〔9〕洪武九年1376汰平章政事、参知政事。十三年1380正月，诛丞相胡惟庸，遂罢中书省。（其官属尽革，惟存中书舍人。）九月，置四辅官，以儒士王本等为之。（置四辅官，告太庙，以王本、杜佑、袭斅为春官，杜斅、赵民望、吴源为夏官，兼太子宾客。秋、冬官缺，以本等摄之。一月内分司上中下三旬。位列公、侯、都督之次。）寻亦罢。十五年1382，仿宋制，置华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，（礼部尚书邵质为华盖，检讨吴伯宗为武英，翰林学士宋讷为文渊，典籍吴沉为东阁。）又置文华殿大学士，（征耆儒鲍恂、余诠、张长年等为之，）以辅导太子。秩皆正五品。二十八年1395敕谕群臣：“国家罢丞相，设府、部、院、寺以分理庶务，立法至为详善。以后嗣君，其毋得议置丞相。臣下有奏请设立者，论以极刑。”当是时，以翰林、春坊详看诸司奏启，兼司平驳。大学士特侍左右，备顾问而已。建文中，改大学士为学士。（悉罢诸大学士，各设学士一人。又改谨身殿为正心殿，设正心殿学士。）成祖即位，特简解缙、胡广、杨荣等直文渊阁，参预机务。阁臣之预务自此始。然其时，入内阁者皆编、检、讲读之官，不置官属，不得专制诸司。诸司奏事，亦不得相关白。
洪武九年裁汰平章政事、参知政事。十三年正月，诛杀丞相胡惟庸，于是废除中书省（其官属全部革除，只保留中书舍人）。九月，设置四辅官，以儒士王本等人担任（设置四辅官，告祭太庙，以王本、杜佑、袭斅为春官，杜斅、赵民望、吴源为夏官，兼太子宾客。秋、冬官缺，由王本等人代理。一个月内分上中下三旬值事。地位在公、侯、都督之下）。不久也废除了。十五年，仿照宋朝制度，设置华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁等大学士（礼部尚书邵质为华盖殿大学士，检讨吴伯宗为武英殿大学士，翰林学士宋讷为文渊阁大学士，典籍吴沉为东阁大学士），又设置文华殿大学士（征召耆儒鲍恂、余诠、张长年等人担任），以辅导太子。品级都是正五品。二十八年敕谕群臣：“国家废除丞相，设置府、部、院、寺来分理各种政务，立法非常详细完善。以后继承的君主，不得议论设置丞相。臣下如有奏请设立的，处以极刑。”当时，由翰林院、春坊详细审阅各衙门的奏章，兼管平驳。大学士只是侍奉在皇帝左右，提供顾问而已。建文年间，改大学士为学士（全部废除各大学士，各设学士一人。又改谨身殿为正心殿，设正心殿学士）。成祖即位后，特别选拔解缙、胡广、杨荣等人入值文渊阁，参与机要事务。内阁大臣参与政务从此开始。但当时，入内阁的都是编修、检讨、讲读之官，不设置官属，不能直接统辖各衙门。各衙门奏事，也不需要向他们禀报。
〔10〕仁宗以杨士奇、杨荣东宫旧臣，升士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士，荣为太常卿兼谨身殿大学士，（谨身殿大学士，仁宗始置，）阁职渐崇。其后士奇、荣等皆迁尚书职，虽居内阁，官必以尚书为尊。景泰中，王文始以左都御史进吏部尚书，入内阁。自后，诰敕房、制敕房俱设中书舍人，六部承奉意旨，靡所不领，而阁权益重。世宗时，三殿成，改华盖为中极，谨身为建极，阁衔因之。嘉靖以后，朝位班次，俱列六部之上。
仁宗因为杨士奇、杨荣是东宫旧臣，升杨士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士，杨荣为太常卿兼谨身殿大学士（谨身殿大学士是仁宗开始设置的），内阁职位逐渐尊崇。后来杨士奇、杨荣等都升迁到尚书职位，虽然身在内阁，官职一定要以尚书为尊。景泰年间，王文开始以左都御史升任吏部尚书，进入内阁。从此以后，诰敕房、制敕房都设置中书舍人，六部秉承内阁意旨，无所不统，而内阁权力更加重要。世宗时，三大殿建成，改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，内阁的官衔也随之改变。嘉靖以后，内阁的朝位班次都排在六部之上。
〔11〕吏部。尚书一人，（正二品）左、右侍郎各一人。（正三品）其属，司务厅，司务二人，（从九品）文选、验封、稽勋、考功四清吏司，各郎中一人，（正五品）员外郎一人，（从五品）主事一人，（正六品。洪武三十一年1398增设文选司主事一人。正统十一年1446增设考功司主事一人。）
吏部。设尚书一人（正二品），左右侍郎各一人（正三品）。它下属的机构有司务厅，设司务二人（从九品）。还有文选、验封、稽勋、考功四个清吏司，每个司设郎中一人（正五品）、员外郎一人（从五品）、主事一人（正六品）。洪武三十一年增设了文选司主事一人，正统十一年增设了考功司主事一人。
〔12〕尚书，掌天下官吏选授、封勋、考课之政令，以甄别人才，赞天子治。盖古冢宰之职，视五部为特重。侍郎为之贰。
尚书这个官职，掌管全国官吏的选拔任命、封赏勋爵和考核政绩等政务，用来甄别人才，辅佐天子治理天下。这大概是古代冢宰的职务，比其他五部更为重要。侍郎是尚书的副手。
〔13〕司务，掌催督、稽缓、勾销、簿书。（明初，设主事、司务各四人，为首领官，有主事印。洪武二十九年1396改主事为司官，裁司务二人。各部并同。）
司务的职责是督促办理、稽查拖延、登记注销和管理文书簿册。（明朝初年，设置主事、司务各四人，作为首领官，并持有主事印。洪武二十九年将主事改为司官，裁减司务二人。各部的情况都相同。）
〔14〕文选，掌官吏班秩迁升、改调之事，以赞尚书。凡文官之品九，品有正从，为级一十八。不及九品曰未入流。凡选，每岁有大选，有急选，有远方选，有岁贡就教选，间有拣选，有举人乞恩选。选人或登资簿，厘其流品，平其铨注，而序迁之。凡升必考满，若员缺当补，不待考满，曰推升。类推上一人，单推上二人。三品以上，九卿及佥都御史、祭酒，廷推上二人或三人。内阁，吏、兵二部尚书，廷推上二人。凡王官不外调，王姻不内除，大臣之族不得任科道，僚属同族则以下避上。外官才地不相宜，则酌其繁简互换之。有传升、乞升者，并得执奏。以署职、试职、实授奠年资，以开设、裁并、兼摄适繁简，以荐举、起废、征召振幽滞，以带俸、添注寄恩冗，以降调、除名驭罪过，以官程督吏治，以宁假悉人情。
文选司掌管官员的级别、晋升和工作调动等事务，用来辅助尚书。文官共分为九品，每品有正、从之分，一共十八级。不到九品的叫作未入流。在选拔官员方面，每年有大选、急选、远方选和岁贡就教选，偶尔也有拣选，以及举人请求恩典的选任。候选官员有的要登记录入资历簿，分清他们的品级类别，公平地办理登记手续，然后按顺序晋升。凡是升官，通常要任职期满考核后再升；如果有空缺需要填补，可以不等到考核期满就升职，这叫推升。推升时，采用类推就只推举一个人，采用单推就推举两个人。三品以上的官员，包括九卿、佥都御史和国子监祭酒，由朝廷大臣集体推举，上报两到三个人选。内阁大学士以及吏部、兵部的尚书，也由廷推推举两人。王府的官吏不能调到外面任职，王爷的姻亲不能在京都做官，大臣的同族不能担任给事中、监察御史等科道官；如果下属与上司是同族，职位低的要回避职位高的。地方官员如果才能与任职地区不匹配，就根据当地政务的繁简来相互调换。如果有皇帝特旨升迁或托人求情升官的，有关部门都可以上奏反对。通过代理职务、试用职务和正式任命来确定官员的资历，通过新设、裁撤、合并或兼职来适应政务的繁简，通过推荐、起用和征召来起用那些长期不被重用的人才，通过带俸、添注等方式来安置沾亲带故的多余人员，通过降级调任和除名来惩罚有过错的官员，通过官员的考核期限来督察吏治，通过批准假期来体恤人情。