〔33〕中平六年189，灵帝崩，董卓为司空，闻邕名高，辟之，称疾不就。卓大怒，詈曰：“我力能族人，蔡邕遂偃蹇者，不旋踵矣。”又切敕州郡举邕诣府，邕不得已，到，署祭酒，甚见敬重。举高第，补侍御史，又转持书御史，迁尚书。三日之间，周历三台。迁巴郡太守，复留为侍中。
中平六年（公元189年），汉灵帝去世，董卓担任司空，听说蔡邕名望很高，便征召他，蔡邕称病不肯应召。董卓大怒，骂道：“我有能力灭人全族，蔡邕竟敢如此傲慢，他很快就要大祸临头了。”接着又严令州郡官员把蔡邕推举到自己的府上，蔡邕迫不得已，只好前往。到任后被任命为祭酒，深受敬重。后来被举荐为高等，补任侍御史，又转任持书御史，升任尚书。三天之内，先后在尚书台、御史台、谒者台任职。接着调任巴郡太守，但又被留下担任侍中。
〔34〕初平元年190，拜左中郎将，从献帝迁都长安，封高阳乡侯。
初平元年，他受任左中郎将，跟着汉献帝把都城迁到长安，被封为高阳乡侯。
〔35〕董卓宾客部典议欲尊卓比太公，称尚父。卓谋之于邕，邕曰：“太公辅周，受命剪商，故特为其号。今明公威德，诚为巍巍，然比之尚父，愚意以为未可宜须并东平定，车驾还反旧京，然后议之。”卓从其言。
董卓的宾客和部属们一起商量，想要尊奉董卓，把他比作姜太公，称为“尚父”。董卓就这件事去问蔡邕，蔡邕说：“姜太公辅佐周朝，接受天命剿灭了商朝，所以特意给他那个称号。如今您的威望和德行，确实非常崇高，但要是跟尚父相比，我私下认为还不行。应该等到关东地区平定了，皇帝的车驾返回旧都，然后再商议这件事。”董卓听从了他的话。
〔36〕二年191六月，地震，卓以问邕。邕对曰：“地动者，阴盛侵阳，臣下逾制之所致也。前春郊天，公奉引车驾，乘金华青盖，爪画两轓，远近以为非宜。”卓于是改乘皂盖车。
初平二年六月发生地震，董卓拿这件事问蔡邕。蔡邕回答：“地震是因为阴气太盛压制了阳气，是臣子们越级违制造成的。去年春天祭天的时候，您担任引导车队的职务，乘坐的车有金色花纹和青色车盖，车两边的挡板上还画着爪形图案，远近的人都说这不合规矩。”董卓听后，就改乘黑盖车了。
〔37〕卓重邕才学，厚相遇待，每集宴，辄令邕鼓琴赞事，邕亦每存匡益。然卓多自佷用，邕恨其言少从，谓从弟谷曰：“董公性刚而遂非，终难济也，吾欲东奔兖州，若道远难达，且遁逃山东以待之，何如？”谷曰：“君状异恒人，每行观者盈集。以此自匿，不亦难乎？”邕乃止。
董卓看重蔡邕的才学，对他待遇优厚，每次聚会宴饮，就让蔡邕弹琴助兴，蔡邕也时常想着要匡正补益。但董卓大多刚愎自用，蔡邕怨恨自己的建议很少被采纳，对堂弟蔡谷说：“董公性格刚愎又坚持错误，终究难以成事，我想向东投奔兖州，如果路途遥远难以到达，暂且逃到山东一带等待时机，怎么样？”蔡谷说：“你相貌异于常人，每次出行围观的人挤得满满的。用这种方式隐藏自己，不是很难吗？”蔡邕于是打消了念头。
〔38〕及卓被诛，邕在司徒王允坐，殊不意言之而叹，有动于色。允勃然叱之曰：“董卓国之大贼，几倾汉室。君为王臣，所宜同忿，而怀其私遇，以忘大节！今天诛有罪，而反相伤痛，岂不共为逆哉？”即收付廷尉治罪。邕陈辞谢，乞黥首刖足，继成汉史。士大夫多矜救之，不能得。太尉马日磾驰往谓允曰：“伯喈旷世逸才，多识汉事，当续成后史，为一代大典。且忠孝素著，而所坐无名，诛之无乃失人望乎？”允曰：“昔武帝不杀司马迁，使作谤书，流于后世。方今国祚中衰，神器不固，不可令佞臣执笔在幼主左右。既无益圣德，复使吾党蒙其讪议。”日磾退而告人曰：“王公其不长世乎？善人，国之纪也；制作，国之典也。灭纪废典，其能久乎！”邕遂死狱中。允悔，欲止而不及。时年六十一。搢绅诸儒莫不流涕。北海郑玄闻而叹曰：“汉世之事，谁与正之！”兖州、陈留间皆画像而颂焉。
等到董卓被诛杀时，蔡邕正在司徒王允家中做客，无意中谈到董卓时不禁叹息，脸色也发生了变化。王允勃然大怒，斥责他说：“董卓是国家的大贼，几乎颠覆了汉朝。你作为朝廷的臣子，应该共同痛恨他才对，却念及他对你的私人恩遇，而忘记了国家大节！现在上天诛杀了这个有罪之人，你却反而为此悲痛，难道不是与他同谋吗？”于是立刻将蔡邕逮捕交给廷尉治罪。蔡邕上书谢罪，请求被处以刻额砍脚的刑罚，以便能够继续完成汉史。许多士大夫都同情并营救他，但没能成功。太尉马日磾急忙跑去对王允说：“伯喈（蔡邕字）是当世少有的奇才，对汉朝历史了解甚多，应当让他续成后汉史，成为一代大典。况且他向来以忠孝著称，所犯的罪也没有正当理由，杀了他难道不会失去民心吗？”王允说：“从前汉武帝不杀司马迁，让他写下诽谤朝廷的书，流传后世。如今汉朝国运衰微，政权不稳，不能让奸佞之臣在幼主身边执笔。这样既无益于圣上的德行，还会让我们这些人遭到他的诽谤。”马日磾出来后告诉别人说：“王允大概活不长了吧？善人是国家的纲纪，著述是国家的典章。毁弃纲纪和典章，他还能长久吗？”蔡邕最终死在狱中。王允后来后悔了，想阻止却已来不及。蔡邕当时六十一岁。士大夫和儒生们无不流泪。北海人郑玄听说后叹息道：“汉朝的历史，还有谁能来修正它呢！”兖州、陈留等地的人们都绘制蔡邕的画像来歌颂他。
〔39〕其撰集汉事，未见录以继后史。适作《灵纪》及十意，又补诸列传四十二篇，因李傕之乱，湮没多不存。所著诗、赋、碑、诔、铭、赞、连珠、箴、吊、论议、《独断》《劝学》《释诲》《叙乐》《女训》《篆艺》、祝文、章表、书记，凡百四篇，传于世。
他编撰汉朝的历史，但没被收录用来接续后来的史书。他又写了《灵纪》和十篇志，还补充了四十二篇各朝臣的列传，因为李傕作乱，这些文稿大多散失不存。他写的诗、赋、碑文、诔文、铭文、赞语、连珠、箴、吊文、论议，以及《独断》《劝学》《释诲》《叙乐》《女训》《篆艺》、祝文、奏章、表文、书札等，总共一百零四篇，流传到了后世。
〔40〕论曰：意气之感，士所不能忘也。流极之运，有生所共深悲也。当伯喈抱钳扭，徙幽裔，仰日月而不见照烛，临风尘而不得经过，其意岂及语平日幸全人哉！及解刑衣，窜欧越，潜舟江壑，不知其远，捷步深林，尚苦不密，但愿北首旧丘，归骸先垄，又可得乎？董卓一旦入朝，辟书先下，分明枉结，信宿三迁。匡导既申，狂僭屡革，资《同人》之先号，得北叟之后福。屡其庆者，夫岂无怀？君子断刑，尚或为之不举，况国宪仓卒，虑不先图，矜情变容，而罚同邪党？执政乃追怨子长谤书流后，放此为戮，未或闻之典刑。
评论说：意气相投的感动，是士人不能忘记的。到了穷途末路的命运，是所有活着的人共同深深悲叹的。当蔡邕身戴枷锁，被流放到边远之地，仰望日月却得不到照耀，面对风尘却不能通过，他的心意难道还能谈及平日侥幸保全自身吗！等到脱去刑衣，逃窜到瓯越地区，乘小船隐蔽在江河沟壑中，不知逃了多远，快步奔走于深林，还苦于不够隐蔽，只希望头朝北方的故土，尸骨归葬祖先的坟茔，又怎能得到呢？董卓一旦入朝，征召的文书就先下达，分明是冤枉地结交，接连几天三次升迁。匡正引导已经申明，狂傲僭越屡次改变，凭借《同人》卦的先号啕大哭，得到塞翁失马般的后福。屡次得到庆赏的人，难道没有心怀感激？君子判决刑罚，尚且有时为此不举行庆乐，何况国家法律仓促制定，没有预先考虑，同情之心改变脸色，而惩罚却与邪恶同党一样？执政者于是追怨司马迁的谤书流传后世，因此将蔡邕处死，未曾听说过这样的刑罚。
〔41〕赞曰：季长戚氏，才通情侈。苑囿典文，流悦音伎。邕实慕静，心精辞绮。斥言金商，南徂北徒，籍梁怀董，名浇身毁。
赞语说：马融和蔡邕，才华通达但性情浮夸放纵。他们醉心于典籍文章，喜爱音乐歌舞。蔡邕确实向往清静，心思精妙，文辞华丽。他因为直言进谏金商门之事，被流放南方，又迁徙北方；马融攀附梁冀，蔡邕感念董卓，最终声名受损，自身遭到毁灭。