〔13〕二十三年1897，宣怀又于上海创设南洋公学，如津学制而损益之，经费取给招商、电报两局捐助。奏明办理，因名公学。分四院：曰师范院，曰外院，曰中院，曰上院。外院即附属小学，为师范生练习之所。中、上院即二等、头等学堂，寓中学堂、高等学堂之意。课程大体分中文、英文两部，而注重法政、经济。上院毕业生，择尤异者咨送出洋，就学于各国大学。意谓内国大学猝难设置，以公学为豫备学校，而以外国大学为最高学府。论者谓中国教育有系统之组织，此其见端焉。后改归邮传部管辖，定名高等实业学堂。其课程性质，非复设立之初旨。此第一期无系统教育之大略也。
光绪二十三年（1897年），盛宣怀又在上海创办了南洋公学，仿照天津头等、二等学堂的学制而有所增减，经费由招商局和电报局捐助。经过奏明办理，因此称为“公学”。分为四院：师范院、外院、中院、上院。外院就是附属小学，是师范生练习教学的地方。中院和上院就是二等学堂和头等学堂，包含了中学堂和高等学堂的意思。课程大体分为中文和英文两部分，注重法政、经济。上院毕业生，挑选特别优秀的，咨送出国，到各国大学学习。意思是国内大学一时难以设置，就把公学作为预备学校，而把外国大学作为最高学府。评论者认为中国教育有系统的组织，就从这里开始显现。后来改归邮传部管辖，定名为高等实业学堂，其课程性质已经不是当初设立时的宗旨了。这就是第一期无系统教育的大概情况。
〔14〕自甲午一役，丧师辱国，列强群起，攘夺权利，国势益岌岌。朝野志士，恍然于乡者变法之不得其本。侍郎李端棻、主事康有为等，均条议推广学堂。光绪二十四年1898，德宗谕曰：“迩者诏书数下，开特科，改武科制度，立大、小学堂。惟风气尚未大开，论说莫衷一是。国是不定，则号令不行。特明白宣示中外，自王公至士庶，各宜努力发愤，以圣贤义理之学植其根本，博采西学切于时务者，实力讲求，以救空疏迂谬之弊。京师大学为各省倡，应首先举办。凡翰林编、检，部、院司员，各门侍卫，候补、候选道，府、州、县以下各官，大员子弟，八旗世职，各省武职后裔，均准入学肄业，以期人材辈出，共济时艰。”下军机大臣、总理各国事务王、大臣，妥议奏闻。寻议覆筹办京师大学堂。拟定章程，要端凡四：一宽筹经费，二宏建学舍，三慎选管学大臣，四简派总教习。诏如所拟。命孙家鼐管理大学堂事务，经费由户部筹拨。
自从甲午战争一役，军队战败、国家受辱，列强纷纷起来抢夺权利，国势更加危急。朝廷内外的有志之士，才恍然觉悟到以前的变法没有抓住根本。侍郎李端棻、主事康有为等人，都上奏建议推广学堂。光绪二十四年（1898年），光绪皇帝下谕说：“近来诏书多次下达，开设特科，改革武科制度，设立大小学堂。只是风气还没有完全打开，各种议论莫衷一是。国是如果不能确定，那么号令就无法推行。现在特此明白宣示中外，从王公大臣到士人百姓，都应该努力发愤，以圣贤义理之学作为根本，广泛采纳切合时务的西方学问，切实讲求，以挽救空疏迂谬的弊端。京师大学堂作为各省的榜样，应该首先举办。凡是翰林院的编修、检讨，各部院司员，各门侍卫，候补、候选道员，府、州、县以下各官，大员子弟，八旗世职，各省武职后裔，都准予入学肄业，以期人才辈出，共渡时艰。”下旨给军机大臣、总理各国事务王大臣，妥善商议后上奏。不久，商议回复筹办京师大学堂，拟定章程，要点有四条：一是宽筹经费，二是大规模建设校舍，三是慎重选择管学大臣，四是选派总教习。下诏照所拟办理。任命孙家鼐管理大学堂事务，经费由户部筹拨。
〔15〕五月，又谕各直省督、抚，将各省府、厅、州、县大、小书院，一律改为兼习中、西学之学校，其阶级，以省会之大书院为高等学，郡城之书院为中学，州、县之书院为小学。颁给京师大学章程，令仿照办理。各书院经费，侭数提作学堂经费。绅民如能捐建学堂，或广为劝募，准奏请给奖。有独立措捐钜款者，予以破格之赏。民间祠庙不在祀典者，一律改为学堂，以节糜费而隆教育。是时管学大臣之权限，不专管理京师大学堂，并节制各省所设之学堂。实以大学校长兼全国教育部长之职权。
五月，又下谕给各省总督、巡抚，将各省府、厅、州、县的大小书院，一律改为兼学中学和西学的学校，其等级是：省城的大书院改为高等学堂，郡城的书院改为中学堂，州、县的书院改为小学堂。颁发京师大学堂的章程，令各地仿照办理。各书院的经费，全部提取作为学堂经费。绅士和百姓如果能够捐建学堂，或者广为劝募的，准许奏请给奖。有独立捐出巨款的，给予破格赏赐。民间祠庙不在国家祀典之内的，一律改为学堂，以节省浪费而兴隆教育。这时管学大臣的权限，不只是管理京师大学堂，还节制各省设立的学堂。实际上是以大学校长兼全国教育部长的职权。
〔16〕又以同文馆及北洋学堂多以西人为总教习，于中学不免偏枯。且外国文不止一国，学科各有专门，非一西人所能胜任。必择学贯中、西，能见其大之中国学者，为总教习，破格录用，有选派分教习之权。盖以管学大臣必大学士或尚书充任，而总教习则不拘资格，可延揽新进之人才也。学生分两班，已治普通学卒业者为头班，现治普通学者为二班，犹是南洋公学之旧法。课程分普通、专门两类。普通学，学生必须通习；专门学，人各占一门或二门。普通学科目为经学，理学，掌故学，诸子学，初级算学，初级格致学，初级政治学，初级地理学，文学，体操学，语言文字学。专门学科目为高等算学，高等格致学，高等政治学、法律属之，高等地理学、测绘属之，农学，矿学，工程学，商学，兵学，卫生学、医学属之。考验学生，用积分法。学生月给膏火银两有差。上海设编译局，各学科除外国文外，均读编译课本。筹办大学章程之概要如此。
又因为同文馆和北洋学堂大多以西方人担任总教习，对中学不免有所偏废。而且外国语言不止一种，学科各有专门，不是一个西方人能够胜任的。必须选择学贯中西、能把握大局的中国学者担任总教习，破格录用，并有权选派分教习。因为管学大臣必须由大学士或尚书担任，而总教习则不拘泥于资格，可以延揽新进人才。学生分为两班：已经学完普通学的是头班，正在学普通学的是二班，这仍然是南洋公学的旧方法。课程分为普通和专门两类。普通学是学生必须全部学习的；专门学则每人各占一门或两门。普通学科目有：经学、理学、掌故学、诸子学、初级算学、初级格致学、初级政治学、初级地理学、文学、体操学、语言文字学。专门学科目有：高等算学、高等格致学、高等政治学（法律属于此类）、高等地理学（测绘属于此类）、农学、矿学、工程学、商学、兵学、卫生学（医学属于此类）。考查学生用积分法。学生每月发给的膏火银两各有不同。上海设立编译局，各学科除了外国文外，都读编译的课本。筹办大学章程的概要就是这样。
〔17〕未几，八月政变，由旧党把持朝局，卒酿成庚子之祸。逮二十七年，学校渐有复兴之议。其首倡者，则山东巡抚袁世凯也。初，世凯奏陈东省开办大学堂章程，有旨饬下各省仿办，令政务处会同礼部妥议选举鼓励章程。寻议言：“东西各国学堂，皆系小学、中学、大学以次递升，毕业后始予出身，拟请按照办理。小学毕业生考试合格，选入中学堂。毕业考试合格，再选入大学堂。毕业考试合格，发给凭照。督、抚、学政，按其功课，严密扃试。优者分别等第，咨送京师大学堂覆试，作为举人、贡生。其贡生留下届应考，原应乡试者听。举人积有成数，由京师大学堂严加考试，优者分别等第，咨送礼部。简派大臣考试，候旨钦定，作为进士，一体殿试，酌加擢用，优予官阶。查世凯办法，以通省学堂一时未能遍举，先于省城建立学堂，分斋督课，其备斋、正斋，即隐寓小学、中学之规制。既经谕令各省仿办，应酌照将来选举章程，用资鼓励。”报可。所议混合科举、学制为一事，谓之学堂选举鼓励章程，各省多未及实行而罢。
不久，八月政变（戊戌政变）发生，由旧党把持朝政，最终酿成了庚子年（1900年）的祸乱。到了光绪二十七年（1901年），学校逐渐有了复兴的议论。首先倡导的是山东巡抚袁世凯。起初，袁世凯上奏陈述山东省开办大学堂的章程，有旨意下发给各省仿照办理，并命令政务处会同礼部妥善商议选举鼓励的章程。不久，商议说：“东西方各国的学堂，都是小学、中学、大学依次递升，毕业后才给予出身，请求按照这个办法办理。小学毕业生考试合格，选入中学堂；中学毕业考试合格，再选入大学堂；大学毕业考试合格，发给毕业文凭。总督、巡抚、学政，按照其功课，严密封闭考试。成绩优秀的分别等第，咨送京师大学堂复试，作为举人、贡生。那些贡生留待下一届应考，原来应该参加乡试的听便。举人积累到一定数量，由京师大学堂严格考试，优秀者分别等第，咨送礼部，由皇帝简派大臣考试，等候旨意钦定，作为进士，一同殿试，酌情提拔任用，给予优厚官阶。查看袁世凯的办法，因为全省学堂一时不能全部设立，先在省城建立学堂，分斋督促学习，其中的备斋、正斋，实际上隐含了小学、中学的规制。既然已经谕令各省仿办，应该酌情参照将来的选举章程，用以鼓励。”批复同意。所商议的将科举和学制合并为一件事，称为“学堂选举鼓励章程”，各省大多还没有来得及实行就停止了。