〔12〕臣闻赏者礼之基，罚者刑之本。故礼崇谋夫竭其能，赏厚义士轻其死，刑正君子勖其心，罚重小人惩其过。然则赏罚者，军国之纲纪，政教之药石。纲纪举而众务自理，药石行而文武用命。彼吐蕃蚁结蜂聚，本非勍敌，薛仁贵、郭待封受阃外之寄，奉命专征，不能激励熊罴，乘机扫扑。败军之后，又不能转祸为福，因事立功，遂乃弃甲丧师，脱身而走。幸逢宽政，罪止削除，国家纲漏吞舟，何以过此。天皇迟念旧恩，收其后效，当今朝廷所少，岂此一二人乎？且赏不劝谓之止善，罚不惩谓之纵恶。仁贵自宣力海东，功无尺寸，坐玩金帛，渎货无厌，今又不诛，纵恶更甚。臣以疏贱，干非其事，岂欲间天皇之君臣，生厚薄于仁贵？直以刑赏一亏，百年不复，区区所怀，实在于此。
我听说赏赐是礼的基础，惩罚是刑的根本。所以礼制崇高了，谋士就会竭尽他们的才能；赏赐丰厚了，义士就会轻视死亡；刑罚公正了，君子就会勉励自己的心志；惩罚严厉了，小人就会惩戒自己的过错。然而赏罚是军队国家的纲纪，是政教治理的良药。纲纪树立了，各种事务自然得到治理；良药施行了，文武官员就会听从命令。那些吐蕃像蚂蚁聚集、像蜂群聚合，本来不是强敌，薛仁贵、郭待封接受统兵在外的重任，奉命专征，不能激励将士，乘机扫荡扑灭。战败之后，又不能转祸为福，趁机立功，竟然弃甲败师，脱身逃跑。侥幸遇到宽大的政策，惩罚只是削除官职，国家法网宽到漏掉吞舟的大鱼，还有什么比这更过分的呢？天皇顾念旧恩，想收他们后来的功效，现在朝廷所缺少的，难道是这一两个人吗？况且赏赐不能劝善，叫做止善；惩罚不能警戒，叫做纵恶。薛仁贵自从在辽东效力，功劳没有尺寸，反而贪玩金帛，贪污财物没有满足，现在又不诛杀，纵恶更加厉害。我以疏远卑贱的身份，干预非我分内之事，难道是想离间天皇的君臣，对薛仁贵厚此薄彼吗？只是因为刑赏一旦亏损，百年不能恢复，我小小的胸怀，实在在于此。
〔13〕古人云：“国无赏罚，虽尧、舜不能为化。”今罚不能行，赏亦难信，故人间议者皆言，“近日征行，虚有赏格而无其事。”良由中才之人不识大体，恐赏赐勋庸，倾竭仓库，留意锥刀，将此益国。徇目前之近利，忘经久之远图，所谓错之毫厘，失之千里者也。且黔首虽微，不可欺以得志，瞻望恩泽，必因事而生心。既有所因，须应之以实，岂得悬不信之令，设虚赏之科？比者师出无功，未必不由于此。文子曰：“同言而信，信在言前；同令而行，诚在令外。”故商君移木以表信，曹公割发以明法，岂礼也哉，有由然也。自苏定方定辽东，李勣破平壤，赏绝不行，勋仍淹滞，数年纷纭，真伪相杂，纵加沙汰，未至澄清。臣以吏不奉法，慢自京师，伪勋所由，主司之过。其则不远，近在尚书省中，不闻斩一台郎，戮一令史，使天下知闻，天皇何能照远而不照近哉！神州化首，万国共尊，文昌政本，四方是则，轨物宣风，理乱攸在。臣是以披露不已，冒死尽言。
古人说：“国家没有赏罚，即使尧、舜也不能治理教化。”如今惩罚不能施行，赏赐也难以取信，所以民间议论的人都说，“近来的征讨，空有赏格而没有实际赏赐。”这实在是因为中等才能的人不识大体，害怕赏赐功臣，用尽仓库，只留意锥刀之利，以为这样对国家有益。只顾眼前的近利，忘记长远的图谋，这就是所谓差之毫厘，失之千里。况且百姓虽然卑微，不可以欺骗他们来满足自己的意愿，他们瞻望恩泽，一定会根据事情而产生期望。既然有了期望，就必须用实际来回应，怎么能发布不守信的政令，设立虚设的赏格呢？近来军队出征没有功劳，未必不由于这个原因。文子说：“同样的话而能取信，是因为信任在说话之前；同样的命令而能执行，是因为诚意在命令之外。”所以商鞅移木立信，曹操割发代罚，难道只是礼法吗？是有原因的。自从苏定方平定辽东，李勣攻破平壤，赏赐完全不施行，功劳仍然被滞留，多年纷乱，真假混杂，即使加以淘汰，也没有达到澄清。我认为官吏不奉公守法，轻慢从京师开始，伪功产生的原因，是主管官员的过错。这个例子不远，就在尚书省中，没听说斩杀一个台郎、诛戮一个令史，让天下知道，天皇为什么能照远而不能照近呢！神州是教化的首善之地，万国共同尊崇，尚书省是政令的根本，四方以此为准则，整顿事物、宣扬教化，治乱在于此。我因此披露不停，冒死尽言。
〔14〕且明镜所以照形，往事所以知今，臣识不稽古，请以近事言之。贞观年627中，万年县尉司马玄景舞文饰智，以邀乾没，太宗审其奸诈，弃之都市。及征高丽也，总管张君乂击贼不进，斩之旗下。臣以伪勋之罪，多于玄景；仁贵等败，重于君乂。向使早诛薛仁贵、郭待封，则自余诸将，岂敢失利于后哉？韩子云：“慈父多败子，严家无格虏。”此言虽小，可以喻大。公孙弘有言：“人主病不广大，人臣病不节俭。”臣恐天皇病之于不广大，过在于慈父，斯亦日月之一蚀也。又今之将吏，率多贪暴，所务唯狗马，所求唯财物，无赵奢、吴起散金养士之风，纵使行军，悉是此属。臣恐吐蕃之平，未可旦夕望也。
况且明镜用来照形，往事用来知今，我的学识不能稽考古代，请允许我用近代的事情来说。贞观年间，万年县尉司马玄景舞文弄法、卖弄智巧，以图非法获利，太宗审查出他的奸诈，在都市中处死。等到征讨高丽时，总管张君乂攻击敌人不前进，被斩于旗下。我认为伪造功勋的罪行，比司马玄景更大；薛仁贵等人的失败，比张君乂更严重。假如早诛杀薛仁贵、郭待封，那么其余各位将领，怎么敢后来失利呢？韩非子说：“慈爱的父亲多败家子，严厉的家庭没有强悍的奴仆。”这话虽然小，但可以比喻大事。公孙弘有句话说：“君主怕的是不宽宏大量，臣子怕的是不节俭。”我担心天皇的毛病在于不宽宏大量，过失在于像慈父一样，这也如同日月的一次亏蚀。又如今日的将官官吏，大多贪婪残暴，所追求的只有狗马，所贪求的只有财物，没有赵奢、吴起散金养士的风范，即使让他们行军，也都是这类人。我担心吐蕃的平定，不能立刻指望了。
〔15〕帝甚叹异之，授秘书省正字，令直中书省，仗内供奉。寻除监察御史。
高宗皇帝非常惊叹赞赏，授予他秘书省正字的官职，命令他在中书省当值，担任仗内供奉。不久又授予他监察御史的职务。
〔16〕文明年684，迁殿中侍御史。其年，徐敬业据扬州作乱，左玉钤卫大将军李孝逸督军讨之，则天诏元忠监其军事。孝逸至临淮，而偏将雷仁智为敬业先锋所败，敬业又攻陷润州，回兵以拒孝逸。孝逸惧其锋，按甲不敢进。元忠谓孝逸曰：“朝廷以公王室懿亲，故委以阃外之事，天下安危，实资一决。且海内承平日久，忽闻狂狡，莫不注心倾耳，以俟其诛。今大军留而不进，则解远近之望，万一朝廷更命他将代公，其将何辞以逃逗挠之罪？幸速进兵以立大效，不然，则祸难至矣。”孝逸然其言，乃部勒士卒以图进讨。
文明年间，升任殿中侍御史。这一年，徐敬业占据扬州作乱，左玉钤卫大将军李孝逸率军讨伐，武则天诏令元忠监督他的军事。李孝逸到达临淮，偏将雷仁智被徐敬业的先锋打败，徐敬业又攻陷润州，回兵来抵抗李孝逸。孝逸畏惧他的锋芒，按兵不动。元忠对孝逸说：“朝廷因为您是王室至亲，所以委任您统兵在外的大事，天下安危，实在取决于这一战。而且海内承平日久，忽然听说狂贼作乱，没有不倾心注目、侧耳倾听，等待他们被诛杀。现在大军停留不进，就会解除远近的期望，万一朝廷另外任命其他将领来代替您，您将用什么言辞来逃避逗留不进的罪名？希望赶快进兵以立大功，不然，祸难就要到了。”孝逸认为他说得对，于是部署士兵准备进讨。
〔17〕时敬业屯于下阿溪，敬业弟敬猷率偏师以逼淮阴。元忠请先击敬猷，诸将咸曰：“不如先攻敬业，敬业败，则敬猷不战而擒矣。若击敬猷，则敬业引兵救之，是腹背受敌也。”元忠曰：“不然，贼之劲兵精卒，尽在下阿，蚁聚而来，利在一决，万一失捷，则大事云矣。敬猷本出博徒，不习战斗，其众寡弱，人情易摇，大军临之，其势必克。既克敬猷，我之乘胜而进。彼若引救淮阴，计程则不及，又恐我之进掩江都，必邀我于中路。彼则劳倦，我则以逸待之，破之必矣。譬之逐兽，弱者先擒，岂可舍必擒之弱兽，趋难敌之强兵？恐未可也。”孝逸从之，乃引兵击敬猷，一战而破之，敬猷脱身而遁。孝逸乃进军，与敬业隔溪相拒。前军总管苏孝祥为贼所破，孝逸又惧，欲引退。初，敬业至下阿，有流星坠其宫，及是，有群乌飞噪于阵上，元忠曰：“验此，即贼败之兆也。风顺荻乾，火攻之利。”固请决战，乃平敬业。元忠以功擢司刑正，稍迁洛阳令。
当时徐敬业驻扎在下阿溪，徐敬业的弟弟徐敬猷率领偏师逼近淮阴。元忠请求先攻打徐敬猷，诸将都说：“不如先攻徐敬业，徐敬业败了，那么徐敬猷不战就可擒获。如果攻打徐敬猷，徐敬业就会引兵救援，这样我们腹背受敌。”元忠说：“不对。贼寇的精兵强卒，都在下阿，像蚂蚁一样聚集而来，利在速战速决，万一失利，大事就完了。徐敬猷原本是赌徒出身，不熟悉战斗，他的人马少而弱，人心容易动摇，大军压境，势必攻克。攻克徐敬猷后，我们乘胜前进。他们如果引兵救援淮阴，计算路程来不及，又怕我们进袭江都，必然会在中途拦截我们。他们疲劳，我们以逸待劳，一定能打败他们。好比追野兽，先擒弱的，怎么能舍弃必擒的弱兽，去迎战难敌的强兵呢？恐怕不行。”孝逸听从了，于是引兵攻打徐敬猷，一战就击溃了他，徐敬猷脱身逃走。孝逸于是进军，与徐敬业隔溪对峙。前军总管苏孝祥被贼寇打败，孝逸又害怕了，想撤退。当初，徐敬业到达下阿时，有流星坠入他的营帐，到这时，有群乌在阵上飞噪，元忠说：“验证这些，就是贼败的征兆。风顺而芦苇干燥，有利于火攻。”坚决请求决战，于是平定了徐敬业。元忠因功升任司刑正，逐渐升迁为洛阳令。
〔18〕寻陷周兴狱，诣市将刑，则天以元忠有讨平敬业功，特免死配流贵州。时承敕者将至市，先令传呼，监刑者遽释元忠令起，元忠曰：“未知敕虚实，岂可造次。”徐待宣敕，然始起谢，观者咸叹其临刑而神色不挠。圣历元年698，召授侍御史，擢拜御史中丞。又为来俊臣、侯思止所陷，再被流于岭表。复还，授御史中丞。元忠前后三被流，于时人多称其无罪。则天尝谓曰：“卿累负谤铄，何也？”对曰：“臣犹鹿也，罗织之徒，有如猎者，苟须臣肉作羹耳。此辈杀臣以求达，臣复何辜。”
不久，魏元忠被周兴陷害入狱，押到刑场将要行刑，武则天因为他有讨伐平定徐敬业的功劳，特意免除死罪，改为流放贵州。当时传达敕令的使者将要到达刑场，先让人传呼，监刑官急忙解开元忠的绑绳让他起来，元忠说：“还不知道敕令是真是假，怎么能草率行事。”他慢慢等待宣读敕令，然后才起身谢恩，围观的人都感叹他临刑时神色镇定不屈。圣历元年，被召回朝廷授予侍御史，又升任御史中丞。后来又遭到来俊臣、侯思止的陷害，再次被流放到岭南。再次回到朝廷后，又被授予御史中丞。元忠前后三次被流放，当时人们大多认为他无罪。武则天曾经问他说：“你多次遭受诽谤中伤，这是为什么？”元忠回答说：“我就像一只鹿，那些罗织罪名的人就像猎人，他们只是需要我的肉来做羹汤罢了。这些人杀我是为了求取显达，我又有什么罪过呢？”
〔19〕圣历二年699，擢拜凤阁侍郎、同凤阁鸾台平章事，检校并州长史。未几，加银青光禄大夫，迁左肃政台御史大夫，兼检校洛州长史。政号清严。长安中，相王为并州元帅，元忠为副。时奉宸令张易之尝纵其家奴凌暴百姓，元忠笞杀之，权豪莫不敬惮。时突厥与吐蕃数犯塞，元忠皆为大总管拒之。元忠在军，唯持重自守，竟无所克获，然亦未尝败失。
圣历二年，被提拔为凤阁侍郎、同凤阁鸾台平章事，并代理并州长史。不久，加银青光禄大夫，升任左肃政台御史大夫，兼代理洛州长史。为政号称清廉严明。长安年间，相王李旦为并州元帅，元忠为副帅。当时奉宸令张易之曾经放纵他的家奴欺凌百姓，元忠将其鞭打致死，权贵豪强没有不敬畏的。当时突厥和吐蕃多次侵犯边境，元忠都担任大总管抵御。元忠在军中，只以持重自守为主，最终没有大的战果，但也没有失败过。