〔239〕都护府，秩从二品，掌领旧州城及畏吾儿之居汉地者，有词讼则听之。大都护四员，从二品；同知二员，从三品；副都护二员，从四品；经历一员，从六品；都事一员，从七品；照磨兼承发架阁库管勾一员，正八品；令史四人，译史二人，通事、知印各一人，宣使四人，典吏二人。至元十一年1274，初置畏吾儿断事官，秩三品。十七年1280，改领北庭都护府，秩二品，置官十二员。二十年1283，改大理寺，秩正三品。二十二年1285，复为大都护，品秩如旧。延祐三年1316，升正二品。七年1320，复从二品，定官制如上。
都护府的官阶是从二品，负责管理原先的州城以及居住在汉族地区的畏吾儿人，如果有诉讼案件就进行审理。设大都护四人，从二品；同知二人，从三品；副都护二人，从四品；经历一人，从六品；都事一人，从七品；照磨兼承发架阁库管勾一人，正八品；令史四人，译史二人，通事、知印各一人，宣使四人，典吏二人。至元十一年（1274年），最初设置畏吾儿断事官，官阶三品。十七年（1280年），改为领北庭都护府，官阶二品，设置官员十二人。二十年（1283年），改为大理寺，官阶正三品。二十二年（1285年），重新改为大都护，品级官阶与原先相同。延祐三年（1316年），升为正二品。七年（1320年），重新降为从二品，确定官制如上。
〔240〕崇福司，秩二品，掌领马儿哈昔列班也里可温十字寺祭享等事。司使四员，从二品；同知二员，从三品；副使二员，从四品；司丞二员，从五品；经历一员，从六品；都事一员，从七品；照磨一员，正八品；令史二人，译史、通事、知印各一人，宣使二人。至元二十六年1289置。延祐二年1315，改为院，置领院事一员，省并天下也里可温掌教司七十二所，悉以其事归之。七年1320，复为司，后定置已上官员。
崇福司，官阶是二品，负责管理马儿哈昔列班也里可温（即基督教）十字寺的祭祀等事务。设司使四名，从二品；同知二名，从三品；副使二名，从四品；司丞二名，从五品；经历一名，从六品；都事一名，从七品；照磨一名，正八品；令史二人，译史、通事、知印各一人，宣使二人。至元二十六年（1289年）设立。延祐二年（1315年），改为崇福院，设置领院事一员，将全国七十二所也里可温掌教司裁减合并，所有事务都归院里管理。延祐七年（1320年），又恢复为司，后来固定设置了以上官员。