〔11〕世宗立，久之，从廷臣言，设文臣知兵者一人领京营。是时额兵十万七千余人，而存者仅半。专理京营兵部尚书李承勋请足十二万之数。部议遵弘治中例，老者补以壮丁，逃、故者清军官依期解补。从之。十五年1520，都御史王廷相提督团营，条上三弊：一，军士多杂派，工作终岁，不得入操。虽名团营听征，实与田夫无异。二，军士替代，吏胥需索重贿，贫军不能办，老羸苟且应役，而精壮子弟不得收练。三，富军惮营操征调，率贿将弁置老家数中，贫者虽老疲，亦常操练。语颇切中。既而两郊九庙诸宫殿之工起，役军益多。兵部请分番为二，半团操，半放归，而收其月廪雇役。诏行一年。自后边警急，团营见兵少，仅选骑卒三万，仍号东西官厅。余者悉老弱，仍为营帅、中官私役。
世宗即位很久后，听从朝臣建议，设一位懂军事的文臣统领京营。这时额定兵力十万七千多人，实际存在的只有一半。专门管理京营的兵部尚书李承勋请求补足十二万人的数额。兵部商议遵循弘治年间的旧例，年老的空缺由壮丁补充，逃跑和死亡的由清军官按期解送补充。皇帝同意了。十五年，都御史王廷相提督团营，上奏陈述三条弊端：第一，军士多被杂派差役，整年做工，不能入营操练。虽然名义上是团营听候征调，实际和农夫没有区别。第二，军士替代时，吏胥索取重贿，穷军士办不到，老弱苟且应役，而精壮子弟得不到收练。第三，富有的军士害怕营操征调，大都贿赂将弁把自己放在老家名额中，贫穷的虽然老弱，却经常操练。话说得很切中要害。不久，两郊九庙等宫殿工程开工，服役的军人更多。兵部请求分番为二，一半团练，一半放归，并收取他们的月粮雇人服役。皇帝下诏实行一年。此后边境警报紧急，团营现有兵少，只选了骑兵三万，仍然号称东西官厅。其余的都是老弱，仍然被营帅和宦官私自役使。
〔12〕二十九年，俺答入寇，兵部尚书丁汝夔核营伍不及五六万人。驱出城门，皆流涕不敢前，诸将领亦相顾变色。汝夔坐诛。大学士严嵩乃请振刷以图善后。吏部侍郎王邦瑞摄兵部，因言：“国初，京营劲旅不减七八十万，元戎宿将常不乏人。自三大营变为十二团营，又变为两官厅，虽浸不如初，然额军尚三十八万有奇。今武备积驰，见籍止十四万余，而操练者不过五六万，支粮则有，调遣则无。比敌骑深入，战守俱称无军。即见在兵，率老弱疲惫、市井游贩之徒，衣甲器械取给临时。此其弊不在逃亡，而在占役；不在军士，而在将领。盖提督、坐营、号头、把总诸官，多世胄纨袴，平时占役营军，以空名支饷，临操则肆集市人，呼舞博笑而已。先年，尚书王琼、毛伯温、刘天和常有意振饬。然将领恶其害己，阴谋阻挠，军士又习于骄惰，竞倡流言，事复中止，酿害至今。乞大振乾纲，遣官精核。”帝是其言，命兵部议兴革。
二十九年，俺答入侵，兵部尚书丁汝夔核查营伍不满五六万人。把军队赶出城门，士兵都流泪不敢上前，将领们也相顾失色。丁汝夔因此被处死。大学士严嵩请求整顿以图善后。吏部侍郎王邦瑞代理兵部，于是说：“建国初期，京营劲旅不少于七八十万，元帅老将经常不缺人。自从三大营变成十二团营，又变成两官厅，虽然渐渐不如当初，但额定军队还有三十八万多。现在武备长期废弛，现有名册只有十四万多，而操练的不过五六万，领粮时有人，调遣时无人。等到敌骑深入时，作战和防守都说没有军队。即使现有的士兵，大多是老弱疲惫、市井游贩之徒，衣甲器械临时才凑齐。这种弊病不在逃亡，而在占役；不在军士，而在将领。因为提督、坐营、号头、把总等官，多是世家子弟、纨裤之辈，平时占役营军，用空名支饷，临操时从集市上随便拉人，只是呼舞博笑而已。早年，尚书王琼、毛伯温、刘天和常有意整顿。但将领们厌恶损害自己，阴谋阻挠，军士又习惯于骄惰，竞相散布流言，事情又中止，酿成祸害至今。请求大振乾纲，派遣官员精心核查。”皇帝认为他说得对，命令兵部商议兴革。
〔13〕于是悉罢团营、两官厅，复三大营旧制。更三千曰神枢。罢提督、监枪等内臣。设武臣一，曰总督京营戎政，以咸宁侯仇鸾为之；文臣一，曰协理京营戎政，即以邦瑞充之。其下设副参等官二十六员。已，又从部议，以四武营归五军营中军，四勇营归左右哨，四威营归左右掖。各设坐营官一员，为正兵，备城守；参将二员，备征讨。帝以营制新定，告于太庙行之。又遣四御史募兵畿辅、山东、山西、河南，得四万人，分隶神枢、神机。各设副将一，而增能战将六员，分领操练。大将所统三营之兵，居常名曰练勇，有事更定职名。五军营：大将一员，统军一万，总主三营副、参、游击、佐击及坐营等官；副将二员，各统军七千；左右前后参将四员，各六千；游击四员，各三千。外备兵六万六千六百六十人。神枢营：副将二员，各统军六千；佐击六员，各三千。外备兵四万人。神机营亦如之。已，又定三大营官数：五军营一百九十六员，神枢营二百八员，神机营一百八十二员，共五百八十六员。在京各卫军，俱分隶三营。分之为三十营，合之为三大营。终帝世，其制屡更，最后中军哨掖之名亦罢，但称战守兵兼立车营。
于是全部废除团营和两官厅，恢复三大营的旧制。把三千营改名为神枢营。废除提督、监枪等宦官。设一位武臣，叫总督京营戎政，由咸宁侯仇鸾担任；设一位文臣，叫协理京营戎政，由王邦瑞充任。下面设副参等官二十六员。后来，又根据兵部建议，把四武营归入五军营的中军，四勇营归入左右哨，四威营归入左右掖。各设坐营官一员，作为正兵，负责城守；参将二员，负责征讨。皇帝因为营制新定，在太庙祭告后实行。又派遣四位御史到京畿、山东、山西、河南募兵，得到四万人，分别隶属神枢营和神机营。各设副将一员，并增加能战将六员，分别统领操练。大将所统的三营士兵，平时叫做练勇，有事时更改职名。五军营：大将一员，统军一万，总主三营的副将、参将、游击、佐击及坐营等官；副将二员，各统军七千；左右前后参将四员，各六千；游击四员，各三千。外备兵六万六千六百六十人。神枢营：副将二员，各统军六千；佐击六员，各三千。外备兵四万人。神机营也一样。后来，又定了三大营的官数：五军营一百九十六员，神枢营二百零八员，神机营一百八十二员，共五百八十六员。在京的各卫军队，都分别隶属三营。分开是三十个营，合起来是三大营。直到世宗去世，这个制度多次变化，最后中军、哨、掖的名称也废除了，只称战守兵，并兼设车营。
〔14〕故事，五军府皆开府给印，主兵籍而不与营操，营操官不给印，戎政之有府与印，自仇鸾始。鸾方贵幸，言于帝，选各边兵六万八千人，分番入卫，与京军杂练，复令京营将领分练边兵，于是边军尽隶京师。塞上有警，边将不得征集，边事益坏。鸾死，乃罢其所置戎政厅首领官之属，而入卫军则惟罢甘肃者。
按照旧例，五军都督府都开府给印，掌管兵籍但不参与营操，营操官不给印，戎政有府有印，是从仇鸾开始的。仇鸾当时正得宠，对皇帝说，挑选各边兵六万八千人，轮流入京护卫，与京军混合训练，又命令京营将领分别训练边兵，于是边军全部隶属京师。塞上有警报，边将不能征集，边防事务更加败坏。仇鸾死后，就废除了他设置的戎政厅首领官等属官，而入卫的边军只废除了甘肃的。
〔15〕隆庆四年1570，大学士赵贞吉请收将权，更营制。极言戎政之设府铸印，以数十万众统于一人，非太祖、成祖分府分营本意。请以官军九万分五营，营择一将，分统训练。诏下廷臣议。尚书霍冀言：“营制，世宗熟虑而后定，不宜更。惟大将不当专设，戎政不宜有印，请如贞吉言。”制曰“可”。于是三大营各设总兵一，副将二。其参佐等官，互有增损，各均为十人。而五军营兵，均配二营，营十枝，属二副将分统。以侯伯充总兵，寻改曰提督。又用三文臣，亦称提督。自设六提督后，各持意见，遇事旬月不决。给事中温纯言其弊，乃罢，仍设总督、协理二臣。
隆庆四年，大学士赵贞吉请求收回将权，更改营制。极力陈述戎政设立官署铸印，把数十万军队交给一个人统管，不是太祖、成祖分府分营的本意。请求把官军九万人分成五营，每营选一将，分别统管训练。皇帝下诏让廷臣商议。尚书霍冀说：“营制是世宗深思熟虑后定的，不宜更改。只是大将不应专设，戎政不应有印，请按贞吉说的办。”皇帝说“可以”。于是三大营各设总兵一人、副将二人。参佐等官各有增减，各定为十人。而五军营的兵力，平均配给两个营，每营十支，由两位副将分别统管。用侯伯充任总兵，不久改称提督。又用了三位文臣，也称提督。自从设了六位提督后，各持意见，遇事十几天都决定不了。给事中温纯说了弊端，于是废除，仍然设总督、协理二臣。
〔16〕万历二年1574，从给事中欧阳柏请，复给戎政印，汰坐营官二员。五年1577，巡视京营科臣林景旸请广召募，立选锋。是时，张居正当国，综核名实，群臣多条上兵事，大旨在足兵、选将，营务颇饬。久之，帝厌政，廷臣渐争门户，习于偷惰，遂日废弛。三十六年1608，尚书李化龙理戎政，条上京营积弊。敕下部议，卒无所振作。及兵事起，总督京营赵世新请改设教场城内，便演习。太常少卿胡来朝请调京军戍边，可变弱为强。皆无济于用。
万历二年，听从给事中欧阳柏的请求，重新给予戎政印，裁汰坐营官二员。五年，巡视京营的科臣林景旸请求广泛招募，设立选锋。这时，张居正主持国政，综合考核名实，群臣多上奏兵事，主要宗旨是足兵、选将，营务颇有整顿。过了很久，皇帝厌倦政事，廷臣逐渐争门户，习惯于偷懒，于是日益废弛。三十六年，尚书李化龙管理戎政，逐条上奏京营积弊。皇帝下令交给部议，最终没有振作。等到战事起来，总督京营赵世新请求改设教场在城内，便于演习。太常少卿胡来朝请求调京军戍守边境，可以变弱为强。都没有实际用处。
〔17〕天启三年1623，协理侍郎朱光祚奏革老家军，补以少壮。老家怨，以瓦砾投光祚，遂不果革。是时，魏忠贤用事，立内操，又增内臣为监视及把牌诸小内监，益募健丁，诸营军多附之。
天启三年，协理侍郎朱光祚上奏请求革除老家军，用少壮士兵补充。老家军怨恨，用瓦砾投掷朱光祚，于是没有革成。这时，魏忠贤掌权，设立内操（宦官操练），又增加宦官作为监视和把牌等小内监，更加招募健丁，各营军队多依附他。
〔18〕庄烈帝即位，撤内臣，已而复用。戎政侍郎李邦华愤京营弊坏，请汰老弱虚冒，而择材力者为天子亲军。营卒素骄，有疑其为变者。勋戚中官亦恶邦华害己，蜚语日闻。帝为罢邦华，代以陆完学，尽更其法。京营自监督外，总理捕务者二员，提督禁门、巡视点军者三员，帝皆以御马监、司礼、文书房内臣为之，于是营务尽领于中官矣。十年八月，车驾阅城，铠甲旌旗甚盛，群臣悉鸾带策马从。六军望见乘舆，皆呼万岁。帝大悦，召完学入御幄奖劳，酌以金卮，然徒为容观而已。
崇祯帝即位后，撤掉了宦官，但不久又重用。戎政侍郎李邦华愤慨京营弊端败坏，请求淘汰老弱和虚冒名额，选择有才能的人作为天子亲军。营卒一向骄横，有人怀疑他会引起变乱。勋戚和宦官也厌恶李邦华损害自己，流言蜚语每天传来。皇帝因此罢免了李邦华，用陆完学代替，全部改变了他的做法。京营除了监督之外，总理捕务的有二人，提督禁门、巡视点军的有三人，皇帝都用御马监、司礼监、文书房的宦官担任，于是营务全部由宦官掌管了。十年八月，皇帝巡视城墙，铠甲旌旗很盛大，群臣都佩带鸾带骑马跟随。六军看见皇帝的车驾，都高呼万岁。皇帝非常高兴，召陆完学进入御帐奖赏慰劳，用金杯斟酒，但这只是外观好看而已。