〔1〕太祖下集庆路为吴王，罢诸翼统军元帅，置武德、龙骧、豹韬、飞熊、威武、广武、兴武、英武、鹰扬、骁骑、神武、雄武、凤翔、天策、振武、宣武、羽林十七卫亲军指挥使司。革诸将袭元旧制枢密、平章、元帅、总管、万户诸官号，而核其所部兵五千人为指挥，千人为千户，百人为百户，五十人为总旗，十人为小旗。天下既定，度要害地，系一郡者设所，连郡者设卫。大率五千六百人为卫，千一百二十人为千户所，百十有二人为百户所。所设总旗二，小旗十，大小联比以成军。其取兵，有从征，有归附，有谪发。从征者，诸将所部兵，既定其地，因以留戍。归附，则胜国及僭伪诸降卒。谪发，以罪迁隶为兵者。其军皆世籍。此其大略也。
太祖朱元璋攻下集庆路（今南京）后称吴王，撤销了各路统军元帅的官职，设立了武德、龙骧、豹韬、飞熊、威武、广武、兴武、英武、鹰扬、骁骑、神武、雄武、凤翔、天策、振武、宣武、羽林这十七个卫的亲军指挥使司。废除了将领们沿袭元朝旧制的枢密、平章、元帅、总管、万户等官号，并重新核定他们所属的军队：五千人设一个指挥，一千人设一个千户，一百人设一个百户，五十人设一个总旗，十人设一个小旗。天下平定后，根据战略要地，如果只关系到一郡就设所，关系到几个郡就设卫。大致上五千六百人为一卫，一千一百二十人为一千户所，一百一十二人为一百户所。每个所设两个总旗、十个小旗，大小单位编在一起组成军队。招募士兵的来源有三种：一是跟随出征的，二是归附的，三是因罪发配的。跟随出征的是将领们原有的士兵，平定地方后留下驻防。归附的是前朝和伪政权的降兵。因罪发配的是犯了罪被罚充军的。这些士兵都是世代军籍。这就是大概情况。
〔2〕洪武三年1370，升杭州、江西、燕山、青州四卫为都卫，复置河南、西安、太原、武昌四都卫。四年1371，造用宝金符及调发走马符牌。用宝符为小金牌二，中书省、大都督府各藏其一。有诏发兵，省府以牌入，内府出宝用之。走马符牌，铁为之，共四十，金字、银字者各半，藏之内府。有急务调发，使者佩以行。寻改为金符。凡军机文书，自都督府、中书省长官外，不许擅奏。有诏调军，省、府同覆奏，然后纳符请宝。五年1372，置亲王护卫指挥使司，每府三护卫，卫设左、右、中、前、后五所；所，千户二，百户十。围子手所二；所，千户一。七年1374，申定兵卫之政，征调则统于诸将，事平则散归各卫。
洪武三年，将杭州、江西、燕山、青州这四个卫升格为都卫，又设置了河南、西安、太原、武昌四个都卫。洪武四年，制作了调兵用的金符和紧急调兵用的走马符牌。用宝符是两块小金牌，中书省和大都督府各存一块。皇帝下令调兵时，中书省和都督府拿着符牌进宫，内府拿出宝印使用。走马符牌是铁制的，共四十块，金字和银字各一半，存放在内府。有紧急军务需要调兵时，使者佩戴符牌出发。不久改为金符。凡是军机文书，除了都督府和中书省的长官，其他人不许擅自上奏。皇帝下诏调兵时，中书省和都督府要一起复核上奏，然后缴纳符牌并请求宝印。洪武五年，设置了亲王护卫指挥使司，每个王府设三个护卫，每个护卫设左、右、中、前、后五个千户所；每个千户所设两个千户、十个百户。还设有围子手所两个，每个所设一个千户。洪武七年，重申了兵卫制度，出征时军队由将领统率，战事结束后士兵返回各自的卫所。
〔3〕八年1375，改在京留守都卫为留守卫指挥使司，在外都卫为都指挥使司，凡十三：北平、陕西、山西、浙江、江西、山东、四川、福建、湖广、广东、广西、辽东、河南。又行都指挥使司二：甘州、大同。俱隶大都督府。九年1376，选公、侯、都督、各卫指挥嫡长次子为散骑、参侍舍人，隶都督府，充宿卫，或署各卫所事。十三年1380，丞相胡惟庸谋反诛，革中书省，因改大都督府为五，分统诸军司卫所。明年，复置中都留守司及贵州、云南都指挥使司。十五年1382三月，颁军法定律。十六年1383，诏各都司上卫所城池水陆地里图。二十年1387，置大宁都指挥使司。是年，命兵部置军籍勘合，载从军履历、调补卫所年月、在营丁口之数，给内外卫所军士，而藏其副于内府。三十年1397，定武官役军之制：指挥、同知、佥事四，千户三，百户、镇抚二，皆取正军，三日一番上，下直归伍操练。卫所直厅六，守门二，守监四，守库一，皆任老军，月一更。
洪武八年，将在京城的留守都卫改为留守卫指挥使司，在外的都卫改为都指挥使司，共有十三个：北平、陕西、山西、浙江、江西、山东、四川、福建、湖广、广东、广西、辽东、河南。还设有两个行都指挥使司：甘州、大同。这些都隶属于大都督府。洪武九年，选拔公、侯、都督以及各卫指挥的嫡长子和次子担任散骑、参侍舍人，隶属于都督府，负责宫廷宿卫，或者代理各卫所的事务。洪武十三年，丞相胡惟庸谋反被诛杀，废除了中书省，于是将大都督府改为五个，分别统领各军司卫所。第二年，又设置了中都留守司以及贵州、云南都指挥使司。洪武十五年三月，颁布了军法定律。洪武十六年，下诏命令各都司上报卫所城池的水陆地理位置图。洪武二十年，设置了大宁都指挥使司。同年，命令兵部制作军籍勘合，记载从军履历、调补卫所的年月、在营丁口数量，发给内外卫所的军士，并将副本保存在内府。洪武三十年，规定了武官役使军士的制度：指挥、同知、佥事四人，千户三人，百户、镇抚二人，都使用正军，三天一轮换，下班后归队操练。卫所的值班厅六人，守门二人，守监四人，守库一人，都任用老军，每月轮换一次。
〔4〕建文帝嗣位，置河北都司、湖广行都司。文皇入立，皆罢之，而升燕山三护卫为亲军，并建文时所立孝陵卫，皆不隶五府。后诸陵设卫皆如之。移山西行都司所属诸卫军于北平，设卫屯种。永乐元年1403，罢北平都司，设留守行后军都督府，迁大宁都司于保定。明年，更定卫所屯守军士。临边险要者，守多于屯。在内平僻，或地虽险要而运输难至者，皆屯多于守。七年1409，置调军勘合，以勇、敢、锋、锐、神、奇、精、壮、强、毅、克、胜、英、雄、威、猛十六字，编百号。制敕调军及遣将，比号同，方准行。十八年1420，北京建，在南诸卫多北调。宣德五，年从平江伯陈瑄言，以卫官职漕运，东南之卒由是困。八年1410，减卫军余丁，正军外每军留一，余悉遣归。已，复以幼军备操者不足，三丁至七八丁者选一，余听治生，给军装。正军有故，即令补伍，毋再勾摄。
建文帝即位后，设置了河北都司和湖广行都司。明成祖朱棣入京即位后，都撤销了，并将燕山三护卫升格为亲军，连同建文时期设立的孝陵卫，都不隶属于五军都督府。后来各皇陵设卫都仿照此例。将山西行都司所属各卫的军队迁移到北平，设立卫所进行屯田耕种。永乐元年，撤销了北平都司，设立了留守行后军都督府，将大宁都司迁到保定。第二年，重新规定了卫所屯田和防守的军士比例。靠近边境的险要之地，防守兵多于屯田兵。在内地平坦偏僻的地方，或者虽然地势险要但运输困难的地方，屯田兵多于防守兵。永乐七年，设置了调军勘合，使用“勇、敢、锋、锐、神、奇、精、壮、强、毅、克、胜、英、雄、威、猛”这十六个字，编成一百个号。皇帝下达调军和派遣将领的命令时，需要核对字号相同，才能执行。永乐十八年，北京建成，在南方的各卫大多调往北方。宣德五年，采纳平江伯陈瑄的建议，让卫所军官负责漕运，东南地区的士兵从此困苦。宣德八年，裁减卫所中的余丁，正军之外每军只留一个余丁，其余全部遣送回家。不久，又因为幼军（预备兵）操练人数不足，从三丁到七八丁的家庭中选一人，其余允许从事生产，但需提供军装。正军如有事故，立即令其补充，不再另行勾取。
〔5〕当是时，都指挥使与布、按并称三司，为封疆大吏。而专阃重臣，文武亦无定职，世犹以武为重，军政修饬。正德以来，军职冒滥，为世所轻。内之部科，外之监军、督抚，叠相弹压，五军府如赘疣，弁帅如走卒。总兵官领敕于兵部，皆跽，间为长揖，即谓非体。至于末季，卫所军士，虽一诸生可役使之。积轻积弱，重以隐占、虚冒诸弊，至举天下之兵，不足以任战守，而明遂亡矣。
在当时，都指挥使与布政使、按察使并称为三司，是地方上的最高长官。而专任军事的重臣，文武也没有固定的官职，社会上仍然以武职为贵，军政管理得比较好。但从正德年间以来，军职泛滥，冒牌货太多，被社会轻视。朝廷内部的部科官员，外部的监军、督抚，纷纷压制他们，五军都督府成了多余的东西，将帅像走卒一样。总兵官到兵部领取敕令，都要跪着，偶尔作个长揖，就算不合礼制。到了明朝末年，卫所军士，连一个秀才都可以役使他们。长期被轻视，长期衰弱，加上隐占、虚冒等弊病，以至于全国的军队都不能胜任作战和防守，明朝于是灭亡了。
〔6〕崇祯三年1630，范景文以兵部侍郎守通州，上言：“祖制，边腹内外，卫所棋置，以军隶卫，以屯养军。后失其制，军外募民为兵，屯外赋民出饷，使如鳞尺籍，不能为冲锋之事，并不知带甲之人。陛下百度振刷，岂可令有定之军数付之不可问，有用之军糈投之不可知？”因条上清核数事，不果行。
崇祯三年，范景文以兵部侍郎的身份镇守通州，上奏说：“按照祖制，边境和内地，卫所像棋子一样密布，军队隶属于卫所，用屯田来养活军队。后来制度废弛，军队之外又招募百姓当兵，屯田之外又向百姓征收军饷，使得军籍如鱼鳞般繁多，却不能冲锋陷阵，甚至不知道穿铠甲的人是谁。陛下您全面整顿，怎么能让有定数的军队无法查问，有用的军粮不知去向？”于是他分条上奏了清理核查的几件事，但最终没有实行。
〔7〕初，洪武二十六年1393定天下都司卫所，共计都司十有七，留守司一，内外卫三百二十九，守御千户所六十五。及成祖在位二十余年，多所增改。其后措置不一，今区别其名于左，以资考镜。
起初，洪武二十六年确定了全国的都司和卫所，共计都司十七个，留守司一个，内外卫三百二十九个，守御千户所六十五个。到明成祖在位二十多年间，多有增改。之后各地设置各不相同，现在将它们的名称区别排列如下，以供参考考证。
〔8〕金吾前卫 金吾后卫 羽林左卫 羽林右卫 府军卫 府军左卫
金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫，这些都是明朝亲军卫中的卫所名称。
〔9〕府军右卫 府军前卫 府军后卫 虎贲左卫 锦衣卫 旂手卫
府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫、锦衣卫、旂手卫，这些都是明朝的亲军卫名称。
〔13〕（凡本府在京属卫，曾经永乐十八年1420调守北京者，各注其下曰“调北京”，其年月不重出。后四府同。）
凡是本都督府在京城所属的卫所，如果曾经在永乐十八年被调往北京驻守的，就在下面注明“调北京”，其年月不再重复列出。后面四个都督府的格式相同。
〔14〕留守左卫（调北京） 镇南卫（调北京）水军左卫 骁骑右卫（调北京）龙虎卫（调北京）英武卫 沈阳左卫（调北京） 沈阳右卫（调北京）
留守左卫（调往北京）、镇南卫（调往北京）、水军左卫、骁骑右卫（调往北京）、龙虎卫（调往北京）、英武卫、沈阳左卫（调往北京）、沈阳右卫（调往北京）。这些都是左军都督府在京城的卫所。
〔17〕杭州前卫 杭州右卫 台州卫 宁波卫 处州卫 绍兴卫 海宁卫 昌国卫温州卫 临山卫 松门卫 金乡卫 定海卫 海门卫 盘石卫 观海卫 海宁千户所 衢州千户所 严州千户所 湖州千户所
杭州前卫、杭州右卫、台州卫、宁波卫、处州卫、绍兴卫、海宁卫、昌国卫、温州卫、临山卫、松门卫、金乡卫、定海卫、海门卫、盘石卫、观海卫、海宁千户所、衢州千户所、严州千户所、湖州千户所。这些都是浙江都司下属的卫所。
〔19〕定辽左卫 定辽右卫 定辽中卫 定辽前卫 定辽后卫 铁岭卫 东宁卫沈阳中卫 海州卫 盖州卫 金州卫 复州卫 义州卫 辽海卫 三万卫 广宁左屯卫 广宁右屯卫 广宁前屯卫 广宁后屯卫 广宁中护卫（后改为屯卫）
定辽左卫、定辽右卫、定辽中卫、定辽前卫、定辽后卫、铁岭卫、东宁卫、沈阳中卫、海州卫、盖州卫、金州卫、复州卫、义州卫、辽海卫、三万卫、广宁左屯卫、广宁右屯卫、广宁前屯卫、广宁后屯卫、广宁中护卫（后来改为屯卫）。这些都是辽东都司下属的卫所。