嫌？”宫中谓武后为阿母子，故主称之。元忠固称不可，自是语塞。
安乐公主私下请求中宗废掉太子，想让自己当皇太女，中宗拿这事问元忠，元忠说：“公主如果当了皇太女，那驸马都尉该叫什么名分呢？”公主生气地说：“你这个山东倔老头懂什么礼法？阿母子尚且能当天子，我有什么不可以的？”宫中把武则天称为“阿母子”，所以公主这样称呼。元忠坚决说不行，从此公主就不再提了。
〔17〕武三思用事，京兆韦月将、渤海高轸上书言其恶，帝搒杀之，后莫敢言。王同皎谋诛三思，不克，反被族。元忠居其间，依违无所建明。初，元忠相武后，有清正名，至是辅政，天下倾望，冀干正王室，而稍惮权幸，不能赏善罚恶，誉望大减。陈郡男子袁楚客者以书规之曰：
武三思掌权的时候，京兆人韦月将和渤海人高轸上书举报他的恶行，皇帝把他们杖打致死，之后再也没有人敢说话了。王同皎密谋除掉武三思，没有成功，反而被灭了族。元忠处在他们中间，态度模棱两可，没有什么建树和主张。当初，元忠做武后的宰相，有清廉正直的名声；到这时辅佐朝政，天下人都倾心仰望，希望他能纠正王室的弊端，但他却渐渐畏惧权贵宠臣，不能做到赏善罚恶，声望大大下降。陈郡的一个男子叫袁楚客的，写了一封信规劝他说：
〔18〕今皇帝新服厥德，任官惟贤才，左右惟其人，因以布大化，充古谊，以正天下。君侯安得事循默哉？苟利社稷，专之可也。夫安天下者先正其本，本正则天下固，国之兴亡系焉。太子天下本，譬之大树，无本则枝叶零悴，国无太子，朝野不安。储君有次及之势，故师保教以君人之道，用蕴崇其德，所以重天下也。今皇子既长，未定嫡嗣，是天下无本。天下无本，犹树而亡根，枝叶何以存乎？愿君侯以清宴之间言于上，择贤而立之，此安天下之道。旷而不置，朝廷一失也。
现在皇帝刚刚即位修明德行，任命官员只选贤能之人，左右近臣只用合适的人，以此推行大教化，充实古道义，来匡正天下。您怎么能只知随声附和、沉默不言呢？如果对国家有利，独自决断也是可以的。安定天下的人要先端正根本，根本端正了天下就稳固，国家的兴亡系于此。太子是天下的根本，好比大树，没有根就会枝叶枯落，国家没有太子，朝廷和民间都会不安。储君有依次继承的形势，所以太师太保教导他做君主的道理，用来培养他的德行，这是为了重视天下。现在皇子已经长大，却没有确定嫡子作为继承人，这就是天下没有根本。天下没有根本，就像树没有根，枝叶怎么能存活呢？希望您在清闲宴饮之时向皇帝进言，选择贤能的人立为太子，这是安定天下的办法。长期空缺而不设立，这是朝廷的第一个失误。
〔19〕女有内则，男有外傅，岂相滥哉？幕府者，丈夫之职。今公主并开府置吏，以女处男职，所谓长阴抑阳也，而望阴阳不愆、风雨时若，得乎？此朝廷二失也。
女子有内室的规矩，男子有外傅的教育，怎么能互相混淆呢？幕府是男子担任的职务。现在公主们也都开设府署、设置官吏，让女子担任男子的职务，这就是所谓助长阴气、抑制阳气，却希望阴阳不失调、风调雨顺，可能吗？这是朝廷的第二个失误。
〔20〕今度人既多，缁衣半道，不本行业，专以重宝附权门，皆有定直。昔之卖官，钱入公府，今之卖度，钱入私家。以兹入道，徒为游食。此朝廷三失也。
现在度牒发放得已经太多了，穿僧衣的人挤满了半条路，他们不守出家人的本分，专门用贵重财宝去攀附权贵之门，而且每种都有固定的价钱。过去卖官，钱是进到官府国库的；现在卖度牒，钱却进了私人的腰包。靠这种方式出家为僧道，不过是成了游手好闲的寄生者。这是朝廷的第三项失策。
〔21〕唯名与器，不可以假人。故曰：“天工，人其代之。”夫代天，非材不可也。代非其人，必失天意。失天意而无患祸，未之有也。今倡优之辈，因耳目之好，遂授以官，非轻朝廷、乱正法邪？人君无私，私怒害物，私赏费财，况私人以官乎？此朝廷四失也。
只有名分和器物，不可以借给别人。所以说：“上天的职事，由人来代替。”代替上天，不是有才能的人不行。代替的人不称职，一定会违背天意。违背天意而没有灾祸，从来没有过。现在那些倡优之类的人，因为耳目之好，就授予他们官职，这不是轻视朝廷、扰乱正法吗？君主没有私心，私怒会伤害事物，私赏会浪费财物，何况私自拿官职送人呢？这是朝廷的第四个失误。
〔22〕贤者邦家之光，任之致治，弃之生乱。近诏博求多士，虽有好贤之名，无得贤之实。盖有司选士，非贿即势，上失天心，下违人望，非为官择吏，乃为人择官。葛洪有言：“举秀才，不知书；察孝廉，浊如泥；高第贤良吝如蛙。此朝廷五失也。
贤能的人是国家的光荣，任用他们就能使天下太平，抛弃他们就会产生祸乱。近来下诏广泛求取众多贤士，虽然有好贤的名声，却没有得到贤才的实际效果。因为有关部门选拔人才，不是靠贿赂就是靠权势，对上失去天心，对下违背民意，不是为了官职选拔官吏，而是为了人安排官职。葛洪曾说：“推举的秀才，不识字；考察的孝廉，污浊如泥；高第的贤良，吝啬如蛙。”这是朝廷的第五个失误。