〔58〕天顺初，以御史练纲荐，迁雄县知县。奉御杜坚捕天鹅暴横，纮执杖其从者，坐下诏狱。民五千诣阙讼，乃调知府谷。宪宗即位，迁葭州知州，调秦州。母丧去官，州人乞借纮，服阕还故任。寻擢巩昌知府，改西安，迁陕西右参政。岷州番乱，提兵三千破之，进俸一级。
天顺初年，因御史练纲推荐，升任雄县知县。奉御（内官）杜坚捕捉天鹅，行为暴横，秦纮抓住并杖打他的随从，因此被关进诏狱。五千百姓到朝廷申诉，于是调任府谷知县。宪宗即位，升葭州知州，调任秦州。母亲去世离职，州人请求借调秦纮，守丧期满后回到原任。不久升巩昌知府，改任西安，升陕西右参政。岷州番人作乱，他率兵三千人击败他们，俸禄升一级。
〔59〕成化十三年1477擢右佥都御史，巡抚山西，奏镇国将军奇涧等罪。奇涧父庆成王钟镒为奏辩，且诬纮。帝重违王意，逮纮下法司治。事皆无验，而内官尚亨籍纮家，以所得敝衣数事奏。帝叹曰：“纮贫一至此耶？”赐钞万贯旌之。于是夺奇涧等三人爵，王亦削禄三之一，而改纮抚河南。寻复调宣府。
成化十三年，升右佥都御史，巡抚山西，奏报镇国将军奇涧等人的罪行。奇涧的父亲庆成王钟镒为他上奏辩解，并且诬告秦纮。皇帝难以违逆庆成王的意思，逮捕秦纮交给法司审理。事情都没有证据，而太监尚亨抄没秦纮家产，只得到几件破旧衣服上奏。皇帝叹息说：“秦纮竟贫穷到这种地步吗？”赐钞万贯表彰他。于是剥夺奇涧等三人的爵位，庆成王也被削减三分之一俸禄，而改任秦纮巡抚河南。不久又调任宣府。
〔60〕小王子数万骑寇大同，长驱入顺圣川，掠宣府境。纮与总兵官周玉等邀击，遁去。寻入掠兴宁口，连战却之，追还所掠，玺书劳焉。进左佥都御史，巡抚如故。未几，召还理院事，迁户部右侍郎。万安逐尹旻，诬纮旻党，降广西右参政。进福建左布政使。
小王子率数万骑兵侵犯大同，长驱直入顺圣川，劫掠宣府境内。秦纮和总兵官周玉等拦击，敌人逃走。不久又入掠兴宁口，连战击退，追回所掠人口财物，皇帝下玺书慰劳。升左佥都御史，仍巡抚。不久，召还管理都察院事务，升户部右侍郎。万安排挤尹旻，诬陷秦纮是尹旻党羽，降为广西右参政。后升福建左布政使。
〔61〕弘治元年1488以王恕荐，擢左副都御史，督漕运。明年三月进右都御史，总督两广军务。奏言：“中官、武将总镇两广者，率纵私人扰商贾，高居私家。擅理公事，贼杀不辜，交通土官为奸利。而天下镇守官皆得擅执军职，受民讼，非制，请严禁绝。总镇府故有赏功所，岁储金钱数万，费出无经，宜从都御史勾稽。广、潮、南、韶多盗，当设社学，编保甲，以绝盗源。”帝悉从其请。恩城知州岑钦攻逐田州知府岑溥，与泗城知州岑应分据其地。纮入田州逐走钦，还溥于府，留官军戍之，乱遂定。复遣将讨平黎贼陵水，瑶贼德庆。
弘治元年，因王恕推荐，升左副都御史，督办漕运。第二年三月升右都御史，总督两广军务。他上奏说：“镇守两广的太监、武将，大都纵容私人骚扰商贾，高高在上住在私家。擅自处理公事，贼杀无辜，勾结土官谋取奸利。而天下镇守官都能擅自逮捕军官，受理民间诉讼，不合制度，请严禁绝。总镇府原有赏功所，每年储存金钱数万，支出无度，应由都御史稽核。广州、潮州、南雄、韶州多盗，应当设立社学，编制保甲，以断绝盗源。”皇帝全部同意。恩城知州岑钦攻逐田州知府岑溥，和泗城知州岑应分占其地。秦纮进入田州赶走岑钦，让岑溥回府，留官军戍守，乱事于是平定。又派将讨平陵水的黎贼、德庆的瑶贼。
〔62〕纮之初莅镇也，劾总兵官安远侯柳景贪暴，逮下狱。景亦讦纮，勘无左证，法司当景死。景连姻周太后家，有奥援，讦纮不已。诏并逮纮，廷鞫卒无罪。诏宥景死，夺爵闲住，而纮亦罢归。大臣王恕等请留纮，不纳。廷臣复连章言纮可大用。居数月，起南京户部尚书。十一年1498引疾去。
秦纮初到任时，弹劾总兵官安远侯柳景贪暴，逮捕下狱。柳景也攻击秦纮，调查无证据，法司判柳景死罪。柳景和周太后家联姻，有后台，不断攻击秦纮。皇帝下诏一起逮捕秦纮，朝廷审讯最终无罪。下诏赦免柳景死罪，夺爵闲住，而秦纮也被罢官回乡。大臣王恕等请求留用秦纮，不被采纳。廷臣又接连上奏说秦纮可大用。过了几个月，起用为南京户部尚书。弘治十一年因病辞职。
〔63〕十四年1501秋，寇大入花马池，败官军孔坝沟，直抵平凉。言者谓纮有威名，虽老可用。诏起户部尚书兼右副都御史，总制三边军务。纮驰至固原，按行败所。躬祭阵亡将士，掩其骼。奏录死事指挥朱鼎等五人，恤军士战殁者家。劾治败将杨琳等四人罪，更易守将。练壮士，兴屯田，申明号令，军声大振。
弘治十四年秋天，敌人大规模入侵花马池，在孔坝沟击败官军，直抵平凉。言官说秦纮有威名，虽年老可用。下诏起用为户部尚书兼右副都御史，总制三边军务。秦纮快速赶到固原，巡视战败处。亲自祭奠阵亡将士，掩埋骨骸。奏请录用死事指挥朱鼎等五人，抚恤战死军士的家属。弹劾治罪败将杨琳等四人，更换守将。训练壮士，兴办屯田，申明号令，军威大振。
〔64〕初，寇未入河套，平凉、固原皆内地，无患。自孛来往牧后，固原当兵冲，为平、庆、临、巩门户。而城隘民贫，兵力单弱，商贩不至。纮乃拓治城郭，招徕商贾，建改为州，而身留节制之。奏言：“固原主、客兵止万八千人，散守城堡二十四。势分力弱，宜益兵。旧临、巩、秦州诸军岁赴甘、凉备御。及他方有警，又调兵甘、凉，或发京军征讨。夫京师天下本，边将手握重兵，而一遇有事辄请京军，非强干弱枝之道。请自今京兵毋轻发，临、巩、甘、凉诸军亦宜各还本镇。但选知兵宿将一二人各守其地，人以戍为家，军以将为命，自乐趋役，而有战心，计之得者也。”纮见固原迤北延袤千里，闲田数十万顷，旷野近边，无城堡可依。议于花马池迤西至小盐池二百里，每二十里筑一堡，堡周四十八丈，役军五百人。固原迤北诸处亦各筑屯堡，募人屯种，每顷岁赋米五石，可得五十万石。规画已定，而宁夏巡抚刘宪为梗。纮乃奏曰：“窃见三边情形，延绥、甘、凉地虽广，而士马精强。宁夏怯弱矣，然河山险阻。惟花马池至固原，军既怯弱，又墩台疏远，敌骑得长驱深入，故当增筑墩堡。韦州、豫望城诸处亦然。今固原迤南修筑将毕，惟花马池迤北二百里当筑十堡。而宪危言阻众，且废垂成之功。乞令宪制三边，而改臣抚宁夏，俾得终边防，于事为便。”帝下诏责宪，宪引罪，卒行纮策。修筑诸边城堡一万四千余所，垣堑六千四百余里，固原屹为重镇。纮又以意作战车，名“全胜车”，诏颁其式于诸边。在事三年，四镇晏然，前后经略西陲者莫及。
当初，敌人未入河套时，平凉、固原都是内地，没有祸患。自从孛来在此放牧后，固原成为兵家要冲，是平凉、庆阳、临洮、巩昌的门户。但城池狭小，百姓贫困，兵力单弱，商贩不至。秦纮于是扩建城郭，招徕商贾，改设为州，并亲自留下节制。他上奏说：“固原的主客兵只有一万八千人，分散守卫二十四座城堡。势分力弱，应当增兵。过去临洮、巩昌、秦州各军每年赴甘肃、凉州备御。当其他地方有警，又调兵甘、凉，或发京军征讨。京师是天下根本，边将手握重兵，但一遇有事就请京军，不是强干弱枝之道。请从今以后京兵不轻易出动，临、巩、甘、凉各军也应各回本镇。只选知兵宿将一二人各守其地，人以戍为家，军以将为命，自然乐于服役而有战心，这是得计。”秦纮见固原以北绵延千里，闲田数十万顷，旷野近边，无城堡可依。建议在花马池以西到小盐池二百里，每二十里筑一堡，堡周长四十八丈，役军五百人。固原以北各处也各筑屯堡，募人屯种，每顷年赋米五石，可得五十万石。规划已定，但宁夏巡抚刘宪从中作梗。秦纮于是上奏说：“我见三边情形，延绥、甘、凉地虽广，但士马精强。宁夏怯弱，但有河山险阻。只有花马池到固原，军既怯弱，墩台又疏远，敌骑可长驱深入，所以应当增筑墩堡。韦州、豫望城等处也是。现在固原以南修筑将完，只有花马池以北二百里应当筑十堡。而刘宪危言阻众，且废垂成之功。请让刘宪制三边，而改臣巡抚宁夏，使我得以完成边防，于事情方便。”皇帝下诏责备刘宪，刘宪认罪，最终施行了秦纮的策略。修筑各边城堡一万四千多所，墙堑六千四百多里，固原屹然成为重镇。秦纮又按自己的想法造作战车，名为“全胜车”，下诏将样式颁发到各边。他在任三年，四镇安宁，前后经营西陲的人都不及他。
〔65〕十七年1504加太子少保，召还视部事。以年老连章力辞，乞致仕。诏赐敕乘传归，月廪岁隶如制。明年九月卒，年八十。赠少保，谥襄毅。
弘治十七年，加太子少保，召回京管理部务。因年老连续上疏极力辞职，请求退休。下诏赐敕命乘驿车回乡，按规定给予月米和年役。第二年九月去世，享年八十岁。追赠少保，谥号襄毅。
〔66〕纮廉介绝俗，妻孥菜羹麦饭常不饱。性刚果，勇于除害，不自顾虑，士大夫识与不识称为伟人。在两广被逮时，方议讨后山贼。治军事毕，从容就道，仪卫驺从不贬损。既逾岭，始囚服就系。谓官校曰：“两广蛮夷杂处，总制体尊，遽就拘执，损国威。今既逾岭，真囚矣。”其严重得体如此。正德五年1510，刘瑾乱政。纮家奴憾纮妇弟杨瑾，以纮所遗火炮投缉事校尉，诬瑾畜违禁军器。刘瑾怒，归罪于纮。籍其家，无所得。言官张九叙、涂敬等复希瑾意劾纮，士类嗤之。
秦纮廉洁耿介，超出世俗，妻子儿女常吃菜羹麦饭，不能饱腹。性格刚毅果敢，勇于除害，不顾自身，士大夫无论认识不认识都称他为伟人。在两广被逮捕时，他正商议讨伐后山贼。处理完军事，从容上路，仪仗随从不减损。过了岭后，才穿上囚服被绑。他对官校说：“两广蛮夷杂处，总制体统尊贵，突然被拘捕，有损国威。现在已过岭，真是囚犯了。”他如此庄重得体。正德五年，刘瑾乱政。秦纮的家奴恨秦纮的妻弟杨瑾，把秦纮遗留的火炮交给缉事校尉，诬告杨瑾收藏违禁军器。刘瑾发怒，归罪于秦纮。抄没其家，一无所获。言官张九叙、涂敬等又迎合刘瑾之意弹劾秦纮，士人耻笑他们。
〔67〕赞曰：项忠、韩雍皆以文学通籍，而亲提桴鼓，树勋戎马之场。其应机决胜，成画远谋，虽宿将殆无以过，岂不壮哉！赏不酬劳，谣诼继起，文法吏从而绳其后，功名之士所为发愤而太息也。余子俊尽心边计，数世赖之。朱英廉威名粤峤，秦纮经略著西陲，文武兼资，伟哉一代之能臣矣！
史官评论说：项忠、韩雍都以文学进入仕途，却亲自执槌击鼓，在战场上建立功勋。他们随机应变、决胜千里，筹划深远，即使老将大概也不能超过，难道不壮伟吗！但赏赐不足以酬报功劳，诽谤相继而起，文法吏跟着找麻烦，这是功名之士之所以愤慨叹息的原因啊。余子俊尽心边防，数代依赖。朱英以廉洁威名著称于岭南，秦纮经营筹划显名于西陲，文武兼备，真是一代能臣啊！