〔28〕明帝即位，赐爵关内侯。顷之，特进曹洪乳母当，与临汾公主侍者共事无涧神系狱。卞太后遣黄门诣府传令，芝不通，辄敕洛阳狱考竟，而上疏曰：“诸应死罪者，皆当先表须报。前制书禁绝淫祀以正风俗，今当等所犯妖刑，辞语始定，黄门吴达诣臣，传太皇太后令。臣不敢通，惧有救护，速闻圣听，若不得已，以垂宿留。由事不早竟，是臣之罪，是以冒犯常科，辄敕县考竟，擅行刑戮，伏须诛罚。”帝手报曰：“省表，明卿至心，欲奉诏书，以权行事，是也。此乃卿奉诏之意，何谢之有？后黄门复往，慎勿通也。”芝居官十一年，数议科条所不便者。其在公卿间，直道而行。会诸王来朝，与京都人交通，坐免。
明帝登基后，赐给司马芝关内侯的爵位。不久，特进曹洪的奶妈当和临汾公主的侍者一起祭祀无涧神，被抓进了监狱。卞太后派宦官到司马芝府上传令，司马芝不通报给上面，直接命令洛阳狱拷打致死，并上奏说：“凡是应判死罪的，都应该先上表等待批复。先前有诏令禁止不合礼制的祭祀来端正风俗，现在当等人犯的是妖刑，口供刚刚确定，宦官吴达到我这里，传达太皇太后的命令。臣不敢通报，担心有人包庇，所以迅速禀报陛下，如果事情拖延，就会耽搁。因为事情没有及早了结，这是臣的罪过，所以臣冒犯常规，直接命令县狱拷问致死，擅自执行刑罚，甘愿接受惩罚。”皇帝亲笔批复说：“看了你的表章，明白了你的至诚之心，你想要奉行诏书，权宜行事，是对的。这正是你奉行诏书的意思，有什么可谢罪的？以后宦官再去，千万不要通报。”司马芝为官十一年，多次议论法令中不便利的地方。他在公卿之间，正直行事。恰逢诸王来朝见，与京城的人交往，司马芝被牵连免官。
〔29〕后为大司农。先是诸典农各部吏民，末作治生，以要利入。芝奏曰：“王者之治，崇本抑末，务农重谷。王制：‘无三年之储，国非其国也。’管子区言以积谷为急。方今二虏未灭，师旅不息，国家之要，惟在谷帛。武皇帝特开屯田之官，专以农桑为业。建安中，天下仓廪充实，百姓殷足。自黄初以来，听诸典农治生，各为部下之计，诚非国家大体所宜也。夫王者以海内为家，故《传》曰：‘百姓不足，君谁与足！’富足之田，在于不失天时而尽地力。今商旅所求，虽有加倍之显利，然于一统之计，已有不赀之损，不如垦田益一亩之收也。夫农民之事田，自正月耕种，耘锄条桑，耕熯种麦，获刈筑场，十月乃毕。治廪系桥，运输租赋，除道理梁，墐涂室屋，以是终岁，无日不为农事也。今诸典农，各言‘留者为行者宗田计，课其力，势不得不尔。不有所废，则当素有余力。’臣愚以为不宜复以商事杂乱，专以农桑为务，于国计为便。”明帝从之。
后来他担任了大司农。在此之前，各典农机构的下属官吏和百姓，都靠从事工商业来谋生，以此求取利益。司马芝上奏说：“帝王治理国家，应该推崇农业、抑制工商业，致力于农耕、重视粮食。《王制》上说：‘国家没有三年的粮食储备，就不成其为国家了。’管子在著作中也论述了要以积蓄粮食为急务。如今吴、蜀两个敌人还没有消灭，军队征战不停，国家的紧要事情，只在于粮食和布帛。武皇帝特设屯田官，让专门从事农业和蚕桑。建安年间，天下仓库充实，百姓富裕充足。但从黄初以来，放任各典农官去经营生意，各自为下属的利益打算，这实在不符合国家的大局。帝王以天下为家，所以《左传》说：‘百姓不富足，君王又怎能富足呢！’要使田地富足，在于不失农时并充分利用地力。现在商人所追求的，虽然有加倍的明显利益，但对于统一大业，却已有不可估量的损失，不如开垦田地、增加一亩的收成。农民从事田间劳动，从正月开始耕种、除草、修剪桑枝、耕地晒田、种麦、收割、打场，到十月才结束。还要修理粮仓、架设桥梁，运输租税，修路造桥，涂墙修屋，因此一整年没有一天不是在干农活。如今各典农官都说：‘留下的人为外出服役的人管理公田，计算他们的劳力，情势不得不这样。如果不有所放弃（指减少农活去经商），就会常常有闲余的劳力。’我认为不应该再以商业事务来扰乱农业，而应该专一从事农桑，这样对国家大计才有利。”魏明帝听从了他的建议。
〔30〕每上官有所召问，常先见掾史，为断其意故，教其所以答塞之状，皆如所度。芝性亮直，不矜廉隅。与宾客谈论，有不可意，便面折其短，退无异言。卒于官，家无余财，自魏迄今为河南尹者莫及芝。
每次上级官员召见他询问事情，他总会先召见下属官吏，帮他们分析上级的意图，教他们该怎么回答应对，结果都像他预料的那样。司马芝这人性格光明正直，从不故意表现自己的方正操守。跟宾客朋友聊天时，要是对方说的话他不赞成，当场就当面指出对方的毛病，但背后绝不会再说什么闲话。后来他在任上去世，家里没留下什么多余财产。从魏国到现在，担任河南尹这个官的人，没有一个比得上他。
〔31〕芝亡，子岐嗣，从河南丞转廷尉正，迁陈留相。梁郡有系囚，多所连及，数岁不决。诏书徙狱于岐属县，县请豫治牢具。岐曰：“今囚有数十，既巧诈难符，且已倦楚毒，其情易见。岂当复久处囹圄邪！”及囚室，诘之，皆莫敢匿诈，一朝决竟，遂超为廷尉。是时大将军爽专权，尚书何晏、邓飏等为之辅翼。南阳圭泰尝以言迕指，考系廷尉。飏讯狱，将致泰重刑。岐数飏曰：“夫枢机大臣，王室之佐，既不能辅化成德，齐美古人，而乃肆其私忿，枉论无辜。使百姓危心，非此焉在？”飏于是惭怒而退。岐终恐久获罪，以疾去官。居家未期而卒，年三十五。子肇嗣。
司马芝去世后，他的儿子司马岐继承了他的爵位。司马岐从河南丞转任廷尉正，后又升任陈留相。当时梁郡有些在押的囚犯，牵连很多人，多年都没判下来。皇帝下诏把案子转移到司马岐负责的县里，县里请求预先准备好牢房刑具。司马岐说：“现在囚犯有几十个，他们本来就狡猾奸诈，很难对口供，而且已经受够了拷打的苦头，实情很容易弄清楚。难道还要让他们长期关在监狱里吗？”等囚犯押到，他亲自审问，没人敢再隐瞒耍诈，一天之内全部结案，于是司马岐被破格提拔为廷尉。这时候大将军曹爽独揽大权，尚书何晏、邓飏等人当他的帮手。南阳有个叫圭泰的，曾经因为说话触犯了曹爽，被抓到廷尉审讯。邓飏审理这个案子，准备判圭泰重刑。司马岐责备邓飏说：“你是朝廷的核心大臣，王室的助手，既然不能辅佐君王成就德政，和古人媲美，反而放纵自己的私愤，冤枉无辜的人。让百姓提心吊胆，不就是因为你这样的人吗？”邓飏听了又羞又怒，退了下来。司马岐担心以后迟早会遭殃，就借口生病辞了官。回家不到一年就去世了，死时三十五岁。他的儿子司马肇继承了他的爵位。
〔32〕评曰：徐奕、何夔、邢颙贵尚峻厉，为世名人。毛玠清公素履，司马芝忠亮不倾，庶乎不吐刚茹柔。崔琰高格最优，鲍勋秉正无亏，而皆不免其身，惜哉！大雅贵“既明且哲”，虞书尚“直而能温”，自非兼才，畴克备诸！
史官评论说：徐奕、何夔、邢颙这些人崇尚严峻刚厉的作风，是当代的名人。毛玠清廉公正、行为朴素，司马芝忠诚正直、不偏不倚，差不多能算是不欺软怕硬。崔琰品格最高，鲍勋秉持公正没有过失，可他们都没能保全自己，可惜啊！《诗经·大雅》看重的是“既明事理又保全自己”，《尚书·虞书》推崇的是“正直而又温和”，如果不是兼有多种才能，谁能同时具备这些品德呢！